PROTEÍNAS
¿Qué es una proteína?
Principal macromolécula celular compuesta por una o más cadenas polipeptídicas, siendo
cada una de ellas un polímero lineal de aminoácidos unido por enlaces peptídicos
Cada una de las cadenas se encuentra plegada en una forma o conformación característica
de su estado nativo, que es el estado biológicamente activo.
El máximo plegamiento es la forma activa de la proteína.
¿Cuántas proteínas integran el proteoma humano?
500.000
¿Qué tipos de proteínas hay?
● Estructurales, determinan las formas de las células y sus ambientes extracelulares y
sirven como cable-guía o rieles para dirigir el movimiento intracelular de las
moléculas y orgánulos.
● Andamiaje, mantienen juntas a otras proteínas en disposiciones ordenadas para que
desempeñen funciones específicas más eficientemente que si no se encontraran
ensambladas
● Enzimas, catalizan reacciones químicas
● de transporte de membrana, permiten el flujo de iones y de moleculas a traves de las
membranas celulares
● Reguladoras, actúan como señales, sensores e interruptores para controlar las
actividades de las células al alterar las funciones de otras proteínas de señalización
como las hormonas y los receptores de la superficie celular que transmiten las
señales extracelulares al interior de la célula
● Motoras, responsables del movimiento de otras proteínas ,organulos, células e
inclusive organismos completos
¿Qué función cumple una proteína?
Todo lo que está codificado en el DNA, va a ser transcrito en un mensajero y es
transformado en proteína. Todas las acciones del humano van a ser llevadas a cabo por las
proteínas.
¿De qué depende la actividad de una proteína?
La actividad de una proteína depende de su estructura tridimensional, la cual está
determinada por la secuencia de aminoácidos, que a su vez está codificada por la
secuencia de bases que integran el gen.
¿Qué determina la forma de una proteína?
Un gen va a codificar la cadena lineal de aminoácidos, la estructura primaria es la cadena
lineal. Luego la estructura primaria va a sufrir un plegamiento en el espacio, dando origen a
la estructura secundaria que tiene forma hélice u hoja beta. El próximo plegamiento de la
estructura secundaria, se corresponde con la terciaria que es la máxima jerarquía de
plegamiento de la cadena polipeptídica.
Si la proteína está compuesta por dos o 3 cadenas polipeptídicas, en ese caso se
corresponden a estructuras cuaternarias.
La estructura supramolecular se corresponde cuando muchas cadenas de proteínas se
unen para formar una estructura en sí misma para cumplir una función.
La cadena lateral de los aminoácidos R, puede ser hidrófoba, hidrófila, neutra, puede tener
carga positiva o negativa. Dependiendo de esa característica se genera un determinado
plegamiento.
La mutación de este resto R en un aminoácido hace que la proteína deje de estar activa
porque no se pliega correctamente
En la estructura primaria priman los enlaces covalentes.
Las fuerzas estabilizadoras son interacciones débiles como las uniones de hidrógeno, tanto
en la hélice alfa como en la hoja beta.
En la proteína señalada (que es secundaria) se tienen plegamientos hélice alfa y hoja beta.
Por lo general las alfa hélice participan de proteínas globulares y las hoja beta en proteínas
más rígidas.
¿Qué son los Motivos?
Combinación particular de dos o más estructuras secundarias que forman una estructura
tridimensional característica.
¿Cuáles son los tipos de Motivos?
Hélice-bucle-Hélice
Es un motivo típico de una proteína unidora de Calcio, contiene hélices alfa conectadas por
un bucle.
Dedos de Zinc
Formado por una hélice alfa y dos betas antiparalelas, unen átomos de zinc.
Espiral enrollada
Motivo formado por hélices alfa, interaccionan en el medio por las cadenas laterales
hidrofóbicas, se encuentran en los factores de transcripción.
Las estructuras cuaternarias son estructuras formadas por dos o más estructuras terciarias.
¿Cómo se estabiliza una estructura cuaternaria?
Interacciones débiles y además puede haber participación de la unión covalente ante la
presencia de restos de aminoácidos que tienen sulfhidrilos por la formación de puentes
disulfuro
La hemoglobina está formada por dos cadenas alfa y dos cadenas beta, es una proteína
cuaternaria formada por 4 estructuras terciarias. Es la proteína que se encuentra dentro de
los glóbulos rojos.
Los anticuerpos son estructuras cuaternarias formados por 4 cadenas, tiene dos cadenas
livianas y dos cadenas pesadas (relacionada por el peso de los aminoácidos) está
estabilizada por puentes disulfuro.
La hemoglobina está formada por hélices alfa, mientras que en los anticuerpos son todas
hojas betas.
El D catalítico es el sitio activo de la enzima que cumple con la función de catálisis. Mientras
que la DCa2+ es una zona que une calcio (motivo hélice-giro-hélice). Ambas zonas son
dominios
¿Que es un dominio?
Son módulos de estructura terciaria, es una región de un polipéptido plegada en forma
compacta y para cumplir una determinada función.
Cuando se une Calcio a la estructura se va a modificar por un mecanismo llamado
alosterismo.
Complejos supramoleculares.
Máxima jerarquía en la organización de proteínas, su peso molecular puede exceder un
milidaton.
Por ejemplo, el complejo del poro nuclear
Múltiples proteínas interaccionan entre sí para cumplir una función, su peso es de 125
milidalton.
Proteasoma es otra estructura formada por múltiples cadenas polipeptídicas, y degrada
proteínas en el citosol.
La función de la proteína depende de la forma, la forma depende de la estructura primaria
que son los aminoácidos que están en un determinado orden y ese orden está codificado en
el gen. Según la secuencia de aminoácidos, van a tener aminoácidos polares(conos azules)
y los otros se corresponden con apolares. Teniendo en cuenta que el medio de la célula es
el agua, si tengo una cadena recién sintetizada en un ribosoma, y tengo muchos restos
hidrófobos, los cuales van a acoplarse entre sí e interaccionar por efecto hidrófobo. Los
restos hidrófobos interaccionan entre ellos formando un núcleo, para que los restos polares
den hacia el medio de la célula y la proteína pueda estar en contacto con el agua.
Si hay mutación en algunas de las bases del DNA, cambia la secuencia del triplete, cambia
el aminoácido y el plegamiento no va a ocurrir de la misma manera, por lo que la actividad
de la proteína cambia o directamente ni existe.
Entonces, la secuencia de bases en el gen corresponde a la estructura primaria, la
secuencia primaria direcciona el plegamiento y el plegamiento final puede ser una
estructura terciaria o cuaternaria. A la forma termodinámicamente estable se dice que es el
estado nativo de una proteína, se puede perder si cambia el pH, si aumenta o disminuye la
fuerza iónica, o si está en un medio reductor como la urea o el b-mercaptoetanol (los
puentes disulfuro se abren y la cadena se desnaturaliza)
¿Qué es la desnaturalización?
Es la pérdida del estado nativo de la proteína. Es reversible, al cambiar las condiciones se
vuelve a renaturalizar.
Si caliento la proteína no se puede renaturalizar.
Porque se forman agregados, y con el calor y el oxígeno ocurren procesos de oxidación (se
me oxidan los carbonilos y los restos) y es imposible de volver a recuperar la proteína.
Las chaperonas moleculares son una proteína que se unen a la molécula por la parte
hidrofóbica y estabilizan a las proteínas desplegadas o parcialmente plegadas evitando que
estas se agreguen y se degraden.
Las chaperoninas son complejos supramoleculares que forman pequeñas cámaras
plegadas dentro de las cuales puede quedar secuestrada la totalidad o una parte de la
proteína no plegadas, dando tiempo y un medio adecuado para que se pliegue
adecuadamente
Ciclo de plegamiento de una proteína
El ribosoma va traduciendo, en medida que traduce se obtiene una proteína desplegada. La
Hsp70 (chaperona) que tiene 3 dominios, uno de ellos une ATP, otro une la parte hidrófoba
de la proteína y un dominio de ATPasa. La Hsp70 une a la proteína desplegada o mal
plegada(conformación abierta)y la comienza a plegar por la energía que viene del ATP(de
su hidrólisis) libera el ADP ,vuelve a unir ATP y cambia la forma de la proteína, y libera la
proteína plegada al citoplasma.
En el caso de estar mal plegada, vuelve a repetir el ciclo, y si no hay solución es
degradada.
El DNA va a codificar un ARN, este ARN es traducido en una secuencia de aminoácidos
que es la estructura primaria, la cual direcciona un plegamiento que le confiere una
conformación espacial que le permite cumplir su función. Esa secuencia además de la
información del DNA, va a tener sitios expuestos para su degradación.
En ese plegamiento se exponen enlaces que van a ser los que las proteasas van a poder
degradar cuando la proteína envejece.
Si muta el DNA (mutación en el aminoácido) cambia el plegamiento, además de que
no funciona bien, los sitios de degradación también cambian y cuando envejece no
se va a poder degradar.
Complementariedad molecular
Las moléculas con las que las proteínas interaccionan en un lugar determinado se lo llama
ligando. Una proteína puede interaccionar con:
-iones
-proteínas
-dna
-azúcar
-lípidos
¿Porque interacciona?
Porque tiene el ligando la forma adecuada y porque se establece entre el ligando y la
proteína interacciones débiles, de tipo
-iónicas
-uniones de hidrógeno
-vanderwaals
-hidrófobas (se da entre aminoácidos hidrofóbicos)
que estabilizan la unión
¿Cómo se estabiliza la interacción en las proteínas?
-tienen que tener una forma parecida para encastrar
-cuanto mayor cantidad de interacciones débiles, más estable es la interacción
Las dos moléculas de ejemplo, la interacción no es muy estable porque no se encastran
Enzima: proteína que acelera la velocidad de reacción disminuyendo la energía de
activación
La proteasa del VIH está conformada por hojas beta
Utilidad: si conozco la forma del sitio activo, puedo bloquear a la enzima uniendo algo con
afinidad por el sitio activo para que la enzima pierda su actividad.
¿Cómo se puede modificar en la célula la actividad de una proteína?
La regulación covalente está relacionada con un cambio en la forma, la degradación-clivaje proteico
es un tipo de regulación génica.
REGULACIÓN NO COVALENTE
El alosterismo,
Si tengo una proteína inactiva y tiene que transportar o modificar a la glucosa (tiene una determinada
forma), para que esto suceda se tiene que unir otra proteína a un sitio regulador alostérico para que la
proteína cambie su forma y la glucosa se pueda unir. Cuando no tiene el regulador alostérico la
proteína tiene una baja actividad(10%), pero cuando se une, está completamente activa.
Ejemplos de regulación alostérica
quinasa: enzima que inserta fosfatos en otra proteína (fosforila)
La subunidad roja está interaccionando por complementariedad molecular con la azul, que es la que
presenta actividad catalítica. Mientras esté unida a la roja no va a presentar actividad.
El AMPc interacciona con la subunidad reguladora, cambia la forma y se libera la subunidad catalítica,
y así la proteína kinasa A va a ejercer su función.
Unión del oxígeno a la hemoglobina, la unión de una molécula hace que otra molécula se una a otro
sitio con mayor afinidad, presenta estructura cuaternaria y une 4 moléculas de oxígeno. La unión de la
primera molécula de oxígeno hace que la globina cambie de forma, e induce a que se una otro
oxígeno y así sucesivamente hasta que la hemoglobina está saturada con 4 átomos de oxígeno en
los sitios hemo. No hay unión covalente, si hay presencia de interacciones débiles.
Los motivos hélice-bucle-hélice unen calcio en la calmodulina(que está inactiva siempre).
Ante la presencia del aumento de calcio en el citoplasma por señalización, cuando el calcio
se une a estos motivos (que son 4) producen un cambio de conformación en la calmodulina
y empieza a cumplir su función.
¿Cuál es su función?
La calmodulina se une a la calmodulina quinasa (Cam-quinasa) que fosforila a otras
proteínas.
¿Cómo se unen?
Por alosterismo, en un sitio específico.
Proteína G: Porque unen GTP, cuando tienen unido GTP tiene una determinada forma, y
cuando se hidroliza (tiene actividad de GTPasa) va a tener otra forma y va a estar inactiva.
Cuando están activas lo que hacen es activar a otras proteínas para que cumplan su
función, su cambio de forma permite que modulen alostéricamente a otras proteínas
La proteína G no fosforila nada.
La PKC tiene dos dominios (C1 y C2), el C2 se tiene que unir a un lípido en la membrana (el
diacilglicerol) y el C1 al calcio para que la proteína cambie la forma y se active.
REGULACIÓN COVALENTE
Una proteína puede estar inactiva, y si
es fosforilada en una cadena lateral
(generalmente es en un oxidrilo, se
forma un éster) cambia la forma y su
función se cumple o es inhibida.
Lipidación: unión covalente de un ácido graso a una cadena lateral de una proteína.
Utilidad: sirve para insertarse en la membrana.
Nota: las histonas se lipidan.
La p53 es un factor de transcripción, si pierde la actividad tenemos cáncer.
Nota: el alquitrán muta las bases de la proteína.
Las Cdk y las ciclinas regulan el ciclo celular, las Cdk fosforilan proteínas que están en el
núcleo y van a favorecer la mitosis. Las ciclinas tienen modulación alostérica, se unen a las
quinasas y aun así no están activas. Sufren fosforilaciones tanto para activarse y para
desactivarse, pero solamente se activa cuando se remueve las fosforilación inhibitoria.
Nota: Si se desregulan las Cdk, proliferación en gran cantidad
DEGRADACIÓN/CLIVAJE PROTEICO
Las proteasas degradan proteínas. El proteasoma realiza eso.
La procaspasa, precursor, tiene que ser clivada para pasar a su forma activa que es la
caspasa.
