Informe de Circulación de Virus

Respiratorios

Resumen Ejecutivo:

Se presentan los resultados de la vigilancia de laboratorio de virus respiratorios en Chile, cuyo

objetivo es identificar la circulación de estos patógenos y, en el caso de Influenza y SARS-CoV-
2, caracterizar la propagación de sus variantes antigénicas. Las muestras analizadas provienen
de pacientes hospitalizados, ambulatorios y de servicios de urgencia.

Desde la Semana Epidemiológica (SE) 01 de 2024, se incorporó en el informe la detección de

Rinovirus y otros virus respiratorios (OVR), incluyendo los cuatro Coronavirus humanos y
Bocavirus, así como la identificación de co-detecciones en pacientes. Es por esto que el número
de casos positivos no coincide con el total de virus detectados (muestras) en la semana.

En la SE 15 del 2025 se analizaron 3.144 casos para virus respiratorios, con predominio en el
grupo etario de mayores de 65 años con un 27,5%. Del total de casos analizados, 1.308 fueron
casos positivos (41,6%), comportamiento similar a la SE 14 del 2025 (40,7%).

El total de virus respiratorios confirmados durante la SE 15 fue 1.425, con la siguiente distribución
de detecciones:

- Rinovirus: 720 (50,5%), con mayor frecuencia en el grupo de 1 a 4 años

- Influenza A: 433 (30,4%)
- Adenovirus: 90 (6,3%)
- SARS-CoV-2: 67 (4,7%)
- OVR: 67 (4,7%)
- Parainfluenza: 27 (1,9%)
- VRS: 11 (0,8%)
- Influenza B: 8 (0,6%)
- Metapneumovirus: 2 (0,1%)

En relación a SARS-CoV-2, en el mes de marzo 2025, existió una preponderancia de la

circulación de KP.3* (n=125), correspondiente al 57,9% de los casos secuenciados en el periodo.

La distribución acumulada hasta la SE 15 del 2025, es: Rinovirus (45,9%), SARS-CoV-2 (24,6%),
Influenza A (11,6%), Adenovirus (Adv) (6,5%), OVR (3,9%), Influenza B (3,4%), Parainfluenza
(2,6%), Virus Respiratorio Sincicial (VRS) (0,8%) y Metapneumovirus (0,6%).

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1. Antecedentes:

En Chile, la vigilancia de la influenza tiene por objetivo identificar oportunamente la circulación viral
y caracterizar la propagación de las variantes antigénicas. Esta vigilancia considera entre sus
componentes:

Vigilancia centinela de Enfermedad Tipo Influenza (ETI): Se realiza en 43 centros centinela de

atención primaria distribuidos en las 16 regiones del país para la vigilancia de morbilidad. En 26 de
estos centros centinelas se realiza diagnóstico etiológico de virus respiratorios por PCR o IF.

Vigilancia de virus influenza y otros virus respiratorios: El Instituto de Salud Pública de Chile
(ISP), cuenta con 29 centros hospitalarios base de la red pública, en cada región, que integran la red
de laboratorios de hospitales que realizan diagnostico etiológico mediante detección de virus
respiratorios. Además, con fines de vigilancia se recibe la información semanal de la Clínica Santa
María y el Laboratorio Bupa Lab.
Esta vigilancia se orienta al estudio genético de Influenza y SARS-CoV-2 y al monitoreo de la
resistencia a antivirales para el virus Influenza. También en casos seleccionados se realizan estudios
genéticos para el Virus Respiratorio Sincicial y Adenovirus.

Vigilancia de los Casos de Infección Respiratoria Aguda Grave (IRAG) en pacientes

hospitalizados: Se realiza en 14 hospitales centinelas: Hospital de Arica, Hospital de Iquique,
Hospital de Antofagasta, Hospital de La Serena, Hospital Gustavo Fricke, Hospital Militar, Hospital
San Juan de Dios, Hospital de Rancagua, Hospital Grant Benavente, Hospital Hernán Henríquez
Aravena, Hospital de Valdivia, Hospital de Puerto Montt, Hospital de Coyhaique y Hospital Clínico de
Magallanes. Permite monitorear la gravedad de los cuadros de influenza.

Monitoreo de consultas diarias de causa respiratoria de adultos y niños en servicios de

urgencia ambulatorios y hospitalarios de todo el país (SNSS): Permite identificar el inicio del
aumento estacional de casos de IRA altas y bajas, incluidas las ETI.
La información presentada en este documento es analizada de acuerdo a la fecha de toma de
muestra, por lo que se actualizan los datos semana a semana.

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2. Resultados:

Durante la SE 15 (6 al 12 de abril), en 3.144 casos analizados se confirmó la presencia de 1.425

virus respiratorios en 1.308 casos, con una positividad de 41,6%. La Figura 1 presenta la distribución
de los agentes confirmados y el porcentaje de positividad de las muestras analizadas por SE.

Figura 1: Virus Respiratorios y positividad, según semana epidemiológica. Chile 2021-2025.

* Se incorpora SARS-CoV-2 a partir de la SE 01-2022, y a partir de la SE 01-2024 Rinovirus y otros virus respiratorios.
Fuente: Sección Virus Respiratorios y Exantemáticos. Departamento de Laboratorio Biomédico. Instituto de Salud Pública de Chile.

Tabla 1. Casos positivos y agentes virales detectados, acumulados por semana epidemiológica,
comparados con año anterior por la Red de Vigilancia de Virus Respiratorios.

N° casos N° virus
Año SE VRS Adv Para Inf A Inf B Meta SARS-Cov-2 Rino OVR
positivos positivos
15 1.308 1.425 11 90 27 433 8 2 67 720 67
2025
1-15 11.091 11.712 94 760 309 1.363 404 71 2.879 5.374 458
15 1.268 1.371 5 80 63 469 4 19 89 618 24
2024 1-15 13.397 14.097 58 1.231 553 1.755 86 131 5.503 4.578 202
Total 73.703 80.837 8.491 5.559 6.064 13.986 2.799 6.864 9.470 25.206 2.398
Fuente: Sección Virus Respiratorios y Exantemáticos. Departamento de Laboratorio Biomédico. Instituto de Salud Pública de Chile.

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Tabla 2. Casos y agentes virales detectados por centro centinela de la Red de Vigilancia de Virus
Respiratorios del ISP, SE 15.

Total de Nº casos Nº virus SARS-

Hospital Centinela VRS Adv Para Inf A Inf B Meta Rino OVR
casos positivos positivos CoV-2
Arica 38 18 20 1 8 11
Iquique 29 7 8 1 1 2 4
Antofagasta 84 29 29 5 1 10 3 10
Copiapó 21 10 10 2 8
La Serena 141 57 60 1 2 28 1 23 5
San Felipe 19 4 4 1 1 2
Valparaíso 89 34 36 1 1 11 1 22
San Antonio 78 37 37 19 1 17
Viña del Mar 160 73 78 1 6 3 17 2 49
R.M. Sur Exequiel González C. 55 23 27 2 5 1 3 12 4
R.M. Occidente Félix Bulnes 133 68 77 4 1 14 42 16
R.M. Occidente San Juan de Dios 74 26 47 1 2 1 7 1 18 17
R.M. Suroriente Padre Hurtado 99 20 20 1 12 3 4
R.M. Oriente Hospital del Tórax 3 0 0
R.M. Oriente Hospital Militar 7 3 6 1 1 1 2 1
Rancagua 100 29 30 8 1 21
Talca 258 62 64 6 20 6 32
Curicó 69 21 23 1 4 1 17
Linares 198 102 107 5 54 1 8 39
Concepción 286 109 114 2 8 3 40 1 4 56
Talcahuano 132 63 69 2 3 11 1 5 42 5
Chillán 90 33 36 3 2 6 25
Temuco 129 63 73 1 9 5 10 3 43 2
Valdivia 108 45 48 2 4 6 1 4 31
Osorno 93 43 52 4 4 4 1 31 8
Puerto Montt 113 51 56 1 2 6 2 42 3
Castro 31 8 9 1 1 2 5
Coyhaique 63 23 25 9 1 1 2 12
Punta Arenas 221 122 127 11 1 57 2 5 51
Centinelas Ambulatorios
Arica, Iris Véliz 8 6 7 6 1
Iquique, Cirujano Aguirre 10 9 11 7 4
Iquique, Alto Hospicio 7 4 5 3 1 1
Antofagasta, CESFAM Corvallis 7 4 4 4
Copiapó, B. Mellivobsky 6 2 2 1 1
Coquimbo, CESFAM Sergio Aguilar 8 4 4 1 3
Valparaíso, Plaza Justicia 11 7 7 4 3
Viña, Gómez Carreño 18 5 5 2 3
Viña, Miraflores 12 6 6 5 1
Santiago, Consultorio Steeger 2 2 2 1 1
Santiago, Consultorio Avendaño 12 8 9 1 1 6 1
Santiago, Consultorio 5*
Santiago, Consultorio Barros Luco 6 0 0
Santiago, Consultorio Ariztía 5 1 1 1
Otros R.M** 11 11 11 10 1
Rancagua, CESFAM N°1 Dr. Dintrans 12 4 5 4 1
Maule, Cerro Alto 4 0 0
Linares, San Juan de Dios 1 1 1 1
Concepción, V M Fernández 13 5 5 1 1 3
Talcahuano, San Vicente 23 18 19 7 8 4
Chillán, CESFAM Teresa Baldecchi 2 1 1 1
Temuco, Santa Rosa 8 3 3 3
Temuco, Labranza 5 1 1 1
Valdivia, Jorge Sabat 10 9 9 4 5
Puerto Montt, SAPU Angelmó 12 10 11 6 5
Aysén, Víctor Domingo Silva 7 2 2 2
Punta Arenas, Carlos Damianovic 3 2 2 2
TOTAL (* sin datos) 3144 1308 1425 11 90 27 433 8 2 67 720 67
Fuente: Sección Virus Respiratorios y Exantemáticos. Departamento de Laboratorio Biomédico. Instituto de Salud Pública de Chile.
** Muestras enviadas desde Clínicas Privadas.

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La Figura 2 muestra los virus respiratorios detectados por grupo etario. Rinovirus, se presenta con
mayor frecuencia en el grupo de 1 a 4 años, seguido del grupo de 5 a 14 años, mientras que Influenza
A se presenta con mayor frecuencia en pacientes de 5 a 14 años, seguido por el grupo de 15 a 54
años.

Figura 2. Virus respiratorios detectados por grupo etario (años), SE 15.

Fuente: Sección Virus Respiratorios y Exantemáticos. Departamento de Laboratorio Biomédico. Instituto de Salud Pública de Chile.

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La Figura 3, muestra los agentes virales detectados en los centros centinelas de cada región,
hospitales y centros ambulatorios agrupados. En caso de la Región Metropolitana (RM), se detalla
por cada hospital centinela.

Figura 3. Agentes virales detectados en la Red de Vigilancia de Virus Respiratorios del ISP, SE 15.

Fuente: Sección Virus Respiratorios y Exantemáticos. Departamento de Laboratorio Biomédico. Instituto de Salud Pública de Chile.
* Sin datos

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En pacientes hospitalizados se detectaron, en orden de frecuencia, casos positivos de Rinovirus,
Influenza A, otros virus respiratorios, SARS-CoV-2, Adenovirus, Parainfluenza, virus respiratorio
Sincicial y Metapneumovirus (Tabla 3).

Tabla 3. Casos y virus respiratorios detectados en pacientes hospitalizados1 de la Red de Vigilancia

de Virus Respiratorios del ISP, SE 15.

Total de Nº casos Nº virus SARS-

Hospital Centinela VRS Adv Para Inf A Inf B Meta Rino OVR
casos positivos positivos CoV-2
Arica 16 6 7 1 1 5
Iquique 2 1 2 1 1
Antofagasta 17 4 4 4
Copiapó 14 4 4 2 2
La Serena 51 6 6 1 5
San Felipe 19 4 4 1 1 2
Valparaíso 23 4 4 1 3
San Antonio 7 3 3 1 2
Viña del Mar 51 19 19 2 17
R.M. Sur Exequiel González C. 55 23 27 2 5 1 3 12 4
R.M. Occidente Félix Bulnes 31 15 15 3 10 2
R.M. Occidente San Juan de Dios 26 15 36 1 2 1 3 1 12 16
R.M. Suroriente Padre Hurtado 12 6 6 2 4
R.M. Oriente Hospital Militar 7 3 6 1 1 1 2 1
Rancagua 60 10 10 1 9
Talca 70 11 11 1 3 7
Curicó 31 5 6 2 4
Linares 15 3 3 1 1 1
Concepción 142 42 44 2 1 13 4 24
Talcahuano 40 14 16 1 2 12 1
Chillán 90 33 36 3 2 6 25
Temuco 40 15 16 1 2 2 9 2
Valdivia 29 9 9 2 7
Osorno 25 5 6 1 5
Puerto Montt 113 51 56 1 2 6 2 42 3
Castro 24 8 9 1 1 2 5
Coyhaique 5 1 1 1
Punta Arenas 37 11 11 9 1 1
TOTAL 1052 331 377 2 18 8 62 0 1 25 232 29
1Corresponden a pacientes en que se solicita la detección de virus respiratorios al ingreso de su hospitalización.
Fuente: Sección Virus Respiratorios y Exantemáticos. Departamento de Laboratorio Biomédico. Instituto de Salud Pública de Chile.

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En pacientes ambulatorios se detectan, en orden de frecuencia, casos positivos de Rinovirus,
Influenza A, otros virus respiratorios, SARS-CoV-2, Adenovirus, Parainfluenza e Influenza B (Tabla
4).

Tabla 4. Casos y virus respiratorios detectados en pacientes ambulatorios de la Red de Vigilancia

de Virus Respiratorios del ISP, SE 15.

Total de Nº casos Nº virus SARS-

Hospital Centinela VRS Adv Para Inf A Inf B Meta Rino OVR
casos positivos positivos CoV-2
Antofagasta 6 2 2 2
Valparaíso 1 1 1 1
Viña del Mar 14 3 3 3
R.M. Occidente Félix Bulnes 3 2 2 1 1
R.M. Occidente San Juan de Dios 8 4 4 4
R.M. Oriente Hospital del Tórax 3 0 0
Rancagua 3 2 2 2
Talca 57 20 21 2 7 3 9
Curicó 4 1 1 1
Linares 92 46 47 23 1 3 20
Talcahuano 7 2 2 1 1
Temuco 7 2 2 2
Valdivia 4 2 2 2
Osorno 32 18 22 3 1 13 5
Centinelas Ambulatorios
Arica, Iris Véliz 8 6 7 6 1
Iquique, Cirujano Aguirre 10 9 11 7 4
Iquique, Alto Hospicio 7 4 5 3 1 1
Antofagasta, CESFAM Corvallis 7 4 4 4
Copiapó, B. Mellivobsky 6 2 2 1 1
Coquimbo, CESFAM Sergio Aguilar 8 4 4 1 3
Valparaíso, Plaza Justicia 11 7 7 4 3
Viña, Gómez Carreño 18 5 5 2 3
Viña, Miraflores 12 6 6 5 1
Santiago, Consultorio Steeger 2 2 2 1 1
Santiago, Consultorio Avendaño 12 8 9 1 1 6 1
Santiago, Consultorio Barros Luco 6 0 0
Santiago, Consultorio Ariztía 5 1 1 1
Rancagua, CESFAM N°1 Dr. Dintrans 12 4 5 4 1
Maule, Cerro Alto 4 0 0
Linares, San Juan de Dios 1 1 1 1
Concepción, V M Fernández 13 5 5 1 1 3
Talcahuano, San Vicente 23 18 19 7 8 4
Chillán, CESFAM Teresa Baldecchi 2 1 1 1
Temuco, Santa Rosa 8 3 3 3
Temuco, Labranza 5 1 1 1
Valdivia, Jorge Sabat 10 9 9 4 5
Puerto Montt, SAPU Angelmó 12 10 11 6 5
Aysén, Víctor Domingo Silva 7 2 2 2
Punta Arenas, Carlos Damianovic 3 2 2 2
TOTAL 453 219 233 0 4 1 100 1 0 9 106 12
Fuente: Sección Virus Respiratorios y Exantemáticos. Departamento de Laboratorio Biomédico. Instituto de Salud Pública de Chile.

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En pacientes que consultan en la urgencia hospitalaria se detectan casos positivos, en orden de
frecuencia, a Rinovirus, Influenza A, Adenovirus, SARS-CoV-2, otros virus respiratorios,
Parainfluenza, virus respiratorio Sincicial, Influenza B y Metapneumovirus (Figura 4).

Figura 4. Agentes virales detectados en pacientes de urgencia en hospitales centinelas de la Red de

Vigilancia de Virus Respiratorios del ISP, SE 15.

Fuente: Sección Virus Respiratorios y Exantemáticos. Departamento de Laboratorio Biomédico. Instituto de Salud Pública de Chile.

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En la Tabla 5 se muestra la detección de virus respiratorios en dos centros privados de Santiago.
En pacientes hospitalizados se detectan casos positivos a Rinovirus, otros virus respiratorios,
Influenza A, SARS-CoV-2, Adenovirus, Para influenza y Metapneumovirus.
En pacientes ambulatorios se detectan casos positivos a Rinovirus, Influenza A, otros virus
respiratorios, Adenovirus, Parainfluenza, Metapneumovirus, SARS-CoV-2 e Influenza B.
En pacientes que consultan en la urgencia se detectan casos positivos a Influenza A, Rinovirus,
Adenovirus, Influenza B, otros virus respiratorios, Parainfluenza y SARS-CoV-2.

Tabla 5. Casos detectados en atención privada según virus respiratorios y establecimiento, SE 15.

Total de Nº casos Nº virus SARS-

Clínicas privadas VRS Adv Para Inf A Inf B Meta Rino OVR
casos positivos positivos CoV-2
Pacientes hospitalizados
Laboratorio Bupa Lab 30 22 1 1 5 1 5 9
Clínica Santa María 69 27 29 2 5 4 16 2
Total pacientes hospitalizados 99 27 51 0 3 1 10 0 1 4 21 11
Pacientes ambulatorios
Laboratorio Bupa Lab 141 94 4 4 29 4 39 14
Clínica Santa María 55 24 25 2 12 1 2 7 1
Total pacientes ambulatorios 196 24 119 0 6 4 41 1 4 2 46 15
Pacientes urgencia
Clínica Santa María 104 66 69 3 1 44 3 1 15 2
Total pacientes urgencia 104 66 69 0 3 1 44 3 0 1 15 2
Fuente: Sección Virus Respiratorios y Exantemáticos. Departamento de Laboratorio Biomédico. Instituto de Salud Pública de Chile.

Con respecto al virus de la Influenza, en la Figura N°5 se observa que Influenza A sigue aumentando,
con predominio de A(H1N1)pdm09 (86,5%) sobre A(H3N2) (13,5%) en el país (Figura 5).

Figura 5. Casos de Influenza según tipos y subtipos por semana epidemiológica, Chile 2021-2025**.

**Información hasta la SE 14 del 2025.

Fuente: Sección Virus Respiratorios y Exantemáticos. Departamento de Laboratorio Biomédico. Instituto de Salud Pública de Chile.

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En relación a SARS-CoV-2, según la información publicada en GISAID al 11 de abril de 2025, Chile
dispone de 50.734 genomas completos, de los cuales 31.041 genomas corresponden a la variante
Ómicron. La Figura 6 contempla los datos obtenidos a partir de los genomas completos secuenciados
por el ISP y depositados en GISAID, y los pendientes de liberación.
La última actualización del seguimiento de variantes de la OMS indica que desde el 2 de diciembre
de 2024 la variante de interés (VOI) es JN.1, y desde el 3 de febrero se indican como variantes bajo
monitoreo (VUMs) las variantes KP.2, KP.3, KP.3.1.1, JN.1.18, LB.1, XEC y LP.8.1. Todas ellas con
características genéticas que las relacionan con la variante Ómicron JN.1.
Las subvariantes que destacan en la vigilancia nacional de SARS-CoV-2 según fecha de toma de
muestra, entre octubre 2024 a marzo 2025 corresponden a las subvariantes de Ómicron
KP.3*(n=602), KP.2*(n=45), KP.3.1.1(n=463), LB.1(n=62), MC*(n=193), XEC*(n=113) y
LF.7*(n=163). Figura 7.
En el mes de marzo 2025, existió una preponderancia de la circulación de KP.3* (n=125),
correspondiente al 57,9% de los casos secuenciados en el periodo. Los datos para la vigilancia
genómica de SARS CoV-2 son obtenidos a partir de las muestras recibidas desde las distintas
regiones del país en el ISP, con fecha de toma de muestra entre los periodos de octubre 2024 y
marzo 2025, cuyo detalle se incluye en la Tabla 7.
La simbología (*) hace referencia a las subvariantes que incluyen descendientes.

Figura 6. Evolución de linajes predominantes de SARS-CoV-2 en Chile, diciembre 2020 a marzo

2025.

Fuente: Sección Virus Respiratorios y Exantemáticos; Subdepartamento de Genómica y Genética Molecular; Departamento Laboratorio Biomédico
Nacional y de Referencia. Instituto de Salud Pública de Chile.

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Figura 7. Variantes predominantes de SARS-CoV-2 en Chile, octubre 2024 a marzo 2025.

Fuente: Sección Virus Respiratorios y Exantemáticos; Subdepartamento de Genómica y Genética Molecular; Departamento Laboratorio Biomédico
Nacional y de Referencia. Instituto de Salud Pública de Chile.

Tabla 6: Número de muestras recibidas en el ISP a secuenciar SARS-CoV-2 por región, noviembre
del 2024 a abril del 2025**.

Total general
Región Noviembre 2024 Diciembre 2024 Enero 2025 Febrero 2025 Marzo 2025 Abril 2025
por Región
Arica y Parinacota 11 11 9 12 18 0 61
Tarapacá 5 4 12 5 0 0 26
Antofagasta 16 12 16 9 0 0 53
Atacama 2 4 1 0 1 0 8
Coquimbo 25 21 35 24 25 4 134
Valparaíso 88 85 64 49 49 2 337
Metropolitana 36 20 10 36 28 1 131
O´Higgins 4 3 11 14 13 4 49
Maule 36 44 46 38 43 3 210
Ñuble 23 24 22 17 18 0 104
Biobío 13 8 4 3 0 0 28
La Araucanía 22 35 13 10 15 0 95
Los Ríos 10 15 17 10 16 2 70
Los Lagos 1 1 0 1 0 0 3
Aysén 17 11 14 15 11 0 68
Magallanes y La Antártica Chilena 12 26 10 13 14 7 82
Total general por periodo 321 324 284 256 251 23 1459
**Información hasta la SE 15 del 2025.
Fuente: Sección Virus Respiratorios y Exantemáticos; Subdepartamento de genómica y Genética Molecular; Departamento Laboratorio Biomédico
Nacional y de Referencia. Instituto de Salud Pública de Chile.

Elaborado por: Instituto de Salud Pública de Chile.

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