Tema 6
Tema 6
Enzimas de restricción
- Herramientas esenciales en Ingeniería Genética
- Reconocen y cortan secuencias de DNA específicas denominadas
dianas de restricción o secuencias diana
L es reconocida por la
sec que
enzima de restricción
↓
E
DNA
Enzimas de restricción
cuando no había
Sin cortar ER Endonucleasa
DNA enz de restricción
& Endonucleasa ↓
Enzima de restricción inespecífica se solaba
hay
muchas
backen
&
generados por los fagos
auc no
100% infección Zonas
non lisado
no las
infecta - La cepa A restringe la capacidad de
prácti infección de los fagos que proceden
E .
coli Carrente de la cepa B
-
m
5´ - G- T- Py -Pu- A- C- 3´
3´ - C- A- Pu -Py- T- G- 5´
modisiche
m
e
m Dus
cortar
5´ - G- T- Py -Pu- A- C- 3´ solo al
3´ - C- A- Pu -Py- T- G- 5´ cosas
m
fuera
5´ - G- T- Py -Pu- A- C- 3´
3´ - C- A- Pu -Py- T- G- 5´
5´ - G- T- Py-OH 3´ 5´ P-Pu- A- C- 3´
3´ - C- A- Pu-P 5´ 3´ OH -Py- T- G- 5´
nortaexia
de
CH3 CH3 CH3
auser
CH3 CH CH3
La “metilasa” del huesped actúa CH3
3 CH
3
CH3
CH3
antes que la “restrictasa” CH3 CH 3 CH3CH3
= CH
CH3 3 CH CH3CH3 La “restrictasa” corta
enelizac
CH3 CH 3 CH3
3 CH
0,002 % elo el DNA no metilado
su
CH3 CH3 3 CH CH3
> 99 %
3
CH3
CH3 CH3 CH3CH3
todo
La “restrictasa” no
corta el DNA del fago
&
100%
sieneen Otras nucleasas no
específicas degradan
-
CH3
A 0,002%
restriction
a los fragmentos
CH3 CH CH3 CH3 CH3
3 CH3 CH CH3
CH3 CH3
3 CH
3
CH3
CH3 CH3 CH3CH3
CH3 CH3 CH3CH3 B CH3 CH CH3
CH3
3 CH
3
CH3
100 % CH3
100% CH3CH3 CH3CH3
Fagos ya no
“modificados” estan
metilados
Tipos de enzimas de restricción
e
no son muy útiles
Tipos I y III: Grandes, multiméricas. Cortan a distancias variables del sitio “diana”
corte
metilación
y reconocimiento
e
nos de
no corta
Tipo II : Frecuentemente un sólo polipéptido. Cortan siempre en el mismo sitio (en la diana o cerca)
interaa e
Suelen ser de casi siempre palindrómicas pueden ser continuas
(más común) o
4pb, 6pb u 8 pb
encia discontinuas
· las el wira EcoRI 5’ GAATTC 3’
3’ CTTAAG 5’ 5’ AGATCT
~
M 5’ GGCC BglII
HaeIII 3’ TCTAGA
3’ CCGG
-d
EcoRI
5’ GAATTC
FokI
5’ GGATG 3’ Amp
5’ GCCnnnnnGGC
BglI 3’ CGGnnnnnCCG
3’ CTTAAG 3’ CCTAC 5’
excepción (no palindrómica)
5’ AAGCTT
HindIII
3’ TTCGAA Pueden ser cortadas dentro (más frecuente) o fuera
9 nt
5’ GAATTC 5’ GGATGnnnnnnnnnnnnnnn
5’ GCGGCCGC 3’ CCTACnnnnnnnnnnnnnnn
NotI 3’ CGCCGGCG 3’ CTTAAG
13 nt
EcoRI FokI
a co
hale
Extremos generados por el corte de las restrictasas
la
una peq porte en cadena sencilla que
queca
G ensor
en
Extremos protuberantes 5’
Sencilla
(extremos cohesivos)
-
5’ en el
visto
Lambola
gago
Extremos protuberantesO
3’
(extremos cohesivos)
-
se suelen evitar
↓
Extremos romos
2 cadena se cortan
en el =
punto
#
Otras nucleasas (inespecíficas)
- -
elimina
aux
&Endonucleasas Exonucleasas
(ExoIII, BAL31)
(S1, DNasaI, RNasaH)
ibir
-
Otras enzimas importantes en ingeniería genética
= de las nucleasar
DNA Polimerasas:
huecos
rellena
DNA polimerasa I (E. coli ) cebadoras y
e
quita
& Polimerasa Klenow, sin actividad exonucleasa
-
5´ 3´
elimina
extremoscomos abadores
5’ 3’ 5’ 3’
P OH P OH
dNTPs
OH P OH P
3’ 5’ 3’ 5’
Transcriptasa inversa,
RUA a DNA
cDNA
Copias de DNA
(DNA copial
Polimerasa de RNA
colas de nucleóticos iguales
generar
Transferasa terminal↑ 5’ O
3’ 5’ 3’
tanto
I
P OH dNTP P OH
con
(polinucleótido fosforilasa)
ac
coloca
polimerasa e
5’
P
O
3’
OH P
5’ 3’
OH
Sencill
nucleóticos dNTP
OH P OH 3’ P y dobte
3’ 5’ 5’
Otras enzimas importantes en ingeniería genética
5’ 3’ 5’ 3’
Fosfatasa alcalina P OH OH OH
m quita josgato OH P OH OH
posición
nos
3’ 5’ 3’ 5’
Kinasa de polinucleótidos
5’ 3’ 5’ 3’
OH OH P OH
OH OH OH P
3’ 5’ 3’ 5’
Kinasa nos añade
in vivo - gragmentos
unir
~ OVaZaki ↑ mercado e me marca los
Ligasa de DNA extremos
②
Una molécula de DNA O
Dos moléculas de DNA
Sistema CRISPR-Cas9 ·
RNA
w
nucleasa Complementario
de la reg que
&leo reconcer
para corter
dRNA ·
RNA- Otra
parte que no
E complementaria
es
L
hibricacion
intramolecula
Cartografía física
Clonación de DNA
Mapa físico
Mapa en el que se indican de forma ordenada los genes en un
cromosoma, mostrando las distancias físicas relativas (expresadas
entre 1 Otro
gen y
en pares de bases).
Se construye utilizando métodos físicos: mapas de restricción de
clones solapantes, hibridación in situ, estudios de deleciones,
secuenciación, etc.
Mapa de restricción
cloude
Mapa en el que se indican las posiciones corta
Varial
de restricción a lo largo de un fragmento de DNA
DNA circular
Con una molécula de DNA
circular, el número de fragmentos
4 puntos de corte producidos por una restrictasa es
para HindIII
igual que el de puntos de corte de
la enzima
no
grag : copto
corke
eléctrica
electrotores in e someto corriente
1371
1264
¿ORDEN?
702
5’ GGTNACC 3’ 5’ AAGCTT 3’
3’ CCANTGG 5’ 3’ TTCGAA 5’
da 10 mismo
en de examen
Corte con
d hacer todun to
Enzima 1 y
M Enzima 1 Enzima 2 Enzima 2 Mapa de
restricción
E1 E2 E1
10
8 compruebo
6
4 Enzima 1
3
Enzima 2
1
Enzima 1
0,5 +
Enzima 2
0,25
E1 E2 E1
M= marcador de tamaño
puede
dos
haber
fragmentos
de 34b prei
21-2p)4
el de 3
fragmenta desaparece
E2 1p -
Er Es
BNA Circular Il
/Seragmentos
E1-3 7
-En
E2 2
-
-
Ez
10 A
5-
Elaboración de mapas de restricción
hacerlo - circula
sin HindIII
M cortar HindIII SalI SalI creal
[Link]
2 pto) 3
Corte 2
de restricción d
mapa
↑
↑
·
plasmido
plásmido : 7 Kb
Tan
E *
.
Sals
C ~ Hos
oche de soen -
y
espero
E
fragmentos
> tengo 3
0'8 1 Hind 555
⑫
↓
S8e La suma
da 7
d
disa
It > sal que
Corta
Lugar
lineal no gragmentos -1 =
puntos de corte
- 58--
.. 88 ,
HS
[Link]
Clonación de DNA
Amplificación de DNA
“in vivo”
tener muchas
podemos sec
in vivo
v
·
Enimcióna
Ligasa de DNA: herramienta fundamental en la clonación de DNA
ambas
suriores
en
Papel de la ligasa de DNA in vivo
Enlace fosfodiester ausente Ligación in vitro de extremos caclenas
cohesivos
DNA
unido en
6 ·
egicaz
Gligasa Th
DNA
foráneo
Digestión
vector + inserto
Ligación
Vector ↓
Construcción del Inserto vector
Gen de interés
inserto insertado en un
vector
conación :
Pub
Introduzco
del vector
Centro
Un experimento de clonación de DNA
térmico
Transformación
pej choque
eléctrico
in vivo
División celular
muchen
bacterian
O
Clonación = Amplificación
de la secuencia
se quieren clonar
• Elección del vector -elt
comun
• Construcción del DNA quimérico (vector-
fragmento) enzinc
restricción
• Introducción del DNA quimérico en la
célula hospedadora sutroducir Dua quimérico
dentro al
• Propagación celular y selección
hospedadora -
clonado
Las que
tieren
recombinante
Elección del vector de clonación
L transporta no
ccula
O
- Fácil introducción en una célula hospedadora y replicación autónoma.
O 4 se
replica
- Puntos de corte únicos para una o varias enzimas de restricción.
para que podamos introducir indep al
se interes cromosomas
- Fácilmente seleccionable.
seleccionar es que han introducido
- Si es posible, fácil distinción entre vector no modificado y vector
quimérico (opcional). -
> distinguir vector recamb del no recomb
Rojo
-
obligatorio
-
vector circula e Reficacia
Tipos de vectores
cDNA
Cósmidos 30 - 44 . Genotecas genómicas y de
-
bacteriano (BAC)
Cromosoma artificial de hasta 2000 . Genotecas genómicas
- -
levaduras (YAC)
que corten
unchas enzimas
Origen de
replicación
Marcador
seleccionable
(AmpR, KanR, TetR , …)
Seleccione all
polilinker -
sitios de clonación únicas
y no únicos
↓
poli conector
d
interrumpe
alacz
Segalactosidate
cetermin
e
rompe lactos a
Proceso de clonación
Generación de una molécula de DNA “quimérica” o recombinante
rector
lo uno
Hibridación
+ ligasa
-
2 ptos carte
E
En este caso ↓
permanecen ambos & Molécula de También los extremos
DNA romos pueden ligarse
puntos de corte
-
recombinante
-
(menos eficientemente)
dianas BamH1
DNA genómico
Gen de interés
Ligar
(ligasa de DNA)
Gen de interés
insertado en
un plásmido
Mezcla (transformación)
Gen de interés
Gen de interés
insertado en
un plásmido
medio de
S ultico
pueceestaga
inserto
el
Replicación del tetraciclina
no
plásmido dentro de
la bacteria
Colonia = cáculas
Medio de cultivo con tetraciclina: sólo Identicas que proce
las bacterias “transformadas” pueden
multiplicarse y formar colonias den de 1
Muchas copias del
mismo plásmido transformac
recombinante (o no)
extraigo
I medio
plasmido + TC
↑ parce
introducir
PstI el inserto PstI
Inserto
Electroforesis en gel
rest
PstI
gen
&
AmpR
a ampicilina AmpR
6 Plásmido
Plásmido sin Plásmido Plásmido
inserto recombinante M recomb. autolig.
Aislamiento de plásmidos
¿Cuales tienen el inserto ?
Digestión del vector con la misma
enzima que realizamos la clonación
PstI (por ejemplo)
j M= marcador de tamaño
1 +an
inso to
Cómo distinguir entre vector “autoligado” y
plásmido recombinante
se Corta
es como sino
R
>
-
genacto tuviera ge
res a AMP
Digestión de DNA foráneo y
vector con SalI + ligación
inserto
↓
Ya que lo
R
R
terciopelo
Inserto
so
pegan Plásmido sin Plásmido
inserto recombinante
(autoligación)
Original Réplica
crecen
mecho
en otro
compredo e
extraigo plámido e
electro foresin
Cómo distinguir entre vector “autoligado” y
plásmido recombinante
no sec
gen lacZ gen lacZ que
inserto e muy grance
interrumpido
E Plásmido para que
Vector
quimérico 10
- EcoRI EcoRI EcoRI gecte
origen
la funcion
replicación a
ampicicina
mercador
sustrato
B-galatosidasa
D
we
- son las
sexo
gene
interesa
ami
Ligación
Transformación de bacterias en
ampicilina y X-Gal (selección de Detección visual de
E AmpR) β-galactosidasa (X-Gal)
res
ampiciunc
La defosforilación previa del vector reduce al mínimo
las copias “autoligadas” del vector
autoligación (pra 1 enzima restricial
por d la
de
Plásmido Enzima de
restricción
Celimina
Poel 5'l S
uo
puede unir
si puede unir
↑ + hay huecos
6 los
O rellenan
las c cula
saltoconto
de Reducción de las copias “autoligadas” del vector
utilizando dos enzimas de restricción lotra forma de d
Corter HindIII
DNA del plásmido
XhoI DNA con el gen de interés autoligacion
con
2enimal
#
1p to corte
Corte con las enzimas de restricción HindIII y XhoI
para HindlII
y Xhol
↓
no
encivoo
eoriga
solo puede
si alguna
no ha Ligación introducirse
enzima
be as i
cortado
so puede autoligar
El bacteriófago lambda (λ) como vector de clonación
procesosima
s
proceso similar con fago y a
Puede empaquetar
elimino ~ 25 Kb de DNA
sec innecesarias elimino
de
Digestión con sec no imprescindible
Introduzco
perte BamHI
eliminar
(no necesario para
replicación del fago) insertar
Empaqueto
Infección de [Link]
clon de
Jugectado
fagos
“cesped” de bacterias son =
sensibles al fago
los
gagos
do Cada
calva de lisis
Cromosomaartificial genoteca
BACs (Bacterial Artificial Chromosomes)
wie
-
Pueen
↑ transcripcion
Insertos (hasta 300 kb)
permiten introducir
Cant -
transcipan
plasmidos
↓ 4
F
↑ precidoconc
↑ fago X
polilinker
a
-
replicacion -
O
CMR: marcador seleccionable
el no
para que copian se a
precido
cromosara
&
a un
origen replicación
bactericht
↑ &elóveros
-
romas
pro que a a
sciueales cromoscas estructurales controvera a obics
CLAVE
circular
CEN4 Centrómero del cromosoma 4 de levadura
TEL Telómero
ori Origen de replicación de levadura
├
TRP1
ed
SUP4 Marcadores seleccionables de levadura
URA3
elemental
como con Ban circad recescio conse
↓ eucarióticos
pramantenerto
Corte con
en
E coli
. Brazos
BamHI y SnaBI Derecho
Izquierdo
Mezcla con fragmentos de DNA
foráneo y ligación
Trp
geven
-Trp
con
- res a
antibióticol
>
-
xx - URS
prozeival
URA3igen(
-
I Corto con Baut
brazo para
-
Silose introduce inserto
& brazo gen
para URD3
-
Introduzco URD-URD 3%
guncional
igen
no
TRP (Trp 1)
-
TRP-
izq
d
-
Solo + no rec
URA-
autoligado
Si introduce lo de abajo
-
crece
Si
stiere los ( gene)
n
⑧ Ade
Sup intacto
e
suprime mutación e blancas e Acet e
Seautoliga
4
E
Genotecas de DNA genómico y genotecas de cDNA
6
Colecciones representativas de
fragmentos de DNA (genómico o
cDNA, según el tipo de genoteca)
clonados en el vector apropiado
Cacla sec
Al menos 1
copia de ese
DrA genó co
DNA recombinante
400 y fragmentos
2000 el DNA
Construcción de una genoteca genómica
Cesped de
bacterias
Clon de fagos
Cada clon contiene muchas
Genoteca de DNA genómico copias de una molécula concreta
de DNA recombinante
(GENOTECA)
-
e
3'2 mb
vectores
artificiales
fagos
copia a DNA del
copia
8
de RNJ
CDUA RNA
(sin intiones)
=
a DNA
-
Construcción de una genoteca de cDNA
Genoteca de cDNA
↑
invers
&
elimine
RUA
e
La actividad RNasaH degrada la
-
texones
RNAm (1c) Síntesis de la segunda
elimine cadena de DNA
nucleóticlos
Y relevar
Xazu
Retrotranscriptasa van
Gen de interés
consenso
2
P
mucha
transcriptin
Fusión ↓
transcripcional
E. coli
+ proteina
P
enau
~
su
propio
procorioticmeen e
Vectores de expresión – Expresión heteróloga
promotor
-
-
Promotor -
Terminador
Gen DNA siel gen encoriótico
6 en el vector sitio u
al ribosone
Promotul
mRNA & sea reconoc
I Un buen vector de expresión debe tener:
Sitio de unión al
ribosoma bacteriano
un promotor (fuerte y regulable)
un sitio de unión al ribosoma
menen
un terminador de la transcripción
Proteínas o mocador seleccionable
·
origen replicacin
E
introduce
nigen
M
184 ,
politinve
:
enzimaque
o
a
O
I
#
ORF
31 bado
m
31
↓
07) + +
i Sama
** T complementaria
PRSB T
S131
abador
o 1 enzima que NO corte en
migen e E1 y E2
·
¿como introduzco esos puntos de corte ?
fotos
con e otro cebador
TAC
10 =
abade
↓
hago
%
hasta el 3 ciclo no
tengo los 2 pros corte que quier
virar diapo PCR
douLaenido
- -
puedo como
O
co se
en
z I para
ver si es un
Promotor
↓ -
p
-
-
=> específico de lectures de expresión
el
vectores de expresión : para que se exprese -
gen
terminado -
rector -
no puede elimina
de clanación origen replicación sec de reconocimiento
-
intrones
-
El origen de la proteína
pailinver de interés condiciona
mRNA re su posible expresión
e
o
heteróloga
↓
gare intrones
sidisparan infectar c
a ls
Partícula de especif
oro o
↑ tungsteno
recubierta de so inyecta
Microproyectiles DNA
nojan plantas
↑
Microinyección
Transformación
material
que nos intersea
Virus
So introduce
er
ge
PEG gracias al
Liposomas virus
Electroporación
Algunas aplicaciones:
Conocimiento de la secuencia y estructura génica.
imp
para ver si el gen
es
-