Diversidad Nucleotidica
El número promedio de diferencias encontradas en nucleótidos de dos secuencias elegidas
al azar, multiplicando por la frecuencia de ambas secuencias. (Nei y Li 1979)
π=n/(n−1) ∑ XiXjPij
ij
π= Diversidad nucleotidica
Xi= Frecuencia de la secuencia ith
Xj= Frecuencia de la secuencia jth
Pij= Diferencias nucleotidicas en cada sitio entre las secuencias ith y jth
Este índice nos dice la variabilidad en las secuencias, en este caso es la variación de
nucleótidos o polimorfismos que se encuentran en promedio entre cada par de secuencias
en una población. Según (Frankham et al. 2010) normalmente toma valores entre 0.005 –
0.020, pero depende del locus y la especie estudiada.
Diversidad Haplotipica
Los haplotipos son conjuntos de variaciones genéticas (ej. SNP) que se encuentran en una
región definida del mismo cromosoma, y que se heredan juntas en una población.
La diversidad haplotipica (También conocida como diversidad de genes) es la probabilidad
de que dos alelos muestreados al azar sean diferentes.(Nei y Jin 1989)
n
h= ¿
n−1
h= Diversidad haplotipica
n= número de individuos en la muestra
pi= La frecuencia del haplotipo ith en la muestra (Phillips et al. 2019)
Estos toman valores de 0 -1 cuando estos valores son altos se dice que las poblaciones
tienen alta diversidad genética y que las poblaciones comparten genes entre ellas, de igual
forma esto se relaciona al sistema de apareamiento, historia de vida e historia demográfica
de cada población (Frankham et al. 2010).
Flujo genético
Definido como el intercambio de genes efectivo entre poblaciones (W Hedrick 2011), es de
importancia ya que, un alto flujo genético entre poblaciones permite en teoría la
homogenización de la variabilidad genética, incidiendo positivamente en diversos aspectos
ecológicos, como la adaptabilidad de las poblaciones, los rangos de distribución de la
especie y disminución en tasas de extinción (Planter Aguirre 2007).
Fue calculado utilizando el programa DnaSP v.6.12.03 (Rozas y Rozas 2018) a partir del
valor de Fst definido por (Hudson et al. 1992), tomando las suposiciones del modelo de
islas, donde un número finito de islas o subpoblaciones del mismo tamaño intercambian
genes constantemente entre cualquiera de las subpoblaciones (Wright 1949). El flujo
genético se representa como Nm, definido como el número de migrantes efectivos que
entran a una población por generación. Calculado con la siguiente formula:
(Hudson et al. 1992)
Teóricamente se dice que para que una población no llegue a fijación debe llegar 1
migrante por generación, ósea que, cuando Nm => 1 se cumple con el parámetro de
intercambio de genes para que la población no llegue a fijación y no actué la deriva
genética, mientras que, cuando Nm < 1 la población puede llegar a fijarse y diferenciarse
por la acción de la deriva genética (Mitton 2013).
Prueba de Mantel
Se realiza por medio del programa Arlequin v3.5 (Excoffier 2011)y por medio de esta se
pone a prueba el supuesto de aislamiento por distancia descrito por (Wright 1943) donde
poblaciones con un rango de dispersión pequeño presentan son más similares
genéticamente que aquellas poblaciones que se encuentran más alejadas. Por lo que se
espera una correlación entre similitud y la distancia geográfica (Meirmans 2012). La prueba
compara la correlación entre las distancias genéticas o divergencia genética y los
estadísticos de fijación Fst con las distancias geográfica.
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