PROTEINAS
ORGANIZACIÓN y PLEGAMIENTO
ESTRUCTURA
TRIDIMENSIONAL
ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL
Y PLEGAMIENTO
Estructuras:
•Primaria
(Secuencia)
•Secundaria
•Terciaria
3ria
•Cuaternaria
POR QUÉ ES IMPORTANTE
EL PLEGAMIENTO?
1. determina la estructura.
2. la función de una proteína depende de su estructura
3. errores en el plegamiento ( estructuras incorrectas)
están asociadas con enfermedades como
• Alzheimer
• Fibrosis Quística
• Algunas formas de Enfisema
• Algunas formas de Cáncer
• Enfermedad de las Vacas Locas
QUÉ ES PLEGAMIENTO?
Son las posibles formas que adopta la cadena
polipeptídica, ya sea extendida, en forma helicoidal,
o en forma de “loops”
PRINCIPIOS DE PLEGAMIENTO
Linus Pauling, 1950
1. Las longitudes y ángulos de enlace deben tener un mínimo
de distorsión comparadas con lo que resulta de los estudios
de difracción de rayos X.
2. Dos átomos no se deben acercar mas que lo permitido por
sus radios de van der Waals.
3. El grupo amida debe permanecer planar y en configuración
trans.
4. Se necesitan uniones no covalentes para estabilizar el
plegamiento regular
ESTRUCTURAS SECUNDARIAS
Hélice Alfa
1. Hélice 310
2. Hélice
Hoja Plegada Beta
Giros Beta
Giros al azar
Estructuras Especiales:
Hélice de Colágeno
Hélice
• Forma de espiral –
“esqueleto”
• 3.6 residuos por vuelta
• Puentes de H intracatenarios
• Avance de cada
residuo/vuelta 0.15 nm
• Avance de la vuelta (en el
eje) 0.54 nm
• Cadenas laterales hacia
afuera .
Carácterísticas de las hélices
RESIDUO AVANCE AVANCE # ATOMOS /
CLASE POR POR POR VUELTA
VUELTA RESIDUO VUELTA
(nm) (nm)
Helice 3.6 0.15 0.54 13
Helice 310 3.0 0.20 0.60 10
Helice 4.4 0.12 0.528 16
LA HELICE ALFA
HELICE ά y HELICE 310 y
Hoja Plegada
• Estructura como la de un
acordeón.
• Dos residuos por “vuelta”
• Avance de cada residuo
0.34 y 0.32
• Puentes de H
intercatenarios
• Grupos R fuera del plano
de la hoja
• Hoja paralela
• Hoja antiparalela
Giros
Giros
• 3-4 residuos por giro
• 2 residuos de estruct. contiguas
• El otro en el extremo del giro
• Permite acercamiento optimo
entre cadenas
• Puentes de H intracatenarios
• 4 tipos
AAs DETERMINANTES DE
LA CONFORMACIÓN PROTÉICA
“Prefieren” Helice- Ala, Gln, Glu, His
Desestabilizan Helice- Pro
“Prefieren” Hoja-ß Ile, Met
Promueven Giros Gly, Pro
“Prefieren” vueltas Asn, Asp
Baud & Carlin (1999), Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 12494
Amino Helix Sheet Turn
Acid (P) (P) (Pt)
Ala 1.29 0.90 0.78
Cys 1.11 0.74 0.80
Leu 1.30 1.02 0.59 Favor
Helices
Met 1.47 0.97 0.39
Glu 1.44 0.75 1.00
Gln 1.27 0.80 0.97
His 1.22 1.08 0.69
Asp 1.04 0.72 1.41
Lys 1.23 0.77 0.96
Asn 0.90 0.76 1.23
Val 0.91 1.49 0.47 Pro 0.52 0.64 1.91
Favor turns
Ile 0.97 1.45 0.51 Favor
Sheets Arg 0.96 0.99 0.88
Phe 1.07 1.32 0.58
Tyr 0.72 1.25 1.05
Trp 0.99 1.14 0.75
Thr 0.82 1.21 1.03
Los ángulos de giro alrededor
del C- son determinantes
Rotación alrededor del enlace N-C
Rotación alrededor del enlace C-C
GRÁFICO DE G.N. RAMACHANDRAN
La conformación del esqueleto de un residuo
particular de una prot puede describirse por un
punto en un mapa con coordenadas Phi y Psi
Un punto único en el mapa de Ramachandran
puede describir una estructura secundaria
Permite decir cuáles estructuras son estéricamente
posibles, y cuáles no.
ANGULOS DE ESTRUCTURAS SECUNDARIAS
CLASE
ß Antiparalela -139 -135
ß Paralela -119 +113
Helice Alfa -57 -47
Helice 310 -49 -26
Helice -57 -70
GRÁFICO DE G.N. RAMACHANDRAN
+180
Helice de
Colágeno
+120 Helice
Levógira
ß
+60
ß
0
Helice 310
-60
Helice
Dextrógira
-120
Helice
-180
-180 -120 -60
0 +60 +120 +180
ESTRUCTURAS SECUNDARIAS ESPECIALES
Hay proteínas que no son globulares.
Con arquitectura es fibrosa ó alargada favorecida
por su estructura secundaria con propiedades
mecánicas particulares . Ejemplo:Colágeno,
Fibroína, Elastina, Queratinas
Son proteínas con función esencialmente
estructural
Alfa Queratinas
•Compuestas por Alfa helices y alto contenido de Cys
•Pueden formar estructuras muy flexibles (cabello) o
rígidas (uñas) dependiendo del contenido de –S-S-
Beta Queratinas
•Compuestas principalmente por hojas beta y se encuentran
más en plumas y escamas de aves y reptiles.
Fibroína
•Hojas beta (Tela de araña y Seda)
•Gly entre Ala y Ser
Ala ó Ser
0.35 nm
Gly
0.5 nm
Fibroína
Colágeno (Es una glucoproteína)
Es la más abundante de las proteínas fibrosas (33%)
Matriz de hueso, tendones, Piel, Cartílago, Cristalino
Matriz extracelular
Pro e His se hidroxilan postraduccionalmente
Y se requiere vitamina C (Escorbuto)
El empaquetamiento de la moléculas de tropocolágeno se
debe a la formación de entrecruzamientos en reacciones
de las cadenas laterales de Lys
Con la edad aumentan
los entrecruzamientos
y la fibra pierde
elasticidad
Elastina
Se encuentra en vasos sanguineos arteriales y en ligamentos
Es altamente elástica (muy flexible y fácilmente extendible
hasta cierto límite)
Rica en Gly, Ala, Val
Hojas Beta
Composición de aa. de proteínas fibrosas
Alfa Keratina Fibroína Colágeno Elastina
AA Algodón Seda Tendón Aorta
Gly 8.1 44.6 32.7 32.3
Ala 5.0 29.4 12.0 23.0
Ser 10.2 12.2 3.4 1.3
Glu+Gln 12.1 1.0 7.7 2.1
Cys 11.2 0.0 0.0 0.0
Pro 7.5 0.3 22.1* 10.7
Arg 7.2 0.5 5.0 0.6
Leu 6.9 0.5 2.1 5.1
Thr 6.5 0.9 1.6 1.6
Asp+Asn 6.0 1.3 4.5 0.9
Val 5.1 2.2 1.8 12.1
Tyr 4.2 5.2 0.4 1.7
Ile 2.8 0.7 0.9 1.9
Phe 2.5 0.5 1.2 3.2
Lys 2.3 0.3 3.7* 3.6*
Trp 1.2 0.2 0.0 0.0
His 0.7 0.2 0.3 0.0
Met 0.5 0.0 0.7 0.0
