UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
FACULTAD DE INGENIERIA Y ARQUITECTURA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL
Informe
Uso del software MEGA para alineación de secuencias de ADN y construcción de un árbol
filogenético
Docente
Blgo. Hebert Hernan Soto Gonzales
Curso
Biotecnología
Elaborado por
Chacon Chambilla, Adrian Emilio - 2020205072
Ciclo
VII
Ilo-Perú
2024
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INDICE
I. INTRODUCCIÓN................................................................................................................................. 3
II. OBJETIVOS.......................................................................................................................................... 3
2.1 Objetivos generales ....................................................................................................................... 3
2.2 Objetivos específicos ..................................................................................................................... 3
III. MATERIALES Y MÉTODOS .......................................................................................................... 3
3.1 Materiales ...................................................................................................................................... 3
3.2 Métodos ......................................................................................................................................... 4
3.2.1 Obtención de la secuencia a alinear....................................................................................... 4
3.2.2 Importación de Secuencias en MEGA .................................................................................. 4
3.2.3 Alineador de Secuencias........................................................................................................ 4
3.2.4 Construcción del Árbol Filogenético..................................................................................... 4
IV. RESULTADOS ...................................................................................................................................... 5
V. CONCLUSIONES................................................................................................................................. 7
VI. BIBLIOGRAFIA ............................................................................................................................... 7
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I. INTRODUCCIÓN
En el presente informe a detallar se muestra como se ha empleado de manera práctica un
secuenciador de alineamiento de ADN como a su vez la construcción del árbol filogenético llamado
MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) en el cual se interpreta como la clasificación
de géneros y especies del ADN, es decir, una jerarquización de la relación evolutiva entre diferentes
secuencias genéticas de microorganismos.
II. OBJETIVOS
2.1 Objetivos generales
• Realizar la alineación de secuencias de ADN utilizando el software MEGA.
• Construir un árbol filogenético basado en las secuencias alineadas.
• Interpretar las relaciones evolutivas entre las especies representadas en el árbol.
2.2 Objetivos específicos
• Descargar y preparar secuencias de ADN en formato FASTA desde bases de datos
públicas como NCBI para su análisis filogenético.
• Realizar la alineación de secuencias de ADN utilizando algoritmos como ClustalW o
MUSCLE disponibles en el software MEGA.
• Aplicar diferentes métodos filogenéticos como Neighbor-Joining o Maximum
Likelihood para la construcción de un árbol filogenético a partir de las secuencias
alineada
III. MATERIALES Y MÉTODOS
3.1 Materiales
• Software MEGA
• Secuenciador de ADN en formato FASTA
• Computadora o laptop con acceso a internet
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3.2 Métodos
3.2.1 Obtención de la secuencia a alinear
• Se descarga la secuencia de ADN en formato FASTA desde la base de
datos GenBank de NCBI, seleccionando organismos que contengan los
4 nucleótidos de manera específica 20 a 18.
• Se guarda en una carpeta que sea fácil de identificar para importar al
programa MEGA
3.2.2 Importación de Secuencias en MEGA
• Abrir el secuenciador MEGA
• Seleccionar las secuencias de la carpeta donde se guardaron en formato
FASTA, a través de la opción “Align”, continuando con la opción
“Edit/Build Alignment”
• Se verifica que las secuencias estén correctamente cargadas y que no
tengan un peso excesivo por el hecho de que se demore en cargar
3.2.3 Alineador de Secuencias
• Luego de que las secuencias estén completamente cargadas se realiza la
alineación utilizando el algoritmo “MUSCLE”, que se encuentra en la
barra de herramientas donde se introdujo las secuencias
• Por consiguiente, se empieza a limpiar las zonas blancas con puntos para
la construcción del árbol filogenético
3.2.4 Construcción del Árbol Filogenético
• Seguidamente a desarrollar y alinear las secuencias de ADN, se prosigue
a la creación de árbol filogenético, entonces se va al menú principal de
MEGA donde se va a seleccionar la opción de "Phylogeny" y se aplica
el método de Maximum Likelihood (ML)
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• Confirmando las opciones detenidamente, se logra apreciar el árbol
filogenético, clasificando los microorganismos en especifico a detallar
en resultados
IV. RESULTADOS
El proceso de alineamiento y la construcción del árbol filogenético da un resultado eficiente
en el análisis de relaciones evolutivas, como la correcta alineación de las secuencias que es crucial
para determinar árboles precisos.
En el árbol filogenético desarrollado se puede identificar que las especies se agruparon en
clados reflejando sus relaciones evolutivas basadas en las secuencias de ADN seleccionadas. Esto
quiere decir que se muestra que las especias más cercanas al árbol compartían características
genéticas más similares. Se puede identificar los grupos monofiléticos y las distancias evolutivas
entre las especies.
Figura 1. Software MEGA, aplicando el alineamiento de secuencias
Fuente: Elaboración propia
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Figura 2. Árbol Filogenético de 18 secuencias
Fuente: Elaboración propia
El árbol está eraizado, lo que se define como un ancestro común a todos los organismos
representados en el gráfico. A medida que avanzamos hacia la parte superior, cada bifurcación
representa un punto donde la evolución del linaje es progresiva y produciendo una diversificación
en dos grupos distintos. Algo que detallar es que, al analizar los datos metagenómicos, cerca del
50% de las secuencias no corresponden a genes previamente conocidos, lo que quiere decir que los
árboles filogenéticos están constantemente evolucionando en relación que se descubren nuevas
especies y rutas metabólicas. El articulo científico en el que se basa la información es el la Metano
genómica: una ventana de oportunidad a nuevos genes y genomas microbianos
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V. CONCLUSIONES
El alineamiento de ADN desarrollado por el software MEGA y la construcción del árbol
filogenético es eficiente para el análisis de relaciones evolutivas. El uso correcto de la alineación
de secuencias es fundamental para tener árboles sólidos con respecto a su precisión. Aplicando el
método Maximum Likelihood (ML) se puede observar la diversificación de las especies como así
su similitud, como también sus características metabólicas especificas que pueden aplicarse en la
industria. Como por ejemplo en enzimas industriales, biorremediación o desarrollo de probióticos.
También permite identificar qué especies de organismos se encuentran más cerca, en el contexto
de las relaciones que llevan consigo, lo que ayuda en la selección especifica de organismos para
proyectos biotecnológicos
VI. BIBLIOGRAFIA
National Center for Biotechnology Information. (2019). Springer Reference Medizin.
https://doi.org/10.1007/978-3-662-48986-4_301184
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Evolution, 35(6), 1547–1549. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096
The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.
(1987). Molecular Biology and Evolution. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040454
