CARACTERIZACIÓN DE REDES Y
TOPOLOGÍAS BIOLÓGICAS
Tema 1: Introducción, Descripción de
Algunas redes reales.
Carlos Aguirre Maeso
Escuela Politécnica superior
Profesores
• Carlos Aguirre (Coordinador).
• Florencio Pazos.
Programa
• [Link]ón.
• [Link]ón a la teoría de grafos, métricas
• [Link] aleatorias
• [Link] de Mundo Pequeño
• [Link] libres de escala
• [Link] y resistencia de redes, clustering
Evaluación
• 40% Presentación de un proyecto/aplicación novedoso.
• 30% Presentación de un trabajo de investigación publicado.
• 30% Realización de ejercicios.
Tema 1
Algunos ejemplos de redes y
algunas de sus propiedades.
La World Wide Web
• Es la mayor red para la cual existe información topológica.
• Los nodos de la red son los documentos
• Las ramas de la red son los enlaces (hyperlinks) entre
documentos.
• El tamaño actual de esta red es de mas de 1000 millones de
nodos
La World Wide Web
• La distribución del grado de las páginas web tiene una
distribución libre de escala tanto en los enlaces de salida
como en los enlaces de entrada.
• La distancia entre dos páginas de la WWW es pequeña
(entre 11 y 16).
• Los nodos de la WWW están muy clusterizados
La World Wide Web
Internet
• Internet es la red de enlaces físicos entre ordenadores u
otros servicios de comunicación
• La topología de internet se suele estudiar a dos niveles.
• Enrutadores
• Sistemas autónomos
Internet
Internet
• Para ambos tipos de red (enrutadores y sistemas
autónomos) el grado de cada nodo seguía una distribución
libre de escala.
• De nuevo la red está altamente clusterizada (Coeficiente de
clustering entre 0.18 y 0.3) y los caminos entre nodos son
cortos (aproximadamente 9).
Red de actores
• Los nodos son actores
• Dos nodos (actores) están conectados si han participado
juntos en alguna película.
• La red consta actualmente de unos 450000 actores.
Red de actores
• La distancia media entre actores es 3.65
• La red está altamente clusterizada (100 veces más que
un grafo aleatorio).La distribución de grados sigue una
ley de potencias (libre de escala).
Red de actores
•Se puede consultar la base de datos en el
“Oráculo de Kevin Bacon”
•[Link]
La red de colaboración científica
• Los nodos están constituidos por científicos.
• Dos nodos están conectados si alguna vez
publicaron un trabajo en común.
• La red de nuevo presenta una distribución libre de
escala, caminos cortos entre los nodos y una alta
clusterización.
La red de contactos sexuales.
• Los nodos y las ramas tienen una definición obvia.
• Tiene interés por la difusión de enfermedades
(especialmente aquellas de transmisión sexual como
el SIDA)
• Presenta una distribución libre de escala.
• Se sospecha que los datos de esta red no son
totalmente fiables.
Red de llamadas telefónicas
• Los nodos son números de teléfono.
• Las ramas son llamadas de larga distancia
entre nodos.
• De nuevo la red presenta una distribución libre
de escala.
Redes de citaciones científicas.
• Los nodos de la red son artículos científicos.
• Las ramas son citaciones entre artículos.
• Se tiene una base de datos de unos 750000
artículos.
• Tanto los grados de entrada como los de salida
siguen una distribución libre de escala.
Redes linguísticas.
• Los nodos son palabras.
• Dos nodos están conectados si
o Están juntas en alguna frase
o Hay solamente una palabra entre ambas.
• Un estudio realizado en ingles sobre 440902
palabras, presento una distancia media de 2.62
y un índice de clusterización de 0.43.
Redes linguísticas
• Otra red linguística considera de nuevo los nodos
como palabras.
• Dos nodos están conectados si se considera que
ambas palabras son sinónimas (de acuerdo con el
Merrian Webster Dictionary).
• El camino medio es de 4.7, el índice de
clusterización es de 0.7 y los nodos presentan una
distribución libre de escala.
Redes eléctricas.
• La red eléctrica del Oeste de los Estados Unidos está
compuesta por nodos (generadores, transformadores
y subestaciones) y ramas (cables físicos entre
nodos).
• La red tiene 4941 nodos y un grado medio por nodo
de 2.41.
• Esta red se aparta del patrón habitual teniendo una
estructura muy jerárquica.
La red semántica
• Cada nodo es un objeto o un concepto.
• Dos nodos se relacionan entre sí, si existe una
relación de la forma “es un” o “tiene un” entre
ambos nodos.
• Se ha estudiado poco, pero parece presentar un
camino medio corto, alta clusterización y una
distribución de nodos libre de escala.
Algunos ejemplos de redes
biológicas y algunas de sus
propiedades.
Redes de ecología
• Redes alimentarias.
o Los nodos de la red son especies
o Las ramas son relaciones predador-presa entre
especies
• Las distancias son cortas entre los elementos
de la red.
• En general son redes con pocos nodos.
Redes de ecología
• Al ser redes pequeñas es difícil dibujar la
distribución del grado de los nodos.
• Parecen presentar una distribución libre de
escala, con un exponente inusualmente pequeño.
Redes celulares
• Se presentan al estudiar el metabolismo de
organismos.
• Los nodos son sustratos químicos (H2=,
ATP, ADP).
• Las ramas presentan reacciones químicas
entre los sustratos.
Redes neuronales.
• Cada nodo es una neurona (biológica o
artificial).
• Las ramas son conexiones sinápticas entre
neuronas.
• La primera red estudiada de este tipo es la
del gusano Caernobidis Elegans, del cual se
tiene el mapa neuronal completo.
Redes de Interacción de proteínas.
• Cada nodo es una proteína.
• Las ramas representan relaciones de
expresión entre las proteínas.
• Una de las redes más importantes es la
red p53 de control de crecimiento del
cáncer.
Redes Genéticas.
• Cada nodo es expresión genética.
• Las ramas conectar expresiones genéticas
que presentan un alto índice de similitud
entre ambas.
• Una vez representada la red, se buscan
familias o grupos de genes similares.
