Curso Introducción a Linux

Unidad de Análisis Bioinformáticos

30/03/22

Índice
Introducción 2
Ficheros y Directorios . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
La terminal de Unix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
Comandos a utilizar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4

Conexión a un servidor 5
Opciones comando ssh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

Navegación y Manupulación de archivos y directorios 6

Inicio de sesión de Terminal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
Creación y navegación entre directorios . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
Atributos de los archivos y directorios . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Mostrar contenido de Archivos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Borrar archivos y/o directorios . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Editores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Comandos de Búsqueda . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Redireccionamiento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Ligas simbólicas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

Procesos 9
kill . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
htop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
nohup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

Manipulación de archivos remotos 10

Mediante consola . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Mediante manejador gráfico . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
Introducción
Linux y UNIX son sistemas operativos multitareas y multiusuarios distribuidos de manera gratuita. La
aplicación de dichos sistemas es importante en el área bioinformática debido a la distribución de herramientas.
Características del Sistema:
Multiprocesadores
Multiusuario
Multitareas
Sensitivo (diferencía entre mayúsculas y minúsculas)

Ficheros y Directorios

Cuadro 1: Tabla 1. Descripción de directorios

Fichero Descripcion
/bin los binarios del sistema: ls,cd,pwd,mv
/etc archivos de configuración del sistema
/home directorios de cada usuario
/lib librerías del sistema
/usr binarios de programas, manuales
/opt binarios opcionales
/raiz

Figura 1: Estructura de Directorios

La terminal de Unix
La terminal es una consola es una interfaz de usuario en la cual escribimos ciertos comando para realizar
tareas concretas. Los comandos son instrucciones que le damos a la computadora para realizar de manera
específica una acción. Los sistemas operativos modernos cuentan con dicha aplicación que nos permite utilizar
instrucciones para generar una conexión remota a un servidor. Comúnmente tiene un logo simular al mostrado
a continuación.

Figura 2: Logo común de la terminal en sistemas operativos

En el sistema operativo MacOs luce de la siguiente forma:

Figura 3: Visualización de una terminal

Comandos a utilizar
A continuación se muestra una tabla con la lista de comandos que se verán en este curso.

Cuadro 2: Tabla 2. Comandos a utilizar

Command Syntax Description

ssh ssh [opciones] usuario@servidor Conexión segura a un servidor
pwd pwd muestra el directorio donde estamos parados
ls ls Muestra el contenido del directorio y la información de los archivos
mv mv origen destino mueve o renombra un archivo
cd cd directorio Cambia el directorio de trabajo
mkdir mkdir nombre_dir Crea el directorio
man man comando Despliega las opciones del comando
cp cp archivo_origen archivo_destino copia un archivo o directorio
more more nombre_archivo Despliega el contenido del archivo página por página
cat cat nombre_archivo Igual que more pero lee de forma contínua
less less nombre_archivo Despliega el contenido del archivo
tail tail nombre_archivo Muestra las últimas 10 líneas del archivo
head head nombre_archivo Muestra las primeras 10 líneas del archivo
wc wc nombre_archivo Cuenta las líneas (-l), palabras (-w) y caracteres(-c)
rm rm nombre_archivo Borra archivos
rmdir rmdir nombre_dir Borra directorios
grep grep patrón nombre_archivo Busca patrones en un archivo
find find path -name patrón -print Busca archivos
Conexión a un servidor
Opciones comando ssh
Para realizar una conexión a un servidor es necesario las siguiente información.
dirección IP de la computadora
login
password
Donde usuario es el nombre de usuario que tu administrador de sistemas te otorgó y “00.000.000.00” es la IP
asignada al servidor.
Ejemplo:
ssh -Y [email protected]

A continuación se muestra una captura de pantalla de la conexión usando el comando ssh.

Figura 4: Conexión remota usando ssh

Navegación y Manupulación de archivos y directorios
Inicio de sesión de Terminal
En la ventana de tu terminal escribe el comando siguiente:
ssh -Y [email protected]
pwd
ls
ls -l
man ls

Con los comando anteriores podemos iniciar sesión en un servidor remoto. El comando pwd nos muestra en
que carpetanos encontramos en el momento. El comando ls despliega lo que se encuentra en el directorio en
el que nos encontramos.

Creación y navegación entre directorios

Para crear un directorio ocupamos el comando mkdir el cual se utiliza de la siguiente forma mkdir nom-
bre_directorio.
mkdir INTRO
cd INTRO #Cambia el directorio de trabajo
cd ../ #sube un nivel en la jerarquía
cd #Regresa a nuestro home
Atributos de los archivos y directorios
Para ajustar los permisos de un archivo o directorio se utiliza el comando chmod el cual cuenta con las
siguientes opciones:

Opción Descripción
u dueño
g grupo
o otros
r lectura
w escritura
x ejecución

El comando mv es utilizado para mover o renombrar los archivos o directorios del sistema. El comando mv se
utiliza de la siguiente manera mv origen destino

cd INTRO
pwd
cp /home/gabriela/INTRO_UNIX/* .
ls
cp CFN42.faa CFN42.faa.bk
mv CFN42.faa.bk CFN42.faa.bk2

mkdir TMP
mv CFN42.faa.bk2 TMP/

Mostrar contenido de Archivos

more CFN42.faa
cat CFN42.faa
less CFN42.faa #(q para salir)

tail CFN42.faa #muestra las últimas 10 líneas

head CFN42.faa #muestra las primeras 10 líneas
head -n1 CFN42.faa #muestra solo la primer línea

wc CFN42.faa #Cuenta las líneas (-l), palabras (-w) y caracteres(-c)

Borrar archivos y/o directorios

rm CFN42.faa.bk2
rm -r TMP #borra directorio y su contenido
rmdir directorio
rm * #BORRA TODO
Editores
Nano
emacs
vi
nedit
Ejmeplo de editores:

Figura 5: Interfaz del programa filezilla

Comandos de Búsqueda
Linux cuenta con comandos que permiten realizar búsquedas en los archivos y directorios del sistema. Entre
ellos se encuentra el comando grep el cual se utiliza de la siguiente manera grep [opciones] patron [archivo].
El comando grep busca un patron dentro de un archivo de texto y nos despliega las lineas que lo contengan.
Los patrones pueden contener expresiones regulares o caracteres de texto.
Ejemplos:
grep "repB" ProteinTable827_169242.txt

grep -c "repB" ProteinTable827_169242.txt

grep -i "repb" ProteinTable827_169242.txt

Redireccionamiento
grep "repB" ProteinTable827_169242.txt > genes_rep
grep "repA" ProteinTable827_169242.txt >> genes_rep

El siguiente comando es find el comando nos permite encontrar archivos dentro de nuestros directorios
del sistema. El comando se utiliza de la siguiente manera find [opciones] directorio_de_búsqueda paráme-
tro_de_búsqueda
find /home -name "Protein*" -print
Ligas simbólicas
Las ligas simbólicas es una manera de manejar archivos sin copiar de un directorio a otro. Es una forma de
crear un apuntador a un archivo o directorio.
mkdir ANALISIS
cd ANALISIS
ln –s ../ProteinTable827_169242.txt .

Procesos
A los procesos en un servidor se les asigna un número de proceso único. ## ps
Los procesos en un servidor pueden ser monitoreados con el comando ps el cual muestra los procesos actuales.

kill
El comando kill permite al usuario eliminar un proceso del servidor, es importante mencionar que . . . . . . . . . . . .
cd TRANSCRIPTOMICA
kill num_proceso
kill -9 num_proceso

htop
El comando htop Nos permite monitorear los recursos del servidor; cómo están consumiendo los recursos
nuestros procesos y los demás usuarios.
htop

Figura 6: Interfaz del programa filezilla

nohup
Para enviar un proceso a background y seguir trabajando en la terminal se utiliza:
nohup --help

PROCESO &
nohup PROCESO &

Donde PROCESO es el comando o programa que se ejecutara en el background.

El comando nohup permite que los procesos lanzados en la sesión continúen incluso si uno abandona la
terminal ya que es ejecutado de forma independiente o background.

Manipulación de archivos remotos

Mediante consola
SFTP

sftp [email protected]

En este ejemplo en lugar de alumnoXX, ustedes tendrán que poner su número de alumno. A continuación te
va a pedir que escribas tu password (cuando lo escribas no aparece nada en la pantalla). Posteriormente va a
aparecer el prompt.

Figura 7: Interfaz del programa filezilla

Finalmente ya puedes moverte al directorio donde quieres mover los archivos.

SCP

scp [email protected]:[path al archivo] [path al destino]

Ejemplo:
scp [email protected]:home/alumnoXX/INTRO/CFN42.faa .

En este ejemplo el path al archivo es del alumnoXX (aquí tendrían que poner su número de alumno) y el
archivo es CFN42.faa. El path al destino es un punto (.) lo que indica que se va a copiar en el directorio en el
cual ustedes entraron originalmente a secure copy.

Mediante manejador gráfico

Para el manejo de archivos entre el servidor y la computadora destino se puede utilizar un mejador gráfico
como lo es Filezilla. El cual permite Conexiónes sobre distintos protocolos para el intercambio de archivos.
El cual puede ser descargado de (https://filezilla-project.org/). Después de instalado el Filezilla luce de la
siguiente forma.

Configuración SFTP
Para generar una conexión que nos permita intercambiar archivos entre nuestro servidor y nuestra computadora
realizamos el siguiente proceso:
Abrir Filezilla
Damos clic en Archivo Gestor de sitios (Despliega la interfaz Gestor de sitios)
• Nuevo Sitio en la pestaña derecha Protocolo: seleccionamos SFTP- SSH File Transfer Protocol
• Servidor: “Direccion IP del servidos” Puerto : “En caso que la conexión ocupe puerto”
• Usuario:“Nombre de usuario en el Servidor”
• Contraseña: “Contraseña del servidor”
Y dar clic en conectar

Figura 8: Interfaz de configuración programa filezilla

Después de estos pasos se generara una conexión al servidor la cual nos desplegara de manera gráfica los
archivos que se encuentran en el servidor a la derecha y los archivo de nuestra maquina a la izquierda. Ahora
basta dar clic derecho en el mouse para ver las opciones del archivo las cuales permiten subir y descargar
archivos.
 Figura 9: Interfaz del programa filezilla

La interfaz del lado izquierdo se encuentran los archivos dentro de nuestra computadora donde se instalo el
programa y del lado derecho los archivos en el servidor.