7.
Enzimas
Las enzimas son proteínas que juegan un rol muy importante en todas las
funciones biológicas, desde la desintegración de nutrientes hasta el mantenimiento del
ADN, membranas celulares, células y tejidos. Estas proteínas actúan como catalizadores
en los procesos metabólicos, mostrando alta estereoespecificidad hacia un sustrato.
La estereoquímica estudia la distribución espacial de átomos de una molécula y
cómo esto puede afectar a sus propiedades. Un par de estereoisómeros pueden tener
exactamente la misma fórmula molecular, pero difieren en la orientación tridimensional
de los átomos en el espacio. Las enzimas se unen a los sustratos en al menos tres
puntos, lo cual determina su alta especificidad.
Gráfico N°1: Mecanismo de acción de las enzimas
En las reacciones estereoespecíficas, la estereoquímica del reactante determina
completamente los productos a formarse. Solo existe una opción para el camino de
reacción, no hay otro camino y solo es con una molécula, es específica. En cambio en
las reacciones estereoselectivas, pueden haber isómeros de distintas moléculas, aquí
la forma más común entra en la reacción, de tal manera que un estereoisómero es más
probable como producto que el otro porque está en una mayor concentración o porque
apareció primero.
Gráfico N°2: Reacciones estereoespecíficas y estereoselectivas
Gráfico N°3:Representación planar de la fijación de tres puntos de un sustrato al
sitio activo de una enzima
Box Conceptos Clave:
● Estereoquímica: se puede definir como la rama de la química que estudia la
disposición espacial de los átomos de ciertas moléculas, y cómo esto les aporta
propiedades distintas.
● Estereoespecificidad: se define como una cualidad en la que los reactantes de
una reacción definen por completo la estereoquímica de los reactivos. En esta
reacción solo se obtiene un tipo de producto.
● Estereoselectividad: se refiere a la cualidad de una reacción de tener
alternativas para el proceso de formación de un estereoisómero. Se puede
obtener múltiples productos y de acuerdo a los efectos y arreglos electrónicos.
● Estereoisómeros: son compuestos que comparten la misma composición
química, lo que los diferencia es su disposición tridimensional. Estos pueden ser
enantiómeros o diastereoisómeros.
Las enzimas tienen una estructura proteica, salvo los ribosomas (RNA
Ribosomal) y Ribozimas. Los ribosomas se forman a partir de complejos proteicos y
ácido ribonucleico, esto hace posible que exista la traducción de los genes y se puedan
sintetizar las proteínas. Estos se encuentran en el citosol, mitocondrias y en el retículo
endoplásmico rugoso, presentan dos unidades, una mayor, y otra pequeña proteica con
el tRNA.
Gráfico N°4: Estructura proteica de la lactato deshidrogenasa
El poder medir la actividad enzimática ha permitido detectar anomalías, ya sea
por su presencia o diferente función, esto muchas veces relacionado a defectos
genéticos, déficit nutricional o incluso la exposición a agentes tóxicos.
Las enzimas pueden aumentar la velocidad de una reacción entre 1000 a
10.000.000 de veces y no se alteran luego de haber participado en el proceso
bioquímico. Se clasifican dependiendo del tipo de reacción en la que intervienen, su
nomenclatura usa el sufijo asa, como en las deshidrogenasas, que eliminan hidrógeno;
las proteasas e isomerasas, entre otras.
Gráfico N°5: Clasificación de las enzimas según su función
Grupos prostéticos, cofactores y coenzimas
Para poder lograr una función adecuada de las enzimas en la diversidad biológica
de sustratos es necesario tener grupos prostéticos, cofactores y coenzimas. Esto hace
que las interacciones entre enzima y sustrato se regulen, que si bien hay una enzima
está necesite de su coactivador para realizar su función, sirviendo adecuadamente a su
propósito.
Gráfico N°6: Grupos prostéticos, cofactores, coenzimas
Grupo prostético
Un grupo prostético es una molécula que se une a una proteína y le ayuda a
realizar su función. Estos grupos pueden unirse a las proteínas de manera fuerte,
mediante enlaces covalentes, o de manera más débil, mediante enlaces no
covalentes. En el caso de las enzimas, que son proteínas que aceleran las reacciones
químicas, los grupos prostéticos son muy importantes para su actividad. Un tipo común
de grupo prostético en las enzimas son los metales, como el cobalto (Co), cobre (Cu),
magnesio (Mg), manganeso (Mn) y zinc (Zn). De hecho, cerca de un tercio de todas las
enzimas tienen metales como grupos prostéticos. Cuando una enzima tiene un metal
unido a ella, se llama metaloenzima. Los metales ayudan a que la enzima se una a las
moléculas con las que va a reaccionar (los sustratos), y facilitan la formación de nuevos
enlaces químicos durante la reacción. Por lo tanto, las metaloenzimas son esenciales
para muchos procesos biológicos importantes.
El FAD (flavin adenin dinucleótido) puede considerarse como un grupo
prostético cuando se une a la succinato deshidrogenasa complejo 2, de la cadena
de transporte de electrones que interviene en los procesos de oxidación y
reducción. FAD está compuesto por una riboflavina (vitamina B2) unida a un pirofosfato,
una ribosa y una adenina; es decir, es un ADP unido a una riboflavina. Este grupo puede
reducirse al ganar 2 hidrógenos, puede oxidarse parcialmente al perder uno, o
recomponerse al perder todos los hidrógenos ganados; cuando FAD gana hidrógenos se
convierte en una molécula energizada.
Gráfico N°7: Ejemplos de grupos prostéticos
Gráfico N°8: Conversión de FAD a FADH2
Gráfico N°9: Ejemplo de cofactor en el complejo II (succinato-Q oxidorreductasa)
en el complejo de transporte de electrones
Las metaloenzimas constituyen un tercio de las enzimas en nuestro organismo,
en donde iones metálicos son parte de las reacciones de óxido-reducción. Un ejemplo
notable es la vitamina B12, también se denomina cobalamina, dado que tiene cobalto.
Es hidrosoluble y es importante para el funcionamiento de varios procesos que
contribuyen a la homeostasis como la producción de sangre y funcionamiento del
sistema nervioso. La vitamina B12 es importante en las reacciones de formación de
enlaces covalentes entre los sustratos.
En resumen:
Los grupos prostéticos también son cofactores, pero están unidos de manera muy firme
a las enzimas, a menudo a través de enlaces covalentes (enlaces fuertes).
A diferencia de las coenzimas, los grupos prostéticos permanecen unidos a las enzimas
durante toda la reacción y no se separan.
Ejemplos de grupos prostéticos incluyen el grupo hemo en la hemoglobina y algunos
metales en metaloenzimas.
Cofactores
Estos pueden tener funciones similares a los grupos prostéticos salvo que se unen
de manera transitoria y pueden disociarse de la enzima. Es decir, que las enzimas
dependientes de cofactores necesitan permanentemente de ellos, en caso contrario las
reacciones no se catalizan. Generalmente el cofactor es un metal, y las enzimas se
denominan activadas por metal, pero a diferencia de las metaloenzimas, dicho metal no
está unido de manera permanente.
En resumen:
Los cofactores son moléculas no proteicas que se unen a las enzimas para ayudarlas a
funcionar correctamente.
Pueden ser iones metálicos (como Mg²⁺, Fe²⁺, Zn²⁺) o moléculas orgánicas.
Son esenciales para la actividad enzimática y a menudo están involucrados en la
transferencia de electrones o en la facilitación de reacciones químicas.
Coenzimas
Las coenzimas tienen la capacidad de transferir grupos de un lugar de la célula a
otro. Estas moléculas de transporte tienen la capacidad de estabilizar moléculas
reactivas, y que podrían reaccionar de una manera no específica con otros compuestos.
Muchas oxidorreductasas como las flavoenzimas o flavoproteínas requieren de FAD
como coenzima para oxidar sustratos. Este es el caso para el FADH y el NADH. Otras
coenzimas pueden servir como un adaptador que facilita la unión entre otros compuestos
como la coenzima A o coenzima Q.
La coenzima A, tiene una función importante en la bio-síntesis y oxidación de los
ácidos grasos. La coenzima Q10, es conocida como ubiquinona, es una coenzima
soluble en aceite, se localiza principalmente en la mitocondria. Forma parte de la cadena
de transporte de electrones. Los órganos metabólicamente más activos son: corazón,
hígado y riñón tienen concentraciones altas de esta coenzima.
Gráfico N°10: Esquema de funcionamiento de una coenzima
En resumen:
Las coenzimas son un tipo especial de cofactores que son moléculas orgánicas.
Se unen temporalmente a las enzimas y a menudo actúan como transportadores,
llevando ciertos elementos o grupos de una molécula a otra.
Ejemplos comunes incluyen la coenzima A, el NAD (Nicotinamida Adenina Dinucleótido)
y el FAD (Flavín Adenina Dinucleótido).
Catálisis
A principios del siglo XX, Emil Fisher pudo observar que las enzimas eran más
resistentes a los efectos desnaturalizantes de las temperaturas altas cuando estaban
unidas a sus sustratos en un complejo, lo que les daba mayor estabilidad térmica. Este
modelo funciona como una cerradura a una llave. En el sitio activo los sustratos se
acercan, se alinean con los cofactores, grupos prostéticos y cadenas laterales de los AA
para catalizar la transformación en productos. El ambiente del sitio activo es muy
diferente del de la enzima en general, facilitando el hecho de que las moléculas que
llegan a él tengan una gran afinidad o mayor a la de su espacio circundante.
Existen diferentes maneras por las cuales la enzima se puede aproximar, o
facilitar el hecho de que el sustrato llegue a su sitio activo. Entre estos tenemos
cuatro importantes mecanismos: Catálisis por proximidad, ácido-básica, por
tensión y covalente.
Gráfico N°11: Esquema del proceso de catálisis según el
tiempo y energía de una reacción
Catálisis por proximidad
Si existe una gran cantidad de sustrato alrededor de una enzima se facilita
su interacción y localización en el sitio activo. Este parámetro tiene incidencia en el
índice de reacción, es decir, en la capacidad para que una reacción tenga lugar. Los
sustratos al acercarse al sitio activo se orientarán en una posición ideal para facilitar su
reacción.
Gráfico N°12: Catálisis por proximidad
Catálisis ácido básica
Las enzimas funcionan en un ambiente acuoso, lo que significa que están
rodeadas de agua cuando están en el cuerpo. Ahora, los aminoácidos (AA) que
componen estas enzimas tienen cadenas laterales con grupos funcionales que pueden
ser ionizados (ganar o perder electrones) dependiendo del pH del entorno. Los grupos
prostéticos, si están presentes, también pueden interactuar en este ambiente.
Catálisis Ácido-Base Específica:
Esto se refiere a la catálisis que involucra específicamente iones hidronio (H₃O⁺) o
iones hidroxilo (OH⁻). Por lo tanto, para que ocurra la catálisis específica, necesitas un
entorno con un pH específico: un ambiente ácido (con muchos H₃O⁺) o un ambiente
básico (con muchos OH⁻).
Catálisis Ácido-Base General:
Por otro lado, en la catálisis ácido-base general, cualquier molécula o ion con una
característica ácida o básica puede participar en la catálisis, no solo los iones H₃O⁺ o
OH⁻. Esto significa que esta catálisis puede ocurrir en un rango más amplio de pH, no
solo en entornos específicamente ácidos o básicos.
Entonces, en resumen, la catálisis ácido-base específica requiere un pH específico
y la participación de iones hidronio o hidroxilo, mientras que la catálisis ácido-base
general es más flexible en términos del pH y las moléculas o iones que pueden participar
en la catálisis.
Gráfico N°: Funciones catalíticas de grupos
reactivos en aminoácidos ionizables
Catálisis por tensión
Hay un punto en el cual un enlace covalente no puede mantener su unión
entre moléculas diferentes, generando reacciones de ruptura o líticas. Esto se
produce cuando el entorno del sitio activo provoca que el enlace covalente se debilite
debido a interacciones moleculares desfavorables. El punto en donde el enlace se
rompe se determina a través del intermediario del estado de transición entre sustratos y
productos. Si el estado de transición se estabiliza las probabilidades de formación del
enlace son mayores, con lo cual la reacción es favorable.
Gráfico N°: Catálisis por tensión
Catálisis covalente
Este proceso se da cuando se forman enlaces covalentes entre los AA del
sitio activo y el sustrato; el número de enlaces formados pueden tener de uno o
más. Una vez que existe la interacción, la enzima se vuelve reactiva, la energía de
activación disminuye y se genera una nueva posibilidad de reacción con otras
moléculas. La modificación del sitio activo es transitoria ya que cuando la reacción
termina este vuelve a su estado original. Esta reacción es común entre las enzimas que
transfieren grupos, como en el caso de las reacciones de transaminación. El mecanismo
más común y descrito para esta catálisis es el del Ping Pong, dado que cuando el primer
sustrato se enlaza, el producto se libera antes de la unión del segundo sustrato.
Gráfico N°: Catálisis covalente
Modelo de adaptación inducida, inducción de cambios
conformacionales en enzimas
Esto ocurre en todas las enzimas. Cuando los sustratos se unen con las enzimas
se produce un cambio conformacional, similar a cuando una mano entra en un guante;
estos cambios facilitan la formación del estado de transición. En otras palabras, las
enzimas aprovechan el cambio que se induce al interactuar con el sustrato. Este cambio
energético estructural permite generar los productos y estabilizar el estado de transición.
Gráfico N°: Adaptación inducida
Conservación de los residuos catalíticos, enzimas homólogas
Conservación de los Residuos Catalíticos:
Los "residuos catalíticos" se refieren a partes específicas de una enzima que están
directamente involucradas en la catalización (aceleración) de una reacción. A pesar de
que diferentes enzimas pueden tener diferentes funciones o actuar sobre diferentes
sustratos, algunas de ellas mantienen ciertos residuos (o partes) similares que ayudan
en la catálisis. Esta es una forma de "conservación".
Enzimas Homólogas:
Las enzimas que tienen un origen común o ancestro genético se llaman "enzimas
homólogas". A pesar de que han evolucionado para tener funciones diferentes, tienen
una estructura básica similar debido a su origen común.
Ejemplo de Proteasas:
Las proteasas son enzimas que rompen (hidrolizan) los enlaces entre los
aminoácidos de las proteínas. Las aspártico proteasas y serina proteasas son dos tipos
que, aunque actúan de manera ligeramente diferente y sobre diferentes sustratos, tienen
un mecanismo de acción similar debido a un ancestro genético común.
Serina Proteasas:
Las serina proteasas son un tipo de proteasa que tiene un aminoácido llamado
serina en su centro activo que es crucial para su función de romper enlaces peptídicos
(los enlaces entre aminoácidos en las proteínas).
Ejemplos de serina proteasas incluyen tripsina y quimotripsina, que, aunque son
similares, tienen preferencia por diferentes tipos de aminoácidos cuando cortan
proteínas. Por ejemplo:
La quimotripsina prefiere cortar cerca de aminoácidos hidrofóbicos (como la
fenilalanina) que no tienen afinidad por el agua.
La tripsina prefiere cortar cerca de aminoácidos básicos (como la lisina y la
arginina) que tienen una carga positiva.
Estas diferencias en la función y preferencia de sustrato entre serina proteasas
como la tripsina y la quimotripsina son ejemplos de cómo las enzimas homólogas (con un
ancestro común) pueden evolucionar para tener diferentes funciones específicas, a
pesar de conservar ciertas características estructurales y funcionales similares.
Isoenzimas
En los eucariotas superiores puede haber varias enzimas que dependiendo del
estado fisiológico van a dar lugar a la conversión de un mismo sustrato en un producto.
Estas se llaman isoenzimas. Surgen como una adaptación a tejidos o circunstancias
específicas, o como una copia de respaldo en el caso de que una pueda faltar.
Entre estas tenemos como ejemplo a la Glucosa 6-phosphatase, esta enzima
hidroliza la glucosa 6-fosfato para la creación de un grupo fosfato y la presencia de
glucosa libre, esta es luego exportada hacia el exterior de la células, como un paso
importante en la gluconeogénesis siendo que así va a poder regular la presencia
de azúcar en la sangre. Pueden existir diferentes versiones de la G6P, de estas se ha
registrado las patológicas. La G6PC1 en el retículo endoplasmático que media el cambio
a D-glucosa y fosfato, la G6PC2 está codificada por un gen que se encuentra en los
islotes pancreáticos pero no tiene actividad fosfohidrolasa siendo que cuando está
presente genera problemas del sistema inmune. La G6PC3 da lugar a la neutropenia
congénita severa o enfermedad de Kostman, afecta la myelopoiesis dando lugar a la
neutropenia, una anormal concentración de neutrófilos.
Gráfico N°: Secuencias de aminoácidos en la vecindad de
los sitios catalíticos de varias proteasas bovinas
Gráfico N°:Consecuencias de una deficiencia enzimática
Gráfico N°: Conservación de residuos catalíticos y enzimas homólogas
CUESTIONARIO ENZIMAS
1. Las enzimas no juegan un rol muy importante en todas las funciones
biológicas,desde la desintegración de nutrientes al mantenimiento del
DNA, membranas, células y tejidos.
a. Verdadero
b. Falso
Respuesta: Falso. Las enzimas juegan un rol muy importante en todas las
funciones biológicas,desde la desintegración de nutrientes al mantenimiento del DNA,
membranas, células y tejidos.
2. La estereoquímica estudia cómo los átomos de una molécula se
distribuyen espacialmente y cómo esto puede afectar su rol y propiedades
a. Verdadero
b. Falso
Respuesta: Verdadero
3. En las reacciones estereoselectivas, la estereoquímica del reactante determina
completamente los productos sin dejar lugar a ninguna otra opción,proveyendo
de un producto específico
a. Verdadero
b. Falso
Respuesta: Falso. En las reacciones estereoespecíficas, la estereoquímica del reactante
determina completamente los productos sin dejar lugar a ninguna otra
opción,proveyendo de un producto específico
4. ¿Qué hacen las oxidoreductasas?
a. Catalizan la transferencia de porciones.
b. Catalizan oxidaciones y reducciones.
c. Catalizan cambios geométricos o de estructura molecular.
d. Catalizan la unión de 2 moléculas en reacciones de hidrólisis.
Respuesta: b. Las oxidoreductasas se encargan de la catálisis dentro de reacciones que
se oxidan y reducen.
5. Los grupos prostéticos se asocian de manera _______ a una enzima.
a. Estable
b. Inestable
c. Anabólica
d. Rápida
Respuesta: a. Un grupo prostético está unido a una proteína mediante enlaces covalente
o no covalentes. El grupo prostético se asocia de manera estable a la enzima.
6. La FAD, está compuesto por una riboflavina (vitamina B2) unida a un
pirofosfato, una ribosa y una adenina.
Verdadero
Falso
Respuesta: Verdadero. es un ADP unido a una riboflavina.
7. Las enzimas activadas por metal (cofactor)
a. Nunca necesitan de un cofactor para activarse
b. Están siempre unidas a un metal
c. Son dependientes de un cofactor como metal para activarse
d. Están unidas a un no metal
Respuesta: c. Las enzimas activadas por metal, son aquellas que son dependientes de
un cofactor metal para activarse. Aquellas que siempre están unidas a un metal son las
metaloenzimas.
8. Las coenzimas tienen la capacidad de transferir grupos de un lugar de la célula
a otro
Verdadero
Falso
Respuesta: Verdadero. Estas moléculas de transporte tienen la capacidad de estabilizar
moléculas reactivas y que podrían reaccionar de una manera no específica con otros
compuestos. Las coenzimas con un tipo de cofactor temporal que se une a la enzima a
cambiar su forma o configuración, de esta manera se activan y pueden construir o
destruir sustratos para formar productos.
9. Las enzimas son más resistentes a los efectos desnaturalizantes de las
temperaturas altas cuando estas están unidas a sus sustratos en un complejo.
a. Verdadero
b. Falso
Respuesta: Verdadero. Esto les da mayor estabilidad térmica.
10. Cuando existe una gran cantidad de sustrato alrededor de una enzima, se
dificulta la interacción y localización en el sitio activo.
a. Verdadero
b. Falso
Respuesta: Falso. Cuando hay mucho sustrato alrededor de una enzima, se facilita su
interacción y localización en el sitio activo, y esto tiene incidencia en el índice de
reacción.
11. La interacción de las cadenas laterales de los aminoácidos y los grupos
prostéticos depende del pH en el que se encuentran.
a. Verdadero
b. Falso
Respuesta: Verdadero. Las enzimas, al encontrarse en un medio acuoso, hacen que las
cadenas laterales de los AA y los grupos prostéticos tengan la capacidad de interactuar
mejor o peor a un pH definido. La catálisis de este tipo puede ser del tipo específico o
general.
12. La catálisis covalente es común entre las reacciones de:
a. Transaminación
b. Desaminación
c. Descarboxilación
Respuesta: Transaminación. Esta reacción es común entre las enzimas que transfieren
grupos.
13. La catálisis por tensión se da cuando un enlace covalente no puede mantener
su unión con moléculas ____, es decir son reacciones de ruptura o líticas.
a. Iguales
b. Diferentes
Respuesta: Iguales. El enlace covalente no puede mantener su unión con moléculas
diferentes. Esto se da cuando el entorno del sitio activo genera una ruptura haciendo que
existan interacciones desfavorables para el mantenimiento del enlace covalente.
14. Las enzimas aprovechan el cambio conformacional que se induce al
interactuar con el sustrato, el cambio energético dentro de su estructura para
generar los productos y estabilizar el estado de transición.
Verdadero
Falso
Respuesta: Verdadero
15. Las proteínas o enzimas con un ancestro común se definen como:
a. Heterogéneas
b. Funcionales
c. Homólogas
d. Ninguna de las anteriores
Respuesta: c.
16. La quimotripsina tiene la capacidad de desdoblar enlaces peptídicos en el
lado carboxilo terminal de los aminoácidos hidrofílicos
Verdadero
Falso
Respuesta: Falso. En el lado carboxilo terminal de los aminoácidos HIDROFÓBICOS
17. La Glucosa 6-phosphatase puede regular la presencia de azúcar en la
sangre
Verdadero
Falso
Respuesta: Verdadero
