Tema 2: Aminoácidos, péptidos y proteínas
1. ¿Qué es una proteína?
Largas macromoléculas que se componen de una o más cadenas largas de
residuos de aminoácidos unidos por enlaces covalentes llamados enlaces
peptídicos.
En la formación de proteínas participan 20 aminoácidos diferentes.
Los aminoácidos se clasifican de la siguiente manera:
Esenciales: son aquellos que el organismo no puede producir y que han de ser
obtenidos de los alimentos. Los podemos extraer de fuentes animales como es
el caso del pescado, la carne, la leche. También, pueden proceder de fuentes
vegetales como es el caso de la soja, legumbres, trigo, quinoa, nueces….
No esenciales: son aquellos que sí que produce el organismo a partir de los
aminoácidos esenciales o la descomposición de otras proteínas.
Condicionales: son aquellos que son imprescindibles en momentos de
enfermedad y estrés.
Para el ser humano, los aminoácidos existentes capaces de formar proteínas
son 20: alanina, arginina, asparagina, aspartato, cisteína, fenilalanina, glicina,
glutamato, glutamina, histidina, isoleucina, lisina, metionina, prolina, serina,
tirosina, treonina, triptófano y valina.
En la formación de proteínas participan 20 aminoácidos diferentes.
Las proteínas se diferencian en:
- Número de aminoácidos (longitud).
- Naturaleza de los aminoácidos (proporciones).
- Orden en que se unen (secuencia/estructura).
Hay infinitas combinaciones
Ejemplo: Para una proteína de 61 aminoácidos y n O combinaciones: 2061 = 5 x
1079
2. Funciones de proteínas
En función de la estructura tridimensional; las proteínas se clasifican
dependiendo de la función que desempeñen:
- Función enzimática (enzimas): Actúan como catalizadores bioquímicos
que aceleran las reacciones químicas en el cuerpo.
- Función estructural: forman tejidos y órganos, como músculos, piel,
cabello, proporcionando soporte y forma.
- Función de almacenamiento y transporte de moléculas puesto que
participan en el transporte de moléculas, como el oxígeno (hemoglobina)
y otros nutrientes, a través del cuerpo.
- Función de organización de la información genética: histonas
- Función de defensa: inmunoglobulinas
- Función de regulación del metabolismo/hormonal: hormonas
- Función de soporte: soporte y dar forma a las células.
- Función de trabajo mecánico: las proteínas musculares actina y miosina.
La dotación de proteínas de cada sistema vivo es única.
3. Estructuras de las proteínas
Se distinguen 4 niveles en la estructura de una proteína.
ESTRUCTURA PRIMARIA: corresponde a la secuencia de aminoácidos unidos por
enlace peptídico. La estructura primaria es la secuencia lineal de aminoácidos de
una proteína. El primer aminoácido tiene su grupo -NH2 libre, por lo que se
denomina amino-terminal (N-terminal) y el último residuo tiene su grupo -COOH
libre, denominándose carboxi-terminal (C-terminal.
ESTRUCTURA SECUNDARIA: con motivos estructurales: hélices alfa y hojas
plegadas beta. La estructura secundaria se establece por puentes de hidrógeno
entre aminoácidos cercanos en la cadena polipeptídica, entre los grupos
carbonilo (-CO-) y amino (-NH-).
En la hélice la cadena polipeptídica se enrolla en espiral sobre sí misma debido
a los giros producidos en torno al carbono central () de cada aminoácido. Esta
estructura se mantiene gracias a los enlaces de hidrógeno intracatenarios
formados entre el grupo -C=0 del aminoácido "n" y el -NH del "n+4" (cuatro
aminoácidos más adelante en la cadena).
La hoja plegada es una configuración espacial que se adopta cuando la cadena
principal se estira al máximo que permiten sus enlaces covalentes en una
estructura en zigzag, estableciendo puentes de hidrógeno intercatenarios. Las
cadenas laterales de todos los aminoácidos participan en estos enlaces
cruzados, confiriendo así gran estabilidad a la estructura. Las cadenas
polipeptídicas en hoja pueden ser paralelas o antiparalelas. Esta conformación
tiene una estructura laminar, plegada "a modo de acordeón".
Estructura terciaria, que define la estructura tridimensional de las proteínas
compuestas por un solo polipéptido: globulares o fibrilares. La estructura
terciaria de las proteínas se mantiene por varios tipos de interacciones: puentes
disulfuro entre los átomos de azufre de las cisteínas, puentes de hidrógeno
entre cadenas laterales, interacciones iónicas, interacciones de van der Waals,
interacciones hidrofóbicas y el efecto hidrófobo, por el cual se excluyen las
moléculas de agua del contacto con los residuos hidrófobos de las proteínas,
que quedan empaquetados en el interior.
La estructura terciaria es la distribución tridimensional de todos los átomos y de
ella derivan las propiedades biológicas de estas. En general los aminoácidos
apolares se sitúan hacia el interior y los polares hacia el exterior, en contacto
con el agua. Esta distribución determina su polaridad o apolaridad. En el caso de
proteínas integrales de membrana, los aminoácidos hidrofóbicos quedan en el
interior de la bicapa lipídica, y los polares en contacto con el citoplasma o el
medio extracelular, de naturaleza acuosa.
Estructura cuaternaria, se obtiene esta estructura si interviene más de un
polipéptido. La estructura cuaternaria de las proteínas se forma mediante la
unión por enlaces débiles de varias proteínas con estructura terciaria para
formar un complejo proteico. Cada una de estas cadenas polipeptídicas recibe el
nombre de protómero. Mediante este nivel de organización se forman
estructuras de gran importancia biológica como los microtúbulos y
microfilamentos, el colágeno, las cápsulas de los virus y los complejos
enzimáticos.
4. Características de los aminoácidos
Los 20 aminoácidos comunes son -aminoácidos.
Tienen un grupo carboxilo y un grupo amino unidos al mismo átomo de carbono
(el carbono)
Hay más de 300 aminoácidos en la naturaleza.
Sólo 20 aa forman parte de las proteínas.
De los 20 aa, solo uno es un iminoácido: es cualquier molécula que contenga
tanto un grupo funcional imino (>C=NH) como un carboxilo (-C(=O)-OH).
Estructura de los aminoácidos
Los aminoácidos que son poco comunes también tienen funciones importantes
Colágeno: un elemento muy importante en nuestra
alimentación es esencial en la ejecución de muchas de
nuestras actividades diarias y está encargada de dar
estructura, firmeza y elasticidad a la piel y mantiene la
salud de tus músculos, ligamentos, tendones y
articulaciones.
Miosina: finalidad de unirse con la actina para
generar la contracción muscular, responsables de los
movimientos que realizamos con las extremidades
como de la contracción que genera nuestro corazón.
Elastina: es una proteína que forma parte del tejido
conjuntivo que aporta resistencia y dureza, además
de proporcionar elasticidad a la piel, los ligamentos y
las arterias.
Protombina: La protrombina es una proteína
producida por el hígado. Es una de varias sustancias
conocidas como factores de la coagulación.
Ciclo de la urea: proceso por el cual los desechos
(amoníaco) se eliminan del cuerpo.
Formación reversible de un enlace disulfuro por
oxidación de dos moléculas de cisteína. Los
enlaces disulfuro entre residuos de Cys
estabilizan las estructuras de muchas proteínas.
Neurotransmisores de aminoácidos
La histamina es una molécula de señalización, que envía señales
entre células.
La serotonina funciona como neurotransmisor (sustancia que
usan los nervios para enviarse mensajes entre sí) y
vasoconstrictor (sustancia que hace que los vasos sanguíneos
se estrechen).
La epinefrina aumenta el ritmo cardiaco.
En el cerebro, la noradrenalina actúa como
neurotransmisor que ayuda a regular el estado de
ánimo, la atención, la respuesta al estrés, y se cree
que está involucrada en la respuesta emocional y la
formación de recuerdos.
El GABA, o ácido gamma-aminobutírico, es un
aminoácido y neurotransmisor que regula la excitabilidad
cerebral. Es el principal neurotransmisor inhibidor, que
evita que un impulso nervioso no se dispare e induce a la
calma.
Propiedades de algunos aminoácidos
• Gly: Tamaño más pequeño: Mínimo impedimento estérico.
• Glu, Asp, His, Arg, Lys:
Forman puentes salinos: Estabilización de la estructura de las proteínas
Son catalizadores ácido-base generales: Mecanismo enzimático.
Unir iones metálicos: Activación/inhibición de enzimas.
• Ala, Val, Leu, Leu:
Proporciona interacciones hidrofóbicas dentro de la estructura proteica.
Forman centros de unión con moléculas hidrofóbicas.
• Phe, Tyr Trp:
Participar en interacciones hidrofóbicas.
Interactuar con moléculas/restos planos apilándolos
• Ser Thr:
Forman enlaces éster con ácidos orgánicos y ácido fosfórico.
Son centros de unión de azúcares en las glicoproteínas.
Son catalizadores nucleofílicos en el mecanismo enzimático.
Los aminoácidos tienen curvas de valoración características
Una parte importante de los aminoácidos son sus características ácido-base.
pKa: es un valor del pH que oscila entre 0-14 y hay un 50% de cada una de las
especies en equilibrio
Punto isoeléctrico: El pH al cual la carga eléctrica neta es cero. (Valor de pH para
el cual el 100% del compuesto tiene carga nula)
Si por ejemplo un aminoácido tiene un punto isoeléctrico de 5,97 y se disuelve
en una disolución a pH de 3 la carga eléctrica tendrá un valor positivo (+) y para
cuando la disolución tiene un pH de 6 la carga eléctrica será negativa (-).
Nomenclatura de los polipéptidos
Los péptidos se nombran comenzando con el residuo amino terminal, que por
convención se coloca a la izquierda.
Péptidos y polipéptidos biológicamente activos
Los péptidos y las proteínas se pueden separar mediante su comportamiento de
ionización
Técnicas cromatográficas: La cromatografía es una técnica científica que consiste en
separar los diferentes componentes en mezclas complejas, para identificar y
determinar las cantidades y cualidades de los elementos que las conforman.
- Procesos de separación por centrifugación: la centrifugación diferencial
(también conocida como centrifugación de velocidad diferencial) es un
procedimiento común utilizado para separar orgánulos y otras partículas
subcelulares en función de su velocidad de sedimentación.
- Centrifugación isopícnica: La centrifugación isopícnica separa les partículas en
un gradiente de densidades en función de la densidad de estas. Las partículas
se mueven en el gradiente hasta que llegan a un punto donde la densidad de
éstas y la del gradiente son idénticas.
Las proteínas pueden ser separadas y purificadas
Método de Biuret: La reacción o prueba de Biuret es un método que detecta la
presencia de compuestos de tres o más enlaces peptídicos y, por tanto, sirve para todas
las proteínas y péptidos cortos. El reactivo de Biuret consiste en una solución acuosa de
sulfato cúprico (CuSO4) en medio alcalino (NaOH).
Método de Lowry: método colorimétrico de valoración cuantitativa de las proteínas.
