UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
FACULTAD DE INGENIERIA Y ARQUITECTURA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL
Informe
Programa de software MEGA alineamiento de secuencias de ADN y construcción de un
árbol filogenético
Docente
Blgo. Hebert Hernan Soto Gonzales
Curso
Biotecnología
Elaborado por
Bustamante Flores, Jhon Enrique - 2021205097
Ciclo
VII
Ilo-Perú
2024
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INDICE
I. INTRODUCCIÓN................................................................................................................................. 3
II. OBJETIVOS.......................................................................................................................................... 3
2.1 Objetivos generales ....................................................................................................................... 3
2.2 Objetivos específicos ....................................................................¡Error! Marcador no definido.
III. MATERIALES Y MÉTODOS .......................................................................................................... 4
3.1 Materiales ...................................................................................................................................... 4
3.2 Métodos ........................................................................................¡Error! Marcador no definido.
3.2.1 Obtención de la secuencia a alinear......................................¡Error! Marcador no definido.
3.2.2 Importación de Secuencias en MEGA .................................¡Error! Marcador no definido.
3.2.3 Alineador de Secuencias.......................................................¡Error! Marcador no definido.
3.2.4 Construcción del Árbol Filogenético....................................¡Error! Marcador no definido.
IV. RESULTADOS .....................................................................................¡Error! Marcador no definido.
V. CONCLUSIONES................................................................................¡Error! Marcador no definido.
VI. BIBLIOGRAFIA ..............................................................................¡Error! Marcador no definido.
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I. INTRODUCCIÓN
El software MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) es una herramienta
bioinformática ampliamente utilizada para realizar análisis evolutivos y genéticos, enfocándose en
el alineamiento de secuencias de ADN y la construcción de árboles filogenéticos. Su principal
utilidad radica en la capacidad de comparar secuencias biológicas, como el ADN, ARN y proteínas,
permitiendo identificar similitudes y diferencias entre especies o individuos. A través de MEGA,
los investigadores pueden realizar alineamientos múltiples, donde varias secuencias de ADN se
comparan y se ajustan para maximizar las coincidencias entre ellas, facilitando el análisis de
relaciones evolutivas.
MEGA también permite la construcción de árboles filogenéticos, representaciones gráficas
que ilustran las relaciones de parentesco evolutivo entre diferentes organismos o secuencias. Para
ello, el software utiliza modelos de evolución molecular y algoritmos que analizan las similitudes
y diferencias entre las secuencias alineadas. Este enfoque es esencial para comprender la historia
evolutiva, rastrear la divergencia entre especies y estudiar la evolución de genes o proteínas
específicas. MEGA ha sido clave en estudios de biología evolutiva, genética comparativa y
filogenia molecular, debido a su precisión y facilidad de uso.
II. OBJETIVOS
2.1 Objetivo general
Utilizar el programa de software MEGA para alinear las secuencias de ADN y construcción un árbol
filogenético.
2.2 Objetivos específicos
• Determinar la alineación de ADN utilizando el software MEGA.
• Construir un árbol filogenético de secuencias alineadas.
• Interpretar el árbol filogenético en base a artículos científicos
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III. MATERIALES Y MÉTODOS
3.1 Materiales
• Software MEGA
• Secuenciador de ADN en formato FASTA
• Computadora o laptop con acceso a internet
3.2 Metodología
3.2.1 Instalación del software
Primero, descargo e instalo el programa MEGA desde su página oficial. Una vez completada la
instalación, lo abro en mi computadora.
3.2.3 Preparación de las secuencias de ADN
Reúno las secuencias de ADN que quiero analizar. Estas las tengo en formato FASTA, que es el formato
más común para secuencias biológicas. Si alguna de las secuencias no está en este formato, las convierto
antes de seguir.
3.2.4 Importar las secuencias en MEGA
Dentro de MEGA, selecciono Align en el menú principal. Luego elijo Edit/Build Alignment y selecciono
la opción Create a new alignment. Aquí, me aseguro de marcar que estoy trabajando con nucleótidos
(porque estoy usando secuencias de ADN) y luego importo las secuencias seleccionando Retrieve
sequences from a file y cargando mi archivo FASTA.
3.2.5 Realizar el alineamiento múltiple
Con las secuencias ya cargadas, selecciono Alignment y escojo Align by ClustalW (también podría usar
Muscle). MEGA comienza a alinear las secuencias, ajustándolas para que coincidan lo más posible y así
poder ver las similitudes entre ellas. Si es necesario, puedo cambiar algunos parámetros, pero
normalmente uso los valores predeterminados.
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3.2.6 Guardar el alineamiento
Una vez que el alineamiento ha terminado, lo guardo seleccionando Data y luego Save session o Save
Alignment File. Esto me asegura que podré usar el archivo más tarde para construir el árbol filogenético.
3.2.7 Construcción del árbol filogenético
Luego, desde la pantalla principal de MEGA, elijo Phylogeny y selecciono Construct/Test Maximum
Likelihood Tree. Este método es uno de los más robustos para construir árboles filogenéticos, pero
también podría optar por Neighbor-Joining, según el análisis que quiera hacer. Cargo el archivo de
alineamiento que acabo de guardar.
3.2.8 Configuración de parámetros del árbol
MEGA me permite elegir entre varios modelos evolutivos. Normalmente, uso el modelo Tamura-Nei, que
es común para secuencias de ADN. También selecciono la opción de Test of Phylogeny para que MEGA
realice un análisis de bootstrap, que me ayudará a evaluar la confiabilidad de las ramas del árbol.
3.2.9 Generación del árbol filogenético
Hago clic en Compute y MEGA comienza a procesar la información para generar el árbol filogenético. El
programa utiliza los alineamientos y los modelos evolutivos que seleccioné para trazar las relaciones
evolutivas entre las secuencias.
3.2.10 Visualización y exportación del árbol
Una vez que el árbol está listo, aparece una ventana donde puedo visualizarlo. Aquí, ajusto la
visualización como más me convenga, ya sea en forma radial o rectangular. Si estoy satisfecho con el
resultado, lo guardo seleccionando File > Save as Image para tenerlo como imagen, o Save Tree si quiero
el archivo en formato .nwk.
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3.2.11 Interpretación del árbol
Finalmente, observo las ramas del árbol y analizo las relaciones evolutivas entre las secuencias. Las ramas
que están más cercanas indican que esas secuencias comparten un ancestro común más reciente. Este
análisis me permite entender mejor cómo han evolucionado las secuencias que estoy estudiando.
4. Resultados
El árbol filogenético generado con el software MEGA nos muestra las relaciones evolutivas
entre varias cepas bacterianas basadas en secuencias alineadas de ADN. Entre los principales
géneros identificados se encuentran Acinetobacter, Pseudomonas, Stenotrophomonas, Alcaligenes,
y Bacillus. Las ramas más cortas indican mayor cercanía evolutiva entre cepas del mismo género,
mientras que las más largas sugieren divergencia significativa. La inclusión de Drosophila
melanogaster como referencia resalta la lejanía evolutiva respecto a las bacterias.
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Acinetobacter
Pseudomonas
5. Discusión
El uso del software MEGA para construir el árbol permitió identificar relaciones evolutivas
precisas mediante alineamientos robustos. La metodología aplicada garantiza resultados
confiables, gracias al uso del modelo evolutivo Tamura-Nei y el análisis de bootstrap para validar
las ramas. Esta aproximación es relevante en estudios metagenómicos, donde conocer la diversidad
microbiana es esencial para interpretar el ecosistema de una muestra. La presencia de cepas de
géneros como Pseudomonas y Bacillus sugiere posibles aplicaciones industriales o ambientales,
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dado que algunos son conocidos por su capacidad de biodegradación y producción de enzimas
útiles.
6. Conclusión
Concluyo que el análisis filogenético realizado con el software MEGA me permitió
identificar las relaciones evolutivas entre las cepas bacterianas estudiadas de manera precisa y
significativa. Al observar el árbol filogenético, noto que las cepas pertenecientes a un mismo
género, como Pseudomonas o Bacillus, presentan mayor proximidad genética, lo que indica un
ancestro común reciente. Las ramas más largas reflejan divergencia evolutiva mayor, lo que aporta
información valiosa sobre la diversidad de los organismos. La inclusión de Drosophila
melanogaster como referencia evolutiva me permitió contrastar las diferencias entre los dominios
eucariota y bacteriano.
Esta experiencia me ha mostrado la importancia de herramientas bioinformáticas como
MEGA, ya que simplifican el análisis de datos genéticos complejos y me ayudan a entender mejor
los procesos evolutivos. Además, encuentro útil la validación de las ramas mediante el análisis de
bootstrap, ya que incrementa la confiabilidad de los resultados obtenidos. Este trabajo también me
permitió comprender el potencial de los microorganismos identificados en aplicaciones
biotecnológicas y ambientales, considerando que algunos, como Pseudomonas, tienen relevancia
en procesos de degradación y tratamiento de contaminantes, lo que resalta su valor ecológico e
industrial.
