Cromatina
Dra. Roxana Mestas Valdivia
Magister en Biología Molecular
Doctora en Biología Molecular y Celular
Departamento de Biología
Universidad Nacional de San Agustín
Tamaño de la célula: 2-10 μm
Tamaño del núcleo: 6 μm
Longitud del DNA: 1.8 m
CROMATINA PROCARIÓTICA
• Procariotas: bacterias y arqueas
• Genomas organizados en un nucleoide
• Cromatina ocupa ¼ del volume celular
• Sin envoltura, no tiene forma fija – nucleoides cilindricos
Volumen del nucleoide: 0.5µm³ (1.7 x 0.65µm) CIENTOS DE VECES
Volumen DNA genómico libre: 200µm³ COMPRIMIDO
• Bacterias y Arqueas ≠ estructura de la cromatina
Nucleoide y Cromatina Bacteriana
DNA en solución DNA en la célula
• Las fuerzas determinan el plegamiento del DNA cada 150 pb (primer nivel de compactación)
• Las interacciones con proteínas definen la formación de bucles - Dominios Topológicos (10kb)
• La estabilidad del bucle se mantiene gracias a la interacción del DNA con las proteínas de la cromatina
• El superenrrollamiento negativo proporciona un nivel adicional de compactación
• Macrodominios: decenas a cientos de dominios topológicos: funcionalidad (recombinación y expresión génica)
NAPs
Proteínas Asociadas a Nucleoide
Función: compactación global del nucleoide, formación de ciertas estructuras de
cromatina bacteriana y definición del grado de superenrollamiento del DNA.
Los efectos de las NAP son: el plegamiento o enrollamiento localizado de una molécula de
DNA y la interconexión (puente) de dos porciones de la misma molécula de DNA o de dos
moléculas de DNA diferentes (formando un puente DNA-proteína-DNA).
Principales: Dps/MrgA; Fis; IHF; H-NS; HU y SMC/MukB
Compactación de cromatina: Dps/MrgA, Fis, IHF, H-NS, HU y SMC/Mukb
Estabilidad de los bucles: H-NS, Lrp y SMC/Mukb
Definición del ápice del bucle: Fis, IHF y HU
Grado de superenrollado: SMC/MukB y H/NS
NAP: Proteínas Asociadas a Nucleoide
Se unen al DNA y se encargan de estructurar el nucleoide
Unión de algunas NAPs
al DNA
A. Plegado y formación de nudos, debido a la
unión de Fis al DNA
B. Curvas inducidas por HU o IHF
C. Filamentos superhelicoidales formados por
HU
D. Entrecruzamiento de DNA mediado por H-NS
E. Entrelazamientos de DNA a través de
SMC/MukB
F. Enrrollamiento e interconexión mediada por
Lrp
G. Dodecámeros (esferas) asociados en una
estructura de 3 capas
Biologia molecular bãsica [recurso eletrônico]/ Organizadores, Arnaldo
Zaha, Henrique Bunselmeyer Ferreira, Luciane M. P. Passaglia. - 5. ed. -
Dados eletrônicos. - Porto Alegre : Artmed, 2014.
Nucleoide y Cromatina de Arqueas
• Material genético organizado en nucleoide
• Cromatina condensada según el estado fisiológico de la célula
• Incluye NAP exclusivas de Arqueas, proteínas ortólogas de NAP bacterianas y proteínas eucariotas
• Principal: Alba e Histonas
Interacciones de proteínas Alba con DNA en arqueas
Histonas y
nucleosomas de
arqueas
Methanothermus fervidius
HMfA y HMfB
Cromatina eucariótica
El núcleo de una célula humana
tiene 6 μm de diámetro y la
longitud total del DNA es de 1.8 m.
¿Cómo se resuelve la
discrepancia entre estas dos
cantidades?
Composición molecular de la cromatina
eucariótica
Biologia molecular bãsica [recurso eletrônico]/ Organizadores, Arnaldo
Zaha, Henrique Bunselmeyer Ferreira, Luciane M. P. Passaglia. - 5. ed. -
Dados eletrônicos. - Porto Alegre : Artmed, 2014.
Histonas centrales Histonas de Unión
Proteínas HMG (Grupo de Alta Movilidad)
Regulan múltiples procesos genómicos, como la
reparación de daños en el DNA, el deslizamiento
de nucleosomas, la homeostasis de los
telómeros y la transcripción.
Proteínas SMC (mantenimiento estructural de los cromosomas)
El Nucleosoma Eucariotico
Es la unidad fundamental de los cromosomas
Se compone de un centro o núcleo de ocho proteínas histonas (H2A, H2B, H3 y H4) y el DNA enrrollado a su alrededor (147 pb)
Armado del Nucleosoma
a) H3-H4 se une a 60 pb al centro del DNA y la H3 interactúa con los 13 pb de los extremos del
DNA. B) H2A-H2B se une a 30 pb de DNA de un lado del nucleosoma
Los sitios de contacto entre las histonas y el DNA
14 sitios de contacto
~ 140 enlaces de hidrógeno entre las proteínas y los átomos de oxígeno en los enlaces fosfodiéster cerca del surco menor.
7 enlaces de hidrógeno entre cadenas laterales de las proteínas y las bases en el surco menor.
ESTRUCTURA CROMATÍNICA DE ORDEN SUPERIOR
Desde el nucleosoma, la cromatina eucariota se estructura en conformaciones
progresivamente más complejas, que van desde estructuras fibrilares menos compactas
hasta estructuras más enrolladas y compactas, cuya organización a nivel molecular aún no
ha sido del todo aclarada. La organización de la cromatina es dinámica, ya que cambia
según la etapa del ciclo celular y según su actividad.
Durante la interfase se observan dos tipos de cromatina:
Eucromatina: menor compactación → Activa para Expresión Génica
Heterocromatina: mayor compactación → Inactivo
Primer nivel de empaquetamiento
Fibra de 10 nm o collar de perlas
Periodicidad de
los nucleosomas
Segundo nivel de empaquetamiento
Fibra de 30 nm
Modelo Solenoide
Modelo Zigzag
Fibra de 300 nm
A extensão de DNA em cada alça pode variar conforme o tipo celular, o tecido, ou a espécie considerada, mas, em
geral, oscila entre 40 e 90 kb. Isso corresponde de 200 a 450 nucleossomos, que, assumindo a organização da fibra
de 30 nm, com 6 nucleossomos a cada 10 nm, equivalem a uma extensão linear aproximada de 300 a
700 nm para cada alça.
A estruturação das alças na fibra de 300 nm depende de segmentos do DNA que estabelecem interações com
a matriz nuclear ou com o esqueleto metafásico. Esses segmentos são operacionalmente definidos como
sequências de DNA que se associam a proteínas da matriz nuclear ou do esqueleto metafásico no contexto da
cromatina, por isso, são chamados de MARs (de matrix attachment regions = regiões de ligação à matriz) ou SARs
(de scaffold attachment regions = regiões de ligação ao arcabouço).
Estructuras de la cromatina de orden superior y
cromosomas metafásicos
CROMATINA DE LOS ORGANELOS
Los plástidos y las mitocondrias tienen sus propios genomas con un pequeño
DNA circular en múltiples copias en cada orgánulo;
Las múltiples copias del genoma están asociadas a proteínas que organizan la
cromatina en nucleoides.
NUCLEOIDES MITOCONDRIALES
• El DNA mitocondrial (DNAmt) forma nucleoides (decenas a cientos) en el orgánulo a partir de
su asociación con proteínas específicas.
• Cada nucleoide contiene alrededor de 2 a 10 copias de mtDNA.
• Grupo HMG: componente proteico importante en la cromatina mitocondrial (TFAM= factor de
transcripción A mitocondrial) – formación y estabilidad de la cromatina – forma homodímeros
que se unen a cada 35 o 40 pb de ADN – compactación.
• Proteína mtSSB (proteína mitocondrial de unión a DNA de hebra simple): estabilización de la
estructura del bucle D del DNAmt (elemento monocatenario, importante en la replicación del
DNA)
NUCLEOIDES DE PLASTÍDEOS
• Se asocia con proteínas para formar nucleoides (de 3 a más de 10 copias del genoma).
Los sistemas en la organización de nucleoide plastidial:
1. ocurre en especies de protozoos y algas
2. Eucariotas fotosintéticos.
Apicoplastos (plastídeos especializados en Plasmodium, Rodophyta): Proteína HU que se une al
DNA del plástido provocando su plegamiento y compactación, siendo fundamental en la formación
de nucleoides plástidos.
Sin proteína HU. Tres proteínas :
Enzima sulfito-reductasa: entre otras funciones, induce reversiblemente la compactación del DNA
Proteasa CND41 : se une al DNA y lo compacta, reprimiendo la transcripción
Proteína PEND: se une a la membrana interna del plástido y al DNA, anclando el nucleoides en
desarrollo.
TAREA
1. ¿Los nucleosomas son característicos únicamente del empaquetamiento del DNA nuclear
o estas estructuras también están presentes en las mitocondrias y los cloroplastos?
2. Un único nucleosoma mide 11 nm y contiene 147 pb de DNA (0,34 nm/pb). ¿Qué relación
de empaquetamiento (longitud del DNA respecto a longitud del nucleosoma) se ha logrado
enrrollar el DNA alrededor del octámero de histonas? ¿Qué fracción representa este primer
nivel de empaquetamiento respecto al que se produce en la mitosis?
3. Considere la siguiente afirmación: una célula humana contiene 46 moléculas de DNA en su
núcleo. ¿Estás de acuerdo con eso? ¿Por qué o por qué no?
4. En la mitosis el cromosoma 1 humano se condensa de tal forma que mide 10 μm de
longitud. Dado que éste cromosoma continene 2,8 x108 pb, ¿qué tan compacta está la
molécula de DNA en el cromosoma 1 en la mitosis en relación con su longitud
completamente extendida como DNA desnudo? (Recuerde que un par de bases de DNA
tiene una longitud de 0,34 nm).
