TEMA 2.

LA REPLICACIÓN DEL DNA

2.1. Introducción

• Replicón: una unidad del genoma en la que se encuentra el ADN replicado. Cada
uno contiene un origen para el inicio de replicación.
• Origen: una secuencia de ADN en la que se realiza la replicación iniciado.
• Terminal: un segmento de ADN en el que finaliza la replicación.

Los cromosomas procariotas son circulares y suelen tener un origen de replicación único.
Todo el cromosoma de la bacteria forma parte del mismo replicón, es decir, el replicón
y el genoma son equivalentes. Los eucariotas no tienen un único origen de replicación y
el genoma y el replicón no son equivalentes.

• Control de replicación de copia única: un control sistema en el que solo hay

una copia de un replicón por unidad de bacteria, es decir, es un mecanismo para
evitar que haya dos copias se la célula no se está dividiendo. El genoma solo se
replica cuando la célula se está dividiendo (está ligado al ciclo celular)
• El cromosoma bacteriano y algunos plásmidos tienen este tipo de regulación.
• Control de replicación multicopia: se produce cuando el sistema de control
permite que el plásmido exista en más de una copia por célula bacteriana
individual. Algunos no tienen mecanismos de control como el anterior, estos
sencillamente se replican de forma autónoma al cromosoma bacteriano y por lo
tanto, hay bacterias que pueden tener copias del mismo plásmido.

2.2. Un origen habitualmente da lugar a una replicación bidireccional

Replicación semiconservativa: replicación consistente en la separación de las cadenas de

un dúplex donde cada actúa como molde para la síntesis de una cadena complementaria.

La replicación aparece como una burbuja que empieza y termina en el ADN que no se
está replicando.

La horquilla de replicación comienza en el origen y se va desplazando por el ADN en

replicación

La replicación no tiene por qué empezar por los extremos, puede empezar por el medio:
se abre en un lugar determinado y se comienzan a formar las cadenas complementarias.

Replicación unidireccional: la burbuja de replicación tiene una única horquilla de

replicación. Por ejemplo, las mitocondrias

Replicación bidireccional: la burbuja de replicación tiene dos horquillas de replicación

que se mueven en direcciones opuestas
Genes esenciales para la replicación

¡Nomenclatura!

• Genes: se escribe comenzando en minúscula la proteína para la que código fi

can (ej: dnaA)
• Proteína: se escribe comenzando en mayúsculas (ej: DnaA) Según el gen una
mutación puede afectar su función de maneras diferentes:
• Slow-stop: si mutan cuando la replicación ha comenzado, esta continúa, pero
no puede empezar una nueva ronda de replicación. Por lo tanto, son genes
que codifican por proteínas que participan en el inicio de la replicación.
• Quick-stop: si mutan la replicación de detiene inmediatamente. Son genes
que codifican para materiales necesarios en la elongación
• Hipermutación: cuando una célula contiene más mutaciones de las que
debería. Estas proteínas podrían participar en el mecanismo de reparación
(actividad correctora).
Etapas de la replicación:

• Iniciación: montaje de los elementos de replicación en un lugar concreto del

genoma.
• Elongación: síntesis de la cadena conductora y de la retardada
• Finalización: comienza cuando las dos horquillas de replicación se
encuentran aproximadamente a la mitad del cromosoma .

2.3. El genoma bacteriano consiste habitualmente en un único replicón

circular

Los genomas bacterianos son (normalmente) circulares y se replican bidireccionalmente

a partir de un único origen. En E.Coli llama se llama oriC y está formado por 245bp

Se forman dos moléculas de DNA como si fuesen dos anillos, uno dentro de otro. Para
poder separarlas requerimos de una topoisomerasa que rompa las dos cadenas de los
dos cromosomas: girasas o topoisomerasas de tipo II.
12.5. Iniciación: Creación de las horquillas de replicación a oriC

• oriC contiene sitios de unión para DnaA: DnaA-boxes.

• oriC también contiene 11 repeticiones GATC / CTAG que contienen las adeninas
metiladas en ambas cadenas por acción de la metilasa.

Elementos en oriC:

• dnaA-boxes (marcados en rojo en el dibujo): se puede unir la proteína DnaA,

unida tanto a ADP como ATP. Son secuencias de 9 nucleótidos con una
secuencia consenso de 5'-TTATNCACA-3 '. La unión de la proteína permite
que comience la replicación.
• I boxes: puede unirse DnaA-ATP únicamente (I1,I2,I3). Los DnaA-ATP tienen
preferencia por los dnaA-boxes, es decir, los Y boxes sólo se llenan cuando
los dnaA-boxes ya están completos.
• DUE (DNA unwinding elemento, elemento de desenrollamiento de DNA): son
secuencias de 13 nucleótidos ricos en AT (no secuencia consenso) que se
encargan de desenrollar el DNA. El DNA-ATP sólo se une a regiones del ADN
que ya se hayan desarrollar. Esta es la zona donde comienzan a separarse las
cadenas.

Fases:

La horquilla de replicación se crea en dos fases:

• Primero las DnaA-ATP se acoplan a los sitios de unión (DnaA-boxes y I-boxes)

mientras que el DUE queda libre.
• Las DnaA-ATP cambian de conformación y se compactan. Esto provoca que
la hélice adquiera una nueva forma donde el DUE, rico en A-T, queda
desarrollado de manera que las DnaA-ATP compactadas quedan unidas
únicamente a una de las dos cadenas de la doble hélice. Gracias a las
proteínas la cadena simple queda estabilizada. La parte no desarrollada
está formada por las DnaA-ATP no compactadas
12.4. La metilación del origen bacteriano regula el inicio de la replicación

Secuencia palindrómica: es una secuencia donde la complementaria se igual a la original

cuando se lee desde el mismo extremo (5 'o 3', no izquierda o derecha). Ex: 5'-GATC-3
'3'-CTAG-5'

Estas secuencias participan en la regulación de la replicación porque no vuelva a empezar

una ronda de replicación cuando ya ha comenzado otra (la retrasan). Las metilasas, antes
de empezar la replicación, metilan siempre al encontrar esta secuencia de modo que el
ADN queda metilado en ambas cadenas. Cuando se replican la cadena nueva no estará
metilada inicialmente, quedando una doble hélice hemimetilada (la metilación no se
conserva). Se impide durante un cierto tiempo la metilación de la cadena nueva por
varios mecanismos. Por tanto, no se podrá unir la DnaB y no se formará la horquilla de
replicación. La hemimetilación dura 13 minutos
12.6. Existen múltiples mecanismos para prevenir el inicio de una nueva
replicación

→ SEQA: La nueva cadena de DNA permanece hemimetilada gracias a la proteína SEQA

que une específicamente a zonas hemimetiladas impidiendo la actuación de las
metilasas.

→ Membrana: La unión a la membrana del DNA también impide la metilación de las dos
cadenas. Dado que dos terceras partes del proceso de replicación se producen con el
ADN unido a la membrana por las DnaA, es necesario que las DnaA se degraden para
separar el ADN de la membrana.

→ dat locus: son lugares del genoma donde la proteína DnaA se puede unir y, por lo
tanto, deja de participar en la replicación (no se une en el inicio para que inicie la
replicación si no que en otros lugares)

→ Hda: mediante la subunidad β de la DNA polimerasa el factor Hda es transportado

hacia el origen una vez la replicación ha comenzado. Se encarga de inactivar la DnaA
convirtiendo el complejo DnaA-ATP en DnaA-ADP de tal manera que no puede ser
reconocida por las I boxes que intervienen en el origen de replicación

12.7. Los cromosomas de las Archeas pueden tener varios replicones.

Aunque tienen cromosomas pequeños y circulares como los organismos procariotas, la

maquinaria para iniciar la replicación de las arqueobacterias es parecida a la eucariota ya
que tienen múltiples replicones.

Tanto las Archaeas como los eucariotas tienen más proteínas involucradas en el origen
de la replicación (no solo las DnaA)

12.8. Cada cromosoma eucariótico contiene múltiples replicones

Los eucariotas tienen varios replicones en cada cromosoma que varían de extensión (de
40 a 100kb de longitud). Cada replicón se activa en momentos concretos de la fase S,
pero se cree que los replicones próximos activan a la vez. Cuando las horquillas de
replicación de dos replicones se encuentran se fusionan creando una burbuja de
replicación mayor (hay cierta coordinación, cuando comienza a formarse una horquilla
otra también comienza).

Hay más de un origen de replicación para que esta sea más rápida (el genoma es más
grande en eucariotas).

Diferencias entre replicación bacteriana y eucariótica:

• Hay DNA circular en bacterias mientras que en eucariotas hay cromosomas

lineales
• Las bacterias tienen un solo origen de replicación mientras que los eucariotas
tienen más de uno.
• El número de DNA polimerasas para horquilla de replicación es diferente
• El final de la replicación

12.9. El origen de replicación se puede aislar en levaduras

El complejo de reconocimiento del origen (ORC) es un complejo de seis proteínas que

las levaduras se unen a secuencias de replicación autónomas (ARS). El ORC sería el
equivalente a la proteína DnaA a las levaduras. En los ARS una mutación en determinados
lugares afecta al origen de replicación. Se denomina región A a aquella región de 11-bp
rica en A-T donde una mutación afecta al 100%. No todos los ARS de una célula están
activos, hay algunos que están silenciados.

Si se da un cambio en un nucleótido de otra región puede que no afecte, pero si se da

en la región A sí.
13.1. Replicación del DNA

Elongación

Replisoma: estructura multiproteica (diferente a la formada al inicio de la replicación)

asociada a la horquilla de replicación de bacterias encargada de la síntesis de ADN.
Además de la DNA polimerasa contiene otras enzimas. Uno de estos enzimas son las
topoisomerasas encargan de relajar el ADN.

13.2. Las DNA polimerasas son enzimas que fabrican DNA

Hay dos tipos de síntesis de DNA:

• Replicación semiconservativa: las dos dobles cadenas de ADN se separen y

cada sirve como molde para una nueva cadena de DNA. Las enzimas capaces
de sintetizar una cadena de ADN a partir de un molde se llama DNA
polimerasa o DNA polimerasa dependiente de DNA.
• Mecanismos de reparación: Cuando hay un error en la cadena se quita un
fragmento de ADN en el que se encuentra la mutación y se sintetiza un nuevo
para reemplazarlo. Las DNA polimerasas sintetizan a partir del extremo 3 '-
OH libre de la cadena sobre la que se añaden nucleótidos (solo alargan el
extremo 3’ de la nueva cadena).

Las DNA polimerasas sintetizan en sentido 5'-3 'a partir de una cadena en sentido 3'-5'.
El nucleótido que se une tiene un extra trifosfato-5 'que al unirse a la cadena libera un
difosfato.
Muchas DNA polimerasas tienen una gran hendidura compuesta de tres dominios que
parecen una mano. El ADN yace sobre la '' palma '' en un surco creado por los '' dedos ''
y '' pulgar ''.

La DNA polimerasa requiere de:

• Una cadena molde

• Nucleótidos (substratos)
• Un iniciador (primer de RNA, necesita un extremo 3’ que poder alargar)
Solo cuando se une la base complementaria a la de la cadena molde se encuentra todo
en forma para que se produzca el ataque catalítico (nucleofílico) de átomo de O del -OH
sobre el P del grupo fosfato y tenga lugar la reacción.

a) El ataque de un cebador 3'-OH en un dNTP correctamente emparejado en base

b) Consecuencia del emparejamiento incorrecto de bases en catálisis por la ADN
polimerasa. En el ejemplo que se muestra, el par de bases A: A incorrecto desplaza
el alfa-fosfato del nucleótido entrante. Esta alineación incorrecta reduce
drásticamente la tasa de catálisis, lo que da como resultado que la ADN
polimerasa agregue preferentemente dNTP emparejados correctamente

a) Unión de un dNTP de pares de bases correcto a la ADN polimerasa. En estas

condiciones, el 3'-OH del cebador y el alfa-fosfato del dNTP están muy cerca
b) La adición de un 2'-OH da como resultado un choque estérico con aminoácidos
en la bolsa de unión de nucleótidos. Esto da como resultado que el alfa-fosfato
del dNTP esté desplazado. En este estado, el alfa-fosfato está incorrectamente
alineado con el 3'-OH del cebador, reduciendo drásticamente la velocidad de
catálisis. La carga positiva de los cationes estabiliza la carga negativa del O que
lleva a cabo el ataque nucleofílico sobre el fosfato y la carga negativa de los
fosfatos
 a) El sitio activo de una ADN polimerasa. Los dos iones metálicos se mantienen en
su lugar mediante interacciones con dos residuos de aspartato altamente
conservados. El ion metálico A interactúa principalmente con el 3'-OH, dando
como resultado una asociación reducida entre el O y el H. Esto deja un 3'O-
nucleófilo. El ion metálico B interactúa con los trifosfatos del dNTP entrante para
neutralizar su carga negativa. Después de la catálisis, el producto pirofosfato se
estabiliza a través de interacciones similares con el ion metálico B

Tipo de DNA polimerasas en E.coli:

Tanto en eucariotas como en procariotas encontramos varios tipos de enzimas que

tienen actividad DNA polimerasa. De manera habitual un tipo de ADN polimerasa,
llamada DNA replicasa, está involucrada en la replicación, mientras que las otras están
especializadas en otros procesos (reparar daños en el DNA, reiniciar horquillas de
replicación estancadas, o evitar el daño en el ADN). En E.coli encontramos:

• DNA polimerasa III: es la DNA replicasa, es decir, está involucrada con la

síntesis de novo y está formada por más de una subunidad.
• DNA polimerasa I: se utiliza para reparar de manera general. Tiene la
capacidad unción 5'-3 'exonucleasa utilizada en combinación con la síntesis
de ADN para los procesos de desplazamiento de mella. Está codificada por el
gen polA. Del mismo modo que la lll, está formada por más de una subunidad.
• DNA polimerasa IV-V: participan en mecanismos de reparación de errores que
no se pueden reparar mediante la DNA pol I, por ejemplo, para saltar errores.
• DNA polimerasa II: cuando la replicación se detiene por errores al ADN hace
que vuelva a comienza

Pasos para la síntesis de ADN:

• Se requieren 2'-deoxinucleòsidtrifosfats (dA / T / C / GTP) los que tienen

unidos tres fosfatos al grupo 5'-hidroxilo de la 2'-deoxiribosa. Los fosfatos se
denominan α, β o ɣ según el orden de proximidad al azúcar.
 • El primero (sintetizado por la primasa), complementario a la cadena molde,
se une a la cadena simple de ADN generando un extremo 3 'libre. Se considera
que el primero se sustrato porque se modifica durante el proceso y que el
molde no porque sólo da información de los nucleótidos que se colocar.
• La síntesis de DNA se extiende a partir del extremo libre 3 '(en dirección 5'-
3'). El extremo 3'-OH libre ATCA el enlace entre el fosfato α y el β liberando
un pirofosfato.
• La base se empareja por puentes de hidrógeno con el molde cuando es
complementaria.
• Las piro fosfatasas hidrolizan el pirofosfato en dos fosfatos

13.3. Las DNA polimerasas tienen diversas actividades nucleasas:

- Actividad 3'-5 'exonucleasa (l, ll y lll): es la encargada de reparar (proofreading). Cuando

se detecta que se ha pegado un nucleótido incorrectamente, la capacidad 3'-5 'permite
ir atrás' para la cadena sintetizada y sacar el último nucleótido. De esta manera se puede
seguir el ritmo normal de síntesis disminuyendo el error en un factor de 100.

- Actividad 5'-3 'exonucleasa (l): la actividad contraria consiste en hidrolizar por el

extremo 5'. El desplazamiento de mella (nick translation) es un proceso para reparar
consistente en crear una mella cuando hay un error. La DNA polimerasa lo reconoce y
comienza a sustituir la cadena con la mella. La enzima no detecta de manera exacta
cuando se ha de despegar, sino que al ser una DNA Pol poco procesativa (entre 3-200
nucleótidos) se desenganchara pronto y la cadena siguiera el curso normal.
13.4. Las DNA polimerasas controlan la fidelidad de la replicación

ADN polimerasas de alta fidelidad involucradas en la replicación tener un sitio activo

restringido con precisión que favorezca unión de pares de bases Watson-Crick.

• Procesividad: la capacidad de una enzima para desempeñarse múltiples ciclos

catalíticos con una sola plantilla en lugar de disociarse después de cada ciclo. Una mayor
procesividad de las ADN polimerasas reduce la probabilidad de cambios de marco.

ADN polimerasas a menudo tener una exonucleasa 3′ – 5 ′ actividad que se utiliza para
impuestos especiales incorrectamente emparejados bases.

La fidelidad de la replicación es mejorado mediante la corrección de pruebas por un

factor de ~ 100.

13.7. La replicación requiere una helicasa y una proteína de unión a cadena

simple

- DnaB: proteína con actividad helicasa, con capacidad para separar las dos cadenas de
ADN. Se une una vez está formada la burbuja de replicación. Usar la hidrólisis de ATP
como fuente de energía. Actúa rodeando una de las dos de DNA y se mueve con la
cadena en dirección 5 '-> 3'. Porque entre la burbuja es necesario que intervenga la
proteína DnaC.

- SSB: Una vez desnaturalizadas las dos cadenas de ADN esta proteína ayuda a mantener
separadas las dos cadenas
12.5. Iniciación: Creación de horquillas de replicación en el origen OriC

- DnaC: seis monómeros se unen a un hexámero de DnaB. El complejo DnaC-DnaB une

al origen, siendo el hexámero de DnaB, es decir, la helicasa la encargada de formar la
horquilla.

- DnaG primasa: se une a la helicasa y forma la horquilla.

- La girasa y las SSB también son requeridas

13.8. Es necesario un primer para el comienzo de la síntesis de DNA

Todas las DNA polimerasas necesitan un extremo cebador o priming end con un extremo
3'-OH para poder iniciar la síntesis de ADN. Este extremo puede estar dado por un RNA
cebador (de unos 10 nucleótidos) o bien por una proteína cebadores.

La síntesis del RNA cebador en ADN de doble cadena es un proceso en el que siempre
hay una helicasa (DnaB, en oriC), SSB y una primasa (DnaG, en oriC).

13.6. Las dos nuevas cadenas de DNA se sintetizan de manera diferente

La DNA polimerasa avanza de manera continua en sintetizar la cadena líder (5 '→ 3'),
pero sintetiza la cadena retardada mediante la creación de pequeños fragmentos, los
fragmentos de Okazaki, que son después unidos.
Se denomina replicación semidiscontinua la replicación en la que una nueva cadena es
sintetizada de manera continua mientras que la otra es sintetizada de manera
discontinua.

13.9. La síntesis coordinada de la cadena líder y la retardada

Se requieren de diferentes unidades enzimáticas para sintetizar la cadena líder y la

retardada. En E.Coli, estas do unidades contiene la misma subunidad catalítica (DNA
polimerasa III). En otros organismos, se requerirán diferentes subunidades catalíticas para
cada cadena.

13.10. La holoenzima DNA polimerasa III consiste en subcomplejos

El núcleo catalítico de la DNA polimerasa III en E. coli contiene tres subunidades,

incluyendo una subunidad catalítica y una subunidad correctora.

La holoenzima ADN Pol III tiene al menos dos núcleos catalíticos, una abrazadera (clamp)
de procesividad y una dimerización del complejo abrazadera-cargador (complejo clamp-
loader).

Se denomina holoenzima a cualquier complejo multiproteico en el que una actividad

enzimática nuclear se encuentra asociada con componentes adicionales que mejoran la
función.

Un clamp loader (ABRAZADERA) coloca las subunidades de procesividad en el ADN,

donde forman un clamp (pinza) circular alrededor del ácido nucleico (sirve para unir las
dos subunidades, implicada en la procesividad).

Al menos un núcleo catalítico es asociado con cada cadena molde.

El replisoma de E. Coli está compuesto del complejo de holoenzimas y las enzimas
adicionales requeridas para la replicación cromosómica

La DNA polimerasa III es muy procesativa (añade muchos nucleótidos antes de soltarse)
gracias a que está asociada a la proteína clamp. En cambio, la DNA polimerasa I es poco
procesativa (actividad reparadora: solo añade un nucleótido antes de soltarse). La DNA
polimerasa que sintetice la cadena conductora será más procesativa.
13.11. La abrazadera controla la asociación de la enzima central con el ADN

El núcleo del cadena líder es procesativo porque su abrazadera lo mantiene en el ADN.

La abrazadera asociada con el núcleo en la cadena retardada se disocia al final de cada

fragmento de Okazaki y se reensambla para el siguiente fragmento.

El modelo de trombón

El principio básico que establece el modelo de la polimerasa dimérica o modelo de

trombón afirma que, mientras una subunidad de polimerasa sintetiza la cadena líder de
manera continua, la otra empieza y acaba cíclicamente la síntesis de los fragmentos de
Okazaki de la cadena retrasada dentro de un lazo extenso de cadena individual formado
por su cadena molde.

Este modelo deja ver dos DNA polimerasas actuando sobre la cadena retrasada, iniciado
de manera alternada la síntesis de nuevos fragmentos de Okazaki.

La sucesión de hechos que tienen lugar durante la replicación del ADN en el modelo de
trombón son los siguientes:

a) La horquilla de replicación es creada por una helicasa que se desplaza en dirección 5

'→ 3' en la cadena molde para la cadena retardada. La holoenzima DNA Pol III
interacciona con la helicasa mediante las subunidades τ, que unen también las dos
subunidades nucleares de la DNA Pol III. Uno de los núcleos catalíticos replica la cadena
líder mientras que otros dos núcleos catalíticos replican la cadena retardada.

b) Periódicamente, la primasa se asocia con la helicasa y sintetiza un nuevo RNA

cebador sobre la molde de la cadena retardada.
c) Inmediatamente después de que se haya sintetizado un cebador, el cargador de la
abrazadera (clamp loader) carga una abrazadera deslizante encima.

d) La segunda DNA polimerasa de la cadena retardada, libre, reconoce rápidamente

la abrazadera cargada sobre el cebador, se une y empieza a sintetizar en él un fragmento
de Okazaki.

e) Cuando la primera polimerasa de la cadena retardada acaba de sintetizar el

fragmento de Okazaki esta es liberada de la abrazadera. Esta polimerasa podrá reconocer
el siguiente

complejo de cebador-abrazadera que se cree sobre el molde de la cadena retardada.

f) La DNA Pol I elimina el cebador de ARN y lo sustituye por DNA.

g) Una ligasa sintetiza el enlace que conecta dos fragmentos de Okazaki consecutivos.
13.12. Los fragmentos de Okazaki se unen por una ligasa

La DNA polimerasa I lo sustituye el primero por DNA.

La DNA ligasa conecta el extremo 3 'de un fragmento con el inicio 5' del siguiente

13.13 Las ADN polimerasas eucariotas separadas emprenden iniciación y

alargamiento

Una horquilla de replicación tiene un complejo de ADN polimerasa alfa/ primasa, un

complejo de ADN polimerasa δ y un complejo de ADN polimerasa ε.

El complejo ADN polimerasa alfa/ primasa inicia la síntesis de ambas cadenas de ADN.

ADN polimerasa ε alarga la cadena principal y una segunda ADN polimerasa δ alarga la
cadena retardada
13.14. Bypass de lesión requiere del reemplazo de una polimerasa

Una horquilla de replicación se detiene cuando llega a ADN dañado

El complejo de replicación debe ser reemplazado por una ADN polimerasa especializada
para el bypass de una lesión (ponen cualquier nucleótido para que continúe la
replicación).

13. 15. Terminación de la replicación

En E. Coli, las dos horquillas de replicación generalmente se encuentran a mitad de

camino por el círculo. Sin embargo, hay lugares llamados ter que provocan la
terminación si la horquilla de replicación va demasiado lejos.
Estas horquillas de replicación tienen una direccionalidad concreta. Si una de las dos
horquillas se retrasa, la otra no podrá sobrepasar el lugar ter

El problema de la terminación en los cromosomas lineales (tienen extremos)

Cuando la maquinaria de replicación sobre la cadena retrasada llega al final del

cromosoma, llega un punto en que la primasa ya no tiene suficiente espacio como para
sintetizar un RNA cebador, es decir, no hay ninguna DNA polimerasa capaz de alargar el
extremo 5’, sino que solo son capaces de alargar un extremo 3’ de una cadena
preexistente (primer).

Esto lleva a una replicación incompleta y en una pequeña región de DNA de cadena
sencilla en el extremo 3 'de la cadena retardada acabada de sintetizar. Cuando este
producto de DNA sea replicado en un futuro, uno de los dos productos será acortado y
perderá la región que no había sido copiada del todo en la replicación anterior (se
acortan los cromosomas).
Los telómeros y la telomerasa

Para superar esta limitación, los cromosomas presentan telómeros. Los telómeros se
encuentran los extremos de las cromátidas hermanas y no codifican para ninguna
proteína, por lo tanto, pueden ser acortados y no generar ningún problema (mecanismo
para no acortar los cromosomas):

Cada telómero tiene una región 3 'sobresaliente rica en G (TTAGGG)n. En eucariotas

simples, el valor de n es 1 o 2, si bien en humanos puede llegar al valor de 30.

La telomerasa es una enzima que hace uso del extremo libre 3'-OH de la cadena
telomérica G + T para llevar a cabo la síntesis de repeticiones seriadas del tipo TTAGGG

Posteriormente una DNA polimerasa podrá sintetizar la cadena complementaria a partir

de un primer, alargando el telómero.

Sin embargo, siempre quedará el extremo 3 'sobresaliente.

La telomerasa es una gran ribo nucleoproteína que consta de un molde de RNA y una
proteína con actividad catalítica de transcriptasa inversa. El componente de RNA incluye
una secuencia que reconoce el telómero. Una vez reconocido, la actividad de
transcriptasa inversa es usada para sintetizar ADN al final del molde de RNA. La
telomerasa desplaza el RNA del DNA sintetizado, se vuelve a unir al final del telómero y
repite el proceso.

14.12. D Loops maintain mitocondrial origins

Las mitocondrias tienen un genoma circular y pequeño que codifica para algunas
proteínas, pero la mayoría on de origen nuclear.
Utilizan diferentes secuencias de origen para iniciar la replicación del su DNA (2 orígenes,
uno por cada cadena)

• La replicación de la cadena H o pesada (más A yG) inicia en un lazo D (D

loop).
• La replicación la cadena L o ligera se inicia cuando su origen queda expuesto
por el movimiento de la primera horquilla de replicación.

La replicación comienza en un origen específico localizado en el DNA dúplex circular (es

unidireccional). No hay una cadena continua y otra retardada (siempre continua)

Primero, actúa de primer un RNA en la cadena pesada (la DNA polimerasa gamma lo
alarga). La hélice se va desenrollando y se va sintetizando una nueva cadena. Hay un
punto donde comienza la síntesis de la cadena complementaria de la cadena ligera
(también se requiere de un primer). La hélice continúa desenrollándose.

La cadena pesada terminara antes de sintetizar la cadena complementaria que la ligera

Replicación viral

Los genomas víricos pueden ser tanto de ADN como de ARN, de cadena única o doble
y circulares o lineales. Sin embargo, la cadena de DNA/RNA siempre se sintetiza en
sentido 5 '→ 3'.
La replicación comienza en lugares específicos y necesita de un cebador (los de RNA no).
Los genomas víricos codifican para proteínas, empero no todas estas proteínas son
usadas para llevar a cabo la replicación

Mecanismos de síntesis en ADN de doble cadena

Hay dos mecanismos posibles para replicar ADN de doble cadena:

- La horquilla de replicación. La replicación se lleva a cabo de la misma manera que la

replicación bacteriana. El cebador es un primer de RNA. Es propia de papilomavirus,
poliovirus, herpesvirus y provirus retrovirales.

- El desplazamiento de cadena. Una nueva cadena de ADN crece desplazando la cadena

previa al dúplex. Es propia de adenovirus, donde el cebador es una proteína; de
parvovirus, donde el cebador es un lazo del DNA; y de poxvirus, donde el cebador es
también un lazo de DNA. No necesitamos primer de RNA si no que este primer es parte
del virus. No hay una cadena conductora ni retardada, ya que se copian de una en una.
 • La replicación en poliomavirus

Los poliomavirus son virus de ADN circular de doble cadena (clase I). La replicación tiene
lugar de manera muy similar a la replicación bacteriana, usando un cebador de RNA
(bidireccional, semiconservativa, semidiscontinua, cadena retardada, cadena continua,
etc.). Utiliza TODA la maquinaria de la célula huésped para replicarse.

• La replicación de los viruses lineales de cadena sencilla de DNA (parvovirus)

Replicación por desplazamiento de hilo

Se forman estructuras de horquilla en los extremos del genoma que sirven como
cebadores para la replicación del DNA. Estas horquillas se forman gracias a la
complementariedad de bases que existe en los extremos de estas cadenas. Es un proceso
semiconservativo

El extremo 3’ puede actuar como primer, de tal manera que la DNA polimerasa
comenzara a sintetizar la nueva cadena alargando este extremo.

Si deshacemos esta horquilla en el extremo 5’ provocamos que la esa parte de la cadena

sirva como molde para seguir sintetizando la cadena comentada anteriormente.

Una endonucleasa hace un corte en la cadena utilizada como molde, de tal manera que
se genera un nuevo extremo 3’ que podrá ser alargado estirando y utilizando como
cadena molde la horquilla que se forma en el extremo 3’.

En las cadenas vuelven a formarse horquillas y obtendremos 2 cadenas sencillas de DNA

 • La replicación de los viruses lineales de doble cadena de DNA (adenovirus)

Orígenes de replicación en ambos extremos.

Es una replicación semiconservativa que utiliza una proteína terminal (TP) que actúa
como un primer (cebador de proteínas) ya que proporciona un nucleótido de citidina
con un extremo 3′ – OH que se utiliza como primer para sintetizar la nueva cadena de
DNA

Síntesis de ADN por desplazamiento de cadena (en el que un nuevo filamento de DNA
crece desplazando el filamento anterior del dúplex) realizado por ADN polimerasa viral

pTP: proteína preterminal (en el momento que queda unida a la cadena ya es TP)

pTP-Pol: complejo de la polimerasa y el pTP

• La replicación de viruses de DNA de doble cadena (Herpesviruses)

La molécula de ADN lineal es convertido en un círculo y posteriormente se replica

mediante un mecanismo equivalente a la horquilla de replicación sin terminación.

Se replica mediante el mecanismo del circulo que rueda.

Los concatemeros son moléculas de DNA que contienen múltiples copias de una misma
secuencia de nucleótido una tras otra (el genoma del virus unido a una copia del genoma
del virus) y estos se cortan.

• La replicación de los viruses circulares de cadena única

La replicación de virus circulares de cadena única (clase II) tiene lugar por el mecanismo
del círculo que rueda, de manera similar a lo que ocurre con lo DNA circulares de doble
cadena. Rápidamente se producen muchas copias del genoma.

• La replicación en viruses de DNA circular de doble cadena (poxvirus)

Los poxvirus son virus de ADN circular de doble cadena cerrada covalentemente (clase
I).

La replicación tiene lugar por desplazamiento de cadena.

El extremo 3 'producido por un corte sirve de primer. La replicación produce

concatemeros que son resueltos por una proteína codificada por el virus.

NO HAY EXTREMOS, LOS EXTREMOS SOLO SE OBTIENEN MEDIANTE CORTES

 • La replicación en viruses de RNA lineal de doble cadena (reovirus)

Los reovirus son virus de RNA lineal de doble cadena (clase III).

La transcripción y la replicación de estos virus son procesos que van muy ligados
(podemos considerar que son lo mismo). El dsRNA genómico es transcrito en mRNA que
servirá tanto para la traducción como para la replicación.

La replicación tiene lugar dentro de partículas víricas y produce (+) RNA. Después, la
replicasa sintetiza la cadena (-) para completar la formación del dúplex de ARN.

• La replicación en virus de RNA monocadena (+)

En virus de RNA lineal monocadena (+) (clase IV) la cadena de ARN (+) sirve como
genoma y como mRNA. La replicación de la cadena RNA (+) produce un dúplex de RNA,
que podrá ser transcrito (la cadena -) para dar una nueva cadena de ARN (+).
 • La replicación en viruses de RNA lineal de cadena sencilla (+) (coronavirus)

Como en el caso anterior se forma un duplex de RNA y además a partir de la cadena (-)
formada se pueden sintetizar pequeños trozos de RNA que codifican para x proteínas
(subgenomic RNA).

• La replicación en viruses de RNA lineal monocadena (-) (ebolavirus)

Los ebolavirus son virus de RNA lineal monocadena (-) (clase V). El complejo de RNA
polimerasa dependiente de RNA vírico (RdRp) se une al genoma RNA (-), y comienza la
replicación, ignorando todas las señales de transcripción. El antigenoma es
posteriormente replicado de la misma manera. La misma RNA Pol es usada para la
transcripción.

RdRp también es conocida como replicasa y es independiente de primer.

Es una síntesis continua (no hay fragmentos de Okazaki, no hay cadena continua ni
retardada, etc.)

La cadena positiva obtenida directamente se traduce (proteínas de la capsida, la propia

polimerasa, etc.). Pero la RNA polimerasa se encuentra encapsulada, por eso es posible
llevar a cabo la replicación ‘’sin tenerla’’.
 • La replicación en viroides

Los viroides son cadenas de RNA lineal monocadena que no codifican para ninguna
proteína. Se replican usando el RNA polimerasa del huésped mediante el mecanismo del
círculo que rueda (utilizan toda la maquinaria de la célula).

De esta manera generan multímeros que son posteriormente auto- escindidos (estos
RNA son ribozimas), dando lugar a RNA antigenomico que se replica por el mismo
mecanismo y produce nuevos genomas. Este sistema de replicación se denomina
replicación simétrica, ya que tanto la cadena (+) como la cadena (-) se sintetizan de la
misma manera.

• La replicación en retrovirus

Los retrovirus (clase VI) tienen genomas de RNA monocadena que se replican gracias a
un intermediario de ADN de doble cadena.

Un retrovirus tiene dos copias de su genoma de RNA de doble cadena.

Un provirus integrado es una secuencia de ADN de doble cadena. Un retrovirus genera

un provirus mediante la transcripción inversa del genoma retrovírico.

Cuando el material genético del virus se integra en el genoma (una vez que ha pasado a
DNA) este se puede transcribir, obteniendo una copia de RNA como la que teníamos
inicialmente la cual se traduce directamente para obtener diferentes proteínas.
La transcriptasa inversa es una enzima que utiliza RNA monocadena como molde para
sintetizar la cadena de ADN complementaria (la lleva directamente en el genoma)

La integrasa es una enzima que se encarga de la recombinación específica que inserta el

DNA vírico en el ADN de la célula infectada (se integran en un lugar específico).

Un retrovirus típico tiene tres genes: gag, pol y env.

Las proteínas gag y pol son traducidas a partir de un producto de transcripción de

longitud completa del genoma. La traducción de pol requiere un cambio de marco para
el ribosoma. La proteína env es traducida a partir de un mRNA individual que se genera
por fragmentación.

Cada uno de los tres productos proteínicos son procesados por proteasas para dar lugar
a múltiples proteínas.

La transcripción inversa

Una secuencia corta (R) es repetida en cada extremo del RNA del virus de manera que
los extremos 5 'y 3' sean R-U5 y U3-R, respectivamente.

Los retrovirus se denominan virus de cadena positiva cuya secuencia codifica los
productos proteínicos. La transcriptasa inversa se encarga de convertir el genoma (RNA
(+) ) en una cadena complementaria de ADN llamada cadena de DNA negativa.

La transcriptasa inversa tiene una actividad de polimerasa que le permite sintetizar un

ADN dúplex a partir de la cadena de ADN negativa. La nueva cadena en la estructura
dúplex se denomina cadena de ADN positiva.

La transcriptasa inversa comienza la síntesis cuando un primer de RNAt (extremo 3’) se

une a un lugar situado a unos 100 o 200 bases del extremo 5 '.

Cuando la enzima llega al final, las bases 5'-terminales del RNA son degradadas, por lo
que el extremo 3 'del DNA producto queda expuesto. Este extremo 3 ' (la región R) se
empareja con el extremo 3' de otro DNA retroviral. La transcriptasa inversa reanuda la
síntesis de ADN de cadena negativa.

La síntesis continúa, generando un producto en el que las regiones 5 'y 3' son repetidas,
dando a cada extremo una estructura U3-R-U5. Algunos hechos similares tienen lugar
cuando la transcriptasa inversa utiliza el DNA producto para generar la cadena
complementaria.
Si comparamos las DNA polimerasas con las transcriptasa inversa:

• La transcriptasa inversa puede usar tanto RNA como DNA como molde.
• La transcriptasa inversa no tiene capacidad correctora 3 '→ 5'.
• La transcriptasa inversa tiene actividad H RNAasa que digiere RNA en caso de
existir

Se denominan virus de replicación defectuosa (replication-defective virus) aquellos

que no pueden perpetuar un ciclo infeccioso porque alguno de los genes necesarios no
existe o ha mutado. Un virus auxiliar (helper virus) puede hacer posible la replicación del
virus defectuoso.

En algún caso una de las dos copias del genoma puede ser defectuosa y portar un
oncogén p.e, pero mientras una de las dos copias codifique las diferentes proteínas del
virus servirá.