TEMA-12-BIOSINTESIS-DE-PROTEINAS...
BioMaya
Expresion Genica y su regulacion
2º Grado en Bioquímica
Facultad de Ciencias Ambientales y Bioquímica de Toledo
Universidad de Castilla-La Mancha
Reservados todos los derechos.
No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
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TEMA 12: BIOSÍNTESIS DE PROTEÍNAS (II)
1. ORGANIZACIÓN DE LOS RIBOSOMAS
La estructura de los ribosomas se estudió por microscopía electrónica y difracción de rayos X.
Con estos estudios se observó que el tamaño es diferente en procariotas y eucariotas, aunque
los dos son muy semejantes, puesto que los componentes están muy conservados
evolutivamente (pueden variar ciertas proteínas de los ribosomas, pero la estructura
tridimensional es la misma o muy similar).
Si comparamos el tamaño de las moléculas que intervienen en la traducción con los ribosomas,
observamos que el ribosoma ocupa 35 nucleótidos del ARNm y que es 4 veces más alto que el
ARNt.
En E. Coli los ribosomas suponen el 25% del peso de la célula, por lo que resultan indispensables.
Por ello, los ribosomas son considerados buenas dianas de antibióticos.
Estructura del ribosoma obtenido por difracción de rayos X (Ada Yonath, Nobel de Química 2009)
Para las técnicas de difracción se deben cristalizar las estructuras a analizar. El logro del grupo
de Yonath fue el conseguir buenos cristales de ribosomas. Para ello utilizaron bacterias que
vivían en condiciones extremas, bien a altas temperaturas (debían tener ribosomas muy
estables, que aguantan mejor la secación para la obtención de cristales) o en condiciones de
alta sal (con bacterias del mar muerto).
Con estos buenos cristales de ribosomas consiguieron determinar la localización de cada átomo
dentro del ribosoma. Realizaron primero la estructura de la subunidad pequeña, 30S, y después
la subunidad mayor 50S.
Con estos estudios se observó que cada ribosoma tiene diferentes proteínas que interaccionan
con diferentes regiones de ARN para adaptarse perfectamente a él.
Componentes del ribosoma
Los ribosomas son partículas grandes ribonucleoproteicas, compuestas por RNA y proteínas,
que pueden disociarse en dos subunidades.
- En procariotas el coeficiente de sedimentación del ribosoma asociado es de 70 S. La
subunidad pequeña está formada por ARNr 16S y 21 proteínas diferentes, mientras que, la
mayor, está formada por ARN 23S y 5S, y 31 proteínas diferentes.
- En mamíferos la partícula entera tiene un coeficiente de sedimentación de 80s. La
subunidad pequeña está formada por ARNr 18S y 33 proteínas diferentes, mientras que, la
mayor está formada por ARN 28S, 5´8S y 5S, y 49 proteínas diferentes.
Ensamblaje de los ribosomas
Cada subunidad del ribosoma se ensambla de forma diferente en la célula.
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Además, las proteínas que participan se unen a los ARNr en un orden determinado (para que se
una la segunda proteína es necesario que se haya unido antes la primera), ya que, se necesitan
proteínas que plieguen o reformen la estructura para que puedan unirse otras. Por ello,
podemos afirmar que la estructura que se va air formando según las interacciones secuenciales
del ARNr con las diferentes proteínas.
El ensamblaje principal ocurre en el núcleo, y las subunidades son exportadas casi acabadas al
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citosol.
La unión de las 2 subunidades, formando así el ribosoma completo, depende de la presencia de
cationes divalentes, principalmente Mg 2+.
2. VISION GLOBAL DE LA TRADUCCIÓN EN PROCARIOTAS
Ribosoma y traducción: Generalidades
El ribosoma tiene 3 sitios activos o regiones (que se encuentran en el centro de la estructura,
implicando principalmente a la subunidad grande y un
poco a la pequeña) en las que puede aceptar otros
componentes: P, A y E. Por estos sitios van a pasar los
distintos tRNAs a lo largo de la traducción, sufriendo
diferentes procesos de transformación en cada uno de
ellos, ya que la traslocación de estas moléculas dentro
del ribosoma durante el proceso (de A a P y por último a
E) requiere una importante reorganización de la
estructura. Además, los tRNAs presentan diferente
orientación en estos 3 sitios.
El mRNA se asocia con la subunidad pequeña, en un sitio completamente diferente. Sin
embargo, realiza un giro entre los sitios A y P para permitir que los aminoacil-tRNA puedan
acercarse a sitios adyacentes (puesto que son de gran tamaño). Los tRNAs quedan así muy
cercanos en su extremo 3’, lo que permite la transferencia de la cadena polipeptídica del sitio P
al aminoacil-tRNA del sitio A y con la correspondiente formación del enlace peptídico.
Se requieren factores proteicos específicos para cada etapa; IF (iniciación), EF (elongación) y RF
(liberación).
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Banco de apuntes de la
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Centros activos del ribosoma
La mayoría de la estructura del ribosoma se encuentra “ocupada” por centros activos:
- Centro GTPasa: se encuentra en la parte central del ribosoma y a él se unen todas las
proteínas que intervienen en la traducción que unen GTP (EF-Tu, EF-G, IF-2 y RFs). Esta
región del ribosoma se requiere para la hidrólisis de las moléculas de GTP, que
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proporcionan energía para que el proceso pueda llevarse a cabo.
- El centro activo donde se lleva a cabo la unión inicial de la subunidad 30S con mRNA
requiere de la proteína S1, la cuál tiene afinidad por RNA de banda simple. También está
involucrada en la unión con el tRNA iniciador.
- Sitio de salida de la proteína: formado por ARNr, es un canal que transcurre desde el sitio
con actividad peptidíl-transferasa hacia la superficie de la subunidad 50S. Contiene unos 50
aa y favorece la salida ya que evita el plegamiento de la proteína (debe salir sin plegarse).
Iniciación
Durante la iniciación se origina el complejo de iniciación, formado por un ribosoma unido al
mRNA y a un tRNA iniciador cargado (unido al primer aminoácido).
Lo primero que tenemos que conseguir para que se forme este complejo es que se unan el ARNt
iniciador y el ARNm a una subunidad 30 S libre. Esta unión requiere la unión de tres factores de
iniciación; IF1, IF2 e IF3, y transcurre de la siguiente manera:
- Se debe producir la disociación de los ribosomas 70S preexistentes. Para ello se unen los
factores IF3 (favorece la unión del ARNt iniciador y el ARNm) e IF1 (bloquea el sitio A
interaccionado con él, para impedir que interaccione con el ARNt iniciador, ya que este
ARNt entra siempre al sitio P), proporcionando las subunidades 30S libres requeridas para
la unión del mRNA.
- Se une el factor IF2 unido a GTP.
- El tRNA iniciador se une favorecido por la unión previa del factor IF2-GTP y casi al mismo
tiempo el mRNA, liberándose del complejo el factor IF3 (ya que estaba interaccionando con
esa región).
- Al liberarse IF3 el complejo presenta una alta afinidad por la subunidad 50S. La subunidad
50S debe unirse al complejo para que se forme el ribosoma completo y la traducción pueda
comenzar.
Como ya mencionamos la subunidad 50S tiene tres lugares para la unión del tRNA: lugar P
(peptidilo), lugar A (amino-acilo) y lugar E (salida). Cuando las dos subunidades del ribosoma se
reúnen el AUG con su tRNAfmet unido se alinean con el lugar P.
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Tras la alineación del ARNm y el ARNt iniciador en el sitio P, la molécula de GTP unida a IF2 se
hidroliza liberándose IF1, IF2-GDP y Pi.
El complejo de iniciación 70S queda formado y puede aceptar un nuevo tRNA cargado e iniciar
la elongación.
a) El tRNA iniciador es siempre tRNA-formilmetionina
El tRNA iniciador es especial, ya que reconoce el
codon AUG (metionina), pero porta N-formil
metionina.
La adición del grupo formilo para formar el tRNAfmet
inicial en procariotas la realizan enzimas
transformilasas, que transfieren un grupo formilo
desde tetrahidrofolato a un tRNA ya cargado. La
formilación no es imprescindible, pero favorece el
reconocimiento por IF-2, lo que provoca que el factor
sólo se una a él.
Además, únicamente tRNAfmet iniciador puede unirse a la subunidad 30S en el sitio P para
iniciar la traducción. El resto entrarán en el sitio A uniéndose al ribosoma “completo” 70S.
Esto se debe a que dicho ARNt tiene características especiales; presenta desapareamiento
de bases en el tallo aceptor, lo que le impide actuar en elongación, y tres pares CG en el
tallo del anticodón, necesarios para que se inserte directamente en el sitio P.
b) ¿Como se coloca el codón de inicio en el sitio P?
El RNA se “engancha” a la subunidad 30S cerca del extremo 5’, debido a que en esta región
existe una secuencia de unión específica, presente en todos los genes procariotas,
denominada de Shine-Dalgarno (o RBS “ribosome binding site”) localizada unos 10
nucleótidos por delante del AUG. Esta interacciona con el extremo 3’ del RNA ribosómico
16S:
5’.....AGGAGGU............AUG…………3’
3 .....UCCUCCA ............……. rRNA16S
Elongación
La elongación es un proceso cíclico que se repite n-1 veces, siendo n la longitud en aminoácidos
final de la proteína.
Al final de cada ciclo, el ribosoma se desplaza 3 nucleótidos sobre el mRNA y se produce la
entrada del nuevo tRNA al ribosoma.
Este proceso tiene varias etapas:
a) Entrada del t-RNA-aa al sitio A
Al comienzo de cada ciclo la cadena naciente está enganchada en el lugar P y los sitios A y E
están vacíos.
Alineado al sitio A (adyacente a P) se encuentra el codón del mRNA correspondiente al
siguiente aminoácido que se va a incorporar. Este codón va a ser leído y el tRNA cargado con
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el aa correspondiente es llevado hasta el sitio A,
formando un complejo con una proteína, el factor de
elongación EF-Tu, que se encuentra unido a una
molécula de GTP.
Cuando el aminoácido (ARNt correcto) apropiado se
deposita en el lugar A, el GTP se hidroliza y se libera EF-
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Tu GDP, quedandose el ARNt añadido en el sitio A del
ribosoma.
Si no coincide el anticodón del ARNt con el codón del
ARNm, no se dan las interacciones necesarias y este se
sale del ribosoma. Por ello, podemos decir que el
ribosoma no lee como tal el ARNm, si no que va probando los diferentes ARNt cargados
hasta que encuentra el complementario (se producen los puentes de H correspondientes
que activan la actividad GTP-asa intrínseca del ribosoma).
En esta fase se realiza corrección de pruebas comprobando el aminoácido antes y después
de la hidrólisis de GTP y rechazándolo si es incorrecto. Intervienen residuos de la subunidad
30S cercanos a la región codon-anticodon.
Para que el ciclo continue, el factor EF-TU GTP se debe
regenerar. Esto lo hace mediante un ciclo basado en el
intercambio de GTP con el factor EF-Ts:
- Se forma un complejo entre los dos factores, haciendo que
se libere el GDP que estaba unido a EF-TU.
- En este nuevo estado, el EF-Tu presenta mucha afinidad
por el GTP y compitiendo con EF-Ts para unirse a él.
b) Formación del enlace peptídico
La cadena polipeptídica que estaba unida al tRNA en el lugar P se transfiere al grupo amino
(que se encuentra libre) del aminoácido transportado por el tRNA del lugar A, formándose
así un nuevo enlace peptídico entre el grupo carboxilo del último aa en P y el grupo amino
del aa en A. Por lo consiguiente, toda la cadena que estaba unida al sitio P pasa al sitio A.
Este proceso se denomina transferencia del peptidilo y es realizado por un complejo
enzimático denominado peptidíl-transferasa. En esta actividad enzimática parece tener un
papel fundamental el RNA ribosómico de la subunidad 50 S, ya que es el propio entorno del
ribosoma y los residuos de esta subunidad los que determinan la reacción (no hay proteínas
específicas que lo realicen).
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De esta forma, tenemos un ARNt libre en el sitio P y un ARNt en el sitio A que tiene unidos
todos los aa transferidos.
c) Translocación
En esta etapa, el tRNA vacío se transfiere al lugar E (dónde se libera) y el tRNA del lugar A,
ahora unido a la cadena polipeptídica naciente, se desplaza al lugar P, dejando libre el sitio
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A. El ribosoma se desplaza un paso de tres nucleótidos en la dirección 3’, colocándose un
nuevo codón en el lugar A ahora vacío, para poder incorporar el siguiente aa.
Este paso requiere un factor de elongación, EFG (estructura similar al complejo tRNA-EF-Tu,
puesto que ese es el tamaño del hueco del ribosoma) unido GTP, y la hidrólisis de dicho GTP
(se requiere energía para llevar a cabo la translocación).
Parece existir una cooperatividad negativa entre los
sitios E y A, puesto que, cuando el RNA antiguo se
libera de E, el lugar A adquiere una afinidad elevada y
acepta el aminoacil-tRNA siguiente.
Así se completa un ciclo de elongación quedando el
complejo como al inicio, excepto que la cadena
polipeptídica ha crecido un residuo y el ribosoma se ha
desplazado a lo largo del mRNA en tres nucleótidos.
El proceso seguirá repitiendo hasta llegar a una señal
de terminación.
Terminación
La traducción de proteínas termina cuando se dispone un codón de terminación, UAA, UAG o
UGA, en el sitio A. Para ellos no existe anticodón en ningún tRNA, por lo que son reconocidos
por los factores de terminación, RF1 (reconoce UAA y UAG) o RF2 (reconoce UAA y UGA), que
se unen al ribosoma provocando que la actividad peptidil-transferasa transfiere el residuo C-
terminal de la cadena polipeptídica desde el tRNA del lugar P a una molécula de agua.
Además, se necesita un tercer factor de terminación, el RF3, que es una GTPasa que estimula el
proceso de liberación mediante la unión e hidrólisis de GTP. Cabe mencionar que, este factor
tiene, la misma estructura que los anteriores, ya que se une al mismo sitio del ribosoma.
Posteriormente, se libera al citosol la cadena polipeptídica del ribosoma, los factores RF y GDP
seguidos por el tRNA.
En este punto el ribosoma 70S es inestable, por lo que pueden unirse a él los factores de
iniciación y disociarse con facilidad en sus subunidades 30S y 50S para que vuelva a suceder un
nuevo ciclo de traducción.
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3. COSTE ENERGÉTICO DE LA TRADUCCIÓN
Si consideramos una proteína de N residuos:
- En la activación se requieren 2 ATP por aminoácido (2N).
- En la iniciación se requiere 1 GTP.
- En la elongación;
o Se requiere N-1 GTP para formar los N-1 enlaces peptídicos.
o Se requiere N-1 GTP para los N-1 pasos de translocación.
- 1 GTP requerido para la etapa de terminación.
Por lo tanto, se necesitan 4N moléculas de ATP.
La traducción por tanto es un proceso energéticamente caro (necesitamos muchas moléculas
de ATP para la síntesis de cada proteína de nuestro organismo), pero es el precio que la célula
“paga” por elaborar secuencias definidas, conocidas y concretas (nuestro organismo necesita
construir proteínas a partir de secuencias conocidas).
4. INHIBIDORES DE LA TRADUCCIÓN
- Tetraciclina: inhibe la unión del aminoacil-tRNA al ribosoma.
- Puromicina: es similar al extremo 3’ del tRNA unido al aminoácido; por lo que entra en el
sitio A del ribosoma y es transferido a la cadena en crecimiento provocando su terminación
prematura.
- Estreptomicina: interfiere con el apareamiento normal entre el aminoacil tRNA y los
codones, ya que, como otros antibióticos aminoglicósidos como neomicina o gentamicina,
se une irreversiblemente a la subunidad 30S e interfiere en el proceso corrector que
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asegura la fidelidad de la traducción (probablemente afecta al rechazo de los tRNAs que no
son coincidentes con el codón).
Esto provoca la inserción de errores y la terminación temprana de la traducción. Se utilizan
en algunas terapias génicas.
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- Cloranfeniclol: bloquea la elongación, ya que inhibe el complejo peptidil-transferasa
(cicloheximida en eucariotas)
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