Tema 1: nucleótidos

Los nucleótidos son biomoléculas formadas

por una base nitrogenada, una pentosa y
puede tener de 1 a 3 fosfatos. 1 fosfato si se
halla formando ácidos nucleicos y 3 fosfatos
solo el nucleótido.
Existen muchas funciones llevadas adelante
por los nucleótidos: actúan como segundos
mensajeros; intermediarios energéticos;
componentes de vitaminas y coenzimas y son
los monómeros o sillares estructurales de los
ácidos nucleicos.
Al unir nucleótidos entre sí se forman
cadenas o polímeros que son los ácidos
nucleicos y cada nucleótido es un monómero
o sillar estructural del ácido nucleico.

Componentes de los nucleótidos:

1- Bases nitrogenadas:
Son biomoléculas que tienen una estructura heterocíclica
plana cuya superficie es hidrofóbica y en los extremos
tienen polos que pueden generar puentes de hidrógeno
con otras bases nitrogenadas. Existen dos grupos de
bases nitrogenadas en los ácidos nucleicos que son las
pirimidinas y las purinas.
Las pirimidinas se forman por un único anillo y según
los sustituyentes u se unen a este, pueden ser: timina,
uracilo u citosina.
La timina solo se encuentra en el ADN, mientras
que el uracilo sólo se encuentra en el ARN.
La citosina se encuentra tanto en el ADN como en
el ARN.
Las purinas son más grandes y están formadas
por unidades estructurales cíclicas hexagonal
asociadas a una estructura cíclica pentagonal.
Según los sustituyentes es que se encuentran las
purinas pueden ser guanina o adenina tanto en
ADN como en ARN.
Las bases nitrogenadas pueden unirse entre sí
por puentes de hidrógenos y la unión más
estable es complementaria, siempre se une
adenina con timina en ADN, adenina con uracilo el
ARN y guanina con citosina en ADN como en
ARN.
La unión de adenina con timina o con uracilo se hace por medio de dos puentes de hidrógeno y la unión
de guanina con citosina se hace por tres puentes de hidrógeno.
Como la superficie de las bases nitrogenadas es hidrofóbica y estas se encuentran una arriba de la
otra en los ácidos nucleicos se puede generar entre las bases un apilamiento de bases donde se
establecen interacciones hidrofóbicas y fuerzas de Van Der Waals, que contribuyen en la estabilidad
del ácido nucleico.
2- Pentosas:
Las pentosas son azúcares de 5 carbonos que
presentan en los ácidos nucleicos dos variedades que
son ribosa y desoxirribosa. La ribosa forma
ribonucleótidos que forman ácidos ribonucleicos, la
desoxirribosa forma desoxirribonucleicos que forman al
ácidos desoxirribonucleico, ARN.
A los carbonos de las pentosas se les coloca una prima
para indicar que son carbonos de la pentosa. En lugar
de decir carbono 5 de la pentosa, se dice carbono 5´. La
diferencia entre ribosa y desoxirribosa se encuentra en
el carbono 2 ́ , ya que en la ribosa posee un grupo OH
mientras que en la desoxirribosa posee
únicamente un hidrógeno, es decir, que no hay
oxígeno.
La desoxirribosa que forma parte del ADN es por
lo tanto 2´desoxirribosa.
Por lo que el ARN está conformado por ribosas y
el ADN por desoxirribosas.
Las pentosas son hidrofílicas por la presencia de
OH que le proporcionan los polos que permiten
generar puentes de hidrógeno con el agua y por
lo tanto son solubles en la misma.
La unión entre la base nitrogenada y la pentosa
origina un nucleósido. Siempre la pentosa se
une por el carbono 1 ́ a un nitrógeno de la base
en un enlace covalente que libera una molécula
de agua y se llama enlace beta-N-glucosídico.
El carbono que se encuentra fuera del ciclo
siempre es el 5´.
Estos enlaces son covalentes siempre entre el
carbono 1´y un nitrógeno de la base. La
molécula formada es un nucleósido que le faltan
los fosfatos para convertirse en un nucleótido. El
nucleótido adquiere su nombre según la base
que posea.

Los ribonucleótidos con tres fosfatos se

llaman NTP (nucleótidos trifosfatados)
que pueden ser: ATP, GTP, CTP, UTP
según la base que tengan. Los
desoxirribonucleótidos con tres fosfatos
se llaman d-NTP (desoxinucleótidos
trifosfatados) que pueden ser d-ATP,
d-GTP, d-CTP, d-TTP.
Los nucleótidos se forman cuando al
nucleósido se le agrega el fosfato por
medio de un enlace fosfodiéster.
Es un enlace covalente entre el
oxígeno del carbono 5´y el fosfato con liberación de agua.
Los nucleótidos pueden tener hasta 3 fosfatos y normalmente se asocian con magnesio.
Los nucleótidos con ribosa o ribonucleótidos trifosfatados, se denominan NTP. Los nucleótidos con
desoxirribosa trifosfatados, se denominan d-NTP. Siempre el nombre del nucleótido lo da la base y es “d
-” cuando se trata de un desoxirribonucleico.

Unión entre nucleótidos:

formación del ácido
nucleico
Los nucleótidos se unen
entre sí entre el C5 ́ de un
nucleótido y el C3 ́ del
siguiente nucleótido. La
unión se hace por un enlace
covalente que es 5´ -
3´fosfodiéster (también se
llama 3´-5´fosfodiéster). Los
ácidos nucleicos al formarse
por la unión de nucleótidos
forman una cadena o
esqueleto pentosa - fosfato
que es hidrofílico, ácido y
polianiónico que presenta en
un extremo al Carbono 5´y
en el otro al carbono 3´.
Las bases se proyectan
hacia afuera del esqueleto y siempre se debe indicar la secuencia
de bases en sentido 5´- 3´.

A TENER EN CUENTA:
- Una cadena de nucleótidos NO es simétrica ya que debería
tener ambos extremos con igual carbono libre.
- Las cadenas de nucleótidos crecen por el extremo 3´, por
lo que el último nucleótido es agregado allí.
- La secuencia de nucleótidos se estabiliza por el enlace
fosfodiéster 5´- 3´.
- Las bases nitrogenadas se unen por el C 1´al nitrógeno.
- Las pentosas se unen entre sí por un enlace fosfodiéster
desde el OH del carbono 3´ hacia el carbono 5´ (fuera del
ciclo).
- Las bases nitrogenadas son afectadas por la radiación
magnética.

Ácidos nucleicos:
Los ácidos nucleicos están formados por nucleótidos unidos entre sí por enlaces covalentes entre el
carbono 5 ́ de un nucleótido y el carbono 3 ́del otro ulceótido, estos enlaces se denominan 5´-
3´fosfodiéster. Al unir nucleótidos se forman cadenas y los ácidos nucleicos pueden tener una cadena o
dos cadenas siendo el ARN típicamente monocatenario y el ADN típicamente bicatenario, sin embargo
existen excepciones en el genoma de algunos virus o en situaciones específicas. Se puede determinar
si un ácido nucleico es bicatenario o monocatenario dado que en el caso de ser bicatenario tiene que
cumplir con la Leyes de Chargaff. Como siempre se une una purina con una pirimidina, las
concentraciones de estas deben ser iguales y ambas van a valer 50%. Por otro lado como la adenina y
la timina se unen por dos puentes de hidrógeno sus
concentraciones deben ser iguales, dado que la adenina y
el uracilo se unen también por dos puentes de hidrógeno
deben tener también igual concentración, lo mismo sucede
con la guanina y la citosina,que se unen por 3 puentes de
hidrógeno. En el caso de los ácidos nucleicos la unión de
las cadenas se hace por puentes de hidrògeno entre las
bases nitrogenadas de forma complementaria y
antiparalela, es decir, que ambas cadenas tienen
direccionalidad 5´- 3´pero están apareadas en sentidos
opuestos. La cadena monocatenaria se halla estabilizada
por el enlace fosfodiéster entre los nucleótidos, mientras
que la cadena bicatenario se estabiliza por los puentes de
hidrógeno, fuerzas de vAN DER waals y fuerzas hidrofóbicas.

Leyes de Chargaff:
[purina]=[pirimidina]
[adenina + guanina] = [citosina + timina/uracilo]

ADN:
[adenina]=[timina]
[guanina]=[citosina]

ARN:
[adenina]=[uracilo]
[guanina]=[citosina]

A TENER EN CUENTA:
- Siempre que se pide la secuencia de una cadena se debe dar de 5 ́ a 3 ́ .
- Conociendo la secuencia de una cadena de ADN podemos saber la secuencia de su
complementaria, la cual va a ser antiparalela. Lo mismo se hace al momento de la duplicación
con la cadena molde.
- Al secuenciar la cadena de ARN a partir de un ADN molde, esta va a ser igual a la cadena ADN
codificante y no molde, solo que se cambia la timina por el uracilo.
- También se puede producir por retrotranscripción una cadena de ADN desde una cadena de
ARN.

Los ácidos nucleicos bicatenarios en estado nativo tienen

muy poca absorbancia y al separar las cadenas y dejar
expuestas las bases la absorbancia aumenta.
Las bases absorben luz UV y si yo desnaturalizar el ADN
aumentando la temperatura la absorbancia aumenta
hasta que las cadenas queden totalmente separadas.
Cuando la desnaturalización es es completa se llega al
100% de absorbancia y esta no sube más. Si tomamos la
temperatura necesaria para desnaturalizar el 50% de los
ácidos nucleicos podemos usar este valor que se llama
temperatura de fusión como indicador de la estabilidad
del ácido nucleico, ya que cuanto más estable sea, más
será la temperatura necesaria para desnaturalizarlo. El ™
está en relación directa con el número de puentes de
hidrógeno que unen a las cadenas.
Cuanto mayor es el porcentaje de bases GC, mayor será la cantidad de puentes de hidrógeno y mayor
será el ™ y cuanto mayor sea el porcentaje de bases AT, menor será el número de puentes de
hidrógeno y por lo tanto menor será el ™. Hay una relación directa entre el valor de ™ y el porcentaje de
bases GC.

A TENER EN CUENTA:
- Los porcentajes de las bases nitrogenadas nos indican qué tipo de ácido nucleico es y si es
bicatenario o monocatenario. Ejemplo: un virus cuyos ácidos nucleicos contienen 31% adenina;
19% citosina; 19% guanina y 31% uracilo.
Como tiene uracilo y no timina ya sabemos que es un ARN y la concentración de la adenina es igual a la
del uracilo, mientras que la concentración de la citosina es igual a la de la guanina. Además de que la
suma entre la citosina y el uracilo es igual a la suma entre la adenina y la guanina.

Unión de nucleótidos:
En la unión de nucleótidos participan
enzimas que forman polímeros de
nucleótidos y que son por lo tanto
polimerasas. Si unen ARN son ARN
polimerasas mientras que si unen ADN son
ADN polimerasas.
Las polimerasas siempre se ubican en el
extremo 3 ́ que está en la cadena que se
está formando y toman al siguiente
nucleótido por el carbono 5´que es donde
están los fosfatos (3). La polimerasa saca
dos de los 3 fosfatos que forman al
pirofosfato que luego se hidroliza a fosfato
inorgánico y el fosfato que queda en el
carbono 5´lo une al carbono 3´donde ella se
encuentra.
Luego de terminar de formar el enlace 5 ́ - 3´
fosfodiéster la enzima avanza al carbono 3 ́ del nucleótido que acaba de incorporar y queda en posición
para tomar otro nucleótido también por el carbono 5 ́. Luego de tomar a este nuevo nucleótido
nuevamente le saca dos de los tres fosfatos, se libera el pirofosfato y se vuelve a unir al fosfato en el
carbono 5´al carbono 3´formando un enlace 5´- 3´.
Después de hacer el enlace avanza al carbono 3´ del nucleótido que acaba de incorporar y queda en
posición para repetir el ciclo y de esa manera siempre la polimerasa se va a ubicar en el extremo 3´de la
cadena naciente y el nuevo nucleótido que se va a incorporar al extremo 3´de la cadena naciente
lo va a hacer por su carbono 5´donde debe tener 3 fosfatos.
Los nucleótidos para poder actuar como sustrato de las polimerasas deben tener 3 fosfatos.
Deben ser desoxinucleótidos trifosfatados para la ADN polimerasa o ribonucleótidos fosfatados para la
ARN polimerasa.
En una cadena de ácidos nucleicos, el nucleótido ubicado en 5 ́ fue el primero adicionado y el
ubicado en el 3 ́ fue el último adicionado.

ADN:
Las moléculas de ADN están formadas por dos
cadenas de desoxirribonucleótidos que se
aparean los de una cadena con la otra por
puentes de hidrógeno entre las bases
nitrogenadas, es decir por enlaces no covalentes.
Dentro de la misma cadena los nucleótidos se unen por enlaces covalentes 5´- 3´fosfodiéster.
La estabilidad en el ADN depende de la unión entre las cadenas, es decir, que depende de los
puentes de hidrógeno pero también contribuyen a esta estabilidad las interacciones hidrofóbicas
y de Van Der Waals producidas por el apilamiento de bases. Otro factor que es importante en la
estabilidad del ADN es la unión de cationes al esqueleto pentosa-fosfato, lo que reduce la repulsión
entre los esqueletos pentosa-fosfato debido a las cargas negativas del ADN (en los fosfatos).
Podemos describir al ADN como formada por 2 esqueletos pentosa-fosfato que flanquean (están a los
lados) de las bases a las que protegen del entorno acuoso ya que son hidrofóbicas y el esqueleto
pentosa-fosfato es hidrofílico.
Las moléculas de ADN además están plegadas en el espacio por medio de un giro helicoidal
dextrógiro que contiene en cada giro aproximadamente 10 pares de bases.
Cuando se analiza la molécula entera de ADN se observa que es una molécula larga y flexible que
contiene varias conformaciones locales y la más común es la correspondiente al ADN B que fue descrito
por Watson y Crik y que contiene 10 o 10,5 pb por cada giro siendo estos giros dextrógiros y en el
plegamiento helicoidal. Se puede describir un surco mayor y otro menor que es por donde pueden
acceder las proteínas a las secuencias de bases del ADN.
Otras conformaciones son menos frecuentes e incluso existen plegamientos levógiros que forman una
estructura de ADN que es el ADN Z que se halla en algunas zonas ricas en pares de bases GC.
Cuando se analiza la estabilidad del ADN por ejemplo frente a aumentos de temperatura, se puede ver
que esta depende principalmente de la cantidad de puentes de hidrógeno entre las bases lo que se
pone de manifiesto porque al ser mayor la cantidad de pares de bases GC, es mayor el ™ o punto
de fusión que es el indicador de la estabilidad del ADN.

A TENER EN CUENTA:
- Tener igual porcentaje de bases GC entre dos individuos NO implica tener la misma secuencia.
- - Tampoco implica que tengan iguales cantidades de ADN ya que puede tener el porcentaje “X”
de pares de bases GC en otras proporciones.
- Al tener ambos igual porcentaje de pares de bases GC lo que sí tendrán es igual temperatura ™
o punto de fusión.
- El valor de ™ es propio de cada organismo.

Secuencias palindrómicas:
Son secuencias de ADN que leídas en 5´- 3´ tienen la misma secuencia en ambas cadenas. Estas
secuencias palindrómicas pueden servir como diana o señal para endonucleasas de restricción que
fragmentan al ADN a nivel de estas secuencias. Las secuencias palindrómicas presentan
autocomplementariedad por lo que al separar localmente las cadenas de ADN estas se pueden asociar
produciendo bucles y horquillas que a nivel del ADN se pueden manifestar como estructuras
cruciformes. Estas secuencias transcritas en el arn pueden ser responsables de la formación de bucles
que hay en algunas moléculas de ARN.

Enzimas de restricción:
Las enzimas de restricción son endonucleasas que fragmentan el ADN de doble cadena cuando
reconocen una secuencia específica para esa enzima produciendo un corte a nivel de la secuencia que
genera fragmentos.
Las enzimas de restricción son de origen bacteriano y protegen a las bacterias de ADN foráneos
como por ejemplo el ADN de virus.
En el laboratorio se usan enzimas para detectar mutaciones puntuales que pueden hacer aparecer o
desaparecer a las secuencias que son reconocidas por la enzima (es decir que la enzima ante una
mutación puede cortar como no cortar).
Por ejemplo: si un gen normalmente tiene una secuencia que es fragmentada por la enzima de
restricción y por una mutación se pierde la secuencia, se puede diferenciar al gen normal del mutado ya
que el primero se va a fragmentar mientras que el mutado no lo hará.
Puede ocurrir lo opuesto, que el gen normal no tenga la secuencia, mientras que el gen mutado sí tenga
la señal. Las enzimas de restricción entre otras utilidades son usadas para detectar mutaciones
puntuales.

Secuencias codificantes del ADN:

En el genoma existen secuencias que se
transcriben originando ARN, se
denominan genes y de las 2 cadenas del
ADN, 1 va a actuar como molde y la otra
va a ser la cadena no molde. El ARN se
va a formar a partir de ribonucleótidos
que van a ir apareciendo en la cadena
molde, así que el ARN es
complementario al molde y tiene igual
secuencia que la cadena no molde.
Como la cadena no molde tiene igual
secuencia que el ARN se le llama cadena
codificante y la diferencia entre la
codificante y el ARN es que la codificante
tiene Timina, mientras que el ARN tiene
Uracilo. Cada vez que se va a dar la
secuencia de un gen se inicia la secuencia codificante que se escribe en sentido 5 ́- 3. En el caso de
que den una secuencia codificante y pidan la secuencia del ARN, esta será igual a la secuencia de la
cadena codificante y no complementaria. Si en una secuencia de un gen hay una mutación, los sujetos
homocigotos sin mutación, tendrán los dos alelos con la secuencia normal pero en el caso de que se
trate de un homocigoto mutado tendrá ambos alelos con la mutación. Si se trata de un heterocigoto
tendrá un alelo sin la mutación y otro alelo con la mutación lo que se indica poniendo en el sitio de la
mutación a la base normal y a la mutada.

Genoma:
El genoma es el material genético del individuo que incluye tanto los segmentos codificantes como
no codificantes. En eucariotas, procariotas y algunos virus el genoma es de ADN mientras que en
algunos virus el genoma puede ser de ARN.
Los eucariotas poseen un genoma nuclear que se corresponde a la cromatina y pueden presentar
genomas en organelos como mitocondrias y cloroplastos, también pueden aparecer plásmidos en la
célula eucariota.
Los procariotas tienen un genoma formado por un ADN circular y además son muy frecuentes los
plásmidos. Tanto en eucariotas como procariotas el genoma es de ADN bicatenario. Los virus pueden
tener genomas de ADN o ARN y en ambos casos pueden ser monocatenarios o bicatenarios. Al
estudiar el genoma estudiamos el contenido total del material genético y por lo general en los eucariotas
hace referencia al genoma nuclear.
El contenido de ADN medido en picogramos o megabases que hay en la célula reproductora o haploide
de una especie se denomina valor c.
Las células somáticas que son diploides tienen un valor igual a 2c cuando el adn no está duplicado y
tienen un valor igual a 4 c cuando el ADN está duplicado.
Hay células eucariotas que pueden tener más de 4c ya que son poliploides. No existe ninguna
relación entre el contenido de ADN y la complejidad de una especie, especies menos complejas
pueden tener valores c muy altos como por ejemplo: algunos vegetales o anfibios.
El valor c de los humanos por ejemplo es menor al de un tiburón o al de una rana.
No existe tampoco ninguna relación entre el valor c y la cantidad de genes que tenga la especie
así como tampoco hay relación entre la complejidad de un ser vivo y el número de genes o el
número de cromosomas.
Los humanos por ejemplo tenemos menos genes que una uva. Si bien la complejidad de un ser vivo
se asocia a la cantidad de proteínas que posee no se requiere mayor cantidad de genes para
presentar mayor variedad de proteínas.
En los humanos por ejemplo hay aproximadamente 100.000 proteínas distintas, lo que hizo pensar que
habían 100.000 genes, sin embargo la cantidad de genes en los humanos no está todavía bien
caracterizada pero se estima en unos 20.000 genes que son capaces de originar casi 100.000 proteínas
diferentes debido a que la mayoría de los genes forman unidades de transcripción complejas que dan
lugar a más de una proteína por mecanismos de procesamiento alternativos.
Estos procesos alternativos hacen posible que un genoma con menor número de genes origine una
gran variedad de proteínas y funciones.

Concepto de gen:
Un gen es un fragmento del genoma que
puede ser transcrito originando un ARN que
puede ser ARN funcional o mensajero,
estos últimos se traducen y originan
proteínas.
Dentro de los ARN funcionales tenemos por
ejemplo algunos con actividad catalítica
(ribozimas) y algunos que tienen una
función estructural asociado a proteínas.
Los ARN mensajeros se van a traducir
dando lugar a las proteínas.
Los ARN mensajeros en procariotas pueden tener un único marco de lectura y son
monocistrónicos o pueden tener más de un marco de lectura y son policistrónicos.
En los eucariotas los ARN mensajeros tienen un único marco de lectura y cuando se traducen
originan un único tipo de proteínas pero en los eucariotas los ARN pueden tener procesamientos
alternativos y según cómo sea el procesamiento en un tejido el ARN puede originar diferentes proteínas,
eso explica porqué en los eucariotas con un número menor de genes se pueden fabricar muchas
proteínas.
Los genes procariotas contienen un promotor que se encuentra casi siempre al inicio del gen y a
continuación viene la región que se transcribe que es la región codificante y finalmente la secuencia de
fin.
Si bien existen variantes, los genes
procariotas originan ARN a los que no
se les elimina ningún fragmento así
que por lo tanto no poseen intrones.
Por otro lado en los genomas
procariotas los genes están separados
por fragmentos cortos de ADN
intergénico y en el genoma muestra
una distribución homogénea y compacta de los genes. En los eucariotas la organización del gen
es más heterogénea y si bien los promotores tienen secuencias antes del inicio del gen también hay
secuencias dentro de la región codificante. Por otro lado, la mayoría de los genes eucariotas presentan
zonas reguladoras, tanto al inicio del gen como al final del gen.
Los genes en los eucariotas a nivel de la región codificante presentan zonas no codificantes que si bien
se transcriben luego se eliminan del ARN (no se traducen).
Estas zonas, intrones, en los humanos suelen ser mayores que las zonas que no se eliminan
llamadas exones. Hay genes que carecen de intrones pero la inmensa mayoría de los genes poseen
intrones.
Durante el procesamiento que incluye la eliminación de los intrones se pueden eliminar también exones
y es de esa manera que un mismo gen procesado en diferentes tejidos termina produciendo diferentes
proteínas. Cuando se analiza la distribución de los genes en el genoma eucariota es posible observar
que estos están separados por una cantidad importante de ADN intergénico que es variable según el
eucariota analizado o incluso según el cromosoma analizado.
Existen eucariotas que tienen un genoma más homogéneo y si bien se puede considerar que hay hasta
un 10% del genoma dedicado a los genes, se estima que la región codificante no supera el 5% del
genoma y se mencionan valores de 1,5%; 2%; 3% típicamente.

Cinética de reasociación:
Una forma de estudiar la complejidad del genoma es analizando las curvas de reasociación de
fragmentos de ADN desnaturalizados. Los fragmentos de ADN desnaturalizados son monocatenarios y
presentan una mayor absorbancia que los bicatenarios ya que se hallan las bases nitrogenadas, que
son quienes absorben rayos uv despejadas. Así que si se fragmenta el ADN, se lo desnaturaliza a
medida que la solución se enfría los fragmentos se renaturaliza y la absorbancia disminuye ya que las
cadenas se vuelven a unir y las bases se ocultan.
Haciendo un seguimiento de la absorbancia en función del tiempo, se puede ver que los fragmentos al
irse asociando van a disminuir la absorbancia. En la curva de absorbancia en función del tiempo se
puede ver que la absorbancia disminuye rápidamente en el momento inicial, luego disminuye a una
velocidad intermedia para finalmente disminuir a una velocidad muy baja.
La disminución rápida de la absorbancia
ocurre porque algunos fragmentos demoran
muy poco en encontrarse con sus
fragmentos complementarios y de esa
manera se puede inferir que estos
fragmentos tienen secuencias altamente
repetidas por lo que habrá también muchas
cadenas con secuencias complementarias
lo que hace que sea más fácil que un
fragmento se asocie con su
complementario.
En el caso de los fragmentos de
reasociación intermedia, se trata
de fragmentos que contienen
secuencias moderadamente
repetidas y por lo tanto encuentran
con bastante rapidez a las
secuencias complementarias pero
no tan rápido como los fragmentos
que tenían secuencias altamente
repetidas.
En el caso del ADN de reasociación lenta estos contienen secuencias que no están repetidas y por lo
tanto demoran en encontrarse con las secuencias
complementarias y por eso la absorbancia
disminuye lentamente.
Los fragmentos de reasociación lenta tienen
secuencias de copia única.
En los humanos la mayor parte del genoma
corresponde a secuencias de ADN repetidas en
especial de reasociación intermedia sobre todo
la que está formada por secuencias repetidas
dispersas.

Familias génicas: agrupaciones de genes que

pueden ser genes repetidos en tándem y codifican
para la MISMA proteína, genes repetidos dispersos
y codifican para la MISMA proteína, genes
funcionalmente asociados que codifican para
proteínas SIMILARES, genes que tienen una
antecesor común y que han ido generando
variantes a los largo de la evolución como los canales de potasio, genes con dominios estructurales
comunes como los genes de muchas inmunoglobulinas.

Genes codificantes para proteínas 1,5%

Intrones (¼ del genoma) 26%

Secuencias únicas 12%

Heterocromatina 8%

Lines 20%

Sines 13%

Retrotransposones LTR 8%

Retrotransposones DNA 3%

Secuencias repetidas simples 3%

Secuencias de duplicación 5%

Clasificación de los tipos de ADN:

Analizando las curvas de reasociación es posible determinar que en el genoma de los procariotas no
hay elementos repetidos ya que la reasociación e homogénea sin embargo en eucariotas existen
secuencias de ADN altamente repetidas que son de reasociación rápida; secuencias de ADN
moderadamente repetidas que son de asociación intermedia y secuencias de ADN no repetidas o
de copia única que son de asociación lenta.
Al genoma humano lo podemos clasificar en aquellas secuencias que son repetidas y las que son de
copia única. Dentro de las secuencias repetidas nos hallamos con secuencias codificables y
secuencias que son no codificables. Dentro de las secuencias no codificables se encuentran:
1. El ADN altamente repetido se encuentra en el centrómero e incluye repeticiones en tándem y
se denomina también ADN satélite. Este ADN no contiene genes y suele estar siempre
compactado a nivel del centrómero donde se asocia con proteínas que entre otras funciones
permiten unir el cromosoma al huso mitótico. Se puede detectar la presencia del ADN altamente
repetido por medio de la técnica de Fish que es una hibridación fluorescente in situ y se observa
la fluorescencia marcada en el centrómero.
2. El ADN moderadamente repetido donde nos podemos encontrar con secuencias dispersas o
en tándem.
- Contiene secuencias dispersas llamadas LINES -familia Alu- (cuando son largas) y
SINES -familia L1- (cuando son cortas). Estas secuencias se originan por duplicación y
transposición que pueden ser dependientes de ADN o de ARN.
- Dentro del ADN moderadamente repetido se encuentran repeticiones en tándem que
pueden ser ARN ribosómico, minisatélites y microsatélites.
Los minisatélites son secuencias repetidas que poseen 14 a 100 pares de bases, mientras que los
microsatélites son secuencias repetidas que poseen entre 2 y 14 pares de bases.
Una característica de los minisatélites y de los microsatélites es que son muy polimórficos, lo que
significa que presentan mucha variedad entre los individuos, es decir, presentan un gran número de
alelos. Por ejemplo dado un determinado minisatélite o microsatélite que se encuentre en un
cromosoma la cantidad de repeticiones en el cromosoma materno puede ser diferente a la del
cromosoma materno y eso produce que los fragmentos donde se encuentran estas secuencias sean
diferentes en cada cromosoma. Pero además otros individuos tendrán también fragmentos diferentes
siendo poco probable hallar dos individuos que tengan la misma composición alélica.
Esta variedad hace posible que se usen los mini y microsatélites en la detección de parentesco o
pertenencia de una muestra.
Dentro del ADN repetido codificable se hallan algunas secuencias en tándem.

El ADN no repetido, es decir, de copia única puede ser también codificable como no codificante. El
ADN codificante de copia única, llamado exón, contiene genes para las proteínas que constituyen
una fracción muy baja de este tipo de ADN, la mayor parte del ADN no repetido codifica sectores del
genoma no codificantes. Mientras que dentro del ADN de copia única, se hallan los intrones que son
secuencias no codificantes.
Los telómeros contiene también ADN repetido y a veces se dice que tienen ADN altamente
repetido, aunque las repeticiones varían entre 100 y 1500, dependiendo de la cantidad de veces que se
haya duplicado el telómero ya que este se va acortando en las sucesivas divisiones celulares a nocer
que contenga telomerasa la célula.
La telomerasa es la enzima que alarga los telómeros evitando que se corten luego de la duplicación. El
papel del telómero es fundamental para
mantener la integridad del cromosoma.

Transposones:
Los transposones o elementos transponibles
son secuencias de ADN que pueden cambiar
de posición dentro del genoma. Estas
secuencias se duplican vía adn o arn y se
insertan en otros sitios del genoma.
En los transposones vía ADN se duplica un fragmento de ADN que luego se inserta en otro sector del
ADN.
En la transposición vía ARN, se transcribe un ARN y luego se retrotranscribe originando un fragmento
de ADN que se inserta en el ADN en otro sector. La transposición puede ser autónoma que es
producida por enzimas que se codifican por el mismo transposón o puede ser no autónoma que es
realizada por enzimas que se originan por secuencias diferentes a las transponibles. Dentro de
los elementos transponibles la mayoría son secuencias largas dispersas o LINES que son autónomos.
Los SINES son secuencias dispersas cortas que le siguen en proporción a los LINES y son no
autónomas. Tanto LINES como SINES son elementos transponibles que presentan un número de
repeticiones intermedias.
También en el genoma hay elementos transponibles originados por retrovirus y transposones de
ADN, en ambos casos la transposición puede ser autónoma o no autónoma.
En total un 45% del genoma corresponde a elementos transponibles aproximadamente siendo
estos elementos los más comunes de secuencias presentes en los brazos de los cromosomas.
En el genoma humano, en cuanto a los transposones podemos decir que hay alrededor de un 40 - 45%
de material transponible. En los brazos de los cromosomas lo que más se encuentra son los LINES. Se
posee un 21% de LINES; un 13% de SINES; un 8% de retrovirus y un 3% de transposones de ADN.

Micro y Minisatélites:
Los mini y microsatélites son secuencias de ADN moderadamente repetidas. Los minisatélites son
secuencias de 14 a 100 pb que se repiten un número variable de veces por lo que estas secuencias se
pueden encontrar en fragmentos de diferente longitud haciendo que sean muy polimórficos.
Los microsatélites son secuencias de 2 a 14 nucleótidos que también están repetidos un número
variable de veces y eso lleva a que también sean muy polimórficos.
Los microsatélites en particular tienen la capacidad de expandirse o de contraerse. Muchos
microsatélites tienen secuencias autocomplementarias que les permite formar bucles cuando las
cadenas de ADN se separan durante la transcripción o replicación. Al asociarse nuevamente con la
cadena complementaria queda formando un bucle que debe ser reparado. La reparación se da por la
eliminación del bucle lo que generaría una contracción o por el corte de la cadena
complementaria al bucle, resintetizándose la cadena complementaria al bucle, generando una
expansión.
La capacidad de expandirse o contraerse de los microsatélites no solo genera polimorfismo, sino que
puede causar alteraciones a nivel de los genes.
Algunas enfermedades pueden ocurrir como consecuencia de la expansión de un microsatélite ubicado
dentro del gen lo que puede hacer que se llegue a un valor máximo en la expansión y predecir el
deterioro del gen. Cuando se analizan los mini o microsatélites presentes en un cromosoma o en más
de un cromosoma se observa que con mucha frecuencia los alelos son diferentes y eso produce una
heterogeneidad que hace casi imposible que dos personas compartan el mismo alelo lo que es útil para
identificar parentesco o descendencias de muestras de origen biológico.

Organización de genes en el genoma:

Los genes corresponden a los fragmentos de ADN que se pueden transcribir. En los
cromosomas no hay genes ni en el centrómero ni en los telómeros, los genes se encuentran en
los brazos de los cromosomas. Los genes están distribuídos de forma heterogénea tanto entre los
cromosomas como dentro del cromosoma. Existen cromosomas y/o sectores de estos con mayor
densidad de genes y otra con menor densidad de genes. Los genes pueden a veces tener una longitud
superior a la longitud de un sector del genoma donde haya más de un gen. Por lo general los genes
muy grandes contienen mayor cantidad de ADN dedicado a los intrones.
Muchos genes poseen dentro de sus intrones secuencias repetidas dispersas como SINES o
LINES, así como también poseen mini y microsatélites y otros elementos transponibles y NO
codificantes.
Los micro y minisatélites también se encuentran en los exones además que en los exones.
Entre los genes eucariotas hay ADN intergénico, lo que hay más son LINES, SINES, mini y
microsatélites y transposones (pueden estar dentro del gen), además pueden haber ADN de
copia única
Los procariotas NO POSEEN SECUENCIAS REPETIDAS COMO LINES, SINES ETC.
En un brazo del cromosoma me puedo encontrar con un 34% de secuencias repetidas dispersas.
No hay una relación entre el tamaño del cromosoma y la cantidad de genes que posee, de hecho
cromosomas más grandes pueden tener menos genes que cromosomas más chicos. Los genes se
pueden agrupar en familias o cluster y así por ejemplo existen genes repetidos dispersos o en tándem,
genes funcionalmente asociados, genes que comparten dominios estructurales, genes que se originaron
de un ancestro en común etc.
Los genes repetidos en tándem como por ejemplo el gen de las histonas presentan como ventaja el
hecho de que pueden transcribirse simultáneamente dando lugar a un número muy grande de proteínas
codificadas por el gen, además como están repetidas en tándem se regulan en conjunto lo que permite
que se activen y se desactiven al mismo tiempo. Los genes para ARN ribosómico también están
repetidos en tándem en cromosomas acrocéntricos con satélite donde presentan hasta 50
repeticiones. Los genes funcionalmente asociados también se regulan simultáneamente ya que originan
proteínas o cadenas polipeptídicas de proteínas que están asociadas funcionalmente.

También existen los pseudogenes que son fragmentos de genes originados por duplicación o
retrotranscripción.
Los originados por duplicación se llaman no procesados y poseen tanto intrones como exones. Por
otro lado los pseudogenes procesados, se originan por retrotranscripción y solo poseen exones ya
que la retrotranscripción se hace a partir de ARN mensajero que no tiene intrones.
Algunos pseudogenes se pueden transcribir originando fragmentos de ARN que tienen funciones de
regulación de otros ARN. Como se pueden transcribir, podemos asumir que tienen promotor.
Se puede considerar a los pseudogenes como fragmentos de genes truncados. Los pseudogenes se
pueden transcribir pero NO DAN LUGAR A PROTEÍNAS.

Genoma mitocondrial:
Está dentro de las mitocondrias, es circular muy pequeño, es compacto, posee un 97% del genoma
codificante y posee transcripción policistrónica (se codifica una única unidad transcripcional con
tarios genes, se genera un ARN mensajero que tiene varios genes). Se hereda por línea materna, en el
óvulo solo aporta mitocondrias el óvulo ya que el espermatozoide no aporta mitocondrias. Es usado
para estudiar linaje materno y evolución.
Se considera análogo al genoma bacteriano y está formado por un ADN circular que contiene genes
distribuidos de forma muy compacta y da lugar a ARN policistrónico. El genoma mitocondrial codifica 13
genes para proteínas, 22 genes para ARN de transferencia y 2 genes para ARN ribosómico. Las
proteínas codificadas por el genoma mitocondrial desempeñan su función dentro de la mitocondria.
No todas las proteínas mitocondriales son codificadas por el genoma mitocondrial, sino que la mayoría
son codificadas por el genoma nuclear y se importan hacia el interior de la mitocondria.

A TENER EN CUENTA:
- En un mismo cromosoma la densidad génica varía en sus diferentes sectores.
- Hay genes en el cromosoma Y.
- Los pseudogenes son copias de genes que no traducen proteínas.
- Hay 15222 pseudogenes.
- Las secuencias repetidas no son conservadas ni
palindrómicas.
- En la reasociación en procariotas como no poseen
secuencias repetidas se vería una curva homogénea,
mientras que en los eucariotas se vería una curva
heterogéneas con 3 bases ya que hay 3 velocidades
 diferentes de reasociación del ADN como la de la imágen a continuación.
- Un gen comienza con un exón y finaliza con un exón.
- En el gen puede haber microsatélites tanto en los exones como en los intrones, pueden haber
minisatélites también.
- En una familia de genes pueden haber pseudogenes.
- En los telómeros no hay genes ni pseudogenes.
- Los LINES y los SINES son iguales en los cromosomas de todas las células somáticas.
- Los repetidos en tándem han ido variando a lo largo de la evolución.
- Un microsatélite posee un motivo de repetición de 3 nucleótidos, hay un individuo que es
heterocigota, por lo que posee dos alelos, dos variantes del gen, de este microsatélite. En un gel
de agarosa veríamos una banda que corresponde a las repeticiones del microsatélite en un alelo
y en la otra banda las repeticiones del gen en el otro alelo que van a ser diferentes ya que el
individuo es heterocigota. Tanto la separación de las bandas en la agarosa como el tamaño de
las bandas deben ser múltiplos de 3.
- Los sines y lines según el ejercicio nos pueden plantear que los alelos no serán en función de las
repeticiones que hay en cada alelo, sino que será en función de la presencia o no presencia del
sine o line.
- Cuando hablamos de gen, nos referimos a los exones, intrones y las secuencias reguladoras.
- Genoma circular con alta densidad génica es el mitocondrial.

● Si nos dan determinados microsatélites con su peso molecular en pares de bases en una
electroforesis y yo debo decir cuántos nucleótidos mide ese microsatélite debo tener en cuenta
que: las repeticiones de microsatélites se calculan dividiendo el peso molecular entre el número
de nucleótidos posibles y luego se llega al número de repeticiones del microsatélite. Para llegar
al resultado tener en cuenta que tiene que dar un resultado con las repeticiones justas, es decir,
con números enteros.
Nosostros sabemos que los microsatélites son secuencias del ADN que miden al rededor de 6 a
12 pb, ahora como los microsatélites se repiten, en la eelctroforesis aparece una banda por
todos los frgamentos que posean la secuencia del primer.
Por lo que por ejemplo si una banda tiene un peso de 400pb, no es que un solo microsatélite
posee ese peso, sino que todos los microsatélites de la muestra que se tomó con la secuencia
del primer tienen ese peso.
Sabemos, por otro lado que cada par de base corresponde a un nucleótido, por lo que
perfectamente cada microsatélite podría estar conformado por 2 nucleótidos o 2 pares de bases
ya que al hacer 400/2 nos da un número entero de repeticiones que son 200.

Cromatina, organización del ADN:

La molécula de ADN se ordena para
poder caber en un núcleo que tiene unos
pocos micrómetros y además el
empaquetamiento del ADN tiene como
finalidad proteger y regular la expresión
de los genes. En el primer nivel de
compactación el ADN se enrolla
alrededor de un núcleo proteico
formando nucleosomas y en conjunto
con el ADN espaciador forman a la fibra
de 10nm llamada collar de cuentas.
La fibra nucleosómica luego se asocia a
la histona h1 y se pliega en hélice
formando un solenoide o fibra de 30nm.
La fibra de 30nm se pliega en bucles asociado a proteínas NO histónicas que forman un esqueleto o
andamiaje que luego a su vez se pliega y se tornea en hélice para formar las cromátidas.
Una molécula de ADN solo está ordenada de un extremo al otro durante la metafase, en la interfase a lo
largo del ADN hay segmentos condensados y segmentos descondensados.
Aquellos segmentos que tengan genes que la célula no está usando o no tengan genes se van a
mantener condensados.

FIbra de 10nm:
El primer nivel de compactación del ADN es la formación
de nucleosomas. En su formación el ADN se asocia a
proteínas llamadas histonas que se agrupan en un
conjunto de 8 proteínas y forman un octámero o núcleo
histónico. El ADN da aproximadamente 2 vueltas
alrededor de este núcleo histónico y queda un
fragmento de ADN hasta el siguiente octámero, el ADN
espaciador. Cada nucleosoma tiene el total de unas 200
pb de las cuales 146 pb están unidas al octámero y 54 pb forman el ADN espaciador.
El octámero que forma parte del nucleosoma está formado por 8 proteínas que son histonas.
Las histonas son proteínas muy positivas y conservadas a lo largo de la evolución, en casi todos los
seres vivos las histonas son prácticamente iguales. La histona h1 es la que presenta mayor
heterogeneidad.
Las histonas h2A, h2B, h3 y h4 son las que forman al octámero que contiene 2 copias de cada una de
estas.
Las histonas tienen un sector fibroso que corresponde al extremo amino al que se le denomina “colas”
y estas contienen abundantes lisinas y argininas que son positivas e interactúan con el esqueleto
pentosa-fosfato del ADN que es negativo.
La unión entre las histonas y el ADN no se hace en ninguna secuencia en particular sino que se
generan por atracción de cargas, por enlaces iónicos (no covalentes).
Si las histonas se unieran en el ADN a una secuencia en particular dicha secuencia debería estar
repetida cada 200pb, esa es una de las ventajas de que la unión entre el ADN y las histonas sea por
reconocimiento de cargas.
También este tipo de unión neutraliza a los esqueletos pentosa-fosfato, estabilizando la doble cadena.
​

Las histonas que forman parte del octámero tienen

colas correspondientes al extremo amino donde
hay aminoácidos con cargas positivas que se
asocian al ADN. Uno de estos aminoácidos es la
Lisina que tiene en el radical un grupo amino. Si se
acetila a la Lisina (se la agrega un grupo acetil)
esta se neutraliza y se libera del ADN dejando al
nucleosoma con el ADN más relajado lo que va a
favorecer la transcripción.
El ADN nunca está sin nucleosomas, a no ser
en sectores donde haya promotores o
secuencias de regulación donde deben
interactuar otras proteínas.
Cuando se transcribe un gen no se eliminan las histonas sino que se acetilan las colas para que se
liberen del ADN y el nucleosoma se pueda transcribir.
La acetilación de las histonas en general activa la transcripción, mientras que la metilación de
las histonas inhibe la transcripción. Existen muchísimos mecanismos de modificación covalente polar
post traduccional que afecta la transcripción de los genes mediante el agregado covalente de grupos
acetilos, metilos y fosfatos en las colas de las histonas.

Fibra de 30nm:
El segundo nivel de
compactación es la fibra de
30nm o solenoide. A la fibra
nucleosómica se le asocian
histonas h1 que convierten a los
nucleosomas en cromatosomas.
La histona h1 tiende a acercar a
los nucleosomas entre sí y
provocar un plegamiento helicoidal
que se denomina solenoide o fibra
de 30nm.
La fibra de 30nm es muy
compacta y no se puede
transcribir por lo que forma
parte de la heterocromatina o cromatina transcripcionalmente inactiva.
Luego el solenoide continúa compactándose en bucles que se asocian al scaffold o esqueleto no
histónico.

Una de las funciones de las histonas es proteger al ADN lo que se pone de manifiesto si se realiza
un tratamiento con nucleasa micrococal. La nucleasa micrococal solo digiere ADN que no está
unido a proteínas (ADN desnudo).
Si tenemos un fragmento de ADN desnudo y le hacemos un tratamiento con nucleasa micrococal
observaremos que esta fragmenta al ADN en cualquier posición y por lo tanto se obtienen fragmentos
de cualquier longitud.
Si hacemos un tratamiento de una fibra nucleosómica observamos que la nucleasa micrococal sólo
puede digerir ADN espaciador por lo que se observan fragmentos de 200 pb o múltiplos de 200 pb. Si
hacemos un tratamiento con nucleasa micrococal en una fibra de 30nm observaremos que el ADN no
puede ser digerido debido a que la nucleasa no puede acceder al ADN por su alto nivel de
compactación.
Una manera de saber si un gen se está usando o no en una célula es viendo luego de un tratamiento
con nucleasa micrococal si se halla o no al gen.
Si el gen se estaba usando debería estar descondensado y la nucleasa lo digirió así que el gen
no se va a encontrar. Si el gen no se estaba usando, estaba condensado, compactado así que la
nucleasa no lo puede digerir y por tanto el gen se va a encontrar.

Bucles de cromatina 300 nm:

El solenoide contiene regiones llamadas
mars y sars que son sitios de unión a
proteínas.
Mars son los sitios de unión a proteínas
de la matriz nuclear mientras que Sars
son sitios de unión a proteínas del
scaffold.
La unión del ADN al scaffold determina que
los bucles se forman a partir del
plegamiento de la fibra de 30 nm. Cada
bucle constituye un fragmento o
segmento o dominio de regulación independiente.
La información contenida en un bucle puede utilizarse con independencia de la información
contenida en otro bucle.
Se puede decir que se puede descondensar un bucle sin
necesidad de descondensar el otro bucle.
El scaffold se va a plegar para compactar al ADN más y se van
a formar las cromátidas de cromosomas metafásicos que
representan el máximo de compactación del ADN.
Únicamente en la metafase se alcanza este nivel de
compactación que es útil para la separación de las cromátidas
durante la anafase.
Se puede decir que los cromosomas metafásicos son las
unidades segregaciones de la herencia.
La organización del ADN implica no solo que este ocupe
menos lugar, sino que participa en regular en la expresión
de los genes y la segregación de la información genética.
Por ejemplo: el ADN desnudo, la fibra nucleosómica y la
acetilación de las histonas proporcionan niveles bajos de
compactación que forman la eucromatina y que permiten la
transcripción de los genes.
El solenoide o fibra de 30nm y los niveles de organización superior conforman la
heterocromatina que reprime la expresión de los genes, la organización en bucles proporciona
dominios de regulación independiente y la organización en cromátidas facilita la segregación de
la información genética durante la división celular.

Los cromosomas metafásicos corresponden al máximo nivel de compactación del ADN.

En la metafase los cromosomas se hallan condensados de un extremo al otro y esa máxima
compactación es útil para la separación de las cromátidas que ocurre durante la división celular.
El nivel de compactación correspondiente a los bucles, es útil ya que permite la regulación
independiente de los diferentes bucles que por lo tanto constituyen dominios de regulación
independiente.
La fibra de 30nm o solenoide es un represor de la expresión de los genes.
La fibra de 10nm permite la expresión de los genes y requiere que las histonas se encuentren
acetiladas y que no hayan histonas en el promotor y zonas reguladoras.
El ADN desnudo es vulnerable a sufrir daños y además no puede regular la expresión de los
genes.
En la interfase en cada cromosoma hay segmentos que se usan en ese momento y segmentos que no
se está usando. Los segmentos que se usan se deben descondensar y se encuentran como fibra
de 10nm y constituyen la eucromatina.
Los segmentos que no se utilizan se encuentran organizados en fibras de 30 nm y forman la
heterocromatina donde las fibras de 30 nm se pueden encontrar asociadas al scaffold o no.
Durante la interfase también se observa en el núcleo una mancha de ARN ribosómico que es el nucleolo
y que contiene ARN ribosómico que se utiliza para sintetizar a los ribosomas.
En la metafase la molécula de ADN se encuentra en su máximo nivel de compactación y se observan
los cromosomas metafásicos, cada uno formado por dos cromátidas unidas por el centrómero.
En algunos cromosomas se ve en el brazo corto una segunda constricción a la que le sigue una masa
de cromatino que es el satélite.
Los cromosomas se clasifican en metacéntricos, submetacéntricos, acrocéntricos y telocéntricos.
Cada cromosoma tiene 1 patrón de bandas única que permite su identificación.
Mediante la técnica de fish (hibridación fluorescente in situ) se puede usar sondas fluorescentes que se
unen a segmentos del cromosoma donde hay una secuencia que se quiera identificar.
La sonda se debe agregar con el cromosoma descondensado y al condensarse se observa la ubicación
de la secuencia o gen que quería identificar. Se puede usar la técnica de fish para hibridar a todo un
cromosoma y de esa manera mediante diferentes colores se pueden identificar a los diferentes
cromosomas y la posición de estos durante su interfase.

A TENER EN CUENTA:
- En ningún momento el genoma se halla COMPLETAMENTE denudo, es decir, carente de
histonas a excepción de promotores y secuencia de regulación.
- Los nucleosomas están presentes durante todo el ciclo celular.
- Cuantas más nucleasas hay, más pequeños resultan ser los fragmentos de ADN desnudo ya que
digieren más.
- En la acetilación de las colas de las histonas, de las lisinas, hay lisinas que se acetilan y otras
que no.
- La compactación y relajación de la cromatina regula el inicio de la transcripción.
- La transcripción requiere de la modificación de histonas.
- La heterocromatina constitutiva no tiene genes.
- En la región codificante los nucleosomas están siempre acetilados.
- En un pseudogen cercano al centrómero podemos encontrar mini y microsatélites en sus
intrones.

Duplicación:
La duplicación del ADN permite que las células dupliquen el material genético. Los genes son
fragmentos de ADN que contienen la información necesaria para poder hacer la proteína. Cuando se
revisa la proteína que el gen codifica, éste se transcribe dando lugar a un ARN que luego se reduce
para formar la proteína. Todo lo que una célula hace lo logra
gracias a la presencia de las proteínas así que para vivir una
célula precisa poder fabricar todas las proteínas por lo que
precisa todos los genes. Cualquier célula que se vaya a dividir
por ejemplo en una mitosis, primero tiene que duplicar el ADN
para duplicar los genes. En el período S de la interfase es
cuando los cromosomas pasan de tener una cromátida a tener
dos cromátidas por el proceso de duplicación. En la mitosis las
cromátidas se separan y cada una va a formar un nuevo
cromosoma en la célula hija. Gracias a la duplicación del
ADN cada célula hija va a recibir exactamente la misma
información genética.

Replicación es semiconservativa:
La duplicación del ADN es un proceso semiconservativo que
significa que las cadenas de ADN se separan y cada una sirve
de molde para fabricar una cadena complementaria a partir de
nucleótidos que se van a ir uniendo al molde de ADN. La
duplicación siempre requiere de una cadena molde que es la parental. Cuando termine el proceso de
duplicación cada molécula hija tendrá una cadena parental y una cadena nueva.
Durante la duplicación las moléculas hijas que se originan tienen la misma secuencia y cada una posee
una cadena nueva o complementaria y una cadena parental.
La cadena complementaria de una parental va a tener la misma secuencia que la otra parental y
viceversa.

Experimentos de Meselson y Stahl:

Los experimentos de Meselson y Stahl se
utilizaron para determinar que la replicación es
semiconservativa. Meselson y Stahl incubaron
bacterias con nitrógeno 15 y bacterias con
nitrógeno 14. Las bacterias con nitrógeno 15
tienen bases nitrogenadas más pesadas y las
bacterias con nitrógeno 14 tienen bases
nitrogenadas más livianas. El ADN de las
bacterias incubadas con nitrógeno 14 es liviano.
Luego de un tiempo realizaron un cambio de
medio pasando bacterias incubadas con
nitrógeno 15 a un medio de cultivo con bacterias
de nitrógeno 14. Al comienzo, en la primera
generación, el 100% de las bacterias tenían un
ADN híbrido con cadenas de nitrógeno 14 y
cadenas de nitrógeno 15. En la segunda
generación el 50% del ADN era híbrido y el 50%
era liviano. Así sucesivamente en cada generación el porcentaje de moléculas híbridas se iba haciendo
50% de lo que eran en la generación anterior. Estos resultados sólo podían estar de acuerdo con
una duplicación semiconservativa en la que las cadenas se separaban y cada una actuaba como
molde para fabricar una cadena completamente nueva en la que las bases nitrogenadas tenían
nitrógeno 14. Si la duplicación hubiese sido conservativa no existirían híbridos.

Unión de nucleótidos:
La unión de nucleótidos se
hace por medio de enzimas
llamadas polimerasas. Las
polimerasas trabajan siempre
de la misma manera y de
forma progresiva, sin
saltarte nucleótidos.
La polimerasa se ubica en
el extremo 3´de la cadena
naciente y toma al
siguiente nucleótido por el
extremo 5´ .
Los nucleótidos que
participan en la
polimerización deben tener
en el extremo 5 ́ 3 fosfatos asociados al magnesio. La polimerasa toma al nucleótido entrante por el
extremo 5´y le quita dos fosfatos de los 3 que posee, uniendo el que le queda en el extremo 3´donde se
encuentra la polimerasa.
La enzima realiza un enlace 5 ́- 3 ́ fosfodiéster. Luego de que terminó la unión avanza al siguiente
extremo 3 ́ donde queda en posición para tomar otro nucleótido por el extremo 5 ́ y realizar una nueva
unión.
La polimerasa avanza de nuevo al extremo 3´y así va repitiendo el procedimiento alargando o
elongando a la cadena que está sintetizando en sentido 5´- 3´mientras que sobre el molde va en
sentido 3´- 5 dado que las cadenas se aparean de manera antiparalelas. Siempre los nucleótidos se
incorporan por el extremo
3´de la cadena naciente a
través de su extremo 5´.

La duplicación es
semidiscontinua:
La duplicación se hace
siempre en sentido 5´-3´y las
cadenas de ADN son
antiparalelas por lo que en
una de las cadenas la
polimerasa puede ir en
sentido 5´-3´siguiendo a la
helicasa o a la separación de
las cadenas, pero en la otra
cadena la polimerasa va a ir
en sentido 5´-3´en dirección
opuesta a la helicasa así que
cuando termine de copiar el
fragmento que está copiando
va a tener que comenzar de nuevo para copiar el nuevo fragmento que la helicasa separa y así
sucesivamente la polimerasa que va 5´-3´en dirección opuesta a la helicasa copia al ADN en fragmentos
llamados fragmentos de Okasaki. La polimerasa que va en dirección 5´-3´siguiendo a la helicasa
trabaja de forma contínua mientras que ,la otra trabaja de forma discontinua. Una se denomina
continúa líder y la otra discontinua rezagada.

La replicación es bidireccional:
En una burbuja de replicación se pueden observar dos horquillas alejándose entre sí. En el medio de la
burbuja comienza la síntesis de la cadena contínua en cada una de las horquillas. Si miramos toda la
burbuja podemos observar que cada cadena se copia desde la mitad hacia un extremo en forma
contínua y en la mitad anterior en forma discontinua y en cada horquilla siempre hay una contínua y otra
discontinua.

Etapas de la duplicación:
Iniciación:
La iniciación es la separación de las cadenas de ADN
por las helicasas para permitir que las cadenas
actúen como molde y así se produzca la duplicación del ADN. Los procariotas tienen un único sitio de
inicio llamado ORI C mientras que los eucariotas tienen varios sitios de inicio llamados replicadores o
sitios de inicio de la replicación. En procariotas Ori c es reconocido por proteínas que se unen al ADN y
comienzan a separar las cadenas en forma bidireccional, se forma un única burbuja de replicación que
avanza hasta llegar al otro extremo de la molécula. En los eucariotas existen varios sitios de inicio
donde se forman varias burbujas que se irán encontrando entre sí a medida que se alargan.

Inconvenientes durante la replicación:

Durante la replicación tanto en procariotas como en eucariotas se tienen que separar las cadenas. La
separación de las cadenas genera un problema tanto en eucariotas como en procariotas dado que la
porción de ADN que queda delante de la helicasa se va a ir apretando o superenrollado a medida que
separó las cadenas. Este superenrollamiento dificulta el avance de la helicasa y hay una enzima,
llamada girasa o topoisomerasa , que produce cortes en la cadena de ADN para evitar que se siga
apretando. La cadena de ADN cortada gira hasta aliviar el superenrollamiento y la topoisomerasa vuelve
a unir a la cadenas cuando se alivia la tensión. Siempre delante de la helicasa va la topoisomerasa
deteniendo el superenrollamiento. Las cadenas que ya se separan se pueden enredar y para
evitar esto, a las cadenas separadas se le unen proteínas de unión a cadenas simples que son SSB
en procariotas y RPA en
eucariotas.

Iniciación en los procariotas:

La iniciación de la replicación en
procariotas se produce a nivel
del sitio de inicio Ori C. En Ori C
existen unas repeticiones donde
se unen unas proteínas llamadas
DNAa que reforman la molécula
de ADN (por hidrólisis) y abren
una pequeña burbuja que es
reconocida por las células
helicasas DNAc y DNA b. En las
helicasas DNAc se produce la
unión con el ADN mientras que
las helicasas DNA b que son
unidas al ADN por
la helicasa DNAc
forma un anillo que
hidroliza ATP y
comienza a
desplazarse por el
ADN rompiendo
puentes de
hidrógeno y
alargando la
separación del ADN
en forma
bidireccional, se
forman dos
horquillas que se
alejan entre sí. Las
moléculas de ADN
se separan en forma bidireccional por las helicasa DNAb que son procesivas y consumen ATP.

Iniciación en eucariotas:
La duplicación en eucariotas comienza en sitios específicos llamados replicadores donde se unen un
complejo de reconocimiento del origen llamado ORC.
ORC recluta a otras proteínas como CDT1, CDC6 y las helicasas MCM 27 que comienzan a separar el
ADN cuando son estimuladas. Este complejo se forma en G1 y se mantiene inactivo, en la transición de
G1 a S.
Unas quinasas dependientes de ciclinas fosforilan a CDT1, CDC6 y a MCM27 produciendo la
liberación de CDC6, CDT1 y haciendo que las cadenas de ADN se separen y luego las helicasas
MCM 27 alargan la separación formando dos horquillas que se alejan entre sí.

Como resultado de la
iniciación tanto en
procariotas como en
eucariotas se forma una
burbuja que contiene
cadenas de ADN simples
que van a ser duplicadas
por las ADN polimerasas.
Las ADN polimerasas 3
son las que van a
participar en la elongación
en los procariotas y la
ADN polimerasa delta va
a participar en la
elongación de los
eucariotas, en tramos pequeños participa la ADN polimerasa epsilon. Las ADN polimerasas son
enzimas multiméricas que contienen varias subunidades y se unen al ADN de un fragmento de ácido
nucleico preformado. Ese fragmento de ácido nucleico se denomina primer y durante la duplicación
es un fragmento de ARN llamado ARN cebador que es sintetizado por una enzima llamada primasa
que se asocia a la helicasa en el momento que las cadenas de ADN empiezan a separarse. La primasa
va a dejar un cebador en cada una de las cadenas que se van a duplicar.

La duplicación del ADN requiere que las polimerasas se unan al primer y se desplacen al extremo
3´donde pueden captar al siguiente nucleótido que entra con su extremo 5´.
La ADN polimerasa capta al siguiente nucleótido que ingresa con 3 fosfatos y le saca 2 de los 3 fosfatos
que forman el pirofosfato que luego se hidroliza a fosfato inorgánico liberando más energía. El fosfato
que quedó en el extremo 5 ́ se une al extremo 3 ́ donde está la polimerasa y la energía para esta unión
proviene de la hidrólisis de los enlaces fosfatos ubicados en el extremo 5 ́.
Luego de producirse el enlace fosfodiéster la enzima avanza al siguiente extremo 3´y capta al nuevo
nucleótido por su extremo 5´.
Siempre la energía para la unión proviene del nucleótido entrante y para que se produzca la
unión necesita de un OH en el extremo 3´.
Existen moléculas diseñadas para interrumpir la duplicación del ADN como el AZT que es un
nucleótido que tiene una base similar a la timina pero en el carbono 3´tiene un hidrógeno en lugar de un
OH, es un didesoxirribonucleótido (método Sanger).
Si la duplicación ocurre en presencia del nucleótido cuando es incorporado a la cadena naciente la
elongación se va a interrumpir ya que el ADN polimerasa se va a encontrar en un extremo 3 ́ que
carece de OH y no puede adicionar al siguiente nucleótido. El AZT es una en la terapia contra el VIH ya
que cuando el virus hace una retrotranscripción no se puede continuar elongando al genoma que está
copiando una vez que se incorpora al AZT. En presencia del AZT las p olimerasas eucariotas no lo
incorporan con la misma facilidad ya que la ADN polimerasa puede hacer correcciones mediante
lecturas de prueba pero la retrotranscriptasa no puede hacer estas correcciones, así que es más fácil
que el AZT se incorpore al ADN durante la retrotranscripción que ocurre al duplicar el genoma
viral. También se utilizan moléculas que contienen bases nitrogenadas alteradas, como purinas
sulfuradas en terapias contra el cáncer. Estas bases pueden sustituir a la adenina y a la guanina y no
son detectadas fácilmente por la polimerasa así que durante la duplicación se incorporan al genoma de
la célula estropeando y haciendo que la célula sea inviable. En el caso de usar estos nucleótidos con
bases nitrogenadas alteradas se afectan los tejidos que proliferan y si por ejemplo la persona tiene un
cáncer se reduce su proliferación. Las consecuencias son que los epitelios, células del tejido conjuntivo,
células hematopoyéticas pueden tener alguna dificultad para proliferar y se puede producir por ejemplo
la pérdida de pelo o diarrea.

Elongación:
Durante la elongación la primasa coloca un cebador en cada cadena que es reconocido por la ADN
polimerasa 3 en procariotas o la ADN polimerasa delta en eucariotas. La polimerasa que se une al
primer cebador va a tomar en dirección 5´-3´detrás de la helicasa de una de las horquillas y a medida
que la separación avanza van quedando zonas del ADN sin duplicar que son los que están detrás de los
primer cebadores. Las primasas vuelven a fabricar cebadores para los fragmentos que son reconocidos
por otras polimerasas. Las polimerasas que se unen al segundo cebador copian hasta el primer cebador
donde se liberan y para ese entonces ya hay un tercer cebador sintetizado donde se unen las
polimerasas. La polimerasa que se une al tercer cebador va a copiar hasta el segundo cebador, que es
donde se suelta, para luego unirse a un cuarto cebador y así sucesivamente. Si consideramos la
burbuja desde el primer cebador hacia el extremo, la cadena se copia de forma contínua,
mientras que del primer cebador al otro extremo la cadena se copia de forma discontinua. Si
consideramos una horquilla una cadena hacer copia de forma contínua, es decir, que sigue la helicasa
y la otra se copia de forma discontinua. Tanto la contínua como la discontinua se sintetizan en
sentido 5´-3´ solo que la contínua va en el sentido de la separación de cadenas y la discontinua
va en el sentido opuesto.

La polimerasa cada vez que se une al ADN, se une a un anillo deslizante que la mantiene unida al
ADN. Ese anillo deslizante se llama PCNA en eucariotas y subunidad beta en procariotas. Este anillo
es fundamental para que la ADN polimerasa siga procesado y no quede colgando del ADN.

ADN polimerasas:
Las ADN polimerasas cada vez que colocan un nucleótido revisan si el nucleótido está bien colocado,
en el caso de que el nucleótido no esté bien apareado la polimerasa puede sacarlo actuando
como una exonucleasa en sentido 3´-5´.
Las polimerasas ADN tienen función correctora exonucleasa 3´-5´. Si tomamos en cuenta a la
retrotranscriptasa que también es una ADN polimerasa, esta no presenta actividad correctora y
por lo tanto incrementa la probabilidad de contener error, por eso los retrovirus tienen aumentada la
probabilidad de generar mutaciones. En las polimerasas la actividad exonucleasa está ausente
también a nivel de la ARN polimerasa.

Durante la elongación otro fenómeno que ocurre es la eliminación de los ARN cebadores. Los ARN
cebadores en los procariotas son eliminados por una ADN polimerasa 1 que a medida que elimina a
los ARN cebadores los sustituye por ADN.
La ADN polimerasa 1 tiene función exonucleasa 5´- 3´ que va sacando ribonucleótidos y los va
sustituyendo por desoxirribonucleótidos que ella misma une en sentido 5´- 3´.
Una vez que el fragmento de Okasaki no tiene ARN cebador se une al otro fragmento por medio de una
ligasa. En el ADN cuando termina la duplicación no queda ningún ARN cebador.
En los eucariotas, en cambio hay una enzima que elimina al ARN cebador que es la ARN ASA H y
luego que el ARN fue eliminado une otra enzima que es una ADN polimerasa que puede ser delta o
épsilon y llena el hueco que quedó del ARN cebador. Aquí también los fragmentos de Okasaki sin el
cebador son unidos por la ligasa.
Tanto en procariotas como en eucariotas la ADN polimerasa se une al ADN para duplicar la cadena
molde y para evitar que se suelte utilizan un anillo deslizante que le permite a la ADN polimerasa
desplazarse por el ADN.
Finalización:
Cuando se sustituye al ARN cebador por el
ADN en los eucariotas, el ARN cebador se
elimina por una ARNASA H y una ADN
polimerasa se une en el fragmento anterior y
sintetiza el hueco que dejó el ARN cebador, los
fragmentos de Okasaki sin el ARN cebador
luego se unen con una ligasa.
En la eliminación del último ARN cebador
hay un problema que es que no hay ningún
fragmento atrás que le permita a la ADN
polimerasa unirse para rellenar el hueco, en
este caso va a quedar la cadena
correspondiente al extremo 5´ más corta
que la cadena correspondiente al extremo
3´.
A lo largo de las sucesivas generaciones las
cadenas se van a ir acortando cada vez más y se va a llegar a un punto en el que no va a producirse
duplicación.
Cuando el tejido contiene la enzima telomerasa como las células cancerígenas, las células germinales
o madres, lo que va a ocurrir es que la telomerasa va a elongar a la cadena 3´. La telomerasa es una
retrotranscriptasa, eso significa que tiene un ARN que usa como molde para polimerizar ADN. La
telomerasa alarga unos cuantos nucleótidos a la cadena correspondiente con el extremo 3 ́ y luego se
libera del telómero.
Una primasa coloca un ARN cebador en el extremo de la cadena recién sintetizada para que una
ADN polimerasa y lo usa como molde generando la duplicación del fragmento sintetizado por la
telomerasa y luego un ligasa une este fragmento sintetizado al extremo 5´del cromosomas.
El ARN cebador es eliminado y de todas maneras queda una cadena más larga que la otra. Lo
que evita la telomerasa es que se acorten los cromosomas a lo largo de las sucesivas divisiones
mitóticas pero no evita que se quede una cadena más corta que la otra. El extremo 3´que queda
monocatenario en el telómero, se dobla sobre sí mismo formando un bucle en el que pueden aparearse
bases que no se correspondan con los apareamientos de Watson y Crick.

A TENER EN CUENTA:
- Se considera al replisoma a: helicasa, anillo deslizante, proteínas RPA/SSB, ADN
polimerasa y al primer. Se considera un complejo multimérico con diferentes funciones.
- Todas las polimerasas se denominan como oligoméricas.
- El ADN polimerasa forma un complejo de alta procesabilidad.
- La fidelidad de la replicación en eucariotas es alta justamente porque el ADN polimerasa tiene
acción correctora.
- El sitio activo de la ADN polimerasa es en el extremo 3´ de la cadena que va a elongar.
- Tabu en procariotas mantiene a las ADN polimerasas unidas en procariotas.
- La ADN polimerasa tiene función exonucleasa 3´ - 5´ para poder reparar y función 5´- 3´para la
eliminación de los cebadores.
- Las ADN polimerasas siempre requieren de un molde de ARN o de ADN para sintetizar la
cadena complementaria.
- Todas las enzimas y todas las polimerasas son oligoméricas, tienen varias subunidades.
 - La ADN polimerasa forma un complejo de alta procesividad porque al unirse al anillo deslizante
se convierte en una enzima procesiva, es decir, que puede hacer la misma reacción de forma
contínua sin estar uniéndose y soltándose de los sustratos.
- El ADN polimerasa forma un complejo de alta fidelidad.
- El organizador nulceoral es para el ARN ribosómico.

PCR:
PCR es la reacción en cadena de la polimerasa y es una manera de amplificar un fragmento del
genoma que contengan secuencias de intrones, ya sea un gen u otra secuencia de interés.
Para realizar esta amplificación se hace la duplicación del ADN in vitro y se utiliza una ADN polimerasa
termoestable llamada la TAQ polimerasa.
Esta ADN polimerasa tiene una temperatura óptima de 72ºC y se extrae de termófilas aquaticus que
vive en aguas termales.
Además se requieren desoxirribonucleótidos trifosfatados, Mg +, buffer y cebadores o primer que
le van a indicar a la TAQ polimerasa donde debe comenzar a duplicar.
La TAQ polimerasa se une a los cebadores y copia hasta el otro extremo a las cadenas de ADN que se
separaron por la desnaturalización aumentando la temperatura aproximadamente hasta los 95ºC.
Los primer no solo le indican a la
polimerasa donde empezar a duplicar
sino que también delimitan los
extremos del fragmento que se quiere
amplificar.
Una vez que se separaron las cadenas
por aumento de la temperatura se
desciende la temperatura a 50-60ºC para
que se unan los cebadores y finalmente
aumento la temperatura hasta los 72ºC
para que se una la TAQ polimerasa, se
realizan alrededor de 35 ciclos. Los
primer hibridan con el ADN en cadenas
separadas.
Un primer se va a unir al extremo donde
termina el fragmento que se quiere
amplificar y el otro primer se va a unir al
comienzo del fragmento de interés.
Al terminar el primer ciclo voy a tener dos moléculas y en una hay una cadena que tiene la longitud
inicial del ADN mientras que en la otra la cadena va desde el sector final del fragmento que se quiere
amplificar hasta el otro extremo. La otra molécula tiene una cadena con la longitud original y esta
cadena va desde el comienzo del fragmento que se quiere amplificar hasta el otro extremo. Al repetir los
ciclos se van a comenzar a obtener moléculas de ADN con la longitud de los fragmentos que se
quiere amplificar. Estos van a aparecer a partir del tercer ciclo. Los primer son decisivos para lograr
la amplificación de ese fragmento y no la amplificación de todo el genoma.
Si consideramos un fragmento de ADN que se quiera amplificar tendríamos la cadena codificante cuya
secuencia se escribe en 5 ́-3´y la mayoría de las veces cuando se da la secuencia de un fragmento o un
gen sólo se da la cadena codificante.
La cadena complementaria a la codificante se llama no codificante y es antiparalela con la codificante.
A los 95ºC se separan las cadenas codificante y no codificante, en el extremo 3 ́ de la codificante a nivel
del fragmento que se quiere amplificar se une un primer que va a dar lugar a una cadena no codificante.
El primer que se une en el extremo 3´de la codificante y origina una cadena no codificante se
llama negativo o reverso.
El primer que se une en el extremo 3´de la no codificante y que origina una cadena codificante se
llama primer positivo o directo.
Estas denominaciones hacen referencia a que le primer que va a servir para formar la codificante
tiene igual secuencia de bases que hay en el comienzo del fragmento de la cadena codificante,
mientras que el primer que se une a la cadena codificante y va a servir para formar la no
codificante tiene secuencia complementaria con los último nucleótidos del fragmento que se
quiere amplificar a nivel de la cadena codificante.

Durante la técnica de PCR comienzo con una o unas pocas moléculas de ADN que contienen el
fragmento que quiero amplificar. El primer ciclo aumento la temperatura separando las cadenas,
desnaturalizando el ADN y luego bajo la temperatura a 50-60ºC para que se hibriden los primers tanto
en la cadena codificante como en la no codificante. En la codificante se va a hibridar el primer reverso y
la TAQ polimerasa va a copiar desde el primer hasta el otro extremo obteniéndose una molécula que
tiene una cadena con la longitud original y la otra cadena que va hasta donde termina el fragmento que
quiero amplificar.
La otra molécula va a estar formada por una cadena de longitud original que es no codificante y en ella
va a hibridar el primer directo y la polimerasa va a copiar desde el primer hasta el otro extremo
originando una cadena codificante que va desde el comienzo del fragmento hasta el otro extremo.
Cuando comienzo el segundo ciclo, calienta 95ºC por el termociclador y obtengo 4 cadenas, bajo la
temperatura a 50-60ºC y los primer van a hibridar, los directos hibridan en las cadenas no codificantes y
los inversos hibridan en la codificante.
Al finalizar el segundo ciclo ya tengo moléculas de ADN con cadenas con la longitud del fragmento que
quiero amplificar. En el tercer ciclo vuelve a aumentar la temperatura y voy a obtener 8 cadenas ya que
el segundo ciclo terminó con 4 moléculas de ADN.
Al enfriar a 50-60ºC los primer directos se unen a las cadenas no codificantes y los primer reversos se
unen a las cadenas codificantes y luego de que la TAQ polimerasa duplique al finalizar el tercer ciclo
ya voy a tener moléculas de ADN que tienen la longitud del fragmento que quiero amplificar y
además voy a obtener cadenas que tiene la longitud del fragmento que quiero amplificar.
A medida que se suceden los ciclos de aumento y disminución de la temperatura se van obteniendo
cada vez más cantidad de fragmentos con la longitud del fragmento que quiero amplificar. Luego de
varios ciclos prácticamente sólo hay moléculas de ADN que contienen el fragmento que se quería
amplificar gracias a la ubicación de los primer. Estos fragmentos se analizan por electroforesis o por
secuenciación.

Electroforesis:
Una manera de analizar a los fragmentos es a través de la electroforesis. Por medio de la electroforesis
puedo separar los fragmentos de acuerdo a su longitud.
Los fragmentos se colocan en un sector del gel llamado pocillo y se hace circular corriente del cátodo
(negativo) al ánodos(positivo).
Como el ADN es negativo los fragmentos comienzan a alejarse del cátodo y como el gel tiene
poros por donde los fragmentos tienen que avanzar se va producir un avance más lento de los
fragmentos más largos y un avance más rápido de los fragmentos más cortos.
En definitiva, los fragmentos más largos se ven más arriba y los fragmentos más cortos se ven
más abajo.
Para detectar la posición de los
fragmentos se usan sondas con
secuencias cortas marcadas que
tienen complementariedad con estos
fragmentos. En cada carril donde
quedan ubicados los fragmentos las
sondas se van a pegar a dichos
fragmentos y van a generar una marca
que va a indicar la posición del
fragmento.
Esta marca que se observa es la
superposición macroscópica de las
sondas que están unidas a los
fragmentos.
La electroforesis permite ubicar a los
fragmentos según el tamaño y eso
puede ser utilizado de diferentes
maneras dependiendo de la finalidad del estudio.
La técnica de PCR puede ser utilizada para analizar fragmentos de ADN variables que pueden ser por
ejemplo microsatélites, nanosatélites o fragmentos polimórficos
Una utilidad es el análisis de los microsatélites ya que estos son muy polimórficos y es muy difícil que
dos personas que no estén relacionadas tengan los mismos fragmentos.
Los microsatélites son repeticiones en tándem, de 1 a 6 nucleótidos aunque a veces se pueden describir
como repeticiones de 2 a 5 nucleótidos o de 1 a 5, pueden aumentar su tamaño (expandirse) o disminuir
tamaño (contraerse).
En el ADN de un cromosoma donde existe un microsatélite este se encuentra un número de veces
repetido ocupando una longitud que es diferente a la longitud que ocupa el mismo microsatélite en el
cromosoma homólogo, a conocer que por coincidencia la persona sea homocigota, pero debido al gran
polimorfismo que hay para los microsatélites lo más seguro es que una persona sea heterocigota y
tengo una combinación de microsatélites que es muy difícil de encontrar en otra persona.
La única manera de que sea más probable que dos personas compartan los mismos microsatélites es
que sean familiares.
Los microsatélites se pueden considerar como genes que tienen transmisión mendeliana y expresión
codominante.
Si analizamos el cruzamiento entre dos individuos de los que sabemos la longitud de los microsatélites
podemos predecir qué combinación deberían tener los hijos de la pareja.
Cada hijo debe tener 1 microsatélite del padre y 2 microsatélites de la madre.
También si analizamos una muestra de sangre, semen, saliva etc. y buscamos un determinado
microsatélite este debe estar presente en la persona de la cual procede la muestra en fragmentos
que tengan una longitud idéntica.
Para el análisis de micro, minisatélites y otros fragmentos polimórficos se utilizan PCR para amplificar el
fragmento que tiene la secuencia en estudio y electroforesis en gel para separar a los fragmentos por su
tamaño.

Enzimas de restricción:
Las enzimas de restricción son endonucleasas que fragmentan el ADN de doble cadena nivel de unas
secuencias diana que son palindrómicas específicas para cada enzima.
La endonucleasa al producir el corte fragmenta al ácido nucleico. Por ejemplo si realiza un corte origina
dos fragmentos, si hace dos cortes origina tres fragmentos etc.
Existen mutaciones que hacen aparecer sitios de corte u mutaciones que hacen desaparecer sitios de
corte. Si por ejemplo estudiamos un gen en el que una mutación donde se sustituye timina por citosina
la hace que se pierda una secuencia de corte se va a producir la fragmentación del alelo normal pero
no del alelo mutado.
En este ejemplo el fragmento del gen que estudiamos tiene una longitud de 1000 pb y cuando se
fragmenta origina 2 fragmentos, uno de 600 pb y otro de 400 pb.
Si tenemos por ejemplo una persona homocigota que contiene los dos alelos normales, se fragmentan
ambos y solo habrá fragmentos de 600 y 400 pb.
Si tenemos una persona heterocigota con 1 alelo mutado y otro normal, el alelo mutado no se fragmenta
pero el normal se fragmenta en fragmentos de 600 y 400 pb. Si tenemos un homocigoto con ambos
alelos mutado no se fragmentara ninguno de los alelos y solamente tendremos fragmentos de 1000 pb.
Para estudiar los fragmentos y determinar el genotipo debemos amplificar por PCR el sector del genoma
que vamos a estudiar que contiene normalmente parte del gen en estudio donde se ubican el sitio que
puede estar mutado.
Mediante el uso de primer adecuados simplificamos a los fragmentos que vamos a estudiar y luego se
coloca la enzima de restricción para saber si fragmentan o no al ácido nucleico.
Luego del tratamiento con la enzima de restricción se realiza una electroforesis en gel y se coloca una
sonda que es complementaria a alguna secuencia que esté en los fragmentos eso le permite hibridar
con los fragmentos y de esa manera marca el sitio donde se encuentran los fragmentos.
El análisis de la electroforesis en gel con los fragmentos marcados por la sonda, nos permite en este
caso determinar si la persona es homocigota o el alelo normal o el alelo mutado o determina si es
heterocigota.

A TENER EN CUENTA:
- El ADN polimerasa TAQ es termoestable, quiere decir que no es sensible a la temperatura.
- En el PCR el ADN está desnudo, sin histonas.
- Las endonucleasas son enzimas que cortan al ADN internamente, mientras que las
exonucleasas cortan al ADN en los extremos.
- Tanto el primer directo como el inverso son parte de la secuencia que quiero analizar.
- Cuando hay una doble recombinación se vuelve a estar como se estaba la inicio sinnla
recombinación.

Recombinación:

Una recombinación implica una modificación en la composición de la secuencia original de un

cromosoma.
Esa recombinación se puede dar de diferente maneras y en respuesta a diferentes situaciones, por
ejemplo existe la recombinación homóloga durante la meiosis que tiene como finalidad aumentar
la cantidad de gametos posibles de un individuo, y de esa manera generar variabilidad en la
herencia.
La recombinación homóloga de la meiosis implica que el cromosoma que se le hereda a un
descendiente es un mosaico entre los cromosomas del progenitor. Por ejemplo, una persona
hereda 1 cromosoma uno de su madre que contiene fragmentos de ambos cromosomas 1 maternos así
que la combinación de genes que viene en el cromosoma 1 de una persona que lo hereda, no es igual a
la combinación de genes que hay en cada cromosoma 1 de la persona.
Reparación homóloga:
La recombinación homóloga se puede utilizar también para la reparación de roturas dobles de ADN.
En esta recombinación cuando se rompe una molécula de ADN, es decir, un cromosoma se busca
en el cromosoma homólogo las secuencias complementarias para que se reinserten en la
molécula de ADN en la región que fue pautada.
Los extremos de los cromosomas rotos son reconocidos por enzimas que digieren un fragmento
monocatenario correspondiente al extremo 3´. Al fragmento monocatenario del extremo 3 ́ se le
unen enzimas llamadas REC A que por medio de las hidrólisis de ATP invaden el cromosoma
homólogo hasta encontrar secuencias complementarias donde se aparean.
Luego enzimas que son ADN polimerasas comienzan a elongar el extremo 3 ́ para que se sintetice
el fragmento faltante hasta el extremo 5´.
Una vez que se sintetizó el fragmento de adn faltante las ligasas ven al extremo 3´del fragmento
recién sintetizado al extremo 5´de la molécula que estaba rota y finalmente las endonucleasas
producen cortes en estos heteroduplex (ácidos nucleicos de doble cadena) quedando los dos
cromosomas con fragmentos del otro cromosoma y un fragmento recién sintetizado.
Si alguna base queda mal apareada se va a producir una reparación de bases mal apareadas.

Recombinación de sitio específico:

La recombinación de sitio específico es una recombinación que ocurre dentro de un mismo
cromosoma con eliminación de fragmentos de ADN que quedan entre los sitios recombinados.
Se aplica por ejemplo a los genes de las cadenas pesadas y livianas de los anticuerpos.
Los anticuerpos reconocen antígenos en una ranura que queda entre la cadena pesada y la liviana.
Para poder llevar adelante esta función esta ranura debe ser diferente en cada anticuerpo y eso
se logra por medio de una recombinación de sitio específico.
Tanto la cadena pesada como la cadena liviana contienen extremos diferentes que están codificados
por exones que en el caso
de la cadena pesada son V,
D y J y en el caso de la
cadena liviana son V y J.
El gen que codifica por la
cadena pesada contiene
varios exones V, varios
exones D y varios exones J
además de contener exones
que codifican para la parte
constante de la cadena
pesada. Durante la
maduración del linfocito B
los exones v,d Y j se
recombinan de manera
que cada linfocito B al
madurar elige un exón V,D
y J así que en cada
linfocito B el extremo de
la cadena pesada es diferente.
En la cadena liviana ocurre lo mismo con los exones V y J de tal manera que en cada linfocito B
el extremo de la cadena pesada y liviana son diferentes.
Esta recombinación de sitio específico o recombinación somática asegura que cada linfocito B
pueda reconocer un único antígeno y en el caso de que entre un microbio que contenga a este
antígeno se induce la proliferación del linfocito B que lo reconoció para que fabrique muchos
anticuerpos contra ese antígeno.
Segunda Ley de Mendel, genes en diferentes cromosomas:
En la segunda ley de Mendel se estudia la segregación de genes ubicados en diferentes cromosomas.
Si se produce una meiosis primero se separan los cromosomas homólogos y luego las cromátidas. Al
separarse los cromosomas homólogos se segregan con independencia, eso significa que en este
dibujo cualquiera de los cromosomas que tiene el alelo A se puede ir con cualquiera de los cromosomas
con el alelo B.
Se pueden formar por ejemplo gametos que tienen AB, Ab, aB y ab y la probabilidad de cada uno de los
gametos es la misma, es de 25% o ¼.
En la ley de segregación independiente un dihíbrido puede generar 4 gametos en iguales
proporciones, 1:1:1:1.

Genes en el mismo cromosoma:

Cuando se estudian genes ubicados en el mismo cromosoma y tomamos un dihíbrido como referencia
debido a la mayor cantidad
de gametos que puede
producir podemos tener un
dihíbrido en acoplamiento
o en repulsión.
Los dihíbridos en
acoplamiento tienen a los
dos dominantes juntos y a
los dos recesivos juntos,
mientras que si están en
repulsión tienen a un
dominante y a un recesivo
en el mismo cromosoma.
Si no existe la
recombinación los
cromosomas se segregaron
manteniendo la
combinación de alelos que
tienen, pero debido al fenómeno de recombinación las cromátidas se intercambian fragmentos y en esos
fragmentos se intercambian genes , dónde pueden estar los genes que estamos estudiando y que
terminan recombinados.
En el momento de la recombinación o intercambio entre cromátidas los cromosomas están
duplicados y cada cromosoma contiene 2 cromátidas de las 2 cromátidas 1 participa en el
intercambio mientras la otra se mantiene constante. Asumiendo que se produzca siempre el
intercambio aparecerán 50% de recombinantes y 50% de parentales pero como la recombinación
es al azar no siempre que dos genes estén en el mismo cromosoma van a terminar
combinándolos sino que la probabilidad de que esto ocurra va a depender de la distancia que
hay entre ellos dentro del cromosoma, cuando más lejos estén los genes dentro del
cromosomas, mayor será la posibilidad de que recombinan.
El porcentaje de recombinantes se puede utilizar como la distancia a la que se encuentran los genes
dentro del mismo cromosoma. Por ejemplo, si los genes están a 10 centimorgan la probabilidad de que
recombinan es de 10%. Si los genes están muy lejos dentro del cromosoma y recombinan siempre, el
máximo de recombinación llegaría al 50% y en ese caso los genes se segregan de forma independiente.

Procesos de recombinación homóloga:

En la recombinación homóloga en los eucariotas ocurre durante la meiosis. En este caso la
recombinación se da durante el paquiteno y los sitios donde hubo recombinación quedan marcados por
los quiasmas.
Primero las moléculas se alinean de un extremo al otro, en la meiosis las moléculas homólogas o
cromosomas homólogos se alinean en el cigoto y 2 endonucleasas producen un corte a nivel de la
misma altura en una de las cadenas de cada molécula.
A una de las
moléculas se le asocia la
helicasa RECBCD que
comienza a separar las
cadenas de esa molécula
y a una de las cadenas se
le une una ATPasa llamada
RECA.
RECA es una ATPasa que
realiza la invasión rama,
es decir, une en el
ejemplo la cadena azul a
la roja de la cadena
homóloga, formándose el
heteroduplex.
La moléculas de ADN
entrecruzadas forman una
estructura cruciforme ue
se desenreda y forma el
intermediario de holliday en el que se asocia una proteína llamada RUVAB que aumenta la cantidad
de heteroduplex. Finalmente una enzima llamada RUV C (resolvasa) corta el intermediario de
holliday y dependiendo si el corte lo hace en forma vertical u horizontal se va a generar 2 posibilidades
en el ejemplo el corte vertical no produce recombinación peor si el corte fuera horizontal si produce
recombinación en este ejemplo.

Generalidades de la
transcripción:
La transcripción es la formación de
ARN. Durante la transcripción se
forman todos los tipos de ARN:
mensajero, transferencia,
ribosómico y funcional (son unas
cuantas moléculas con actividad
enzimática). Las moléculas de
ARN son monocatenarias y se
sintetizan mediante la unión de
ribonucleótidos el extremo 3´del
ARN naciente. Durante la
transcripción la ARN polimerasa
detecta al gen a través de una secuencia promotora y comienza a separar las cadenas utilizando
sólo 1 de ellas como molde.
La cadena que utilizan como molde es donde se van a ir uniendo los nucleótidos con ribosa, es decir,
ribonucleótidos que la ARN polimerasa va a ir uniendo en sentido 5´- 3´.
A medida que el ARN polimerasa avanza el gen va separando las cadenas de ADN que quedan por
delante y se van uniendo las cadenas de ADN que quedan por detrás.
El ARN queda colgado del ADN a través de un híbrido ADN-ARN que es lo que le permite a la
ARN polimerasa avanzar.
Cuando la ARN polimerasa llega a la secuencia de fin el híbrido se rompe, se libera la ARN polimerasa
y el ARN quedando la molécula de ADN intacta para que se pueda volver a transcribir.
Sólo se transcriben los genes o la región codificante, es decir, los exones.

Los genes son segmentos de

ADN que se pueden transcribir,
todos ellos tienen una
secuencia promotora, una
región codificante y una
secuencia de fin.
El ARN polimerasa detecta la
región promotora y transcribe
la codificante. Cuando llega a
la secuencia de fin se separa
liberando al ARN transcrito. Un
mismo gen es transcrito
simultáneamente por muchos
ARN polimerasas al mismo
tiempo.

En la transcripción básicamente
ocurren los mismos procesos que
en la duplicación. La enzima que
participa se llama la ARN
polimerasa que polimeriza en
sentido 5´- 3´y no posee función
correctora, es decir, no puede
realizar lectura de prueba y
actividad exonucleasa 3´- 5´para
reparar al ARN.
La ARN polimerasa sintetiza un ARN en sentido
5´- 3´desde el + 1 alejándose del promotor y su
secuencia es complementaria a la cadena molde
e igual a la cadena codificante, por eso a la
cadena molde se le llama negativa y a la no molde
se le llama positiva o codificante.
El ARN y la cadena codificante tienen la misma
secuencia sólo que la codificante tiene timina y en
su lugar la no codificante posee uracilo ya que es
ARN.
Desde el + 1 (primera base que es codificante,
generalmente Adenina o guanina) hacia el
promotor, se denomina up-stream y desde el +1
hacia el fin se llama downstream (parte codificante).

Transcripción en procariotas:
La ARN polimerasa bacteriana es una ARN polimerasa única capaz de transcribir los 3 tipos de
ARN que realmente la bacteria necesita, además también transcribe ARN funcional.
La ARN polimerasa bacteriana está formada por un núcleo que tiene 2 unidades alfa ubicadas hacia
atrás y dos unidades beta ubicadas más adelante Se trata de una enzima poligomérica a la que también
se le puede asociar una subunidad omega. El core (enzima central) se asocia a una subunidad
sigma que es importante para detectar al promotor y poder iniciar la transcripción. SIgma es una
sub-unidad removible que se libera del core cuando ya ha comenzando la transcripción.

Transcripción en procariotas:
Los ARN bacterianos detectan al
promotor a través de secuencias
consenso ubicadas en el promotor. El
promotor bacteriano está
completamente up-stream en
relación al sitio de inicio y contiene
una secuencia en -10 y otra
secuencia en -35 que sirven para
reconocer a la subunidad sigma de la
ARN polimerasa. La secuencia
ubicada en -10 leída en la cadena
codificante es TATAAT o similar ya
que puede presentar diferencias que
pueden llegar a no afectar la unión de
la polimerasa. Si en vez de tener esta
secuencia tiene una similar la
polimerasa se puede unir igual. La
secuencia ubicada en -35 es TTGACA o
similar y aquí también si existe un
cambio de alguna de las bases puede
servir de todas maneras.
En la región -35 es donde la ARN
polimerasa se une y la región -10
es donde la ARN polimerasa
comienza a separar las cadenas para poder usar a
una como molde. Se denomina complejo promotor
abierto a la unión de la ARN polimerasa con el
promotor.
En la medida que la polimerasa a través de sigma se
pueda unir correctamente al promotor la transcripción
va a ocurrir con más facilidad y frecuencia pero si la
ARN polimerasa le cuesta unirse al promotor la
transcripción va a ocurrir con menos frecuencia o
incluso puede pasar que no ocurra. Cuando más
parecida sea la secuencia de bases que hay en -10 y
-35 la secuencia consenso más efectiva será la transcripción y ocurrirá conmayor frecuencia, cuanto
más diferente sea la secuencia -10 y -35 en relación a la secuencia consenso peor será la función
promotora y con menos frecuencia ocurrirá la transcripción.

Iniciación de la transcripción en procariotas:

Durante la iniciación de la transcripción en procariotas, el ARN polimerasa se desplaza sobre el ADN
mediante una unión débil realizando un barrido de prueba. En ese barrido de prueba de
aproximadamente 200 pb la subunidad sigma puede pasar por arriba de un promotor y cuando
pasan por arriba de un promotor se une a la región en -35 y comienza a separar las cadenas en la
región de -10.
Quedan en posición el +1 que es el primer nucleótido que se va a transcribir y la misma subunidad
sigma coloca el primer nucleótido y luego 9 o 10 màs hasta que se forma un fragmento de ARN que se
une al canal de la polimerasa a nivel del core permitiendo que sigma se libere. Cuando sigma se libera
va continuar el core de la polimerasa elongando al ARN que se está sintetizando.

Elongación transcripción en
procariotas:
Durante la elongación la ARN
polimerasa formada solo por el núcleo
continúa desplazándose sobre el ADN
en sentido 5 ́- 3 ́ sobre la cadena de
ARN que está sintetizando. El extremo
de crecimiento del ARN es el extremo
3 ́ y es a este nivel donde se
adicionan los ribonucleótidos. La
ARN polimerasa no realiza lectura de

prueba ni desarrolla función correctora 3 ́- 5´exonucleasa.

En el caso de que se cometan errores durante la transcripción no
van a ser reparados.
Lo que mantiene a la ARN polimerasa asociada con el ADN es el
híbrido ADN/ARN que se forma en el sitio activo de la polimerasa.
Durante la finalización ese híbrido se va a romper y se va a liberar al
ARN, a la ARN polimerasa y queda el ADN intacto para ser transcrito
nuevamente.

Finalización de la transcripción en procariotas:

1- Rho independiente:
La finalización rho
independiente no precisa de
la proteína rho sino que en
este caso la arn polimerasa
hacia el final del gen
transcribe en el ARN una
secuencia
autocomplementaria que
forma una horquilla que va a
dificultar al avance de la
ARN polimerasa. A
continuación de la horquilla en
el ARN hay muchos uracilos que se asocian con adenina y generan enlaces débiles (dos puentes
de hidrógeno) que facilitan la separación de las cadenas del ADN y el ARN. La horquilla
“tironea” del híbrido y se produce la liberación del ARN, de la ARN polimerasa y se finaliza la
transcripción.
2- RHO DEPENDIENTE:
En la finalización rho dependiente se produce la unión al ARN de una proteína llamada rho que es una
ATPasa que mediante la hidrólisis de ATP se desplaza por el ARN hasta llegar al híbrido ADN/ARN al
que termina disociando provocando que el ARN se libere del ADN. Al romperse el híbrido se suelta el
ARN polimerasa y termina la transcripción.

Transcripción en eucariotas:
La transcripción en eucariotas al igual que en procariotas,
es la síntesis del ARN. Por transcripción se sintetizan
todos los tipos de ARN solo que en los eucariotas hay 1
ARN polimerasa para cada tipo de ARN. La ARN
polimerasa 1 sintetiza ARN ribosómico con excepción
del 5S. La ARN polimerasa 2 sintetiza el ARN
mensajero y la ARN polimerasa 3 sintetiza el ARN de
transferencia y ARN ribosómico 5S.

La ARN polimerasa 3 también participa en la síntesis de otros ARN pequeños funcional como por
ejemplo ribosomas etc.
La estructura general de las ARN polimerasas es básicamente común, posee 2 subunidades beta y dos
subunidades alfa junto con una subunidad de tipo omega. Existen además subunidades comunes a
todas las ARN polimerasas eucariotas y subunidades específicas de cada ARN polimerasa. En el caso
de la ARN polimerasa 2 esta tiene en el sector carboxilo un dominio carboxilo final fibroso donde
se asocian proteínas que van a participar del procesamiento del ARN mensajero. Todos los ARN
mensajeros y en general todos los
ARN eucariotas se sintetizan como
pre ARN y luego se modifican para
formar ARN maduros que abandonan
el núcleo.

La ARN polimerasa 2 transcribe genes

para el ARN mensajero que son los
genes que se van a traducir y por tanto
codifican para proteínas.
Existe una gran heterogeneidad en
cuanto a los genes que codifican para
proteínas. La mayoría de ellos contienen
un promotor (muy variable de un gen al otro), contienen una región codificante y una secuencia de fin.
En relación al promotor hay mucha variedad entre los diferentes promotores y la mayoría de
ellos posee una secuencia consenso en -25, una secuencia consenso en -35 y además tienen una
secuencia consenso próxima al +1 llamado INR y una secuencia en el +30 llamada DPE
(downstream promoter element). Las secuencias -25 se llama TATA BOX y la de -35 sitio de
reconocimiento TFIIB.
Hay mucha variedad de genes y promotores, existen promotores que carecen de TATA BOX, existen
promotores que tienen además de esta otros sitios otros elementos reguladores como por ejemplo el
CATBOX o CTBOX etc.
Hay promotores que tienen lo que se llama islas GC y hay promotores que tienen otros elementos
reguladores. En las ARN polimerasas bacterianas se encuentra la subunidad sigma pero en las
ADN polimerasas eucariotas no tienen ninguna subunidad similar a sigma así que para que la
ARN polimerasa se pueda unir al promotor se deben unir primero factores de transcripción
generales o basales que atrapan a la ARN polimerasa y aseguran una transcripción a un ritmo
basal.
La deficiencia de estos factores de transcripción o la mutación de los segmentos de ADN de
donde se unen impide la transcripción del gen. Además del promotor existen en el ADN otras
secuencias ubicadas tanto a 5´ como a 3´(upstream o downstream) respecto el promotor donde se
pueden unir factores de transcripción específicos que promueven la formación de complejos que
pueden estimular o reprimir la expresión del gen.
En relación a la región codificante de los genes eucariotas salvo excepciones contiene segmentos que
interrumpe al ADN codificante y se denominan intrones que son eliminados luego de la transcripción. Si
bien hay genes que no tienen intrones la mayoría de los genes contiene un segmento de ADN mayor
dedicado a los intrones que a los exones.
Siempre la región codificante empieza con un exón y termina con un exón, así que hay un exón
más que intrón. En relación a la región codificante esta se transcribe totalmente y luego se eliminan los
intrones. La secuencia o región de fin en eucariotas corresponde al sitio de poliadenilación.

Iniciación:
La iniciación en eucariotas tiene como finalidad
posicionar a la ARN polimerasa 2 en el promotor para
que se produzca el inicio de la transcripción.
La ARN polimerasa 2 contiene sectores de unión a
los factores de transcripción, pero no puede unirse
directamente al promotor. Esta se une a los factores
de transcripción que se unen al ADN.
Los factores de transcripción son proteínas con 2
segmentos, 1 de unión al ADN y otro de unión a
proteínas. Los dominios de unión al ADN reconocen
secuencias en el ADN a través del surco mayor y eso les
permite unirse a sitios específicos del ADN, así que tiene
que tener una forma que le permita unirse al ADN.
Los motivos de unión al ADN son hélice-giro-hélice;
dedo de zinc, cremallera de leucina, dominios de
receptores esteroideos etc. Los sitios de unión a otras
proteínas van a reclutar un complejo proteico capaz de
atrapar a la ARN polimerasa.

La iniciación de la transcripción en eucariotas requiere de la formación de un complejo proteico que

promueva la separación de las cadenas y el comienzo de la transcripción.
Existen muchos genes y muchas variedades en cuanto al mecanismo de iniciación sin embargo en la
mayoría de los genes el TATA BOX es reconocido por una proteína llamada TBP que puede estar
asociada a factores de activadores de la transcripción llamados TAF y en ese caso forma un
factor de transcripción denominado TFIID.
El TBP curva al ADN cuando se une al TATA BOX y permite que luego se asocie el factor de
transcripción TFIIB.
Se forma de esa manera un entorno proteico que atrapa al ARN polimerasa 2 que viene con el factor de
transcripción TFIIF.
Una vez que la ARN polimerasa 2 se une al complejo queda formado un complejo de pre inicio, en el
que se unen TFIIE y TFIIH para formar un complejo de inicio cerrado.
El complejo de inicio cerrado que contiene a TFIIH se convierte en un complejo de inicio abierto
cuando TFIIH actúa como helicasa y como quinasa separando las cadenas de ADN y fosforilando
la cola de la polimerasa.
Al ocurrir esto se liberan TFIIE, TFIIH y TFIIB quedando TBP y la ARN polimerasa 2 con la cola
fosforilada que comienza a desplazarse por el ADN sintetizando ARN.

Procesamiento:
1- Capping en el extremo 5´
2- Splicing/Corte y empalme
3- Poliadenilación
4- Proceso de editing

Iniciación del
capping:
Durante la iniciación
se produce el
agregado de una
caperuza al extremo
5 ́ del ARN
naciente. La
caperuza es una
molécula de 7 metil
guanosina que se
adiciona en el
extremo 5 ́del ARN
naciente por medio de un enlace 5 ́- 5́ entre la 7 metil guanosina y l nucleótido ubicado en 5 ́ .
Este enlace no puede ser digerido por las
nucleasas que dirigieron los enlaces 5´- 3´y por
lo tanto protege al extremo 5´.
La caperuza además sirve como señal para
que algunas proteínas saquen al ARN del
núcleo y para que los ribosomas sepan
donde
tienen que
comenzar a
traducir.

Elongación:
Durante la transcripción, luego de la iniciación ocurre la elongación.
En la elongación la ARN polimerasa va adicionando ribonucleótidos
al extremo 3´del ARN naciente, la ARN polimerasa se mantiene
unida al ADN por medio de un híbrido ADN/ARN como ocurría en
los procariotas y el ARN queda colgando de la ARN polimerasa.
En la elongación se transcribe toda la región codificante, incluyendo
a los intrones que van a ser eliminados. Los intrones están señalizados por medio de un par de
bases GU al comienzo del intrón y un par de bases AG al final del intrón, en el medio de su
secuencia contiene una adenina y se denomina centro de ramificación.
Hay unas proteínas llamadas proteínas u que contienen en su interior un ARN pequeño nuclear que
posee cierta complementariedad de bases con las bases del intrón y se asocian a este para formar un
spliceosoma que cataliza la eliminación del intrón.

Eliminación del intrón:

Primero se asocia la proteína U1 al intrón a nivel de GU y luego se asocia la proteína U2 a nivel del
sitio de ramificación A. Luego se unen U4, U5 y U6 que forman un spliceosoma que provoca cambios
conformacionales que llevan a que se elimine el intrón y a que se empalman los exones. El intrón luego
es degradado y el ARN queda solo con exones.

En los eucariotas existe también la posibilidad de generar un splicing alternativo en el que además de
eliminar los intrones se pueden eliminar exones. Gracias al proceso del splicing alternativo, un mismo
gen puede dar diferentes proteínas en un mismo tejido dependiendo del procesamiento. El splicing
constitutivo es cuando solo se eliminan los intrones mientras que el splicing alternativo es cuando junto
a los intrones se elimina algún exón. Podríamos decir que en algunos tejidos algún exón puede ser no
codificante.

Finalización:
La finalización en eucariotas coincide
con la poliandelinación que es un
proceso en el que se adicionan en el
extremo 3´una cola de adeninas que
van a servir en el citoplasma para
alargar la vida media del ARN
mensajero. Cuando el ARN
mensajero llega al citoplasma
comienza a ser degradado por
nucleasas que actúan en el extremo
3´donde se encuentra la cola poli A y
por tanto demoran en llegar a la región codificante un determinado tiempo que está en relación con el
largo de la cola poli A.
En la cola de la polimerasa o CTD es donde se asocian proteínas y enzimas que participan del
capping, splicing y de la poliadenilación.
Estás enzimas reconocen la señal AAUAA y cortan el ARN para que la poli A polimerasa vaya
agregando adenina al extremo 3 ́ del ARN mensajero.
Una característica de los ARN mensajeros es que en eucariotas su porción final es sintetizada sin
un molde de ADN. Otra característica de los ARN mensajeros eucariotas es que al llegar al
citoplasma se circulariza formando una circunferencia que aumenta la velocidad de la
traducción.
Hay una proteína que se une a la cola poli A para ayudar a salir en el citoplasma dificultando la
degradación de la cola poli A y que lo estabiliza a los ARN mensajeros.

A TENER EN CUENTA:
- Una mutación en los elementos en trans no siempre afecta a la transcripción, por ejemplo, si la
mutación se ubica en los enhancers, si puede disminuir la velocidad de transcripción pero puede
no afectarla en grandes dimensiones.
- Una mutación en el promotor no tiene porque siempre afectar la transcripción, puede
simplemente afectar débilmente la afinidad por los factores de transcripción y el promotor,
además depende del cambio de base que se realice ya que si poseen propiedades similares se
podría seguir adelante con el proceso.
- Se le llama unidad transcripcional compleja a las unidades de transcripción, es decir, a los genes
que pueden dar lugar a más de una proteína, ya sea porque tienen promotores alternativos,
sitios de finalización alternativos (sitios de poliadenilación alternativos), splicing alternativo,
editing etc.
- Si el ARN mensajero es policistrónico contiene la información codificante de un grupo de varios
genes.
 - Si me dan un ARN y yo debo determinar cuál es la secuencia codificante NO MOLDE, debo
saber que será la misma secuencia que la del ARN solo que se cambia el uracilo por timina.
- Los promotores le indican a la ARN polimerasa donde se encuentra el +1.
- El procesamiento es cotranscripcional, porque ocurre todo dentro del núcleo.
- El ARNt es procesado post transcripcionalmente.

Dogma central de la genética:

Las moléculas de ADN tienen a los genes
que son fragmentos de la molécula de
ADN que pueden ser usados como molde
para la síntesis de un ARN. La formación
de ARN se denomina transcripción y
originan todos los tipos de ARN, ARN
mensajero, ARN ribosómico, ARN de
transferencia y ARN funcional. El ARN
mensajero es el que se traduce y los
ribosomas se desplazan sobre el ARNm
en sentido 5´- 3´.
Los ARN de transferencia se asocian a los aminoácidos para formar moléculas de aminoacil ARNt.
Cada molécula de aminoacil ARNt posee 3 bases libres que forman el anticodón y dependiendo de la
secuencia de las 3 bases libres será el aminoácido que está unido al ARNt.
Cuando el ribosoma se desplaza sobre el ARNm “lee” en tandas de a 3 nucleótidos, por cada 3
nucleótidos atrapa a un ARN de transferencia que trae un aminoácido específico.
Se puede decir que esas 3 bases que “lee” el ribosoma constituyen una unidad de código, es decir,
constituyen un codón.
Cada codón atrapa a un ARNt y cada ARN de transferencia trae un aminoácido específico.

Ribosomas:
Los ribosomas son ribonucleoproteínas que actúan en la síntesis de proteínas. Hay ribosomas tanto
en procariotas como en eucariotas pero tienen diferencias.
En ambos casos los ribosomas tienen una subunidad menor y una subunidad mayor que contiene ARN
ribosómico y muchas proteínas.
En los procariotas la subunidad mayor tiene 50S y posee un ARNr de 23S y un ARNr de 5S junto
con muchas proteínas. La subunidad menor tiene un tamaño de 30S con un ARNr de 16S y también
muchas proteínas.
Cuando se juntan la subunidad mayor con la menor, se forma el ribosoma que tiene 70S.
En eucariotas la subunidad mayor tiene un tamaño de 60 S, posee 3 ARNr que son: 28S, 5,8S y 5S
además de muchas proteínas. La subunidad menor tiene un tamaño de 40 S con un ARNr de 18S y
muchas proteínas. Cuando se juntan la subunidad mayor con la menor se forma un ribosoma de
80S.
Tanto en procariotas como en eucariotas los ribosomas catalizan la síntesis de las proteínas.
En los procariotas el ARN ribosómico se sintetizó por la única ARN polimerasa que tienen. En los
eucariotas el ARN ribosómico se sintetizó por la ARN polimerasa 1, que se halla en el nucleolo y
cuando lo transcribe al ARNr, lo hace en tanta cantidad que forma una mancha en el núcleo que esa
mancha es el nucleolo.
ACLARACIÓN: las unidades “S” son el coeficiente de sedimentación y es una unidad NO
sumativa.
ARN de transferencia:
Los ARN de transferencia son moléculas de ARN
pequeñas que se pliegan para formar una estructura
secundaria compleja en la que hay un tallo y 3 brazos
con bucle.
En uno de los bucles hay 3 bases libres que
corresponden al anticodón y a nivel del tallo se
encuentran los extremos 3´- 5´de la cadena.
Los ARN de transferencia sufren muchas modificaciones
post-traduccionales que implican la modificación de
bases y formación de bases raras como por ejemplo:
pseudouridina, hipoxantina, 5 metil citosina etc.
En el extremo 3 ́ se forma siempre una modificación
que incluye la secuencia CCA donde se va a
adicionar el aminoácido por su extremo carboxilo.
La unión del aminoácido al ARNt se hace por una
enzima que se llama aminoacil ARNt sintetasa que
une a un determinado aminoácido con su ARNt
adecuado.
Existen 20 aminoácidos por lo que existen 20 aminoacil ARNt
diferentes que son una para cada aminoácido.

Durante la reacción se produce la hidrólisis del ATP hasta AMP y

pirofosfato, se forma momentáneamente un intermediario entre el
ARNt y el AMP y luego se liberan el AMP y se une el aminoácido.
En total durante la unión la célula pierde 2 ATP ya que el AMP
luego consume otro ATP para formar al ADP.
En el enlace éster entre el aminoácido y el ARNt se conserva la
energía equivalente a 2 ATP.
A este proceso de formación del aminoácil ARNt se le llama
activación.

Proceso de traducción, iniciación en procariotas:

La iniciación de la traducción en procariotas comienza antes de que termine la transcripción. En
los procariotas la transcripción y traducción están acopladas y se puede decir que la transcripción es
cotraduccional o que la traducción es cotranscripcional.
Inmediatamente que el ARNm va asomando por la ARN polimerasa en el extremo 5 ́ existe una
secuencia consenso llamada Shine Dalgarno que atrapa a la subunidad menor de los ribosomas.
En procariotas mientras los ribosomas no están sintetizando proteínas la subunidad menor se
encuentra separada de la subunidad mayor por el factor de iniciación IF3, eso le permite al ARN
16S quedar expuesto y va a reconocer a la secuencia de Shine Dalgarno ubicada en el extremo 5
́próxima al codón de inicio
AUG.
Cuando la subunidad menor se
une al extremo 5 ́del ARN
mensajero quedan en posición
el codón de inicio AUG que
atrapa al primer aminoacil ARNt
que trae como anticodón a
UAC y como aminoácido a la
formilmetionina que es una
metionina asociada al grupo formil.
Asociado al primer aminoácil ARNt a través de un GTP se halla el factor de iniciación IF2.
Cuando UAC se une con AUG se hidroliza el GTP y se liberan GDP, fosfato inorgánico, IF3 e IF2 lo
que permite que se una la subunidad mayor y se forme el ribosoma que presenta un sitio P y un
sitio A. Luego de que se forma el ribosoma se comienza la síntesis de la proteína o elongación.

Iniciación en eucariotas:
La iniciación en los eucariotas es diferente
que en los procariotas.
En los eucariotas debe terminar la
transcripción para que comience la
traducción y esto ocurre luego de que el
ARNm madure y salga del núcleo para ser
traducido.
Cuando el ARNm madura presenta en el
extremo 3´la cola poli A y en 5´la caperuza.
En ambos casos se unen las proteínas que
estabilizan a los extremos y alargan la vida
media del ARNm.
En el caso de la cola poli A se unen las
proteínas PAB (binding proteins) y en la
caperuza se unen proteínas de unión a la caperuza.
Fuera del núcleo también se unen a la cola
poli A proteínas que protegen al ARN y en 5 ́
a nivel de la caperuza se une el factor de
iniciación EIF4.
Estas proteínas pueden provocar que el
ARN se circularice lo que alarga su vida
media al protegerlo y aumenta la velocidad
de traducción.

Durante la iniciación se une a la caperuza la

subunidad menor del ribosoma que
contiene los factores de iniciación EIF
1,2,3 que están asociadas por un GTP a un ARNt que posee metionina como aminoácido y UAC
como anticodón.
La subunidad menor se une a el extremo 5´del ARNm y comienza a desplazarse por este en sentido 5´-
3´ hasta llegar al codón de inicio AUG.
La subunidad menor realiza un barrido de prueba y cuando llega al codón de inicio se detiene
hidrolizándose el GTP u liberándose el GDP, Pi y los factores de iniciación 1,2 y 3 lo que permite
que se una la subunidad mayor a la menor y
queda ribosoma con su sitio P y A para
comenzar la síntesis de la proteína.

Elongación en eucariotas y procariotas:

Luego de la iniciación quedó el ribosoma
armando con un aminoacil ARNt en el sitio P y
con el sitio A libre.
En el sitio A cada 5 milisegundos entran
moléculas de aminoacil ARNt que traen un
aminoácido y asociado al ARNt por medio
de un GTP hay un factor de elongación llamado EFTU (procariotas) o 1 alfa (eucariotas).
Si el codón y el anticodón se unen adecuadamente se hidroliza el GTP y se libera EFTU/alfa
quedando el ribosoma con 2 moléculas de
aminoacil ARNt.
En la subunidad mayor hay una enzima
llamada peptidil transferasa que trasloca al
aminoácido que está en P para unirlo al
aminoácido que está en A. La peptidil
transferasa une el carboxilo del aminoácido
que está en P con el aminoácido que está en A
generando un enlace peptídico.
Luego de la unión el ribosoma se trasloca
hacia un nuevo codón quedando el ARNt que
estaba en P fuera del ribosoma, el ARNt que
estaba en A queda en P y A queda libre para
captar a un nuevo aminoácil ARNt.
El proceso se va repitiendo y el ribosoma continúa desplazándose mientras el péptido se elonga.
Gracias al factor de translocación EFG (procariotas) o beta (eucariotas) permite que el ribosoma
avanza a un nuevo codón, luego junto con una molécula de GTP se libera esta y el factor de
translocación EFG/beta.
El sitio P se llama P porque es dónde queda la cadena peptídica y al sitio A se le llama A por el
aminoacil que es donde van a ir entrando
los nuevos aminoacil ARNt.
La elongación tanto en procariotas como
en eucariotas es igual y por cada
aminoácido que se incorpora a la cadena
se consume 2 GTP, uno para dejar al
aminoacil ARNt en el ribosoma y el otro
para que el ribosoma se trasloque a un
nuevo codón.
Durante la formación del enlace se
utiliza la energía que se encuentra
almacenada en el enlace éster entre el
aminoácido y el ARNt.
Esta energía equivale a 2 moléculas de ATP. Podríamos considerar que por cada aminoácido se
consumen 2 ATP y 2 GTP.

Finalización:
La finalización es el último paso en la traducción. Durante la finalización el ribosoma llega a un codón
de fin que puede ser UAG, UAA o UGA.
Una vez que el ribosoma llega a estos codones no entra ningún aminoacil ARNt dado que no tienen
aminoacil ARNt complementario y por tanto
entra una proteína liberadora que desarma
al ribosoma y hace que se suelte el péptido
del ARNt, culminando la traducción.
Existen muchos antibióticos que bloquean
diferentes etapas de la traducción, por
ejemplo:
- Aminoglicanos como la
estreptomicina se une al ARN 16s
de los ribosomas bacterianos
bloqueando la iniciación.
 - Otros como los macrólidos como por ejemplo la eritromicina bloquea la translocación.
- Otros como el cloranfenicol bloquean la acción de la peptil transferasa
- Otros como la tetraciclina impiden que el aminoacil ARNt entre en el sitio A y se una a la
subunidad menor.

A TENER EN CUENTA:
- Por cada codón puede haber más de un aminoácido que le corresponda pero por cada anticodón
hay solo un aminoácido que le corresponde, ya que cada aminoácil ARNt posee un aminoácido
específico.
- Cuando me piden determinar la cantidad de aminoácidos a partir de un ADN debo tener en
cuenta donde es la secuencia de inicio y de fin y además debo tener en cuenta de eliminar o
restar el número de pares de bases que equivale a los intrones.
- Si los individuos poseen igual tamaño de ARN en el northern blot, pero codifican para diferentes
proteínas la mutación se halla en los codones, que codifican para diferentes aminoácidos.
- Los promotores presentan secuencias modulares.
- El ARNm se puede traducir por varios ribosomas al mismo tiempo, es más, en procariotas esa es
una forma de estabilizar al ADNm procariota.
- Siempre el ARNt para metionina entra por el sitio P ya que es el primero que se corresponde con
el codón de inicio AUG.
- Los ribosomas se mueven de 5´- 3´ .
- La aminoacil ARNt sintasa es específica para
cada aminoácido, se requieren 20 de ellas.

Código genético:
En un ARNm la traducción siempre va desde el
codón de inicio hasta el codón de fin. La porción
que queda en 5 ́ antes del codón de inicio se
llama 5´UTR y no se traduce sin embargo juega
un papel importante en la regulación de la
traducción.
A partir del codón de inicio la traducción se hace un
codón a la vez de manera no solapante, lo que
significa que los codones no comparten bases.
Si bien un ARNm tiene 3 marcos de lectura, utiliza únicamente el marco de lectura pautado por el codón
de inicio.
A partir del codón de inicio se va traduciendo 1 codón a la vez hasta llegar al codón de fin que no se
traduce.
Desde el codón de fin hasta el final de 3´se llama la región 3´UTR que no se traduce y también
participa en la regulación de la traducción.
Siempre los ARNm se traducen en sentido 5´- 3´y el péptido se sintetiza en dirección amino
carboxilo. Si conocemos la posición donde comienza el codón de inicio y de fin tendremos todos los
nucleótidos que hay entre estos, a los que hay que restarle los nucleótidos correspondientes a los
intrones.
Los nucleótidos que quedan se dividen en tres ya que cada codón contiene 3 nucleótidos y eso nos da
la cantidad de aminoácidos que tiene el pèptido formado.
Si por ejemplo un ARNm tiene 1200 nucleótidos y se tradujera desde un extremo hasta el otro darían
400 aminoácidos pero como existe el 5´UTR y el 3´UTR la cantidad total de aminoácidos es menor a
400.
Si un péptido tuviese 200 aminoácidos el ARN mensajero que lo codifica tendrá más de 600 nucleótidos.

Apareamiento codón-anticodón:
El apareamiento codón-anticodón es antiparalelo de tal manera que siempre se une la primer base
del codón con la tercera base del anticodón, la segunda base del codón con la segunda del
anticodón y la tercer base del codón con la primera del anticodón.
La primera base del anticodón y la tercera base del codón pueden quedar balanceando, es decir,
pueden unirse mal y el codón y el anticodón de todas formas se terminan uniendo.
Este balanceo que ocurre entre la primera base del anticodón y la tercera base del codón explica
que un mismo aminoacil ARNt se puede unir a más de un codón y por lo tanto aquellos codones
a los que se puede unir el mismo aminoacil ARNt deben codificar para el mismo aminoácido.
Se da incluso que hay ARN de transferencia que tienen un mismo anticodón que se puede unir al codón
al que se unen otro ARNt, estos se han ido eliminando a lo largo de la evolución.
En total se pueden fabricar 64 codones diferentes combinando las bases en las tres posiciones de cada
codón.
De los 64 codones codifican para aminoácidos 61 y 3 codifican para secuencias de fin o stop ya
que ni tienen aminoacil ARNt complementario.
Dentro de los 61 codones que codifican para aminoácidos se encuentra el codón de inicio que codifica
para metionina.
Normalmente cuando la primera base del anticodón es citosina o adenina, no balancea.
Por otro lado, si se trata de la primera base del anticodón de una guanina, adenina o inosinato
balancean, quiere decir que se pueden unir no solo con sus complementarias.

Los codones tienen 3 nucleótidos. Si el codón tuviese 2 nucleótidos sólo podría fabricar 16 codones y
tengo 20 aminoácidos, así que faltarían codones. Con codones de 3 nucleótidos se pueden formar 64
codones y sobran. Si bien 61 codones codifican para aminoácidos solo hay 20 aminoácidos así que
tiene que haber más de un codón para codificar cada aminoácido. Hay aminoácidos como la
metionina que son codificados por 1 solo codón y hay aminoácidos como la leucina que son codificados
por seis codones.
La mayoría son codificados por 4 codones y unos cuantos son codificados por dos codones.
La mayoría de los codones que codifican para el mismo aminoácido difieren a nivel de la tercera base
del codón, se puede decir que el código genético es específico o no ambiguo ya que un codón
codifica siempre para el mismo aminoácido y es redundante o degenerado ya que existen
codones sinónimos que codifican para el mismo aminoácido.
Como un codón siempre codifica el mismo aminoácido en todas los seres vivos el código
genético es universal o casi universal porque existen algunas excepciones en la mitocondria y
en algunos microorganismos.

Mutaciones:

Las mutaciones son cambios en la secuencia del adn y puede consistir en cambiar un nucleótido por
otro, agregar uno o más nucleótidos y perder uno o más nucleótidos.
Si se cambia un nucleótido por otro hay una sustitución, si se cambia una pirimidina por otra
pirimidina o una purina por otra purina se trata de una transición pero si se intercambian pirimidinas por
purinas o viceversa hay una transversión.
Las consecuencias de una sustitución son muy variadas.
Si el nuevo codón codifica para el mismo aa la mutación es silenciosa y esto ocurre con frecuencia en
sustituciones a nivel de la tercera base del codón.
En el caso de que el nuevo codón codifica para otro aa habrá una mutación cambio de sentido o no
sinónima que puede ser más o menos grave dependiendo de la diferencia entre el nuevo aa y el aa
viejo y también del papel que jugaban el aa sustituído dentro de la proteína.
En el caso de una mutación sin sentido es donde una sustitución genera un codón de fin se va a
producir una proteína truncada y la gravedad de esta mutación se va a relacionar con la posición de
este codón de fin anticipado, si está más al comienzo lo más probable es que la proteína no sirve
pero si está más al final lo más seguro es que la proteína sirva.
Cuando hay una sustitución al dar la secuencia de la cadena codificante el alelo normal contiene al
nucleótido correcto mientras que el alelo mutado contiene al nucleótido mutado y en el caso del
heterocigota que tiene un alelo normal y otro mutado se indica en el sitio de la mutación la presencia de
ambos nucleótidos.
Las mutaciones también pueden consistir en inclusiones o delción.
Cuando se incluye una base se corre el marco de lectura a partir del sitio de inclusión, si se
incluyeran tres bases consecutivas o un fragmento múltiplo de 3 aparecerán en la proteína nuevos aa
y a partir de estos los otros aa serían iguales.
En el caso de que haya una deleción también se corre el marco de lectura desde el punto de
deleción y si se eliminaran 3 nucleótidos o múltiplos de 3 se produciría a partir de el punto de deleción
la pérdida de uno o más aa pero el resto serían iguales.
Las inserciones y deleciones también pueden originar codones de fin anticipados produciendo
proteínas truncas.
Las mutaciones afectan el funcionamiento de la proteína y en algunos casos se puede producir una
pérdida de función o una ganancia de función donde la proteína pasa a desarrollar una nueva función o
una función alterada.
En las mutaciones con pérdida de función por lo general habiendo un alelo normal y uno mutado la
mutación pasa desapercibida ya que con las enzimas producidas por el alelo normal es suficiente y
solo se manifiesta la enfermedad en el caso de que la persona sea homocigota y ambos alelos
están mutados, es decir, es recesiva.
Las mutaciones con pérdida de función a veces originan defectos en homocigosis si por ejemplo los
productos del gen se tiene que asociar para formar dímeros o tetrámero y en esos caso se pueden
asociar productos normales con productos mutados originando enzimas que no son funcionales.
En las mutaciones con ganancia de función el alelo mutado origina una proteína que presenta una
función inadecuada o una nueva función por lo que basta con la presencia de un único alelo
mutado para que se note la deficiencia o alteración como ocurre muchas veces en proteínas
estructurales o en genes que codifican factores de regulación o de señalización.
Las mutaciones con ganancia de función generalmente son dominantes.

Las mutaciones son cambios en la secuencia de nucleótidos que pueden alterar la forma de la proteína,
la expresión del gen o pasar desapercibidos.
Existen mutaciones en intrones que no tienen porqué tener consecuencias a no ser que afectan una
zona de reconocimiento del sitio de eliminación del intrón.
Las mutaciones en los promotores tienen como consecuencia la pérdida de la expresión del gen y si se
muta una región reguladora se puede alterar el nivel de expresión del gen.
Cuando cualquier tipo de mutación produce un codón de fin se genera una mutación sin sentido que
puede alterar la función de la proteína ya que esta termina antes de su sitio de finalización normal y
queda truncada y la mayoría de las veces no sirve.

A TENER EN CUENTA:
- Si se introduce un ARN mensajero de un virus y como el código genético es universal, va a
poder sintetizar la proteína al igual que lo hacía en el propio virus, como sucede con el Sars Cov
2.
- En las células humanas podemos encontrar 2 genomas: nuclear y mitocondrial
- En las células eucariotas en general podemos encontrar 3 genomas: nuclear, mitocondrial y de
forma no constante a los plásmidos.
- El cambio de un aminoácido por otro al formar una proteína puede provocar que esta funcione
anormlamente si los aminoácidos poseen diferente características.
- Si se realiza una inserción lo más probable es que se genere un codón de fin anticipado ya que
se va a correr el marco de lectura.
 Regulación en procariotas:
Los procariotas contienen un genoma formado por un ADN circular que contiene todos los genes que el
procariota necesita para su vida.
Además de este ADN circular poseen ADN extracromosómico formado por fragmentos denominados
plásmidos que contienen genes que pueden codificar péptidos que confieren resistencia a los
antibióticos así como también pueden producir patogenicidad.
Una característica de los genes procariotas es que se transcriben y simultáneamente se traducen.
La transcripción y traducción están acopladas.
Se puede decir que la transcripción es contraductoria y que la traducción es cotranscripcional.
Los genes procariotas contienen una región upstream donde está el promotor que tiene secuencias
consenso ubicadas en -10 y -35.
Más uno es el primer nucleótido transcrito y
luego a partir de este nucleótido hasta la
secuencia de fin, en dirección downstream
se transcribe todo el ADN originando un
único ARN.
En algunos casos los ARN procariotas tienen un
solo codón de inicio y un solo codón de fin y son
por lo tanto ,monocistrónicos, pero en la
mayoría de los casos los ARN tiene más de 1
codón de inicio y ,más de un codón de fin
por lo que son policistrónicos ya que se
traducen en intervalos y de cada intervalo se
origina una proteína.
Las proteínas codificadas por el mismo ARN
policistrónico participan de la misma vía
metabólica.

Elementos en cis:
Los elemntos de regulación o que participan de la expresión de un gen, llamados elementos en cis, son
secuencia de ADN relacionadas con la exprsión del gen cuya función no puede ser sustituída por la
inclusión de esa misma secuncia a través de un plásmido.
Por ejemplo un promotor de un gen no puede ser sustituído por otro promotor ubicado en un plásmido,
si estropeo el promotor de un gen y adiciono un plásmido con un promotor normal no voy a lograr que el
gen se exprese dado que necesito que el promotor se ubique correctamente en la región upstream
del gen. Es decir que los elementos en cis poseen una localización determinada y si no se hallan
allí no voy a lograr que el gen se exprese.

Elementos en trans:
Los elementos de regulación en trans son péptidos o factores de transcripción que se unen al ADN a
nivel de secuencias que son elemntos de regulación en cis.
Una característica de los elementos de regulación en trans es que pueden regular la expresión de
varios genes.
Se considera como elemento de regulación en trans al mismo factor proteico pero también al gen
que lo codifica. Al gen dentro del plásmido también se lo puede considerar elemento en trans.
Una característica de los elementos de regulación en trans es que pueden ser sustituídos cuando
fallan por los factores inyectados directamente en la célula o por genes que codifican a estos
factores que sean importados por un plásmido.

Control positivo y control negativo:

En la regulación tanto en procariotas como en eucariotas existe un control positivo y un control negativo.
Hay genes que pueden tener ambos tipos de control.
El control positivo ocurre por proteínas activadoras que se unen al promotor o cerca de este y
promueven la asociación de la ARN polimerasa. Muchos promotores contienen secuencias consenso
que no son las adecuadas y por lo tanto precisan de un activador para que las ARN polimerasas se
puedan unir a ellos.
El control negativo depende de una proteína represora que se une al ADN a nivel promotor o al
inicio del gen y puede impedir que la ARN polimerasa se una al promotor o puede impedir que la
ARN polimerasa transcribe el gen no permitiendo el inicio de la transcripción.
Si muta un activador y pierde su función el gen no se va a expresar se va a expresar muy poco y
en el caso de que mute un represor el gen se va a expresar de forma contínua o sea constitutiva.

Operones:
Los operones son modelos de regulación de la expresión de genes procariotas.
Se podría definir a un operón como un conjunto de genes estructurales controlados por un único
promotor. Es la unidad estructural que regula a los genes estructurales, que son genes que
codifican para proteínas con similar fin.
Si bien vamos a ver qué upstream nos encontramos con genes reguladores no se considera que
estos forman parte del operador. Esta secuencia reguladora posee su propio promotor y el gen se
transcribe y se traduce de forma constitutiva produciendo una proteína pequeña, que puede unirse al
operador y regular la transcripción, es decir que puede actuar tanto como activador como represor.
Dentro del promotor ,antes de este o entre el promotor y el inicio de los genes existen secuencias
reguladoras que son proteínas que pueden actuar como activadores o represores de la transcripción.
El operador se trata de una secuencia regulatoria de ADN que generalmente se solapa con el
extremo 3 ́ del promotor y a veces con el comienzo 5´del primer gen estructural. A este operador
se le une una proteína regulatoria.
El promotor y el operador son elementos de regulación en cis que están controlados por el
regulador que es codificado por un gen de expresión constitutiva que se expresa contínuamente, no
tiene regulación.
Tanto el regulador como el gen que lo codifica son elementos en trans, así como también lo es el
gen que codifica el regulador en el caso de ser un plásmido.
Cuando se transcribe el operón se originan un ARNm policistrónico que se traduce en intervalos y
cada uno de esos intervalos se origina una proteína y todas las proteínas codificadas por ese ARN van
a participar de la misma vía metabólica.
Por ejemplo el operón LAC codifica enzimas que participan en la degradación de lactosa, el operón
triptófano codifica enzimas que participan en la síntesis del triptófano.

Inducción:
La inducción se da cuando el operón codifica enzimas que intervienen en la degradación de un
metabolito.
En este caso si la bacteria no tiene al metabolito, no hará transcripción ya que no se necesitan esos
genes porque no hay un metabolito para poder degradar.
En el caso de que la bacteria tenga el metabolito, los genes se tienen que transcribir para formar las
enzimas que degradan a ese metabolito. El metabolito induce la transcripción del operón.

Inducción y control positivo y negativo:

En la inducción el metabolito tiene que de alguna manera provocar que los genes se transcriben y eso lo
logra haciendo que un activador se active y estimula la transcripción en el caso de un control positivo o
haciendo que un represor se reprima y no pueda reprimir a los genes en el caso de un control negativo.
Siempre que hay inducción la transcripción se da cuando hay metabolito ya sea activando un activador
o reprimiendo un represor.

Represión:
La represión es un modelo que se aplica a operones cuyos genes codifican enzimas que son usadas
para sintetizar un metabolito. Estos genes se van a precisar cuando haga falta el metabolito como
por ejemplo si son genes para sintetizar el aminoácido Valina, estos genes se van a necesitar cuando la
bacteria no tenga Valina, sin embargo cuando la batería ya tiene Valina estos genes se reprimen. El
metabolito actúa como un represor.

Represión control positivo y negativo:

En una represión el metabolito reprime la transcripción del gen debido a que son genes que codifican
enzimas para sintetizar al metabolito.
Para que el metabolito logre reprimir al gen tiene dos posibilidades: puede inhibir al activador en el caso
de que el gen u operón tengan control positivo o puede actuar como co represor en el caso de que el
gen tenga control negativo.

Metabolito represor y proteínas control positivo y control negativo:

Genes para sintetizar B

- Se debe sintetizar B (metabolito) cuando este NO está presente, por lo que:

Si la bacteria TIENE B, es decir, CON METABOLITO la función de B será de REPRIMIR para
que no se sintetice más B.

Por otro lado la proteína reguladora puede tomar dos posturas:

- Control positivo: la proteína induce a que se de la transcripción, por lo que el metabolito B

reprime a la proteína activadora.
 - Control negativo: la proteína inhibe la transcripción, por lo que se unirá con el metabolito B, que
actuará como co represor, y provocarán que la ARN polimerasa no se una al ADN.

Metabolito inductor y proteínas control positivo y negativo:

Genes para degradar A

- Se deben producir enzimas que degradan al metabolito A cuando este esté presente, por lo
que:
Si la bacteria TIENE A, es decir, CON METABOLITO su función será la de inducir a la
transcripción para que se pueda degradar el metabolito A.

La proteína reguladora puede tomar dos caminos:

- Control positivo: La proteína induce a que se produzca la transcripción, el metabolito A
se une al activador y juntos ayudan a causar la unión de la ARN polimerasa.
- Control negativo: La proteína inhibe la transcripción por lo que el metabolito A evita que
el represor reprima la transcripción.

Al ver una mutación en una proteína codificada por el gen R debemos ver el cambio que produce con
respecto a la acción de la proteína normal. Si en estado salvaje con metabolito no se expresa el gen y
con la mutación el gen R si se expresa, quiere decir que el gen normal era importante para que la
proteína inhibiera la transcripción, la proteína es represora.
Por otro lado si en estado salvaje con el metabolito el gen se expresa, es decir, se traduce y con la
proteína mutado no lo hace, esa proteína era importante para poder inducir o provocar la
transcripción, era activadora.

Operón LAC:
El operón LAC es un sector del genoma bacteriano que contiene genes estructurales que actúan
codificando enzimas que van a participar en la degradación de la lactosa.
Los genes estructurales se denominan Z, Y,A y cuando se transcriben originan un ARN mensajero
policistrónico que se traduce en intervalos originando a la b-galactosidasa (Z); permeasa (Y) y
transacetilasa (A).
Estas enzimas participan en etapas de degradación de la lactosa así que solo son necesarias
cuando está presente la lactosa.
Asociado funcionalmente a estos genes estructurales se encuentra el gen i que se expresa de forma
contínua o constitutiva. Se halla upstream.
El gen i origina al represor LAC que se une al operador y no permite la transcripción del operón,
ejerce un control negativo.
El operón LAC es un ejemplo de operón inducible con control negativo aunque después va a
tener también un control positivo.
 Mutación en el promotor (P-) No hay transcripción

Mutación en el operador (O-) No se puede reprimir la transcripción, esta será

constitutiva.

Mutación en el gen i (I-) No hay represión por lo que la transcripción es

constitutiva.

Mutación en el operador (Oc) Super represor El represor LAC se une al operador no se suelta
más, no se da la transcripción.

Mutación en genes Z e Y No hay expresión de las proteínas que codifican.

El operón LAC en bacterias que no tienen glucosa se expresan nada o muy poco debido a que se
encuentra reprimido.
El gen i se expresa contínuamente da
lugar al represor LAC que se une al
operador provocando la inhibición de la
transcripción y el operón no se
transcribe.
Cuando la bacteria consume lactosa
esta o su isómero se une al represor
LAC induciendo un cambio de
conformación que le impide unirse al
operador y en el caso de que estuviese
unido al operador la unión de la lactosa
hace que se libere.
En presencia de lactosa el operón
LAC no está reprimido y se puede
transcribir aunque presenta 2 nivles
de transcripción depoendiendo de la
glucosa.
El operón LAC tiene dos niveles de
transcripción, siempre se transcribe si
hay lactosa pero en el caso en el que
hay glucosa la ARN polimerasa tiene poca afinidad por el promotor y eso es consecuencia de que
las secuencias consenso del promotor tienen diferencias importantes con las secuencias consenso que
normalmente debería haber en el promotor.
Cuando no hay glucosa en la bacteria aparece el AMPc que se une a una proteína, CAP, que se
asocia a la promotor e incrementa la afinidad del promotor por la ARN polimerasa y de esa manera
la transcripción ocurre de forma más importante.
Siempre la transcripción requiere de lactosa para que el gen no esté reprimido y cuando no hay glucosa
en el gen además está
estimulado por lo que la
transcripción está
incrmentada.

Operón triptófano:
El operón triptófano es un
fragmento del genoma
bacteriano que contiene
genes estructurales que
codifican enzimas que van a
participar en la síntesis de
triptófano que es un
aminoácido que la bacteria
necesita para sus proteínas.
Los genes estructurales
tienen un promotor y
operador que actúa al igual
que en el operón LAC
inhibiendo la transcripción.
El operón LAC codificaban para la enzima que degrada a un metabolito ahí que se utilizaba cuando el
metabolito estaba presente, pero en el operón triptófano codifica para enzimas que sintetizan para
un metabolito y por lo tanto se van a necesitar cuando no hay el metabolito, sin embargo cuando
hay metabolito el operón se reprime, así que el operón triptófano es un ejemplo de operón
represible.

En un sector del genoma separado de los genes estructurales está el gen R que codifica para el
represor triptófano de forma constitutiva.
El represor triptófano puede unirse al operador e inhibir la transcripción.
El operón TRP en ausencia de TRP se transcribe ya que el represor TRP no se puede unir al
operador a pesar de que se está sintetizando.
A medida que los genes de las enzimas que sintetizan TRP se van a transcribir y se comienza a
sintetizar TRP este se une al represor e inhibe al operón actuando como un correpresor que hace
que el represor TRP se una al operador y de esa manera inhibe la transcripción.
Existe una etapa intermedia en la que los niveles de TRP son insuficientes para bloquear la
transcripción y no pueden evitar que ésta comience pero pueden provocar que la transcripción
se aborte.

Atenuación operón TRP:

La atenuación es posible en el operón TRP y en otros operones de aa gracias al acoplamiento que hay
entre la transcripción y la traducción en los procariotas. En el gen estructural del operón TRP existe una
porción en el extremo 5 ́ donde hay muchos codones para TRP.
A continuación viene un segmento con muchos nucleótidos complementarios de otro segmento cercano
con el que se puede formar un bucle.
A estos segmentos se les llama
segmentos 2 y 3.
A continuación viene un cuarto segmento que se puede unir al segmento 3 y formar una horquilla de
finalización. Si se forma esta horquilla de finalización se produce el desprendimiento del ARN y la
finalización de la transcripción. Cuando hay poco TRP el ribosoma se tranca en la zona donde están
los codones de TRP y se produce una horquilla entre el sector 2 y el 3 lo que no permite que se
forme la horquilla entre los segmentos 3 y 4 que producirían una finalización anticipada.
Con poco TRP la ARN polimerasa transcribe todo el ARN pero cuando comienza a haber TRP el
ribosoma demora poco en pasar por la zona 1 y llega más rápido a la zona 2 y por lo tanto la zona 3 y 4
se juntan formando un horquilla de finalización que finaliza la transcripción. A este se le
denomina atenuación porque si bien la cantidad de TRP no fue suficiente como para inhibir el
inicio de la transcripción si alcanzó para que esta se abortara casi inmediatamente de iniciar.

A TENER EN CUENTA:
- Operón y operador son cosas diferentes. El operón es una agrupación de genes que son
regulados por un mismo promotor, mientras que el operador es el segmento que está entre el
promotor y el inicio del gen donde se unen proteínas reguladoras, se unen en el operador la
proteína represora. Se lo puede tomar como no codificante, aunque pueden haber sectores que
codifican.
- Los potenciadores no codifican proteínas, sino que son sitios donde se unen proteínas
reguladoras.
- Las secuencias promotor y operador deben estar en la misma cromátida para ser funcionales,
lac i puede no estar en la misma cromátida por ejemplo si está en un plásmido.

Regulación de la transcripción en
eucariotas:
Los genes en los eucariotas se
pueden dividir en dos grandes grupos
que son: los genes que se expresan
en todos los tejidos y se llama
housekeeping, o los genes que se
expresan solo en algunos tejidos y se
denominan tejidos específicos.
Los genes housekeeping están
presentes en todos los tejidos así
como también los genes tejido
específico. El genoma es el mismo
en todas las células, lo que varía de
una célula a otras es el tipo y nivel
de expresión de ciertos genes que
son los genes tejido específico que son inherentes a la diferenciación del tejido.
La regulación en eucariotas en relación a la expresión de un gen tiene varios niveles que involucran
desde el estado de compactación de cromatina hasta la ubicación y modificación de la proteína
codificada por el gen.
El primer nivel de regulación en la expresión de un gen se relaciona con la compactación de la
cromatina.
Cuando un gen no se utiliza en un tejido se encuentra compactado con solenoide asociado o no al
esqueleto.
Se encuentra formando parte de la heterocromatina.
Cuando un gen se va a utilizar se debe descondensar de heterocromatina a eucromatina. A nivel de la
eucromatina que es la fibra de 10nm existen también diferentes grados de compactación de los
nucleosomas que facilitan la transcripción del gen.
Por otro lado el sector del gen donde se encuentra el promotor debe estar libre de histonas para que
se puedan asociar los elementos de regulación y factores de transcripción que dan inicio a la
transcripción.
Al transcribir un gen eucariota se origina un transcrito primario que contiene exones e intrones.
Los exones poseen regiones codificantes que en algunos tejidos algunos exones pueden ser utilizados
como regiones no codificantes y ser eliminados, a eso se le llama procesamiento alternativo.
El ARNm sale del citoplasma donde puede ser traducido, degradado o secuestrado en algún sitio de la
célula para ser luego usado.
La regulación de la transcripción forma parte también de la regulación de la expresión del gen.
En la traducción los ARNm tiene segmentos 5´ UTR y 3´ UTR que regulan el nivel de expresión.
Una vez formada la proteína esta también puede ser regulada de diferentes maneras.
La regulación de la expresión de los genes en eucariotas requiere la remodelación de la cromatina y
este proceso implica varios elementos que involucran modificaciones a nivel de las histonas conocidas
como modificaciones post-traduccionales.
Las histonas son las proteínas que compactan al ADN, por ejemplo la histona h1 es responsable de la
formación del solenoide sí que su
eliminación permite que el solenoide se
convierta en una fibra nucleosómica.
Por otro lado los nucleosomas contienen
histonas cuyas colas son ricas en Lisina
que son positivas y por lo tanto pueden
asociarse al ADN negativo.
Si se acetilan las Lisinas se neutralizan y
liberan del ADN lo que relaja al
nucleosoma para permitir que la
maquinaria de transcripción pueda
transcribir al ADN aún en presencia de las
histonas.
Cuando se acetilan las histonas se
favorece a la transcripción pero si se
metilan las histonas se reclutan desacetilasas que inhiben la transcripción al eliminar los grupos
acetilos y promover la compactación del ADN.
La acetilación de histonas se asocia generalmente con una activación de la transcripción
mientras que la metilación se asocia con una represión de la transcripción
Existen también procesos de fosforilación y de ubiquitinación de las histonas que modulan su
actividad.
En las histonas existen proteínas escritoras que regulan las modificaciones que se hacen en estas,
existen enzimas borradoras que revierten las modificaciones que se hacen en estas y existen enzimas
lectoras que dependiendo de las modificaciones presentes en las colas de las histonas promueven
algún tipo de regulación.
En general los activadores de la transcripción capaces de activar promueven la acetilación, mientras
que los represores promueven la desacetilación y muchas veces las desaceleraciones son resultados
por la metilación de las histonas o del mismo ADN.
La metilación del ADN es otro
mecanismo de regulación de la
expresión de un gen.
Los genes de eucariotas se pueden
regular por metilación de citosinas
en secuencias CpG
(citosina-fosfato-guanina). Al
metilarse las citocinas de los
promotores esto provoca el
silenciamiento del gen y es consecuencia de que en el promotor metilado no se pueden asociar los
factores de transcripción.
La metilación de citosinas ocurre en ambas cadenas del gen.
También la metilación de determinadas zonas del gen o del ADN en general puede reclutar
desacetilasas que compacten al ADN.

Regulación del inicio de la transcripción:

En la regulación de la transcripción en eucariotas existen elementos de regulación en cis y elementos de
regulación en trans.
Los elemntos de regulación en cis son secuencias de ADN a las que se unen factores de transcripción
que son elementos de regulación en trans.
Dentro de los elementos de regulación en cis se encuntra el promotor que es donde se unene los
factores de transcrpción basesales o generales que promueven la transcripción del gen a un ritmo basal.
Dentro de los elementos de regulación en trans se encuentran los factores de transcripción que se
unen al promotor. Los eucariotas tienen además secuencias reguladoras, activadoras o represoras
que pueden estar tanto upstream como downstream en relación al gen y en estas secuencias que son
elementos en cis se unen factores específicos de transcripción que muchas veces responden a
señales extracelulares como por ejemplo hormonas.
Factores en trans son factores proteicos que se unen a sitios específicos del ADN como por ejemplo los
promotores o las secuencias upstream o downstream.
Los factores que se unen al promotor promueven la formación de un aparato basal de transcripción que
atrapa a la ARN polimerasa para que comience la transcripción.
Los factores de transcripción que se unen a las secuencias upstream o downstream pueden ser
activadores o represores de la transcripción. Cuando se analiza un factor de transcripción este posee
dos módulos, un dominio de unión al ADN que posee una secuencia que le permite asociarse al ADN en
una determinada secuencia de bases, existe una complementariedad entre la secuencia del factor de
transcripción y la secuencia de bases del sitio de unión al ADN.
Por otro lado, el dominio de unión al ADN debe tener una forma adecuada que le permite unirse a la
doble hélice. Entre las formas adecuadas de unión al ADN se encuentran hélice-giro-hélice; dedos de
zinc; receptores para esteroides; cremallera de leucina; hélice-bucle-hélice.
Los factores de transcripción pueden dimerizar formando homodímeros o heterodímeros que actúan
incrementando la cantidad de regulaciones posibles en el
ADN.
Los factores generales se unen al promotor produciendo
un complejo proteico de iniciación que atrapa al ARN
polimerasa y permite la transcripción del gen.
La velocidad a la que se transcriba el gen va a depender
de la afinidad de los factores generales por el promotor.
Cuando se quiere incrementar o reducir la velocidad
de la
transcripción se
utilizan factores
de transcripción
específicos upstream como downstream.
Los activadores provocan un plegamiento en la molécula de
ADN que atrapa a una proteína mediadora que a su vez atrapa
factores activadores de la transcripción que están asociados al
TBP. A este complejo se le llama TFIID y se asocia al promotor
acelerando el proceso de iniciación de la transcripción.
Existen proteínas represoras que se unen a los sitios de
regulación compitiendo con los factores de activación específico
y de esa manera dependiendo de señales intra y extracelulares se puede activar la transcripción de un
gen o inhibirla.

Los genes eucariotas tienen un promotor, una región codificante que es la que se transcribe y una
secuencia de fin.
El promotor tiene una organización modular, lo que significa que contiene sectores con secuencias
consenso donde se unen factores de transcripción generales que actúan formando el aparato basal
necesario para atrapar a la ARN polimerasa que va a transcribir al gen.
Además del promotor están los
enhancer o elementos de regulación
upstream y downstream donde se unen
los factores específicos que pueden
actuar o reprimir la transcripción. Los
ARN eucariotas a medida que se
transcriben se van procesando o
modificando lo que incluye el agregado
de la caperuza en el extremo 5 ́,el
agregado de la cola poli A en el extremo
3´y la eliminación de intrones por medio de un proceso de splicing que depende de las proteínas U que
tienen un ARN pequeño nuclear en su interior que reconocen segmentos de los intrones a los que
elimina.
Las enzimas que participan en el procesamiento del ARN se hallan asociadas a la cola de la ARN
polimerasa II o dominio carboxilo terminal donde se asocian luego de que la cola se fosforila.
El procesamiento del ARN requiere de la asociación entre las enzimas del procesamiento y la cola de la
polimerasa.

Splicing alternativo ARN:

En la eliminación de intrones
existen unidades transcripcionales
complejas en las que cada vez que
se van a procesar el ARN
dependiendo del tejido se puede
realizar un procesamiento
diferencial.
Por ejemplo existen sitios de
splicing alternativos en los que
según el sitio utilizado se generan
diferentes ARN mensajeros y
segmentos de ADN que en un tejido son considerados exones o partes de un exón en otros tejidos son
eliminados.

Editing:
Además del splicing alternativo existen genes que tienen promotores alternativos, sitios de finalización
alternativos y pueden presentar los
ARNm modificaciones en alguna
de sus bases a través de un
proceso de edición que significa que
se modifica al ARNm luego de haber
sido sintetizado o procesado.
El editing cambia una de las bases
del ARNm y puede producir un
codón de fin anticipado como ocurre
en el gen de la APOB que en el hígado no sufre editing pero en el intestino sufre un proceso de editing
genera un codón de fin anticipado produciendo una proteína más pequeña en el intestino que en el
hígado a pesar de que el ARNm sea igual.

Existen regulaciones post transcripcionales en la expresión de los genes.

Una es que el ARNm terminó de ser procesado se le unen al extremo 5 ́ proteínas de unión a la
caperuza y al 3´proteínas de unión a la cola poli A llamadas binding proteins.
Estas proteínas pueden regular la translocación del ARNm hacia el citoplasma.
En el citoplasma a la caperuza se le une el factor de iniciación de traducción EIF4 y se une a la
cola poli A la proteína binding.
El EIF4 y la proteína de unión a la cola poli A pueden interactuar y se produce la circularización del
ARNm lo que alarga la vida media de este en el citoplasma y aumenta la velocidad de la transcripción.

Siempre antes del codón de inicio se halla el sector 5´UTR y desde el codón de fin se halla el sector
3´UTR.
Si bien estos sectores no se traducen son sitios donde se pueden unir proteínas que regulan la
traducción o proteínas que modifican la vida media del ARN o lo transporten y localicen cerca
del sitio donde van a actuar las proteínas codificadas por el ARNm.
Por ejemplo existen proteínas que se asocian a diferentes ARNm que al traducirse dan proteínas que
trabajan cerca de la membrana plasmática y por lo tanto todos estos ARNm son transportados hacia
sectores cercanos a la membrana plasmática.
Algo similar pasa con la ARN que codifican para proteínas que trabajan en la membrana externa o
proteínas que trabajan en una
determinada localización celular.

Regulación de los ARN pequeños:

Existe una regulación dependiente de
ARN pequeños que ocurre de diferentes
maneras. Promueven la degradación
de ARN, por lo que afectaría a la vida
media del ARN. Va a producir cambios
en los ARNs que regula, diminuiría su
cantidad.
Un ejemplo es la segmentación de ARN
bicatenario que produce fragmentos
monocatenarios de ARN y reclutan las
proteínas RISC que es una ARNASA
que fragmenta a los ARN.
Este mecanismo de ARN pequeños
controla la expresión de genes
derivados de virus.
Otros ARN pequeños se originan
también a partir de la digestión de
horquillas de ARN que originan
microARN que se asocian a algunos ARNm de forma imperfecta reclutando a la enzima RISC que en
este caso no fragmenta al ARNm pero no lo deja traducir.
También hay moléculas de ARN que son pequeños ARN que se asocian al ADN y resultan metilasas
que metilan al ADN produciendo el silenciamiento génico.

Señales de hormonas esteroideas:

Las hormonas esteroideas son un ejemplo de señales que se transportan en la sangre asociadas a
proteínas transportadoras para la hormona.
Ejemplos de hormonas esteroideas son: cortisol, testosterona, progesterona etc.
Estas hormonas derivan del colesterol y al ser hidrofóbicas pueden atravesar la membrana de la
célula sin problemas y asociarse a los receptores citosólicos que se encuentran unidos a una proteína
represora a la que cuando al hormona se une al receptor, el inhibidor se libera y de esa manera el
receptor se puede translocar al núcleo y asociarse a los elementos de regulación.
Los receptores para hormonas
esteroideas tienen 3 dominios
que son: un dominio de unión
al ADN, un dominio de unión a
la hormona y un dominio de
trans-activación que se va a
asociar a otros factores de
transcripción ya sean
específicos o basales.
Los receptores o factores de
transcripción dependientes de
la hormona esteroidea se
dimerizan y eso incrementa la
variedad de regulación que se
puede producir sobre el gen.
Se pueden dimerizar con otros
receptores de hormonas o se pueden dimerizar con receptores para otras señales hidrofóbicas como:
ácido retinóico, farmezoides etc.

Señales de hormonas peptídicas y catecolaminas:

Las hormonas
pesticidas y
catecolaminas así
como otras
hormonas
hidrofílicas que no
pueden atravesar la
membrana, se unen
a receptores
ubicado en el
membrana celular
donde actúan
produciendo una
señalización que
generan segundos
mensajeros que
luego provocan la
activación de
aminasas que
fosforilan los
factores de transcripción que conducen a la expresión o represión de genes al trasladarse hacia el
núcleo.
Existen también receptores de la familia Tirosin Quinasa que se unen a la hormona en el interior celular
y sus sectores intracelulares fosforilan factores de transcripción que se transloca al núcleo y activan o
reprimen genes. Estos factores de transcripción tiene sitio de unión al ADN y a tros proteínas y se
pueden dimerizar. La hormona no entra a la célula, sino que genera un segundo mensajero.
A TENER EN CUENTA:
- Se puede producir una mutación en un gen donde no se afecte a la transcripción pero si se
afecte a la traducción, por ejemplo si no hay codón de inicio de traducción AUG.
- Los enhancers o potenciadores se pueden ubicar mucho antes o
mucho después del gen y allí se unen factores de transcripción
específicos. Los potenciadores se consideran elementos en cis. A
los potenciadores se unen factores de transcripción específicos.
- Factores de transcripción: proteínas que se unen al ADN. Pueden
favorecer la iniciación del complejo de iniciación o capturar a la
polimerasa. Poseen un dominio de unión a secuencias específicas
del ADN. Regulan la velocidad de transcripción del gen.

Técnicas del ADN:

Electroforesis:
La electroforesis en gel consiste en realizar una electroforesis con los
fragmentos de ADN usando como soporte un gel de agarosa en el que se
ordenan los fragmentos. En una electroforesis en gel se colocan los
fragmentos de ADN próximos al cátodo y debido a que las moléculas de ADN son negativas
comenzarán a migrar hacia el ánodo quedando los fragmentos más grande cerca del cátodo y los más
chicos cerca del ánodo. Usando la escala que indica según la posición el tamaño del fragmento se
puede saber cada fragmento que tamaño tiene.

Secuenciación:
La unión de un nucleótido trifosfato más un didesoxinucleótido, que es un nucleótido que en el carbono
3´no tiene oxígeno, es decir, que posee solo hidrógeno.
Al querer agregarlo no se puede, se bloquea la síntesis y no se
sigue sintetizando la cadena.
Si marco a los didesoxinucleótidos con un fluorocromo diferente
por cada nucleótido veré en un PCR donde mezclo
dideoxinucleótidos marcados más nucleótidos trifosfatados, al
comenzar la síntesis se irá elongando la cadena y en algún
momento se puede incorporar por la ADN polimerasa un
didesoxinucleótido y se bloquea la síntesis.
Como resultado obtengo secuencias que se interrumpieron en un
nucleótido marcado con fluorocromo.
Si hago correr la muestra en electroforesis veré los diferentes
colores de los nucleótidos, dependiendo de la base.
Con un lector óptico vería una serie de picos, donde cada pico
pertenece a una base diferente.

Southern blot:
En la técnica de southern blot se extrae una muestra de ADN y se la trata con una enzima de
restricción. Esta enzima fragmenta al ADN en secuencias específicas según la enzima que se utilice. Lo
que se hace con los fragmentos es una electroforesis en gel y luego se recogen los fragmentos
ordenados por tamaño en un papel de nitrocelulosa.
Los fragmentos quedan ordenados por tamaño y se utiliza una sonda que va a buscar por hibridación de
bases al fragmento o gen que se quiera estudiar.
La sonda es un fragmento de ARNm o de ADN complementario que se une al fragmento por
complementariedad de bases.
Los ADN complementarios son secuencias de ADN que se obtienen por retrotranscripción de un ARNm.
Lo que diferencia al ADN complementario del genómico es que el complementario carece de intrones.
La técnica de southern blot marca los fragmentos que contienen al gen o la secuencia que se quiere
estudiar y se puede observar si la longitud del fragmento es normal o no y de esa manera se puede
saber si el gen está presente, mutado etc.

Northern blot:
En northern blot se estudia una electroforesis en gel de las moléculas de ARN que se extraen de una
célula. Se realiza igual que en el southern blot la extracción del ARN en un papel de nitrocelulosa donde
quedan los ARN ordenados por tamaño.
Luego se utiliza una sonda para detectar la ubicación del ARN. Debido a que existe un procesamiento
alternativo de los ARN y que se pierden exones en ese procesamiento alternativo, los ARN pueden
tener diferentes tamaños al tener diferentes números de exones.
Eso produce que aparezcan fragmentos de diferentes longitudes para un mismo ARN incluso dentro del
mismo tejido.
También debido al procesamiento alternativo se produce la necesidad de utilizar diferentes sondas
dirigidas contra diferentes exones debido a que puede pasar que se esté usando una contra un exón
que en se tejido no se esté utilizando.
En el northern blot se considera una técnica útil para determinar el nivel de expresión de los genes.

Western blot:
El western blot es una técnica que permite utilizar anticuerpos para detectar la presencia de proteínas.
Se utilizan anticuerpos que se une a la proteína en el caso de que esta esté presente y cómo se realiza
una electroforesis con las proteínas se puede ubicar en el sitio donde está la proteína y por lo tanto se
puede indicar su peso molecular.

A TENER EN CUENTA:
- Cuando en northern blot en una electroforesis tenemos el marcador de peso molecular, nos está
indicando el tamaño del ARN total.
- Que en una electroforesis no se marque una banda por ejemplo para un determinado exón no
significa que no esté presente en los tejidos, sino que significa que simplemente no se está
usando, no permite que la sonda se una a este.
- En una electroforesis la altura de la banda indica el tamaño, la longitud mientras que la
intensidad indica la cantidad.
- En el northern blot y western blot cuando vemos una banda más clara o más fina significa que el
ARN se transcribe menos, pero se traduce IGUAL.
Hemoglobina:
La hemoglobina es una proteína formada por dos cadenas de tipo beta y dos cadenas de tipo alfa.
Se trata de una proteína tetramérica porque tiene 4 cadenas polipeptídicas y en cada una hay un grupo
hemo que contiene un átomo de hierro que es importante para atrapar al oxígeno. Cada hemoglobina
puede transportar 4 moléculas de oxígeno. Las cadenas beta son codificadas por genes ubicados en el
cromosoma 16. Cada cromosoma 16 tiene dos copias de genes alfa y cada cromosoma 11 tiene una
copia de genes beta.
En total una persona tiene 2 alelos para genes beta y 4 alelos para los genes alfa.
La hemoglobina se forma con cadenas alfa y beta sintetizadas por cualquiera de los alelos.

Las cadenas alfa o de tipo beta tienen grupos o clusters de genes que se encuentran en el cromosoma
16 y 11.
Los genes del cromosoma 16 corresponden a un gen para la cadena Z, 3 pseudogenes, 2 genes
de la cadena alfa y un gen para la cadena tita.
Los genes para la cadena beta ubicados en el cromosoma 11, forman también un cluster o grupo de
genes que contienen un gen épsilon, 2 genes gama, un pseudogen, un gen delta y un gen beta. La
expresión de los diferentes genes del cromosoma 11 y 16 va cambiando con la edad.
Dentro de la cadena alfa, el primer gen en expresarse es el gen Z y en las cadenas betas es el gen
épsilon, así que la primer hemoglobina que se formó en el embrión es la hemoglobina embrionaria o
Grower I, luego en lugar de la cadena Z se comienza a expresar la cadena alfa y se forman una
hemoglobina llamada grower II que está formada por dos cadenas alfa y 2 cadenas épsilon.
Se puede formar una hemoglobina intermedia o de Portland que está formada por dos cadenas Z y dos
cadenas alfa.
Durante la etapa fetal la hemoglobina predominante contiene 2 cadenas alfa y 2 cadenas gamma y ya
en la etapa fetal comienza a expresarse la cadena beta y a lo último de la etapa fetal comienza a
expresarse la cadena delta.
La hemoglobina formada por dos cadenas alfa y dos cadenas beta es la hemoglobina adulta y la
formada por dos cadenas alfa y 2 cadenas delta es la adulta A2.
Luego del nacimiento las cadenas gamma van disminuyendo y en el adulto la hemoglobina
predominante es la A1 o A formada por dos cadenas alfa y dos cadenas beta y la hemoglobina
minoritaria es la adulta A2 formada por 2 cadenas alfa y 2 cadenas delta.

Embrión Cromosoma 16 Cromosoma 11

Grower I 2 cadenas Z 2 cadenas épsilon

Grower II 2 cadenas alfa 2 cadenas épsilon

Portland 2 cadenas Z 2 cadenas gamma

Feto

Fetal 2 cadenas alfa 2 cadenas gamma

Adulta A 2 cadenas alfa 2 cadenas beta

Adulta A2 2 cadenas alfa 2 cadenas delta

Adulto

Adulta A 2 cadenas alfa 2 cadenas beta

Adulta A2 2 cadenas alfa 2 cadenas delta

Hemoglobinopatías:

Las hemoglobinopatías son enfermedades asociadas a defectos en la hemoglobina. En las

hemoglobinopatías los defectos pueden ser cualitativos o cuantitativos.
Los defectos cualitativos originan talasemias que consisten en un desbalance entre cadenas alfa y beta.
Si faltan cadenas alfa son alfa talasemias y si faltan denas beta son beta talasemias.
Las talasemias pueden ser nulas o haber una disminución en la síntesis de las cadenas.
Los otros defectos son estructurales o cuantitativos y dependen de mutaciones que pueden ser
puntuales o pueden ser deleciones de 1 o más aminoácidos así como también adiciones.
Hay también defectos asociados a la persistencia de la hemoglobina fetal que en algunos casos juega
un papel importante para la conservación de la funcionalidad de la hemoglobina en algunas mutaciones.

Alfa talasemias:
Las alfa talasemias se originan por una disminución en la cantidad de cadenas alfa producidas por
mutaciones del gen de la cadena alfa, pérdida de función o pérdida del gen de la cadena alfa como
consecuencia de una recombinación inadecuada entre los cromosomas 16.
Debido a que hay 4 alelos de las cadenas alfa la
pérdida o mutación en uno de los alelos origina un
individuo sano portador o una anemia leve.
La pérdida de 2 alelos ya origina una anemia
hemolítica y la pérdida de 3 alelos origina la
hemoglobina H que es formada por 4 cadenas beta y
una anemia hemolítica.
La pérdida de 4 alelos origina la talasemia mayor. La
distribución de las alfa talasemias geográficamente
es definida alrededor del mar mediterraneo, sur de
Asia y áfrica.
Algunos tipos de alfa talasemia tiene una asociación
geográfica concreta que permite su identificación y
de esa manera un individuo que tenga determinada a la talasemia puede conocer su origen ancestral.

Beta talasemias:
Las beta talasemias son producidas por defectos o
disminuciones en la cantidad de cadenas beta lo que
produce un desbalance con las cadenas alfa.
Las cadenas beta pueden no sintetizarse o sintetizarse
más de lo normal de forma defectuosa y eso origina
una variante en la gravedad o expresividad de las beta
talasemias.
Los individuos con beta talasemias intermedia tienen
genotipos que tienen individuos con beta talasemias
mayores y eso es debido a que las condiciones
ambientales afectan también la expresividad de la
enfermedad.

Hemoglobinopatías estructurales:
La anemia falciforme es el resultado de una mutación en la sexta
posición de la beta globina que cambia el aminoácido glutámico por
una valina.
La hemoglobina con esta mutación origina un extremo que es
hidrofóbico cuando se encuentra como desoxihemoglobina y en
este caso las cadenas beta se pueden unir con las alfa y se
produce una polimerización de las hemoglobinas que genera
bastones que deforman la membrana del eritrocito y le dan forma
de OZ lo que termina produciendo una anemia falciforme. La
gravedad de la anemia falciforme es variable dependiendo de su combinación con otras mutaciones.
La anemia falciforme al igual que las talasemias tiene una distribución geográfica que coincide con el
sitio donde hay malaria. Los eritrocitos con anemia falciforme son destruídos antes de completar sus
ciclo vital y eso hace que ni pueda prosperar microbios que parasitan al eritrocito como por ejemplo la
malaria.

Mutaciones sin sentido:

Otras mutaciones comunes en las cadenas beta son mutaciones que originan codones de fin
anticipados y que por lo tanto hacen que no se complete la síntesis de la cadena beta. Estas
mutaciones en individuos en los que se ven afectados los intrones no se manifiestan y cuando la
mutación sin sentido origina péptidos pequeños estos son hidrolizados y tampoco se manifiesta la
enfermedad siempre y cuando el individuo sea heterocigoto.
En el caso de una mutación sin sentido que ocurre casi al final se origina un péptido largo que no se
digiere y por lo tanto se incorpora a la hemoglobina pero no sirve generando un efecto negativo
dominante.

A TENER EN CUENTA:
- Cuando tengo una mutación que lo que afecta es la tasa de transcripción la zona que se halla
mutada debe ser la zona reguladora.