UNIVERSIDAD DE PAMPLONA
Código FLA – 23 V.00
Guía Unificada de Laboratorios
BIOLOGÍA MOLECULAR Página 1 de 9
1. TITULO: BIOINFORMATICA
2. OBJETIVO:
Conocer los principios básicos del diseño de primers, incluyendo la
especificidad, la temperatura de fusión, el contenido de GC y demás
estructuras.
Identificar y seleccionar las herramientas bioinformáticas más
adecuadas para el diseño de primers en función de las necesidades
específicas.
Comprender el funcionamiento de las herramientas bioinformáticas
seleccionadas y aprender a utilizarlas de forma eficaz.
Interpretar los resultados obtenidos y seleccionar los primers más
adecuados para cada aplicación.
Mantenerse actualizado sobre las últimas herramientas y recursos
bioinformáticos disponibles para el diseño de primers.
3. MARCO TEÓRICO
¿Qué es una primer? Los primers son secuencias cortas de moléculas de ácidos
nucleicos (entre 18 a 24 pares de bases) que son utilizados para la amplificación de un
gen o un fragmento de ADN de interés, mediante la Reacción en Cadena de la
Polimerasa (PCR).
De tal forma que los cebadores o primers, son uno de los principales ingredientes para
una reacción de PCR, y de ellos depende la especificidad, porque al unirse
complementariamente a las dos cadenas de ADN de la secuencia molde, fijan las
coordenadas donde se llevará acabo la reacción. (1).
REGLAS PARA DISEÑO DE PRIMER
Carácter único: Asegura que solo exista un sitio de unión al ADN molde
Tamaño: de 18 a 24 pares de base
Composición de bases: %GC de 50-60 evita regiones ricas en (A+T) y (C+G)
Evitar tener más de 3 bases GC en los extremos del primer
Tm se prefieren valores entre 55 y 80 C
Asegurarse que no existe una diferencia de Tm mayor de 2 o 3 unidades entre
ellos
Minimizar el efecto de las estructuras secundarias.
Valores aceptables de Δ𝐺ΔG
-9 𝐾𝑐𝑎𝑙𝑚𝑜𝑙molKcal
Evitar valores menores a:
Harpins -2 𝐾𝑐𝑎𝑙𝑚𝑜𝑙molKcal
Dímeros internos -6 𝐾𝑐𝑎𝑙𝑚𝑜𝑙molKcal
Complementariedad Auto/cruzada extremo 3’-5 𝐾𝑐𝑎𝑙𝑚𝑜𝑙molKcal
La ciencia moderna no se trata simplemente de publicar un conjunto de resultados y
esperar que otros investigadores lo lean. Se trata de vincular todo lo que existe, para
proporcionar nuevos conocimientos que solo podemos detectar si podemos ver el
panorama general.
Elaborado por: Revisó / Aprobó Versión 2
Reynaldo Gutiérrez M.
actualización 2024
DOCENTE Comité de Departamento
Fecha Febrero 2024 Fecha Fecha
UNIVERSIDAD DE PAMPLONA
Código FLA – 23 V.00
Guía Unificada de Laboratorios
BIOLOGÍA MOLECULAR Página 2 de 9
La bioinformática nos permite reunir los datos de muchos experimentos en un solo
lugar, para que podamos hacer esas grandes preguntas y encontrar las respuestas.
Se trata, en definitiva, de un tema fascinante que tiene aportes tanto del arte de la
ingeniería como de la ciencia y para la ciencia. (2).
La tecnología genómica moderna permite estudiar millones de regiones de cada
muestra de ADN. La mayoría de estas tecnologías requiere la amplificación de la
reacción en cadena de la polimerasa (PCR), técnica que requiere el uso de primers
específicos, los mismos que no deben formar estructuras secundarias que afecten el
rendimiento de la PCR.
El diseño de primers es una parte sustancial dentro de los ensayos de PCR, el mismo
es aplicado en la caracterización de microorganismos, secuenciación, cuantificación,
etc. En los últimos años se ha incrementado herramientas para este fin, se realizaron
nuevas variantes, crearon nuevos enfoques, muchas de estas herramientas son de
licencia comercial y otros de acceso libre y código abierto permiten al usuario mejorar
o modificar según requerimiento el diseño de primers.
Hay una variedad de herramientas bioinformáticas disponibles para el análisis de
cebadores, incluidas las que exploraremos en esta sección:
4. PROCEDIMIENTO
Los estudiantes deberán traer sus computadores con el software BioEdit Sequence
Alignment Editor preinstalado, el cual es un editor de alineación de secuencias
biológicas.
1. Buscar el servidor NCBI. (3).
En el cual se debe tener en cuenta el microorganismo o el gen que se va a trabajar.
2. En la parte superior deberá seleccionar nucleótidos y escribir el microrganismo
en el cual trabajará.
Elaborado por: Revisó / Aprobó Versión 2
Reynaldo Gutiérrez M.
actualización 2024
DOCENTE Comité de Departamento
Fecha Febrero 2024 Fecha Fecha
UNIVERSIDAD DE PAMPLONA
Código FLA – 23 V.00
Guía Unificada de Laboratorios
BIOLOGÍA MOLECULAR Página 3 de 9
3. A continuación, usted tendrá acceso a una colección de artículos y deberá
seleccionar algunos de ellos de acuerdo a las pautas proporcionadas por el
docente.
4. Una vez que hayas seleccionado los artículos, encontrarás la opción “Enviar a:”
en la esquina inferior derecha de la página.
5. Para continuar al siguiente paso, siga estas instrucciones:
1. secuencias de codificación.
2. El formato debe ser nucleótido FASTA.
3. Crear un archivo.
Elaborado por: Revisó / Aprobó Versión 2
Reynaldo Gutiérrez M.
actualización 2024
DOCENTE Comité de Departamento
Fecha Febrero 2024 Fecha Fecha
UNIVERSIDAD DE PAMPLONA
Código FLA – 23 V.00
Guía Unificada de Laboratorios
BIOLOGÍA MOLECULAR Página 4 de 9
6. Una vez creado el archivo, deberás abrir el software preinstalado “BioEdit”. (4).
7. En la esquina superior izquierda, encontrarás una carpeta. Selecciona esta carpeta
y carga el archivo que creaste anteriormente.
8. Después de completar estos pasos, podrá observar lo siguiente.
9. Para realizar la alineación, seleccione “Accessory Application”.
Elaborado por: Revisó / Aprobó Versión 2
Reynaldo Gutiérrez M.
actualización 2024
DOCENTE Comité de Departamento
Fecha Febrero 2024 Fecha Fecha
UNIVERSIDAD DE PAMPLONA
Código FLA – 23 V.00
Guía Unificada de Laboratorios
BIOLOGÍA MOLECULAR Página 5 de 9
10. Seleccione
11. Una vez que haya alineado las secuencias, verifique si las secuencias son
variables.
Después de esto, puedes cambiar el color para visualizar las variaciones dentro de las
secuencias de las diferentes especies u organismos que hayas seleccionado.
12. En el panel superior, encontrará la pestaña " Alignment", Siga las instrucciones
que aparecen a continuación para crear la secuencia consensus.
1) Alignment
2) Create Consensus Sequence
Elaborado por: Revisó / Aprobó Versión 2
Reynaldo Gutiérrez M.
actualización 2024
DOCENTE Comité de Departamento
Fecha Febrero 2024 Fecha Fecha
UNIVERSIDAD DE PAMPLONA
Código FLA – 23 V.00
Guía Unificada de Laboratorios
BIOLOGÍA MOLECULAR Página 6 de 9
NOTA: Si surgen errores, consulte la nomenclatura IUPAC para identificar el
aminoácido correcto asociado con la letra errónea en la secuencia. La nomenclatura
IUPAC garantiza una representación uniforme de los aminoácidos en diferentes
plataformas. En caso de error, la letra errónea se reemplazará con el aminoácido que
probablemente sea el correcto durante el proceso de edición. Esto es crucial para
evitar errores durante la secuenciación del primer.
13. Se copia la secuencia Consensus.
Consensus:
CTCAAGGAGAAGGACAAGAACAAGAACAAGAGCAACAACGCGCCGCGCCGCCACCGCACGCCGCG
CCAGCGCGCGACGCGCACGCAGCCCGCGAAGACCCCGCCGTCGACCGAGATGGACGCGATGATCG
AGAACGACGACTTGCACGACAACGTCAACCGCGCGGCCATCATCAAGCGCGCCCGCGACCAGGTGC
GCAGCGCCATCCAGCCCGGCAAGACCGTCCAGCAGGACGAGCACGTGCAGAAGCACGCGATGAAC
GACAAGCGCCTCGTGGACGAGGTGACGCTCGTCGCGGAGTCGCAGCGCCTCAAGAAGGAGTACTTC
GGCGTCAAGGACTTCAACGGCAGCAAGAACCCCAACAAGACCATCGCCTACGACGCGGCGGTCGAG
GACGGCACGCTGACGGACGGCATCATCATGCAGGGCGAGAGCAGGCAGCAGCTGGACGTCCTGCC
GCTGACGGTCGTGACGCCGACGACGGGCGGCGTCAAGACGGCCGGCGTCATGAGGAAGACGATGA
TCCAGACCAAGAAGACCCAGACCAACAAGAAGAACCAGATCTACCCGACCGACGCGGACAACCAGG
TCGTCGAGGACAACCACGTCATGGAGAAGGACCGCCAGATGACGGACAACTGCCACCTGCCCGGCA
TCCTCCACCTGTCCGGCATCCCGCCGGCGCCGCGCGGAGTGCCGCAAATCGAGGTG
14. Buscar el servidor primer 3 plus bioinformatics y Pegue la secuencia Consensus
en el cuadro blanco para diseñar el primer y seleccione Pick Primers. (5)
15. Una vez diseñados los cebadores, examine cuidadosamente las características de
cada uno de ellos.
Elaborado por: Revisó / Aprobó Versión 2
Reynaldo Gutiérrez M.
actualización 2024
DOCENTE Comité de Departamento
Fecha Febrero 2024 Fecha Fecha
UNIVERSIDAD DE PAMPLONA
Código FLA – 23 V.00
Guía Unificada de Laboratorios
BIOLOGÍA MOLECULAR Página 7 de 9
16. Se selecciona el primer más adecuado para el experimento para su posterior
evaluación. Esta evaluación se realiza en la página de control interno (Oligoanalyzer),
(6), donde se debe completar toda la información requerida hasta finalizar el registro.
17. Una vez registrado, serás dirigido a una página donde podrás analizar cada primer
siguiendo los elementos del área de la derecha.
Es fundamental asegurarse de que el cebador seleccionado no forme estructuras de
horquilla. Si las estructuras de horquilla son inevitables, asegúrese de que el valor de
Delta G sea inferior a -9 y mantenga un valor negativo. Un valor de Delta G más
negativo indica una afinidad de unión más fuerte, Continúe este proceso
seleccionando cada elemento y analizando la información presentada para cada uno.
Elaborado por: Revisó / Aprobó Versión 2
Reynaldo Gutiérrez M.
actualización 2024
DOCENTE Comité de Departamento
Fecha Febrero 2024 Fecha Fecha
UNIVERSIDAD DE PAMPLONA
Código FLA – 23 V.00
Guía Unificada de Laboratorios
BIOLOGÍA MOLECULAR Página 8 de 9
18. Una vez que haya elegido el primer que mejor se adapte a sus necesidades,
proceda a NCBI BLAST. (Recuerde seleccionar el primer forward y reverse).
19. Seleccione
20. Por favor, ingresa los primers que seleccionaste previamente y procede a la
sección ubicada en el lado izquierdo al final de la página “BLAST”.
Elaborado por: Revisó / Aprobó Versión 2
Reynaldo Gutiérrez M.
actualización 2024
DOCENTE Comité de Departamento
Fecha Febrero 2024 Fecha Fecha
UNIVERSIDAD DE PAMPLONA
Código FLA – 23 V.00
Guía Unificada de Laboratorios
BIOLOGÍA MOLECULAR Página 9 de 9
En esa sección encontrará una descripción detallada y las especies específicas para
las cuales el primer diseñado es adecuado para su uso.
5. BIBLIOGRAFÍA
1. [Link]
un-primer
2. [Link]
estudia-y-como-se utiliza#:~:text=La%20ciencia%20moderna%20no%20se,ciencia
%20y%20para%20la%20ciencia.
3. [Link]
4. BioEdit Sequence Alignment Editor
5. [Link]
6. [Link]
Elaborado por: Revisó / Aprobó Versión 2
Reynaldo Gutiérrez M.
actualización 2024
DOCENTE Comité de Departamento
Fecha Febrero 2024 Fecha Fecha
