Enzimas: Catalizadores Biológicos
Enzimas: Catalizadores Biológicos
Definición
Catalizador biológico de naturaleza principalmente proteica.
Permiten que los tiempos de las reacciones químicas sean compatibles con la vida.
Características
- Son proteínas o ARN (ribozimas)
- Presentan alta especificidad por el sustrato (S) y son específicas para la reacción
que catalizan
- Presentan gran capacidad para acelerar reacciones químicas
- Actúan en un rango óptimo de pH y T
- Medicina
o Implicadas en patologías de origen genético
o Utilidad en el diagnóstico clínico
- Otras aplicaciones
o Herramientas de biología molecular
o Blanco de fármacos en tratamiento de diferentes patologías
Pueden ser simples (1) o conjugadas (2):
1) Totalmente proteicas: apoenzimas
2) No totalmente proteicas: holoenzimas
Cofactores:
- Iones inorgánicos: se unen temporalmente a las enzimas. Fe, Cu, Zn, etc.
- Coenzimas: moléculas orgánicas pequeñas que interaccionan débilmente durante
la catálisis. Transportadores transitorios de grupos funcionales. La mayoría son
derivadas de vitaminas, muchas de las cuales deben ser incorporadas con la dieta.
NAD, coenzima A (CoA).
- Grupos prostéticos: ion metálico o coenzima que esta unido a la enzima de
manera covalente. FAD, Retinol.
Clasificación
Según el tipo de reacción catalizada, se las clasifica en 6 grupos:
1) Oxidorreductasas: catalizan reacciones redox / de oxido-reducción. Se produce
transferencia de electrones (átomos de H o de iones hidruro).
2) Transferasas: catalizan reacciones con transferencia de grupos funcionales. (ej:
para el fosfato → fosfotransferasas).
3) Hidrolasas: catalizan reacciones de hidrolisis (ruptura de un enlace por la
incorporación de una molécula de H2O).
4) Liasas: catalizan la adición de grupos a un doble enlace o la formación de un doble
enlace por la remoción de un grupo.
5) Isomerasas: catalizan la transferencia de un grupo de una posición a otra dentro
de la misma molécula para convertir un isómero de posición en otro.
6) Ligasas: catalizan reacciones donde hay formación de enlaces C-C, C-S, C-O, y
C-N por reacciones de condensación acopladas a la hidrolisis de ATP o de
cofactores similares (como el GTP).
23/02/2022
Código / N° EC: conjunto de 4 números que identifican a una enzima.
El primer N° corresponde al grupo (ej, 3: hidrolasas). El segundo y tercer N° son
subgrupos y sub-subgrupos, y el cuarto corresponde a la enzima individual.
Por ejemplo: identifica a la invertasa o sacarasa.
Funcionamiento
Las enzimas son catalizadores altamente específicos que aumentan las velocidades de
reacción por un factor de 105 a 1017. Esto lo logran por tener un sitio activo que es
complementario al estado de transición.
Las reacciones catalizadas por enzimas se caracterizan por la formación de un complejo
enzima-sustrato (ES) que se convierte en complejo enzima-producto (EP) y luego se
disocia para generar el producto libre y regenerar la enzima en su estado original.
E + S → ES → EP → E + P
La mayor parte del poder catalítico de las enzimas procede de la energía libre liberada
al formarse múltiples enlaces débiles entre el S y la E. Esta energía de fijación contribuye
tanto a la especificidad como a la catálisis.
Los sitios activos son complementarios al estado de transición, no a los S. El sitio activo
esta estructurado para que estas interacciones débiles ocurran preferentemente en el
estado de transición.
02/03/2022
Sitio activo
La necesidad de múltiples interacciones débiles para
impulsar la catálisis es una de las razones de que las
enzimas sean tan grandes.
Cinética enzimática
Uno de los estudios clásicos de cinética enzimática
es realizar curvas de la velocidad inicial de la
reacción en función de la concentración de sustrato.
Esto nos da generalmente dos tipos de curvas:
- Las enzimas que siguen la cinética de Michaelis-
Menten muestran una curva hiperbólica.
- Las enzimas alostéricas que presentan
cooperatividad positiva muestran curvas sigmoideas.
Vmax sería la velocidad que podría alcanzarse con una concentración de enzimas igual a infinito.
Km es la relación entre las constantes de velocidad de las reacciones que hacen desaparecer al
complejo ES (k2 y k -1 ), dividido k1 que es la constante de velocidad de la reacción de formación del
complejo ES.
Inhibidores competitivos:
- Se unen al sitio activo de la enzima, compitiendo por
el mismo con el sustrato.
- No modifican la Vmax
- Disminuyen la afinidad aparente de la enzima por el
sustrato (kmI > km)
Enzimas regulables
La actividad de una enzima puede estar regulada de varias formas:
- Podemos regular su síntesis (su concentración): regulación a nivel de la
transcripción de sus genes, y regulando también su degradación.
- Podemos regular una enzima preexistente (ya se encuentra en el sitio de
acción)
o Por regulación de un ligando (regulación alostérica)
o Por regulación por modificación covalente (como la fosforilación)
o Por compartimentalización: se saca a la enzima de su sitio de acción
o Por unión a alguna proteína regulatoria
Síntesis del producto D a
partir del sustrato A.
Pasa por varios puntos
intermedios catalizados por
distintas enzimas, y algunos de ellos pasos son irreversibles mientras otros son
reversibles.
Generalmente la enzima que va a estar regulada en una vía metabólica va a ser la
primera de la vía. Así la célula se da cuenta si el producto que quiere fabricar es
necesario o no, para no terminar gastando energía sin propósito.
También se puede encontrar en encrucijadas metabólicas donde un intermediario de las
vías puede seguir varios pasos dependiendo la condición fisiológica y energética de la
célula.
Esas enzimas reguladas generalmente regulan reacciones irreversibles.
Enzimas alostéricas
Contienen dos tipos de sitios:
- Sitios activos: unión del S (sitio catalítico)
- Sitio alostérico: unión del modulador + o – (sitio regulatorio)
o Modulador positivo: sustancia que al unirse al
sitio le produce un cambio conformacional a la
enzima y aumenta su actividad enzimática.
o Modulador negativo: la unión de esta molécula le
produce un cambio conformacional a la proteína,
disminuyendo su afinidad por el sustrato y por
lo tanto disminuyendo su actividad catalítica.
Curvas de cinética
Graficamos la V sobre la [S].
Vemos que las enzimas regulatorias presentan una curva
sigmoidea distinta a las michaelianas (que eran una
hipérbola).
La cinética está caracterizada por:
Modificación covalente
Unión de forma covalente de distintos compuestos.
Puede activar o inactivar a la enzima.
Es una modificación reversible.
Están dadas por otras enzimas.
Por ejemplo:
Fosforilación
La más ampliamente distribuida.
Hay proteínas quinasas que fosforilan enzimas, siendo el ATP
la molécula que da el fosfato.
Las enzimas fosforiladas pueden ser activas o inactivas.
Los residuos que se fosforilan son las tirosinas, las serinas, las treoninas y las histidinas.
Las quinasas fosforilan enzimas, las fosfatasas las desfosforilan.
Adenilación
Unión de una adenina a la enzima, siendo el ATP el
dador de la adenina, liberando en este caso
pirofosfato.
Los residuos adenilados son las tirosinas.
Acetilación
En residuos α-amino de las lisinas.
El acetil-CoA es el dador del grupo acetilo.
Miristoilización
Unión de un ácido graso a extremos α-amino
de las lisinas.
El miristoil-CoA es quien da el ácido graso.
Ubiquitinación
En residuos de lisina.
Forma en que se marcan las proteínas para que
sean degradadas por el proteasoma.
Es reversible, pero una enzima que es
ubiquitinizada es inmediatamente degradada por
el proteasoma, y el proceso de proteólisis no es
reversible.
ADP-Ribosilación
Metilación
En residuos de glutamina.
Por la s-adenosil-metionina.
Glucógeno fosforilasa
Enzima encargada de la degradación de glucógeno
a sus subunidades constituyentes que es la glucosa.
Tenemos glucógeno hepático y muscular.
Existe en conformación:
- Fosforilasa b (menos activa)
- Fosforilasa a (más activa)
Activación proteolítica
Tipo de regulación irreversible, porque un zimógeno o una proenzima necesita ser
proteolizada (necesita escindir alguna porción de la cadena polipeptídica) para ser activa.
Por ejemplo:
Enzimas digestivas
Las enzimas proteolíticas
existen en forma de
zimógenos, siendo ellos: el
tripsinógeno, la proelastasa,
la procarboxipeptidasa, y la
quimiotripsinogeno.
Estos zimógenos se
encuentran en el páncreas, y
son volcados al intestino delgado cuando el bolo acido llega ahí.
En el páncreas están de forma de zimógenos para encontrarse inactivas y activarse
solo en su sitio de acción.
Una vez que llega al intestino delgado, el tripsinógeno se activa por una enteropeptidasa
que lo convierte en tripsina escindiendo una porción de la cadena polipeptídica. Esta
tripsina tiene un efecto catalítico (tiende a auto activarse) y a la vez proteoliza al
quimiotripsinogeno (convirtiéndolo en quimiotripsina), a la procarboxipeptidasa (activando
la carboxipeptidasa), y a la proelastasa (convirtiéndola en elastasa).
Así la tripsina activa a las demás enzimas proteolíticas.
Compartimentalización
Sacar de su lugar de acción a una enzima.
Ejemplo: hexoquinasa IV.
Ubicación hepática.
Cataliza la fosforilación de la glucosa
a glucosa-6P.
Cuando los niveles de glucosa
sanguíneo son elevados, ingresan a
través del transportador de glucosa GLUT2 al interior del hepatocito, y esta glucosa
es inmediatamente fosforilada a glucosa-6P por la hexoquinasa IV.
Tiene un km elevado para la glucosa (baja afinidad por la glucosa), solo la fosforila cuando
esté en concentraciones elevadas.
A esta hexoquinasa IV se le une una proteína reguladora que la recluta hacia el núcleo.
Entonces cuando los niveles de glucosa en el citosol son elevados, la glucosa se une a la
proteína reguladora compitiendo por la fructosa-6P y haciendo que la hexoquinasa que
está recluida en el núcleo se transloque al citosol donde es activa.
Cuando la glucosa-6P se isomeriza a fructosa-6P y esta ultima empieza a acumularse
porque no se está utilizando, se une a la proteína reguladora que favorece la traslocación
de la hexoquinasa IV al núcleo.