Seminario Biologia Molecular 2024
Seminario Biologia Molecular 2024
CA
BIO UÍMI
- F
QB II
MED -
Q
CÁTEDRA 1
UB
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A - DPTO
SEMINARIO
BIOLOGÍA
MOLECULAR
SEMINARIO
BIOLOGÍA MOLECULAR
Herramientas, técnicas y aplicaciones en medicina
Objetivos de aprendizaje
• Que el alumno conozca y se familiarice con los principios básicos de la biología molecular.
• Que el alumno conozca los fundamentos de las técnicas de rutina de biología molecular.
• Que el alumno comprenda la importancia de la aplicación de técnicas de Biología Molecular
en el diagnóstico clínico.
Introducción
La biología molecular, entendida como el área de estudio de las moléculas de ácido
desoxirribonucleico (ADN) y de ácido ribonucleico (ARN), es un campo que vincula diferentes
aproximaciones en el funcionamiento de cualquier organismo vivo. Los procesos patogénicos en el
ser humano son la más clara evidencia del rol central del ADN y ARN en enfermedades de base
genética como las producidas por deficiencias enzimáticas descriptas en las clases anteriores (por
ejemplo, deficiencia de glucosa-6-P-deshidrogenasa, glucosa-6-fosfatasa, piruvato quinasa,
carnitina-palmitoil transferasa, acil-CoA deshidrogenasas, etc.) y otras enfermedades no
mencionadas en este curso como la fibrosis quística, la hemofilia, la enfermedad de Huntington y
algunos tipos de cáncer de origen genético. También es posible encontrar una participación limitada
en trastornos multifactoriales como la diabetes, la enfermedad cardíaca, la obesidad, entre otras.
En este seminario se resumen algunas de las principales herramientas y técnicas de biología
molecular y su aplicación en la medicina, describiendo los conceptos básicos más importantes para
el área de la salud, que faciliten la comprensión del uso de estas herramientas en la práctica médica
cotidiana y la utilidad clínica de las pruebas de laboratorio moleculares en la prevención, el
diagnóstico y el tratamiento de diversas enfermedades.
-Transcripción reversa
a partir del ARN. El ADN producido por la transcriptasa reversa, debido a que usa ARNm maduro
como templado, no contiene intrones (Figura 1).
En 1984, Kary Mullis ideó un ingenioso método para amplificar secuencias específicas de
ADN que se denomina Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). Mediante esta técnica se
puede amplificar un segmento específico de ADN hasta millones de veces en pocas horas in vitro,
si se conocen las secuencias colindantes (flanqueantes) a esta secuencia blanco.
La PCR se lleva a cabo mezclando en un tubo
a) muestra conteniendo el ADN de interés,
b) oligonucleótidos (de entre 20 y 30 nucleótidos) que actuarán como cebadores (o primers)
uniéndose específicamente a las secuencias flanqueantes a la secuencia blanco,
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Se realizan replicaciones sucesivas repitiendo tres pasos en cada ciclo, utilizando un equipo
programable denominado termociclador. El termociclador es un aparato con capacidad para
calentar y enfriar rápidamente las mezclas de reacción, de modo que se aprovechen las cualidades
fisicoquímicas de los ácidos nucleicos y las enzimáticas de la ADN polimerasa.
Cada ciclo es la repetición de los siguientes 3 pasos:
a) Desnaturalización de la doble hélice de ADN: las dos hebras de la molécula de ADN
original se separan mediante calentamiento de la solución a 95ºC durante 15 segundos.
b) Hibridación de los cebadores: La solución se enfría rápidamente a una temperatura
entre 50º y 60ºC que es generalmente la temperatura a la cual cada cebador se une con
una hebra de ADN desapareada. Un cebador hibrida con el extremo 3’ de la secuencia
blanco en una hebra y el otro cebador hibrida con el extremo 3’ de la secuencia en la
hebra complementaria. No se formará nuevamente el ADN doble hebra inicial porque
los cebadores están presentes en exceso.
c) Síntesis de ADN: Se utiliza una enzima termoestable (Taq polimerasa) proveniente de
una bacteria termófila (Thermus aquaticus) que tiene temperatura óptima de acción
alrededor de 70ºC y es resistente a temperaturas extremas. La Taq polimerasa cataliza
la elongación de ambos cebadores copiando la secuencia blanco.
Estos tres pasos constituyen un ciclo de PCR, que se repite consecutivamente varias veces.
Cada ciclo de PCR duplica la cantidad de ADN, por lo que finalmente se produce un aumento de 2n
de la cantidad de ADN original, siendo n el número de ciclos que se llevan a cabo. La amplificación
es de un millón de veces después de 20 ciclos y de mil millones de veces después de 30 ciclos, los
cuales se pueden llevar a cabo en menos de una hora (Figura 2).
Los productos de PCR obtenidos al final de la reacción son analizados mediante una
electroforesis en gel. El ADN que ha sido amplificado por la reacción en cadena de la polimerasa,
migra en una región del gel de acuerdo con la cantidad de pares de bases (tamaño) que tiene la
secuencia, y es acumulada en una banda que se ubica en paralelo a una de las bandas de tamaño
determinado de un patrón comercial que contiene ADN de diferentes longitudes y que es corrido de
forma simultánea con la muestra; esto, permite determinar el tamaño de la secuencia estudiada en
pares de bases.
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La PCR en tiempo real (del inglés real time PCR) es una modalidad de PCR donde la
acumulación de ADN amplificado es detectado y cuantificado a medida que la reacción avanza, es
decir, “en tiempo real”. Esto se logra incorporando una molécula fluorescente que se asocia al ADN
amplificado. Así, el incremento de esta fluorescencia es proporcional al incremento de la cantidad
de moléculas de ADN amplificadas en la reacción.
Aplicaciones: La PCR permite amplificar una secuencia de ADN presente en una proporción
muy pequeña del ADN total de una muestra. Es una técnica muy sensible, se puede amplificar y
detectar una única molécula de ADN, aportando una información muy valiosa en medicina. Además,
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la PCR es una herramienta esencial para la toma de decisiones en todas las etapas de la atención
del paciente: la evaluación del riesgo, la detección, el diagnóstico, la estadificación y el pronóstico,
la selección de la terapia, y el seguimiento en diferentes enfermedades. A continuación, se
describen algunos ejemplos:
Nota: En el siguiente enlace se puede ver una animación sobre la técnica de PCR:
https://www.dnalc.org/resources/animations/pcr.html
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- Secuenciación de ADN
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sensor detecta el color emitido por cada banda a medida que la electroforesis avanza por lectores
láser y envía los datos a un programa informático que ensambla la secuencia (Figura 3). Esta
automatización de la lectura hace al método atractivo por su gran capacidad y rapidez.
Posteriormente, se desarrollaron los denominados métodos de “Next-generation
sequencing” (NGS) o de alto rendimiento. Estos hicieron la secuenciación genómica más rápida y
de menor costo, permitiendo una aplicación más extensiva de la técnica.
Nota: En los siguientes links se puede ver cómo se realiza el método de secuenciación automática:
https://www.dnalc.org/resources/animations/cycseq.html
-Enzimas de restricción
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sitios de corte son secuencias palindrómicas (repetición invertida) y los puntos de corte están
dispuestos simétricamente. La reacción catalizada por estas enzimas puede ocurrir en el centro
mismo de la secuencia reconocida dejando lo que se conoce como extremos “romos” con ADN
doble cadena, o extremos “cohesivos” si el corte ocurre en posiciones diferentes en una hebra y en
la otra del ADN, dejando en este caso una porción de hebra simple cadena (Figura 4).
Las bacterias utilizan la actividad endonucleasa de estas enzimas para eliminar ADN foráneo
que pudiera ingresar a la célula, sin embargo, el ADN propio no se destruye porque los sitios
reconocidos por estas enzimas se encuentran metilados. Se han purificado y caracterizado más de
100 enzimas de restricción, denominadas con una abreviatura de tres letras que se refiere al
organismo hospedador, por ej. Eco de Escherichia coli o Hin de Haemophilus influenzae.
Aplicación: las enzimas de restricción se utilizan in vitro para “cortar” moléculas de ADN y
proporcionar pequeños fragmentos específicos que se pueden analizar y manipular con más
facilidad que la molécula original. Luego del tratamiento del ADN, la cantidad y la longitud de los
fragmentos obtenidos dependerán de la frecuencia de la secuencia específica para dicha enzima
(si esta secuencia se encuentra varias veces repetida en el ADN, la enzima cortará más veces
generando fragmentos de distintos tamaños).
Nota: En el siguiente enlace se puede ver una animación sobre la forma de acción de una
enzima de restricción https://www.dnalc.org/resources/animations/restriction.html
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-Electroforesis en gel
La electroforesis en gel es una técnica que utiliza un campo eléctrico para separar moléculas
según su tamaño y carga. En el caso de los ácidos nucleicos, tanto el ADN, como el ARN contienen
grupos fosfatos cargados negativamente, por los tanto estas moléculas migrarán hacia el electrodo
positivo (ánodo). Las moléculas más cortas se movilizarán con mayor rapidez por los poros de un
gel que las moléculas más largas, por lo tanto, la separación se basará solo en el tamaño (longitud
de los fragmentos). Para visualizar el ácido nucleico separado se utilizan agentes luminiscentes o
colorantes como el bromuro de etidio, que se intercala en el ADN de doble cadena y genera una
señal lumínica que es directamente proporcional a la cantidad de ácido nucleico presente (Figura
5).
Nota: En el siguiente enlace se puede ver una animación sobre cómo se realiza una
electroforesis en gel de agarosa:
https://www.dnalc.org/resources/animations/gelelectrophoresis.html
Figura 5: Electroforesis de ácidos nucleicos en gel de agarosa y tinción con bromuro de etidio de
los fragmentos separados
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-Detección de polimorfismos
El ADN humano contiene algunas secuencias que están repetidas en tándem (una al lado
de la otra) un número variable de veces en ciertos loci dispersos en el genoma. Esas regiones se
llaman regiones hipervariables, y son polimórficas ya que la secuencia varía en el número de copias
de la unidad que se repite. Existen dos clases de secuencias repetitivas de ADN: los minisatélites
(variable number of tandem repeats, VNTRs) y los microsatélites (short tandem repeats, STRs).
Los VNTRs en humanos son secuencias de 1-5 kb que consisten en un número variable de
unidades repetitivas de 15 a más de 100 pb de longitud en el genoma de diferentes individuos. Se
comparan los patrones generados por muestras de ADN de distinto origen (conocido y
desconocido). La coincidencia entre los patrones indica con alta probabilidad que las muestras
provienen de la misma fuente. El análisis de los VNTRs es aplicable cuando se pueden obtener
muestras de ADN en buenas condiciones y en cantidad abundante.
Los STRs son secuencias repetidas en tándem de entre 2 y 5 nucleótidos, característica que
los diferencia de los VNTRs. El tamaño total de un STR es más pequeño que el de cualquier VNTR.
Los STRs contienen repeticiones más cortas y la secuencia de las regiones flanqueantes a ambos
lados del STR es igual en todos los individuos. (Figura 6). Cientos de sistemas de STRs fueron
mapeados en todo el genoma humano y varios fueron investigados para su aplicación en tests de
identificación de individuos. Pueden ser detectados mediante la amplificación por PCR de los
segmentos del genoma que contienen diferente número de repeticiones, utilizando para ello
cebadores o "primers" que flanqueen los STRs. Luego de la amplificación del ADN, los fragmentos
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se visualizan mediante electroforesis y tinción con Bromuro de etidio o técnicas análogas. Esta
opción se ha vuelto más frecuente con el aumento de información de secuencias en bases de datos
que permiten el diseño de cebadores flanqueantes de STRs. Se analizan principalmente
repeticiones de 4 pb. Dada la enorme variedad de alelos presentes en una población, al examinar
múltiples loci de STRs se puede obtener un alto grado de diferenciación entre individuos.
Huella genética:
La huella dactilar genética, o huella genética, es un método de aislamiento e identificación
de elementos variables dentro de la secuencia de ADN. La técnica fue desarrollada en 1984 por el
genetista británico Alec Jeffreys, después de descubrir la existencia de los minisatélites. Jeffreys
reconoció que cada individuo tiene un patrón único de minisatélites (las únicas excepciones
son los individuos procedentes del mismo cigoto, como los gemelos idénticos). Ya que la huella
dactilar genética de cada persona es única, es un gran método para identificar a alguien de
forma inequívoca. En la actualidad, la huella genética se realiza mediante el análisis de STRs.
Inicialmente, la huella genética fue utilizada para resolución de delitos y para determinación
de maternidad y paternidad. Luego se utilizó para la identificación de restos humanos,
compatibilidad en la donación de órganos, el estudio de las poblaciones de animales silvestres, y el
establecimiento del origen o la composición de alimentos. Por este método pueden determinarse
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no se identifican y son tratados en una etapa temprana. La enfermedad es causada por mutaciones
en el gen APC, un gen supresor tumoral localizado en el cromosoma 5q21.
Hoy en día, es posible analizar las mutaciones en el gen APC. El método más utilizado
actualmente es la secuenciación directa del gen. La información genética no es solo relevante para
el paciente afectado, sino también para la familia inmediata y sus futuros descendientes. Cuando
se identifica una mutación específica causante de la enfermedad, se debe realizar la prueba
genética a todos los parientes de primer grado. Miembros de la familia con un resultado negativo
para la mutación detectada en el paciente no necesitan más investigación y su seguimiento es el
mismo de la población en general. El diagnóstico precoz a través del análisis de la secuencia del
gen logró extender y mejorar la calidad de vida de estos pacientes. También es relevante el
conocimiento de qué tipo de mutación presentan los pacientes ya que ayuda a predecir la severidad
de la enfermedad, dado que la ubicación de la mutación puede afectar la función de la proteína de
diferente manera.
Secuenciación de nueva generación: La secuenciación de nueva generación (NGS) ha sido
recientemente adaptada para su uso como herramienta de diagnóstico molecular, como por ejemplo
para la caracterización de patógenos, detección de polimorfismos genéticos, diagnóstico de cáncer,
estudio de microbiota, etc. De forma general, las diferentes plataformas de NGS tiene la capacidad
de secuenciar una gran cantidad de material genético en horas a diferencia de los métodos de
secuenciación tradicionales (Sanger) en los que se requerían días a semanas. Las enfermedades
infecciosas y el cáncer son las áreas donde se ha iniciado la implementación de estas herramientas,
principalmente en el estudio de brotes infecciosos y en el diagnóstico de neoplasias,
respectivamente. La NGS entrega una gran cantidad de información, la que debe ser
cuidadosamente analizada por bioinformáticos en conjunto con el equipo médico para enfocar la
búsqueda de lo que se quiere diagnosticar.
-Consejo genético
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-Microarrays
En los últimos años se desarrolló una técnica que permite la detección de muchos genes al
mismo tiempo con el fin de determinar qué alelos de estos genes están presentes en las muestras
obtenidas de pacientes: los microarrays (también conocidos como biochips). La superficie de un
biochip pequeño se cubre con miles de piezas de DNA de una sola hebra, en donde cada una
corresponde a un gen diferente o un segmento del mismo. Luego, el biochip se incuba con una
muestra del DNA de un paciente y se determina el patrón de hibridación mediante análisis
informático. Los resultados pueden determinar, por ejemplo, cuál de las múltiples mutaciones
conocidas para una enfermedad genética es la que porta el paciente o para determinar qué alelos
de las enzimas que metabolizan un fármaco están presentes y, por lo tanto, la probabilidad de que
un paciente tenga una reacción adversa a un fármaco en particular. Otro uso consiste en determinar
qué genes están expresados en una determinada muestra. El ARN mensajero de una muestra de
tejido se utiliza para producir el ADN copia mediante transcripción reversa, el ADNc hibridará
solamente con aquellos genes que están expresados en el tejido analizado. Por ejemplo, en un
paciente con cáncer esta técnica podrá utilizarse para determinar la clasificación del cáncer con
mucha rapidez y diseñar el tratamiento de forma específica para cada paciente.
Nota: En el siguiente enlace se puede ver una animación sobre los microarrays:
https://www.dnalc.org/resources/animations/dnaarray.html
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genes que las codifican en las bacterias mediante un vector. Los vectores (por ejemplo, un plásmido
bacteriano) son moléculas transportadoras que transfieren y replican fragmentos de ADN que llevan
insertados mediante técnicas de ADN recombinante. Posteriormente se llevaba a cabo la
purificación, plegamiento y unión in vitro de las cadenas (mediante la oxidación de las cisteínas para
formar los puentes disulfuro de la proteína activa). El resultado fue una insulina humana, más barata
de producir, potente y segura, ya que no mostraba los problemas que producían las homólogas
animales. Empezó a distribuirse a principios de los años 80 como tratamiento contra la diabetes,
siendo (una vez más) la primera proteína recombinante aprobada como medicamento (Figura 7).
De manera similar, en 1985 se logró desarrollar la hormona de crecimiento recombinante,
empleada para tratar niños con deficiencias de esta hormona (anteriormente era aislada de tejido
de hipófisis de cadáver, cuyo suministro resultaba escaso).
Además, la técnica de ADN recombinante ha permitido la obtención de proteínas antigénicas
de agentes infecciosos para la creación de vacunas. Las vacunas recombinantes contienen
antígenos virales (proteínas). Como carecen de material genético y no pueden replicarse, su
utilización es totalmente segura, sin riesgo de infección por su uso. La primera vacuna obtenida con
esta técnica fue la vacuna contra Hepatitis B en 1986. Hoy en día se encuentran varias vacunas en
desarrollo contra el SARS-Cov-2 utilizando esta técnica.
Además de la insulina y la hormona del crecimiento, se han producido por esta técnica
glucagon, interferón, factores de la coagulación, factor VIII, interleuquinas, anticuerpos
monoclonales, eritropoyetina, etc.
-Animales transgénicos
Los ratones transgénicos se obtienen por inyección directa del ADN en el pronúcleo del
ovocito fecundado, o bien por transformación de células embrionarias in vitro con el ADN de interés.
En la actualidad, es posible obtener otros animales transgénicos, además de roedores. Los
animales más grandes, como ovejas, cabras, cerdos y vacas pueden modificarse genéticamente
gracias al desarrollo de las técnicas de clonación. Esta aplicación se da especialmente en especies
de interés comercial o agrícola-ganadero (vacas, cerdos, ovejas, caballos). En el área médica, los
animales transgénicos son utilizados en la producción de proteínas recombinantes (granjas
farmacéuticas). En estas granjas farmacéuticas se crían ovejas, cabras, vacas o cerdos
transgénicos que producen en su leche proteínas terapéuticas humanas. Ejemplos: obtención de
eritropoyetina, α1-antitripsina, proteína C, factor VIII de coagulación, antitrombina III, etc.
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-Xenoinjertos
Links de interés
Laboratorio virtual para realizar una electroforesis en gel de agarosa:
https://learn.genetics.utah.edu/content/labs/gel/
Laboratorio virtual de PCR: https://learn.genetics.utah.edu/content/labs/pcr/
Laboratorio virtual de Microarray: https://learn.genetics.utah.edu/content/labs/microarray/
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-Terapia génica
Muchas enfermedades de origen genético se traducen en defectos en la expresión de
proteínas, las cuales son difíciles de administrar o modificar mediante técnicas farmacológicas ya
sea por su tamaño, complejidad o inaccesibilidad celular. Una de las aplicaciones futuras más
promisorias de la genética molecular en el tratamiento de las enfermedades es la implementación
de la terapia génica, la cual puede ser definida como la administración e introducción de material
genético en un tipo celular o tejido apropiado para afectar la expresión génica con el fin de obtener
un efecto terapéutico deseado, superando las barreras de una terapia farmacológica convencional.
La terapia génica puede aplicarse utilizando diferentes estrategias:
1) Ex vivo: consiste en extraer las células que se deben reparar de un paciente, repararlas
en el laboratorio y reimplantarlas en el organismo del individuo en cuestión.
2) In situ: consiste en introducir el gen reparador directamente en el propio órgano
defectuoso del individuo.
3) In vivo: consiste en administrar directamente al paciente el gen corrector para que este
alcance el punto a tratar (Figura 10).
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Figura 10: Terapia génica in vivo: Introducción del ADN terapéutico en el paciente.
Por ejemplo, la fibrosis quística es una enfermedad hereditaria causada por mutaciones en
el gen que codifica para la proteína CFTR y afecta principalmente a los pulmones, en los que se
produce la acumulación de secreciones anormales que interfieren con el funcionamiento normal de
los mismos. Desde la identificación del gen CFTR como responsable de la fibrosis quística, la terapia
génica ha sido considerada como una de las vías terapéuticas para abordar el tratamiento de la
enfermedad desde su raíz: mediante la inhalación de moléculas de ADN se entrega a las células
pulmonares una copia normal de dicho gen.
Además de las enfermedades genéticas propiamente dichas, la terapia génica se está
aplicando de forma experimental al tratamiento del cáncer (en aquellos tumores que no tienen un
tratamiento eficaz o en los que el tratamiento convencional ha fracasado) (Figura 11), y, más
recientemente, otras enfermedades como la enfermedad coronaria, la enfermedad arterial periférica
o la artritis reumatoide.
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-CRISPR
desarrollo de técnicas que permitan editar o corregir con precisión y eficiencia el genoma de células
vivas es, por lo tanto, uno de los objetivos principales de la investigación biomédica. En las últimas
décadas se han investigado e implementado distintas herramientas de edición genómica entre las
cuales se destaca el sistema CRISPR/Cas9, un mecanismo de defensa bacteriano que ha sido
adaptado y rediseñado para su utilización en otros modelos celulares (Figura 12). La tecnología
CRISPR/Cas9 podrá corregir genes defectuosos en personas enfermas. Con esta tecnología es
posible alterar o eliminar cualquier secuencia o base en un genoma de billones de nucleótidos. Al
administrar la proteína Cas9 (“tijeras moleculares”) y los ARN guía apropiados a una célula, el
genoma de ésta puede cortarse en los lugares deseados (cuyas secuencias serán complementarias
a las de los ARN guía utilizados). Esto permite la eliminación funcional de genes o la introducción
de mutaciones. Luego, utilizando los mecanismos normales de reparación de ADN que tienen las
células, se puede insertar la secuencia corregida del gen. La accesibilidad y el enorme potencial de
CRISPR/Cas9 han dado lugar a una revolución casi sin precedentes en las ciencias biomédicas y
representan un gran avance en el campo de la terapia génica.
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