Tamaño de la célula: 2-10 μm
Tamaño del núcleo: 6 μm
Longitud del DNA: 1.8 m
• Procariotas: bacterias y arqueas
• Genomas organizados en un nucleoide
• Cromatina ocupa ¼ del volume celular
• Sin envoltura, no tiene forma fija – nucleoides cilindricos
Volumen del nucleoide: 0.5µm³ (1.7 x 0.65µm)
Volumen DNA genómico libre: 200µm³
• Bacterias y Arqueas ≠ estructura de la cromatina
DNA en solución DNA en la célula
• Las fuerzas determinan el plegamiento del DNA cada 150 pb (primer nivel de compactación)
• Las interacciones con proteínas definen la formación de bucles - Dominios Topológicos (10kb)
• La estabilidad del bucle se mantiene gracias a la interacción del DNA con las proteínas de la cromatina
• El superenrrollamiento negativo proporciona un nivel adicional de compactación
• Macrodominios: decenas a cientos de dominios topológicos: funcionalidad (recombinación y expresión génica)
• La estructura del nucleoide bacteriano es dinámico y varía según el estado fisiológico de la
célula;
nucleoide con gran número de dominios
topológicos y DNA superenrollado negativamente; los genes altamente transcritos están
cerca (rRNA)
nucleoide con menor número de dominios y estructura más relajada
(sin superenrollamiento). Se detiene la división celular y la transcripción
compactación global del nucleoide, formación de ciertas estructuras de
cromatina bacteriana y definición del grado de superenrollamiento del DNA.
Los son: el plegamiento o enrollamiento localizado de una molécula de
DNA y la interconexión (puente) de dos porciones de la misma molécula de DNA o de dos
moléculas de DNA diferentes (formando un puente DNA-proteína-DNA).
: Dps/MrgA; Fis; IHF; H-NS; HU y SMC/MukB
Dps/MrgA, Fis, IHF, H-NS, HU y SMC/Mukb
H-NS, Lrp y SMC/Mukb
Fis, IHF y HU
SMC/MukB y H/NS
A. Plegado y formación de nudos, debido a la
unión de Fis al DNA
B. Curvas inducidas por HU o IHF
C. Filamentos superhelicoidales formados por
HU
D. Entrecruzamiento de DNA mediado por H-NS
E. Entrelazamientos de DNA a través de
SMC/MukB
F. Enrrollamiento e interconexión mediada por
Lrp
G. Dodecámeros (esferas) asociados en una
estructura de 3 capas
Biologia molecular bãsica [recurso eletrônico]/ Organizadores, Arnaldo
Zaha, Henrique Bunselmeyer Ferreira, Luciane M. P. Passaglia. - 5. ed. -
Dados eletrônicos. - Porto Alegre : Artmed, 2014.
Organización del DNA por proteínas asociadas a nucleoides (NAP). Una
línea gris recta o curva representa el ADN y la esfera azul representa un NAP.
A. Los NAP organizan el DNA doblándolo. Por ejemplo, IHF provoca una
flexión pronunciada del DNA (ángulo de flexión > 160°) al unirse a un sitio
específico, mientras que HU introduce curvas flexibles (los ángulos de flexión
varían entre 10 y 180°). IHF también induce curvas flexibles en sitios no
específicos de secuencia similares a los inducidos por HU. Fis dobla el ADN
entre un ángulo de 60 a 75 °. B. En contraste con la flexión, las NAP también
pueden causar el enderezamiento o endurecimiento del DNA. Por ejemplo, H-
NS se propaga a lo largo del DNA y, como resultado, el DNA se vuelve rígido.
HU también provoca rigidez del DNA en altas concentraciones (rango de μm).
C.La unión simultánea de un tramo contiguo de moléculas de NAP (izquierda)
o una sola molécula de NAP (derecha) a un par de sitios de DNA adyacentes
o distantes da como resultado un puente de DNA. En un ejemplo de puente
de DNA, un tramo de moléculas H-NS unidas lateralmente une dos sitios de
DNA adyacentes. D. El agrupamiento o agrupación de DNA se refiere a la
organización del DNA en la que la multimerización lateral de HU
desencadenada por la unión no específica de secuencia reúne varios
segmentos de DNA paralelos, como en un ramo de flores. E. Las moléculas
de NAP unidas entre sí pueden envolver el DNA mediante una flexión
coherente. Las moléculas fis unidas en sitios en tándem pueden organizar el
DNA de esta manera.
Verma SC, Qian Z, Adhya SL (2019) Architecture of the Escherichia coli
nucleoid. PLoS Genet 15(12): e1008456.
https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1008456
• Material genético organizado en nucleoide
• Cromatina condensada según el estado fisiológico de la célula
• Incluye NAP exclusivas de Arqueas, proteínas ortólogas de NAP bacterianas y proteínas eucariotas
• Principal: Alba e Histonas
Histonas = HMfA y HMfB
El núcleo de una célula humana
tiene 6 μm de diámetro y la
longitud total del DNA es de 1.8 m.
¿Cómo se resuelve la
discrepancia entre estas dos
cantidades?
Biologia molecular bãsica [recurso eletrônico]/ Organizadores, Arnaldo
Zaha, Henrique Bunselmeyer Ferreira, Luciane M. P. Passaglia. - 5. ed. -
Dados eletrônicos. - Porto Alegre : Artmed, 2014.
Regulan múltiples procesos genómicos, como la
reparación de daños en el DNA, el deslizamiento
de nucleosomas, la homeostasis de los
telómeros y la transcripción.
Es la unidad fundamental de los cromosomas
Se compone de un centro o núcleo de ocho proteínas histonas (H2A, H2B, H3 y H4) y el DNA enroscado a su alrededor (147 pb)
Armado del Nucleosoma
a) H3-H4 se une a 60 pb al centro del DNA y la H3 interactúa con los 13 pb de los extremos del DNA.
B) H2A-H2B se une a 30 pb de DNA de un lado del nucleosoma
Los sitios de contacto entre las histonas y el DNA
14 sitios de contacto
~ 140 enlaces de hidrógeno entre las proteínas y los átomos de oxígeno en los enlaces fosfodiéster cerca del surco menor.
7 enlaces de hidrógeno entre cadenas laterales de las proteínas y las bases en el surco menor.
Desde el nucleosoma, la cromatina eucariota se estructura en conformaciones
progresivamente más complejas, que van desde estructuras fibrilares menos compactas
hasta estructuras más enrolladas y compactas, cuya organización a nivel molecular aún no
ha sido del todo aclarada. La organización de la cromatina es dinámica, ya que cambia
según la etapa del ciclo celular y según su actividad.
Durante la interfase se observan dos tipos de cromatina:
Eucromatina: menor compactación → Activa para Expresión Génica
Heterocromatina: mayor compactación → Inactivo
Fibra de 10 nm o collar de perlas
Periodicidad de
los nucleosomas
Fibra de 30 nm
Modelo Solenoide
Modelo Zigzag
A extensão de DNA em cada alça pode variar conforme o tipo celular, o tecido, ou a espécie considerada, mas, em
geral, oscila entre 40 e 90 kb. Isso corresponde de 200 a 450 nucleossomos, que, assumindo a organização da
fibra de 30 nm, com 6 nucleossomos a cada 10 nm, equivalem a uma extensão linear aproximada de 300 a
700 nm para cada alça.
A estruturação das alças na fibra de 300 nm depende de segmentos do DNA que estabelecem interações com
a matriz nuclear ou com o esqueleto metafásico. Esses segmentos são operacionalmente definidos como
sequências de DNA que se associam a proteínas da matriz nuclear ou do esqueleto metafásico no contexto da
cromatina, por isso, são chamados de MARs (de matrix attachment regions = regiões de ligação à matriz) ou SARs
(de scaffold attachment regions = regiões de ligação ao arcabouço).
CROMATINA DE LOS ORGANELOS
Los plástidos y las mitocondrias tienen sus propios genomas con
un pequeño DNA circular en múltiples copias en cada orgánulo;
Las múltiples copias del genoma están asociadas a proteínas que
organizan la cromatina en nucleoides.
NUCLEOIDES MITOCONDRIALES
• El DNA mitocondrial (DNAmt) forma nucleoides (decenas a cientos) en el
orgánulo a partir de su asociación con proteínas específicas.
• Cada nucleoide contiene alrededor de 2 a 10 copias de mtDNA.
• Grupo HMG: componente proteico importante en la cromatina
mitocondrial (TFAM= factor de transcripción A mitocondrial) – formación
y estabilidad de la cromatina – forma homodímeros que se unen a cada
35 o 40 pb de ADN – compactación.
• Proteína mtSSB (proteína mitocondrial de unión a DNA de hebra simple):
estabilización de la estructura del bucle D del DNAmt (elemento
monocatenario, importante en la replicación del DNA)
NUCLEOIDES DE PLASTÍDEOS
• Se asocia con proteínas para formar nucleoides (de 3 a más de 10 copias del genoma).
Los sistemas en la organización de nucleoide plastidial:
1. ocurre en especies de protozoos y algas
2. Eucariotas fotosintéticos.
Apicoplastos (plastídeos especializados en Plasmodium, Rodophyta): Proteína HU que se
une al DNA del plástido provocando su plegamiento y compactación, siendo fundamental
en la formación de nucleoides plástidos.
Sin proteína HU. Tres proteínas :
entre otras funciones, induce reversiblemente la compactación
del DNA
se une al DNA y lo compacta, reprimiendo la transcripción
se une a la membrana interna del plástido y al DNA, anclando el
nucleoides en desarrollo.
TAREA
1. ¿Los nucleosomas son característicos únicamente del empaquetamiento del DNA nuclear
o estas estructuras también están presentes en las mitocondrias y los cloroplastos?
2. Un único nucleosoma mide 11 nm y contiene 147 pb de DNA (0,34 nm/pb). ¿Qué relación
de empaquetamiento (longitud del DNA respecto a longitud del nucleosoma) se ha logrado
enrrollar el DNA alrededor del octámero de histonas? ¿Qué fracción representa este primer
nivel de empaquetamiento respecto al que se produce en la mitosis?
3. Considere la siguiente afirmación: una célula humana contiene 46 moléculas de DNA en su
núcleo. ¿Estás de acuerdo con eso? ¿Por qué o por qué no?
4. En la mitosis este cromosoma 1 humano se condendsa de tal forma que mide 10 μm de
longitud. Dadoque éste cromosoma continene 2,8 x108 pb, ¿qué tan compacta está la
molécula de DNA en el cromosoma 1 en la mitosis en relación con su longitud
completamente extendida como DNA desnudo? (Recuerde que un par de bases de DNA
tiene una longitud de 0,34 nm).
