BIOMOLÉCULAS. MONÓMEROS / POLÍMEROS.
AMINOÁCIDOS Y PROTEÍNAS
Conceptos generales sobre las biomoléculas
➢ Las moléculas de los sistemas biológicos están compuestas principalmente por carbono,
hidrógeno, oxígeno, nitrógeno, azufre y fósforo
➢ La estructura de la molécula está dada por el esqueleto carbonado y por los grupos
funcionales que presente
➢ En las células tienen funciones estructurales, en el metabolismo, de señalización, transporte,
protección, etc.
➢ Las proteínas son las macromoléculas biológicas más abundantes y se hallan en todas las
células y en todas las partes de la célula
Aminoácidos
Todas las proteínas son polímeros, y los α-aminoácidos son los monómeros que se combinan para
formarlas. Veinte aminoácidos diferentes se encuentran por lo regular en las proteínas. Tienen todos
un grupo carboxilo y un grupo amino unidos al mismo átomo de carbono. Difieren unos de otros en
sus cadenas laterales o grupos R, que varían en estructura, tamaño y carga.
En condiciones fisiológicas, los aminoácidos se encuentran como formas zwitterion en las que el
grupo carboxilo ha perdido un protón y el grupo amino ha ganado uno.
Isomería
Cuando un átomo de carbono tiene cuatro sustituyentes distintos fijados a él, formando una
molécula asimétrica, se dice que el carbono es quiral o asimétrico. Si una molécula contiene un
carbono asimétrico, existen dos estereoisómeros distinguibles; se trata de imágenes especulares que
no se pueden superponer una a la otra, o enantiómeros.
Para todos los compuestos quirales, los estereoisómeros que coinciden en su grupo funcional con el
L-gliceraldehído se designan como L, y los estereoisómeros que coinciden con el D-gliceraldehído
se denominan D.
Los enantiómeros L y D pueden distinguirse entre sí experimentalmente debido a que sus
soluciones rotan el plano de la luz polarizada en direcciones opuestas. Por esta razón, los
enantiómeros se llaman a veces isómeros ópticos. Todos los aminoácidos, excepto la glicina (el
grupo R es otro átomo H) pueden existir en las formas D y L, ya que en todos los casos el carbono α
es quiral. Los residuos aminoácidos de las proteínas son exclusivamente L- estereoisómeros.
Propiedades del grupo amino y del grupo carboxilo
Propiedad ácido-base
Los grupos carboxilos y amino de los aminoácidos, junto con los grupos R ionizables de algunos
aminoácidos, actúan como ácidos y bases débiles. Cuando un aminoácido sin grupo R ionizable se
disuelve en agua a pH neutro, se encuentra en solución en forma de zwitterion que puede actuar
como ácido o como base. Las sustancias con esta naturaleza dual (ácido-base) son anfóteras. Un
aminoácido sencillo monoamínico y mono carboxílico, es un ácido diprótico cundo está totalmente
protonado, tiene los dos grupos, COOH y NH3, que pueden liberar protones.
En la curva de titulación dan un pKa por cada grupo
ionizable (pK1 grupo carboxilo, pK2 grupo amino). Estos
aminoácidos tienen valor de pKa muy similares, el pKa de
los grupos COOH está en el intervalo de 1,8 a 2,4 y el pKa
de los grupos NH3 en el intervalo de 8,8 a 11,0
El pH característico en el que la carga neta del aminoácido
es cero (forma zwitterion) se denomina punto isoeléctrico
(pI).
En el caso de los aminoácidos que no tienen grupo R
ionizable el punto isoeléctrico es la media aritmética de los
dos valores de pKa:
pI = pK1 + pK2 / 2
pI = 2,34 + 9,60 / 2 = 5,97
Los aminoácidos con grupo R ionizable tienen curvas de titulación más complejas, con tres etapas
correspondientes a los tres pasos de ionización posibles, tienen por lo tanto tres valores de pKa. La
etapa adicional corresponde a la ionización del grupo R.
Para calcular el pI de estos aminoácidos se utilizan los dos pKa adyacentes a la forma zwitterion:
pI = pK1 + pKr / 2
A cualquier pH por debajo del pI el aminoácido se encontrará en su forma aniónica; mientras que a
cualquier pH mayor al pI se encontrará en su forma catiónica.
Propiedades del grupo R
L2as propiedades químicas de las cadenas laterales determinan el modo en que se pliega la proteína,
la forma de unirse a los ligandos específicos y la manera de interactuar con su medio ambiente
(como el medio acuoso del citoplasma).
Los 20 aminoácidos contienen, en sus 20 cadenas laterales diferentes, una notable colección de
grupos químicos. Es esta diversidad de los monómeros la que permite a las proteínas exhibir una
variedad tan grande de estructuras y propiedades.
1) Grupos apolares alifáticos
Poseen cadenas laterales alifáticas, o alcanos y a medida que el grupo R se extiende más y se hace
más hidrófobo.
La prolina, que es difícil de encajar en alguna categoría, comparte muchas propiedades con los
aminoácidos alifáticos. A pesar de que se trata de un aminoácido cíclico, su cadena lateral tiene un
carácter principalmente hidrofóbico.
2) Grupos polares sin carga
Estos aminoácidos, debido a que sus cadenas laterales son débilmente polares, son en general más
hidrófilos.
3) Grupos aromáticos
Presentan cadenas laterales aromáticas. Son relativamente apolares (hidrofóbicos) y absorben la luz
ultravioleta.
4) Grupos básicos
Llevan grupos básicos en sus cadenas laterales. Son muy polares (hidrofílicos). Tienen una carga
neta positiva a pH 7.
5) Grupos ácidos
Tienen grupos R con carga neta negativa a pH 7. Son hidrofílicos.
Enlace peptídico
Los aminoácidos pueden unirse entre ellos de modo covalente por formación de un enlace amida
entre el grupo α-carboxilo de un aminoácido y el grupo α-amino de otro. Este enlace suele
denominarse enlace peptídico, y los productos que se forman a partir de esta unión se llaman
péptidos.
La reacción puede considerarse una simple eliminación de una molécula de agua entre el grupo
carboxilo de un aminoácido y el grupo amino del otro.
La porción de cada aminoácido que permanece en la cadena se denomina residuo de aminoácido (el
término “residuo” refleja la pérdida de los elementos cuando un aminoácido se une a otro).
Colectivamente, las cadenas que sólo contienen unos pocos residuos de aminoácidos se denominan
oligopéptidos. Si la cadena es muy larga, se llama polipéptido.
La mayoría de los aminoácidos conservan un grupo amino que no ha reaccionado en un extremo
(que se llama amino terminal o N-terminal) y un grupo carboxilo sin reaccionar en el otro extremo
(el carboxilo terminal o C-terminal). En consecuencia la reacción puede continuarse añadiendo
aminoácidos.
Hay poca posibilidad de giro alrededor del enlace C N porque el enlace peptídico tiene una parte
importante de carácter de doble enlace. El enlace peptídico puede considerarse un híbrido de
resonancia de dos formas:
Siendo coplanares, el grupo de
átomos alrededor del enlace
peptídico puede adquirir dos
configuraciones posibles, trans y
cis:
El enlace peptídico es metaestable. Las proteínas se hidrolizan en disolución acuosa cuando está
presente un catalizador
Estructura de las proteínas.
Primaria
Las proteínas son polipéptidos de secuencia definida. Cada proteína tiene un orden definido de
residuos de aminoácidos que determina la identidad de la proteína. Esta secuencia se denomina
estructura primaria de la proteína. Esta secuencia está codificada a nivel genético.
Las proteínas evolucionan, y lo hacen mediante cambios de sus secuencias de aminoácidos.
Algunos de estos cambios se llaman conservadores: conservan la naturaleza de la cadena lateral
(por ejemplo, Asp por Glu). Otros, los cambios no conservadores (por ejemplo, Asp por Ala)
pueden tener consecuencias más graves.
Secundaria
La estructura secundaria de una proteína hace referencia a la estructura local de la cadena
polipeptídica. Esta estructura está determinada por las interacciones mediante puentes de hidrógeno
entre el oxígeno del grupo carbonilo de una cadena peptídica y el hidrógeno de amida de otro
puente peptídico cercano.
Existen dos tipos de estructura secundaria: la hélice α y la hoja plegada β. La hélice α es una
estructura en forma de varilla con la cadena peptídica fuertemente enrollada y con las cadenas
laterales de los residuos aminoácidos extendiéndose hacia fuera del eje de la espiral. Hay un
promedio de 3,6 residuos aminoácidos por cada vuelta de la hélice y, en la mayoría de las proteínas,
la hélice gira hacia la derecha.
En la hoja plegada β los enlaces de hidrógeno se forman lateralmente entre enlaces peptídicos
formando una estructura plegada . Si las cadenas polipeptídicas discurren en la misma dirección,
forman una hoja β paralela, pero si siguen la dirección opuesta, forman una estructura antiparalela.
Terciaria
Esta estructura refleja la forma global de la molécula y por lo general consta de varias unidades
pequeñas de menor tamaño también plegadas denominadas dominios. Está estabilizada por
interacciones entre grupos funcionales de las cadenas laterales: puentes disulfuro, enlaces
covalentes, enlaces de hidrógeno, puentes salinos e interacciones hidrofóbicas.
Cuaternaria
La estructura cuaternaria hace referencia a un complejo o un ensamblaje de dos o más cadenas
peptídicas que se mantienen unidas por interacciones no covalentes o, en algunos casos, covalentes.
Para que las proteínas funcionen correctamente deben plegarse en la forma o conformación
correcta. Las proteínas han evolucionado, de manera que una conformación es más favorable que
todas las demás: esta recibe la denominación de estado nativo.
Numerosas proteínas ayudan a otras en el proceso de plegamiento, son llamadas chaperonas.
Otro criterio de clasificación de las proteínas es la forma tridimensional de su molécula. Las
proteínas fibrosas son de forma alargada, generalmente son insolubles en agua y suelen tener una
función estructural, mientras que las proteínas globulares forman arrollamientos compactos 2 de
forma globular y suelen tener funciones de naturaleza dinámica (catalíticas, de transporte, etc).
Proteínas simples y conjugadas, Grupo prostético
Las proteínas se clasifican en dos clases principales atendiendo a su composición. Las proteínas
simples u holoproteínas son las que están compuestas exclusivamente por aminoácidos. Las
proteínas conjugadas o heteroproteínas son las que están compuestas por aminoácidos y otra
sustancia de naturaleza no proteica que recibe el nombre de grupo prostético. Las proteínas
conjugadas pueden a su vez clasificarse en función de la naturaleza de su grupo prostético. Así, se
habla de glucoproteínas, cuando el grupo prostético es un glúcido, lipoproteínas cuando es un
lípido, metaloproteínas cuando es un ion metálico, fosfoproteínas cuando es un grupo fosfato, etc.
Algunas proteínas contienen mas de un grupo prostético. Los grupos prostéticos juegan un papel
importante en la función biológica de las proteínas.
