Transcriptómica
La información genética pasa de ADN a ARN a través del proceso de
transcripción y de ARN a proteína a través del proceso de traducción. El
transcriptoma es la colección de todos los elementos transcritos de ARN para un
genoma dado, no solo la colección de transcritos que posteriormente se traducen en
proteínas (ARNm). Los transcritos no codificantes, como los microARN no
codificantes (miARN), forman parte del transcriptoma. El transcriptoma representa
solo una pequeña parte de un genoma, por ejemplo, solo el 5% del genoma
humano.
El término transcriptómica se refiere a la tecnología ómica que examina la
complejidad de los transcritos de ARN de un organismo bajo una variedad de
condiciones internas y externas que reflejan los genes que se expresan activamente
en un momento dado (con la excepción de fenómenos de degradación de ARNm
como atenuación transcripcional).
Transcriptómica
Por lo tanto, el transcriptoma puede variar con las condiciones ambientales
externas, mientras que el genoma está más o menos fijo para una línea celular
determinada (excluidas las mutaciones). Los transcriptomas de las células madre y
las células cancerosas son de particular interés para comprender mejor los procesos
de diferenciación celular y carcinogénesis. Se utilizan técnicas de alto rendimiento
basadas en la tecnología de microarreglos para examinar el nivel de expresión de los
ARNm en una población celular determinada.
Microarreglos
Los biochips conocidos como microarreglos de ADN y microarreglos de
oligonucleótidos son una colección de cientos a miles de secuencias de ácidos
nucleicos inmovilizados en una superficie, u oligonucleótidos en una rejilla creada
con equipo especializado que se puede examinar simultáneamente para realizar
análisis de expresión
Microarreglos
Los biochips pueden contener representantes de un conjunto de secuencias de
genes (por ejemplo, secuencias que codifican todas las isoenzimas del citocromo
P450 humano) o pueden contener secuencias que representan todos los genes de
un organismo. Pueden producir cantidades masivas de información genética
(Semizarov 2009). En el mercado de los diagnósticos in vitro, Roche Diagnostics
AmpliChip CYP 450 creó una herramienta de diagnóstico aprobada por la FDA capaz
de determinar el genotipo de un paciente con respecto a los genes que participarían
en el metabolismo de los medicamentos. Esta información obtenida puede ser útil
para que un médico seleccione el fármaco y / o la dosis adecuada para un paciente
en diferentes áreas como: enfermedad cardiovascular, hipertensión arterial,
depresión, entre otras.
Por lo general, las matrices de microarreglos se preparan sobre soportes no porosos,
como portaobjetos de vidrio para microscopio. Estas micromatrices de ADN
contienen micromuestras en pequeños puntos de alta densidad, que corresponden
a secuencias de ADNc de aproximadamente 1 kb de longitud, en donde cada
muestra representa a los miles de genes del organismo que se está analizando.
Microarreglos
Una variante de los microarreglos son las micromatrices de oligonucleótidos (a
menudo llamadas matrices de oligonucleótidos o chips de ADN), que contienen
oligonucleótidos específicos, en donde cada oligonucleótido representa a cada uno
de los miles de secuencias de genes que pueden expresarse de esa célula.
Los microarreglos pueden proporcionar diferentes análisis en la expresión de los
genes. También puede permitir determinar variaciones en las secuencias del ADN.
Por ejemplo, proporcionar información en la detección de polimorfismos.
El análisis de microarreglos ha adquirido una importancia cada vez mayor, como
resultado directo de los estudios de secuenciación del genoma. Esta tecnología es
una herramienta lógica para el estudio de la genómica funcional, ya que los
resultados obtenidos pueden vincular la función de la expresión de los genes.
El potencial de la tecnología de microarreglos para estudiar áreas dentro de la
medicina molecular y en el descubrimiento de fármacos. Por ejemplo, los niveles de
expresión génica se pueden estudiar al analizar los transcritos de RNAm expresados
en células cancerosas frente a los expresados en células normales, al interaccionar
con posibles candidatos a fármacos contra el cáncer. Las tecnologías de
microarreglos relacionadas incluyen de proteínas, de tejido, de células (también
llamadas microarreglos de transfección), de compuestos químicos y de anticuerpos.
Microarreglos
Existen varios tipos de impresores para los microarreglos:
• los de contacto (se deposita las muestras haciendo contacto
con la superficie )
• síntesis de DNA directamente sobre la superficie
Microarreglos
Las superficies sobre las que se pueden imprimir los
microarreglos de DNA son:
• membranas de materiales como la nitrocelulosa o el nylon
• y laminillas de vidrio o epóxico
Una vez impresas las laminillas, el DNA debe ser fijado a la superficie. Esto se
puede lograr horneando los microarreglos a 80°C por cuatro horas o con un
entrecruzador de luz uv.
Microarreglos
fluoróforo Cy3 (rojo) y fluoróforo Cy5 (verde)
Cuantificación de la señal de
microarreglos
