AMINOACIDOS Y PROTEÍNAS.
1. Introducción
Las proteínas son biopolímeros de α – aminoácidos, denominados así
porque el grupo amino está enlazado al átomo de carbono α, átomo más
próximo al grupo carbonilo. Las propiedades físicas y químicas de las proteínas
se determinan a partir de los aminoácidos que las forman. Los aminoácidos
individuales están unidos mediante “enlaces amida”, conocidos como enlaces
peptídicos. En la figura 1 y 2 se representa la estructura general de un α –
aminoácido y de una proteína respectivamente.
Las proteínas tienen un amplio intervalo de estructuras y propiedades catalíticas
debido a su diferente composición de aminoácidos. Las proteínas tienen una gran
variedad de funciones en los seres vivos. En la tabla 1, se mencionan algunas de
las funciones de las principales proteínas.
átomo de carbono alfa
grupo amino H grupo ácido carboxílico
H2N C COOH
cadena lateral
R
Figura 1. Estructura de un - aminoácido
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Figura 2. Estructura de una proteína general y de los aminoácidos que la forman. Los
aminoácidos están unidos mediante “enlaces amida” denominados enlaces peptídicos.
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Tabla 1. Ejemplos de funciones de las proteínas
Clases de proteínas Ejemplo Funciones del ejemplo
Proteínas estructurales colágeno, queratina Tendones, piel, pelo, uñas
Enzimas DNA polimerasa Replicación y reparación del ADN
Proteínas de transporte hemoglobina transporte de O2 a las células
Proteínas contráctiles actina, miosina produce la contracción de los músculos
Proteínas protectoras anticuerpos compleja las proteínas extrañas
Hormonas insulina regula el metabolismo de la glucosa
Toxinas veneno de las serpientes incapacita a las serpientes
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2. Estructura y estereoquímica de los - aminoácidos
El término aminoácido se utiliza para designar a un - aminoácido.
O O O
H2N - CH2 - C - OH H2N - CH - C - OH H2N - CH - C - OH
glicina CH3
R
aminoácido sustituido
alanina ( R = CH3)
Excepto la glicina, todos los - aminoácidos son quirales. En todos los casos
(excepto en la glicina), el átomo de carbono es asimétrico y constituye un
centro quiral. En casi todos los aminoácidos naturales, el átomo de carbono
tiene configuracián (S).
COOH CHO COOH
H2N H HO H H2N H
CH3 CH2OH R
(S) - alanina L - (-)-gliceraldehído L - aminoácido
(L - alanina) configuración (S)
Figura 3. Casi todos los aminoácidos naturales tienen configuración (S), con
estereoquímica parecida a la del L-(-)-gliceraldehído, por lo que se denominan
L – aminoácidos.
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2.1 Aminoácidos estándar de las proteínas
Hay veinte - aminoácidos, denominados aminoácidos estándar, que
practicamente se encuentran en todas las proteínas. Los aminoácidos estándar
difieren unos de otros en la estructura de las cadenas laterales enlazadas a los
átomos de carbono . Todos los aminoácidos estándar son L-aminoácidos. En la
tabla Nº 2 se representan los veinte aminoácidos estándar, agrupados según las
propiedades químicas de sus cadenas laterales.
2.2 Aminoácidos esenciales
Los seres humanos pueden sintetizar aproximadamente la mitad de los
aminoácidos que forman las proteínas, el resto de los aminoácidos, denominados
aminoácidos esenciales, han de ser ingeridos en la dieta. Los diez aminoácidos
esenciales son:
Arginina (Arg) Valina (Val) Metionina (Met) Leucina (Leu)
Treonina (Thr) Fenilalanina (Phe) Histidina (His) Isoleucina (Ile)
Lisina (Lys) Triptófano (Trp)
Las proteínas completas son aquellas que proporcionan todos los aminoácidos
esenciales en la proporción correcta para la nutrición humana. Ejemplos: las
proteínas que se encuentran en la carne, el pescado, la leche y los huevos. Es
adecuado que los adultos ingieran 50 g de proteínas completas por día.
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Tabla 2. Aminoácidos estándar
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3. Propiedades ácido – base de los aminoácidos
En los aminoácidos, el grupo carboxilo pierde un protón, dando lugar a un ión
carboxilato, y el grupo amino se protona y da lugar a un ión amonio. A ésta
estructura se le denomina ión dipolar o zwitterión.
Ión dipolar o zwitterión
estructura neutra
(componente minoritario) (componente mayoritario)
La naturaleza dipolar de los aminoácidos hace que éstos compuestos tengan
algunas propiedades características:
a) Los aminoácidos tienen puntos de fusión altos, generalmente superiores a
200ºC. Por ejemplo, la glicina tiene un punto de fusión de 262ºC
b) Los aminoácidos son más solubles en agua que en éter, diclorometano y otros
disolventes orgánicos comunes.
c) Los aminoácidos tienen momentos dipolares (μ) mucho más grandes que las
aminas o los ácidos por separado.
d) Los aminoácidos son menos ácidos que la mayoría de los ácidos carboxílicos y
menos básicos que la mayoría de las aminas.
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R
+ -
R - COOH R - NH2 H3N C H COO
pKa = 10
pKa = 5 pKb = 4
pKa = 12
Los aminoácidos contienen tanto el grupo ácido ( - NH3+ ) como el grupo básico (-COO -),
por tanto son anfóteros (tienen propiedades ácidas y básicas). La forma predominante
del aminoácido depende del pH de la solución. En una solución ácida, el grupo –COO- se
protona y se obtiene el grupo –COOH y la molécula tiene una carga total positiva. Si el pH
aumenta, el grupo –COOH pierde su protón aproximadamente a pH = 2. A este punto se
le denomina pKa1, primera constante de disociación ácida. Si el pH sigue aumentando, el
grupo -NH3+ pierde su protón a un pH entre 9 y 10. A este punto se le denomina pKa2,
segunda constante de disociación ácida. Por encima de este pH, la molécula tiene una
carga total negativa.
- OH - OH
COO -
+ +
H3N CH COO
- H2N CH
H3N CH COOH
H+ H+ R
R R
pKa1 = 2 neutro pKa2 = 9-10 aniónico en medio básico
catiónico en medio ácido
En la figura 4, se representa la curva de valoración de la glicina. Se observa que
variando el pH de la solución se puede controlar la carga de la molécula. Esta
capacidad de controlar la carga de un aminoácido es útil para separar e identificar los
aminoácidos por electroforesis.
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Figura 4. Curva de valoración de la glicina. El pH controla la carga de la glicina: catiónica por debajo
de pH = 2.3; aniónica por encima de pH = 9.6 y zwitteriónica entre pH = 2.3 y 9.6. El pH isoeléctrico
es 6.0. 11
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Figura 5. Curva de titulación del ácido aspártico
Ejercicio 1. Realice la curva de titulación de alanina y ácido glutámico.
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4. Puntos isoeléctricos y electroforesis
Punto isoeléctrico
Los aminoácidos presentan una carga positiva en soluciones ácidas (pH bajo) y
carga negativa en soluciones básicas (pH alto).
El punto isoeléctrico (pI) o pH isoeléctrico es el pH intermedio donde las dos
formas del aminoácido se encuentran en la misma proporción, como el zwitterión
dipolar con una carga igual a cero. En otras palabras, es el pH al cual la cantidad de
carga positiva en un aminoácido es exactamente igual a la cantidad de carga
negativa.
El punto isoeléctrico de un aminoácido depende de su estructura y en la Tabla Nº2
se presentan los valores para los 20 aminoácidos más comunes.
- OH - OH
COO -
+ +
H3N CH COO
- H2N CH
H3N CH COOH
H+ H+ R
R R
(catiónico en medio ácido) (neutro) (aniónico en medio básico)
pH bajo pH isoeléctrico pH alto
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El pI de cualquier aminoácido es el promedio de las dos constantes de
disociación ácida que incluyen el zwitterion neutro. En el caso de los
aminoácidos con una cadena lateral neutra, el pI es el promedio de pKa1 y pKa2.
En cuanto a los aminoácidos con una cadena lateral que sea un ácido fuerte o
un ácido débil, el pI es el promedio de los dos valores de pKa más bajos. En el
caso de los aminoácidos con una cadena lateral básica, el pI es el promedio de
los dos valores de pKa más altos.
Así como los aminoácidos individuales tienen puntos isoeléctricos, las proteínas
también tienen un pI global debido a los numerosos residuos ácidos o básicos que
pueden contener. Por ejemplo, en la proteína lisosima, predominan los resíduos
básicos y por tanto, tiene un punto isoeléctrico alto (pI = 11.0).
Se aprovecha la ventaja de las diferencias en los puntos isoeléctricos para separar
una mezcla de aminoácidos (o una mezcla de proteínas) en sus constituyentes
puros.
Ejercicio 2. Represente la estructura de la forma predominante de:
a) Valina a pH = 11
b) Ácido glutámico a pH = 11
c) Mezcla de alanina, lisina y ácido aspártico a pH = 6; pH = 11 y pH = 2.
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Electroforesis
La electroforesis separa a los aminoácidos con base en sus valores de pI.
Una solución de diferentes aminoácidos o proteínas se coloca cerca del centro
de una tira de papel o de un gel. El papel (o en su caso el gel) está
humedecido con un buffer acuoso a un pH dado y los electrodos se conectan a
los extremos de esa tira. Cuando se aplica un potencial eléctrico, los
aminoácidos con cargas negativas (los que se han desprotonado a causa de
que el pH del buffer es más alto que sus puntos isoeléctricos) migran
lentamente hacia el electrodo positivo. Al mismo tiempo, los aminoácidos con
cargas positivas (los que se han protonado porque el pH del buffer es menor
que su punto isoeléctrico) migran hacia el electrodo negativo.
Los diferentes aminoácidos migran a diferentes velocidades, lo que depende
de sus puntos isoeléctrico y del pH del buffer acuoso. En la figura 6 se ilustra
la separación de una mezcla de lisina, glicina y ácido aspártico.
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Figura 6. Separación de una mezcla de aminoácidos por electroforesis. A pH=5.97,
las moléculas de glicina son principalmente neutras y no migran; las moléculas de
lisina están protonadas y migran hacia el electrodo negativo; las moléculas de ácido
aspártico están desprotonadas y migran hacia el electrodo positivo.
Ejercicio 3. Represente la separación electroforética de alanina, lisina y ácido
glutámico a pH 9.7
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5. Síntesis de aminoácidos
5.1 Síntesis de Strecker.
Es una secuencia de dos pasos. El primer paso es la reacción de un aldehído
con una solución acuosa de amoniaco y HCN, para dar un alfa-aminonitrilo.
Luego, la hidrólisis del aminonitrilo lleva al aminoácido.
Ejemplo: Síntesis de alanina
etanal
α- aminopropionitrilo (D,L) – alanina.
(60%).
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5.2 Aminación de un -haloácido.
La reacción de Hell – Volhard – Zelinsky es un método efectivo para la
bromación en la posición de un ácido carboxílico. El -bromoácido se
transforma en un -aminoácido racémico por aminación directa, utilizando un
gran exceso de amoniaco.
Br O NH2 O
(1) Br2/PBr3 NH3
R CH C - OH R CH C - ONH4
R CH2 COOH
(2) H2O (gran exceso)
Ácido carboxílico alfa-bromoácido (D,L)-α – aminoácido
sal de amonio
5.3 Aminación reductora
Se lleva a cabo en un solo paso tratando el -cetoácido con amoniaco e
hidrógeno en presencia de paladio como catalizador. El producto es un -
aminoácido racémico.
α-cetoácido imina α- aminoácido
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5.4 Síntesis de Gabriel y malónica
La síntesis de Gabriel y malónica se utilizan para sintetizar muchas
aminoácidos que no se pueden obtener por aminación directa de haloácidos.
éster del N-ftalimidomalónico alquilado hidrolizado α-aminoácido
Ejemplo: síntesis de metionina
O O H
COOCH2CH3 COOCH2CH3
H3O +
+
(1) CH3CH2ONa H3N C CH2CH2SCH3
N CH N C-CH2CH2SCH3
(2) Cl - CH CH SCH calor
2 2 3
COOCH2CH3 COOH
COOCH2CH3 O (D,L) - metionina (50%)
O
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6. Estructura y nomenclatura de péptidos y proteínas
6.1 Estructura de los péptidos
Las aminas y los ácidos pueden reaccionar, con la pérdida de agua, para formar
amidas. Las amidas son los derivados de ácido más estables. Esta estabilidad
en parte se debe a la fuerte interacción por resonancia entre los electrones no
enlazantes del nitrógeno y el grupo carbonilo.
Figura 7 La estabilización por resonancia de una amida da lugar a su gran estabilidad, a la
disminución de basicidad del átomo de nitrógeno y a la rotación restringida (carácter de
doble enlace parcial) del enlace C-N. En un péptido, el enlace amida se le denomina enlace
peptídico, el cual condiciona que haya seis átomos en un plano: el C y el O del grupo
carbonilo, el N y su H, y los dos átomos de carbono asociados
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Un aminoácido, como tiene un grupo amino y un grupo ácido, es muy apropiado para
formar uniones amida. En condiciones adecuadas, el grupo amino de un molécula
condensa con el grupo carboxilo de otra. El producto que se obtiene es una amida
denominada dipéptido, ya que está formada por dos aminoácidos. La unión amida
entre aminoácidos se denomina enlace peptídico. A pesar de tener un nombre
especial, un enlace peptídico es un enlace amida.
O O O O
H2N CH C OH + H2N CH C OH H2N-CH-C NH CH-C-OH
R1 R2 R1 R2
enlace peptídico
Un péptido es un polímero de aminoácidos unidos por enlaces amido entre el grupo
amino de cada aminoácido y el grupo carboxilo del aminoácido vecino. A cada
unidad de aminoácido se denomina residuo.
Un polipéptido es un péptido que contiene muchos residuos de aminoácido, pero
su masa molecular suele ser menor de 5000.
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Las proteínas contienen muchas unidades de aminoácidos, con masas
moleculares comprendidas entre 6000 y 40 000 000.
El término oligopéptido se utiliza ocasionalmente para designar péptidos que
contienen entre cuatro y diez residuos de aminoácidos.
Al extremo del péptido con el grupo amino libre ( -NH3+) se le denomina extremo N
– terminal y al extremo con el grupo carboxilo libre ( -COO-) se le denomina
extremo C – terminal. La estructura de los péptidos generalmente se representa
con el N – terminal a la izquierda y el C-terminal a la derecha.
6.2 Nomenclatura de los péptidos.
Los péptidos se nombran comenzando por el extremo N-terminal y a los nombres
de los residuos de los aminoácidos implicados en las uniones amido (todos
excepto el último) se les añade el sufijo –il de los grupos acilo; por ejemplo, el
nombre del siguiente dipéptido es alanilserina. El residuo alanina tiene el sufijo –
il, ya que ha acilado al nitrógeno de la serina.
O O
+ -
H3N CH C NH CH C O
CH3 CH2OH
alanilserina
Ala - Ser
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Hay otro sistema de nomenclatura más corto, donde los aminoácidos se representan
mediante abreviaturas de tres letras. Estas abreviaturas se forman con las tres
primeras letras del nombre. por ejemplo la bradiquinina se nombra:
Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg
También se utilizan bastante los símbolos con una letra. Si se utilizan símbolos con
una letra, la bradiquinina se simbolizaría de la siguiente manera:
RPPGFSPFR
Ejercicio 4. Represente las estructuras completas de los péptidos siguientes:
a) seril-arginil-glicil-fenilalanina
b) Thr-Phe-Met
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6.3 Uniones disulfuro
Los residuos de cisteíma pueden formar puentes disulfuro (también
denominados uniones disulfuro) que pueden unir dos cadenas o una sola
cadena formando un anillo.
Dos grupos sulfhidrilo (-SH) de cisteína se oxidan para dar lugar a un par de
aminoácidos unidos por enlace disulfuro. Al dímero de cisteína con enlace
disulfuro se le denomina cistina (Fig. 8)
cadena O O
peptídica
NH CH C NH CH C
CH2 CH2
oxidación
SH S + H2O
SH reducción
S
CH2 CH2
NH CH C NH CH C
cadena
peptídica O
dos residuos de cisteína
O
puente disulfuro de la cistina
Figura 8 La cistina, dímero de la cisteína, se obtiene cuando dos resíduos de cisteína se
oxidan y forman un puente disulfuro. 24
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7. Niveles de la estructura de las proteínas
7.1 Estructura primaria.
La estructura primaria se refiere a la secuencia de aminoácidos, junto a
cualquier puente disulfuro que pueda existir en la molécula proteica.
7.2 Estructura secundaria.
Las cadenas peptídicas tienden a adoptar ciertos ordenamientos moleculares
debido a interacciones de enlaces de hidrógeno. Los átomos de oxígeno del
grupo carbonilo forman enlaces de hidrógeno con los hidrógenos del grupo
amida (N – H). Existen dos ordenamienos moleculares: la hélice y la lámina
plegada.
Figura 9 Ordenamiento - helicoidal. Cada grupo carbonilo peptídico se une mediante
un enlace de hidrógeno a un hidrógeno del grupo N – H de la siguiente vuelta de la hélice.
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Figura 10 Reordenamiento de lámina plegada. Cada grupo carbonilo peptídico está unido mediante
enlace de hidrógeno al hidrógeno del grupo N – H de una cadena peptídica adyacente.
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7.3 Estructura terciaria.
La estructura terciaria de una proteína es su conformación tridimensional completa. La
estructura terciaria incluye todas las estructuras secundarias, y todos los
enrollamientos y pliegues que haya en medio.
Figura 11 En la estructura
terciaria de una proteína globular
típica se mezclan segmentos de
hélice con segmentos de
enrollamiento al azar en los
puntos donde se dobla la hélice.
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7.4 Estructura cuaternaria.
La estructura cuaternaria se refiere a la asociación de dos o más cadenas de
péptidos de la proteína completa.
Por ejemplo, la hemoglobina, está formada por cuatro cadenas peptídicas unidas
para formar una proteína globular.
Figura 12 Estructura cuaternaria,
incluye la asociación de dos o más
cadenas peptídicas de la proteína
activa.
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8. Desnaturalización de las proteínas
Con excepción de la estructura primaria, todos los otros niveles estructurales
se mantienen por solvatación débil y por enlaces de hidrógeno o por
interacciones de van der Waals. Pequeños cambios en el ambiente que rodea
a las proteínas pueden producir un cambio conformacional o químico,
originando su desnaturalización (modificación de la estructura normal y
pérdida de la actividad biológica).
Hay muchos factores que pueden producir la desnaturalización, siendo los
más comunes el calor y el pH.
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