UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
“ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL”
USO DE SOFTWARE MEGA PARA ALINEACIÓN DE SECUENCIAS DE DNA Y CONSTRUCCIÓN
DE ÁRBOL FILOGENÉTICO
CURSO:
BIOTECNOLOGIA
ALUMNA:
Yadira Maydelli, Fiño Laquihuanaco
DOCENTE:
Soto Gonzales, Hebert Hernan
CICLO:
VII
ILO - PERÚ
2024
TABLA DE CONTENIDO
INTRODUCCIÓN............................................................................................................................. 3
OBJETIVO ........................................................................................................................................ 3
Objetivo general ............................................................................................................................. 3
Objetivos Específicos ...................................................................................................................... 3
MARCO TEÓRICO ......................................................................................................................... 4
ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS DE DNA ...................................................................................... 4
ARBOLES FILOGENETICOS............................................................................................................... 4
METODOLOGIA ............................................................................................................................. 4
Materiales ....................................................................................................................................... 4
Metodología ................................................................................................................................... 4
RESULTADOS .................................................................................................................................. 8
CONCLUSIÓN .................................................................................................................................. 9
REFERENCIAS ................................................................................................................................ 9
INTRODUCCIÓN
La alineación de secuencias de ADN y la construcción de árboles filogenéticos son
fundamentales en la biología molecular y la genética, ya que permiten desentrañar las
relaciones evolutivas entre diferentes organismos. En un entorno caracterizado por una
abundante diversidad biológica, es fundamental entender las similitudes y divergencias
genéticas entre las especies para el estudio de la evolución y la preservación de la
biodiversidad. La alineación de secuencias permite identificar regiones conservadas y
variantes genéticas mientras que los árboles filogenéticos ofrecen una representación de
las relaciones evolutivas entre las especies analizadas.
El software Molecular Evolutionary Analysis (MEGA) ha emergido como una de las
herramientas más potentes y accesibles para estos propósitos. Desde su desarrollo, MEGA
ha evolucionado, incorporando múltiples métodos estadísticos y algoritmos que facilitan la
alineación precisa de secuencias y la construcción robusta de árboles filogenéticos. Su
interfaz amigable y sus capacidades de análisis permiten tanto a investigadores
experimentados como a principiantes realizar estudios complejos de manera efectiva.
En este informe, se aborda de manera integral el uso de MEGA en el contexto de la
alineación de secuencias de ADN y la construcción de árboles filogenéticos. Se presentarán
metodologías específicas que emplean el software para obtener alineaciones confiables y
la construcción de árboles filogenéticos, con ejemplo de caso que ilustra su aplicación
práctica.
Al final de este informe, se espera proporcionar una visión clara y detallada sobre el papel
esencial que juega MEGA en el análisis de secuencias de ADN, subrayando su contribución
al avance del conocimiento en la biología evolutiva y molecular.
OBJETIVO
Objetivo general
• Conocer el funcionamiento el software MEGA en relación a DNA.
Objetivos Específicos
• Realizar el alineamiento múltiple de DNA empleando el programa MEGA.
• Elaborar el árbol filogenético con uso del programa MEGA.
MARCO TEÓRICO
ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS DE DNA
El alineamiento de secuencias consiste en la comparación de dos secuencias homólogas
para localizar las inserciones, deleciones o cambios puntuales en los nucleótidos que se
hayan podido producir en el proceso de divergencia de ambas desde el ancestro común.
Así, cuando dos secuencias quedan alineadas se van a producir tres tipos de pares de
alineamiento: emparejamientos (match), no emparejamientos (mismatches) y huecos
(gaps). Un match se produce cuando un nucleótido ocupa idéntica posición en las dos
secuencias. En caso contrario, si el emparejamiento se produce entre nucleótidos
diferentes, se producirá un mistmach. Finalmente, un gap se forma cuando un nucleótido
se empareja con una base nula (inexistencia de un nucleótido), debido a que se ha
producido una inserción o una deleción (indel) en una de las secuencias.
ARBOLES FILOGENETICOS
La filogenia molecular es empleada en estudios comparativos en genética. Algunos
estimadores filogenéticos se fundamentan en un modelo específico de evolución de
nucleótidos para calcular parámetros evolutivos como las longitudes de las ramas la
topología del árbol. Los árboles filogenéticos se construyen para examinar las relaciones
evolutivas observadas y extraer información de ellas, lo que la identificación de la
divergencia de linajes y sus relaciones (Bos y Posada, 2005).
METODOLOGIA
Materiales
• Laptop
• Software MEGA
Metodología
1. Primero se descargo las secuencias referenciadas de un articulo las cuales se
buscaron en la página de NCBI, siento 20 las elegidas y todas en formato FASTA.
Fuente: Elaboración Propia
2. Luego se realizó la instalación del programa “MEGA”.
3. Seguidamente se prosiguió a abrir el programa MEGA e incorporar las secuencias
previamente descargadas haciendo CLICK en “FILE > OPEN A FILE” y así agregamos
la primera secuencia.
Fuente: Elaboración Propia
4. Seguidamente nos aparecerá una nueva ventana donde trabajaremos nuestras
secuencias y agregamos las restantes dando CLICK a “OPEN EXISTING FILE” (el
icono señalado).
Fuente: Elaboración Propia
5. Luego de agregar todas las secuencias procedemos a alinear de la siguiente forma:
Le damos CLICK a “ALING USING THE MUSCLE” (el icono señalado).
Fuente: Elaboración Propia
6. Después los espacios que nos salgan en blanco (como se muestran en la figura
superior) tienen que ser eliminados seleccionándolos y dando a SUPRIMIR y así
realizaríamos la alineación.
Fuente: Elaboración Propia
7. Finalmente se procede a exportar el trabajo en formato MEGA, en este caso se
guardó con la denominación “PRACTICA_01”.
8. Posteriormente procedemos a darle CLICK en “PHYLOGENY > Construct/Test
UPGMA Tree” (como se encuentra señalado en la figura) Seleccionamos lo que
guardamos anteriormente y terminamos dándole OK.
Fuente: Elaboración Propia
9. Por concluyente tenemos la estructura generada de nuestro árbol filogenético.
Fuente: Elaboración Propia
RESULTADOS
En la siguiente imagen se puede apreciar el resultado del análisis de nuestro árbol
filogenético en base a las 20 secuencias de bacterias del gen 16S de DNA que se
consideraron en este trabajo. Los nombres representan las secuencias de las cepas
referentes reportadas en el NCBI y por ultimo el árbol filogenético fue construido
con uso del software MEGA.
Figura 01: Árbol Filogenético
CONCLUSIÓN
Concluimos que, mediante el uso del método de uso de software MEGA, se logró conocer
el procedimiento de realizar el alineamiento de secuencias y la elaboración de nuestro árbol
filogenético. No se presento complicaciones, fue sencillo de manejar y es una herramienta
de mucha utilidad en el tema de bioinfomación.
REFERENCIAS
- Madrigal-Valverde, K. A. (2017). Uso de herramientas para alineación de secuencias y
creación de árboles filogenéticos para la determinación de especies. Revista Tecnología En
Marcha, 30(5), 30. https://doi.org/10.18845/tm.v30i5.3218
- National Center for Biotechnology Information. (n.d.). https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
