EXAMEN FINAL DE SISTEMÁTICA GENERAL 7 febrero 2021
APELLIDOS Y NOMBRES:
CÓDIGO:
GRUPO:
1. ¿A qué nos referimos con “clasificación rankeada” y “clasificación no rankeada”? Brindar
ejemplos.
Rankeada: es cuando hay una jerarquía o categorias taxonómicas
No rankeada: Se les asignan un codigó y se tiene un clado. ejm. APG
2. En este diagrama de De Queiroz (2007), relacionar CONCEPTOS DE ESPECIE con la
sucesión de evidencias empleadas para delimitación de especies
1. Concepto filogenético de especie
2. Concepto biológico de especie
3.
Concepto ecológico de especie
4.
Concepto morfológico de especie
5. Concepto de agrupación fenotípica
.
3. Completar la siguiente tabla:
Utilidad para Utilidad para
Estabilidad, # de
GENOMA filogenética en filogenética en
reordenamientos
animales plantas
Nuclear poco, no hay
reordeanamiento
estable, ocasional
Cloroplastidial -------------- mediana (depende de la familia)
Mitocondrial (animal) Alta ---------- estable, pocos
Mitocondrial (planta) -------------- Alta no tan estable, frecuentes
4. ¿Qué indican las ramas largas en un árbol filogenético? ¿Constituyen algún problema?
¿Es posible reducir la longitud de las ramas?
Si, porque las ramas largas pueden atraerse, lo que confundiría el resultado verdadero,tomando a la homoplasia como sinapomorfia.
5. Distinga parálogo de ortólogo.
Los genes ortólogos se producen por procesos de diversificación, mientras
que los genes parálogos son resultados de duplicación o mutación,
6. Dado el siguiente árbol, ¿Cuál es la distancia evolutiva entre los taxones B y D?
a) 0.33 b) 1.03 c) 1.30 d) 1.39 e) 1.43
7. Son características del método UPGMA:
a. Minimiza la suma de las longitudes de las ramas en cada etapa.
b. Muy susceptible a las diferencias de longitud de las ramas.
c. Está limitado por los emparejamientos iniciales.
d. ayc
e. byc
8. Menciona una ventaja y una desventaja de cada uno de los siguientes métodos:
Distancia (UPGMA) Ventaja: Rápido y útil para matrices grandes /Desventaja: Solo produce un posible árbol.
Parsimonia Ventaja: /Desventaja: Muchos árboles por evaluar
Máxima Verosimilitud Ventaja: /Desventaja: El método puede ser muy conservador; subestimando el nivel de confianza
Análisis Bayesiano
9. Ordena los siguientes modelos de evolución molecular, desde el más simple al más
complejo: F81, HKY, GTR+I+G, GTR, JC.
JC -> F81 ->HKY -> GTR-->GTR I G
10. Construir un fenograma UPGMA basándose en la información proporcionada en la
siguiente tabla. Registrar cada paso seguido (2 pts.).
A B C D E
B 5
C 4 7
D 7 10 7
E 6 9 6 5
F 8 11 8 9 8
* Exprese en notación parentética (Newick) el árbol resultante.
11. ¿Cuál es fundamento del análisis de bootstrap? ¿Qué tipo de información obtenemos?
¿Qué valores se pueden considerar como soportes sólidos?
12. Si se decide que las ramas con bootstraps menores o iguales a 79% no son confiables y
se prefiere presentarlas como politomías, el árbol resultante sería:
13. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones equivale al concepto de Máxima Verosimilitud o
Maximum Likelihood (ML)?
a. La probabilidad de que un evento ocurra.
b. La probabilidad de observar un juego de datos dada una hipótesis.
c. La probabilidad de que una hipótesis sea verdadera dado el conjunto de datos.
d. La proporción de probabilidades de dos hipótesis alternativas.
e. La probabilidad de que un modelo se ajuste a los datos.
14. Abajo hay 10 árboles en notación parentética (Newick) obtenidos de un Análisis Bayesiano
de un conjunto de datos de 5 carnívoros. Examinando los árboles, cuál es la probabilidad
posterior del clado seal+walrus?
Árbol 1 = (((otter, (seal,walrus)), bear), creodont)
Árbol 2 = ((((seal, otter), walrus), bear), credont)
Árbol 3 = ((otter, (bear, (walrus, seal))), creodont)
Árbol 4 = ((((bear, seal), otter), walrus), creodont)
Árbol 5 = ((((seal, otter), walrus), bear), creodont)
Árbol 6 = (((bear, (seal, walrus)), otter), creodont)
Árbol 7 = ((((walrus, otter), seal), bear), creodont)
Árbol 8 = ((otter, ((seal, walrus), bear)), creodont)
Árbol 9 = ((((walrus, seal), otter), bear), creodont)
Árbol 10 = ((((otter, seal), walrus), bear), creodont)
a. 0.3 b. 0.4 c. 0.5 d. 0.6 e. 0.7
15. Empleando expresiones regulares transformar:
>GQ248415.1 Asclepias tuberosa voucher NMNH Kress 06-8174 psbK-psbI intergenic
spacer, partial sequence; chloroplast
A: >A.tub_GC248415_psbK-psbI
Expresión regular de búsqueda:
Expresión regular de reemplazo:
16. Indique tres estrategias que permitan aumentar la confianza en las edades estimadas
producto de la datación molecular.
17. Cite dos modelos de reloj molecular utilizado en la datación de filogenias e indique sus
principales diferencias.
18. Una consideración importante en la selección de marcadores para estudios poblacionales
es la dominancia/codominancia. ¿Qué marcadores vistos en clase son dominantes?
19. En el método PCR-RFLP, ¿Cómo se explican las diferencias en los patrones de bandas
resultantes?
