Unidad 4. Alineación de secuencias genéticas y proteicas.
Alineación básica de secuencias genéticas y proteicas.
Evidencia 1. Investigar los conceptos de homología e identidad de secuencias nucleotídicas
y proteicas. Reportar ambos conceptos y las diferencias entre ellos.
Evidencia 2. Investiga:
1. ¿Qué significa alineación de secuencias de nucleótidos o proteínas?. Anexa un
ejemplo gráfico (imagen) para apoyar tu respuesta.
2. ¿Qué es la herramienta Basic Local Alignment Tool (BLAST) del NCBI y cuál es su
función?.
3. ¿En qué algoritmo se basa BLAST-NCBI para su funcionamiento? Explícalo.
En línea: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Resources
DNA & RNA
BLAST (Basic Local Alignment Tool)
Nucleotide Blast
Paste Seq
TGAAAGACAGGAGTTTATCTATCGGAAGAACATGAATCTCTAACAGCTCCATACTTCTTTCACTACTCAAATG
GCATTGGGCTGAGTAAGTAACCATATCACCTCTCTTCT
Choose Search Set
Database: human genomic + transcript
Program Selection
Optimize for: Highly similar sequences
Format sequence
Format sequence results
See Results
Description
Query cover, E-value, Percent Identity [Proporcionan amplitud de la
alineación, valor de probabilidad de los resultados obtenidos y porcentaje de
identidad de la secuencia blanco con la(s) secuencia(s) de mayor identidad]
Select
Homo sapiens iodothyronine deiodinase 2 (DIO2), transcript variant
6, mRNA
Seq ID, Length, number of matches, range, score, identities, gaps,
strand
Query
Sbjct
Download Fasta (aligned sequences)
Graphic Summary
See Alignment scores
Resources
Protein
BLAST (Basic Local Alignment Tool)
Protein Blast
Paste Seq
NKFGRRNSTSNDNNNGGYKREDIANYPILN
Choose Search Set
Database: Reference proteins
Program Selection
Algorithm: blastp
BLAST OK
Format sequence
Format sequence results
Description
Query cover, E-value, Percent Identity [Proporcionan amplitud de la
alineación, valor de probabilidad de los resultados obtenidos y porcentaje de
identidad de la secuencia blanco con la(s) secuencia(s) de mayor identidad]
Select
Select seq ref|NP_001156862.1| pro-opiomelanocortin B
precursor [Xenopus laevis]
Seq ID, Length, number of matches, range, score, identities,
positives, gaps, strand
Query
Sbjct
Download Fasta (aligned sequences)
Graphic Summary
See Alignment scores
BLAST the next sequence
GCTGTAGCGTCCAGAAGTTGGGCCCGGAAACCAAGGGTAATACTGAGAATGTCCAGGGAACAACCCCAGA
ATGCACTAAAGACCTAGCAAAATTAGAGGGTGAATTTGTGGCTGATGAAGAACTCGCCATGATCAATACC
CAAGCTTTGCTTTTAGGTCTGGAGGAAGAAAAAAAGAAAACCGAGCAGAAAACCAGCAGAACAGCAGGTA
AAATGACTGCCCATGAGTCTCCAATAGAAAATGCTTCCCCCGTTCCTGCCCAGGAACAACAAACTGAGGA
AGCATTGAACATTCCAGTCGGTAACTCAGAGAAATCTTACCTGTGCCTAAGAAAAAGGAAACGGAAA
Analyze the results
Alineación múltiple de secuencias genéticas y proteicas
En línea: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Resources
Protein
BLAST (Basic Local Alignment Tool)
Protein Blast
Enter Query Sequence
Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s)
P09405.2
Check Align two or more sequences [Comparar una secuencia de interés con
la secuencia de otra proteína, brinda datos de homología y/o relación
filogenética]
Enter Subject Sequence
Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s)
AEV65390.1
BLAST OK
Dot Matrix View
Description
Alignments
Evidencia 3. Realiza un blastp de las siguientes proteínas: AAA61243.1 y AAA18208.1;
NP_036821.1 y AAA60743.1. Reportar en una tabla los resultados de Query Cover, E
value, Identity y responder ¿existen similitudes entre las proteínas? ¿Si las hay, en que
porciones se encuentran (posición de aa)?
