MARCADORES GENTICOS: MICROSATLITES STR (Short Tandem Repeat)

INTRODUCCIN Un marcador gentico (o marcador molecular) es un segmento de ADN con una ubicacin fsica identificable en un cromosoma y cuya herencia se puede rastrear. Un marcador puede ser un gen, o alguna seccin del ADN sin funcin conocida. Dado que los segmentos del ADN que se encuentran contiguos en un cromosoma tienden a heredarse juntos, los marcadores se utilizan a menudo como formas indirectas de rastrear el patrn hereditario de un gen que todava no ha sido identificado, pero cuya ubicacin aproximada se conoce. Son ampliamente utilizados en gentica humana, vegetal, animal y microbiana. Permiten evidenciar variaciones (polimorfismos) en la secuencia del ADN entre dos individuos, modifiquen stas o no su fenotipo y funcionan como sealadores de diferentes regiones del genoma. Hay muchos tipos de marcadores: RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphism) AFLPs (Amplified Fragment Length Polymorphism) RAPDs (Random Amplification Polymorphic DNA) VNTRs (Variable Number of Tandem Repeats) SNP (Single Nucleotide Polymorphism) Microsatlites SSRo STR etc. En este trabajo nos vamos a centrar en estos ltimos: los microsatlites STR, y en sus aplicaciones. MICROSATLITES STR Los microsatlites STR (por sus siglas en ingls Short Tandem Repeat), son secuencias cortas de ADN, normalmente de 2-5 pares de bases de longitud, que se repiten de manera consecutiva. La variacin en el nmero de repeticiones crea diferentes alelos. Un mismo STR puede tener varias formas alternativas de por ejemplo, 2, 4, 7, 9, 12 y 17 repeticiones de la misma secuencia bsica. Se transmiten tanto por va materna como paterna de manera que cada individuo recibe STR tanto de su padre como de su madre biolgicos. As, si una persona es heterozigota, puede tener por ejemplo un alelo de 7 repeticiones y otro de 12. Un STR est tpicamente conformado por un motivo repetitivo en tndem (hay un patrn de nucletidos que se repite y esas repeticiones son directamente adyacentes unas a otras), en el cual se encuentra contenido la secuencia repetida y dos regiones flanqueantes, las cuales se encuentran a ambos lados del motivo repetitivo. Sin embargo, en algunos casos, puede haber dos motivos repetitivos o ms dentro de un microsatlite. Los STR se han convertido en populares marcadores de ADN ya que son fciles de amplificar por reaccin en cadena de la polimerasa (PCR), sin el problema de la amplificacin diferencial, es decir, los productos de PCR para STR son generalmente similares en cantidad por lo que el anlisis es ms fcil.

Los marcadores STR son fcilemte amplificados por PCR (Polymerase Chain Reaction) mediante el uso de cebadores que se unen a las regiones conservadas del genoma que flanquean la regin de repeticin. Los fragmentos de ADN son detectados y separados mediante electroforesis. Existen dos mtodos de separacin y deteccin, la electroforesis capilar (CE) y la electroforesis en gel. Los polimorfismos STR mostrados en cada regin son de por s muy comunes, por lo general, cada polimorfismo es compartido por alrededor de un 5 - 20% de las personas. Cuando observamos mltiples loci, es la nica combinacin de estos polimorfismos de un individuo lo que hace que este mtodo de discriminacin sea un instrumento de identificacin. Las regiones STR que se ponen a prueba en una persona se convierten en una discriminacin de la prueba. Para que un microsattlite sea considerado til como marcador, toda la variacin de la secuencia o polimorfismo debe hallarse dentro del motivo repetitivo, y, las regiones flanqueantes, deben estar altamente conservadas de modo que no presenten ninguna variacin de secuencia. Debido a su pequeo tamao, los STR tambin se pueden separar de otras localizaciones cromosmicas fcilmente permitiendo que los loci estrechamente unidos no sean elegidos (estos loci no siguen el patrn de distribucin de la poblacin, lo cual dificulta el anlisis estadstico). Adems, los STR tambin tienen menores tasas de mutacin lo que hace que los resultados sean ms estables y predecibles. APLICACIONES STR Los STR han demostrado tener varias ventajas que los hacen especialmente adecuados para la identificacin humana. El pequeo tamao de los alelos STR convierte a los marcadores STR en perfectos candidatos para su uso en pruebas de paternidad, estudios de evolucin humana, huella gentica, aplicaciones forenses, construccin de rboles genealgicos, Pruebas de paternidad La combinacin de marcadores genticos STR constituye un cdigo gentico identificador, perfil gentico o huella gentica. Esta informacin se puede comparar fcilmente con otros de referencia ya conocidos. Si se estudian suficientes marcadores genticos, el perfil gentico final puede ser relativamente nico para cada individuo. El perfil bsico de los STR autosmicos utilizados en las investigaciones rutinarias de paternidad es de 10 a 15 loci y se asume que la madre es verdadera. Con esta premisa se inicia el anlisis de los genotipos implicados: madre, hijo y presunto padre en una secuencia de pasos: 1) Se establece para cada locus probado la contribucin allica de la madre y del padre al genotipo del hijo 2) Se compara el genoma haploide paterno del hijo con el genotipo del presunto padre La combinacin de marcadores genticos STR constituye un cdigo gentico identificador, perfil gentico o huella gentica. Se analizan 15 marcadores autosmicos STR y el marcador del gnero Amelogenina mediante las tcnicas de la reaccin en cadena de la polimerasa (PCR) y electroforesis capilar con el analizador gentico ABI 310. La combinacin de los 15 marcadores forma el perfil de ADN.

Un individuo posee dos copias (alelos) para cada marcador, una heredada de la madre y otra del padre biolgicos. Se comparan los perfiles genticos de la madre y el hijo con el del presunto padre. Segn la herencia mendeliana simple, los caracteres observados en el hijo que no procedan del la madre, forzosamente debern provenir del padre biolgico. -Exclusin: La incompatibilidad de alelos en tres o ms de los marcadores entre el hijo y el presunto padre permite excluir la paternidad con una certeza del 100%. La relacin biolgica motivo de la prueba est excluida, el presunto padre no es el padre biolgico. Se demuestra la no paternidad. -Inclusin: La compatibilidad en todos los marcadores significa que la prueba de paternidad ha probado a un grado razonable que existe una relacin biolgica entre los participantes en la prueba. Se concluye que el individuo analizado es el padre biolgico, pero este resultado nunca puede garantizarse al 100%, y por ello se acompaa siempre de un valor de probabilidad de paternidad. Aunque no se llega al 100%, los valores de probabilidad son tan altos que la paternidad queda prcticamente probada. Estudios de evolucin humana Los STR de la porcin no recombinante del cromosoma-Y son especialmente tiles para estudios de evolucin humana pues solamente estn influenciados por eventos de mutacin y no por intercambio meitico. Desde el punto de vista molecular, estos estudios son posibles con el cromosoma-Y y con el ADN mitocondrial los cuales se heredan con baja recombinacin, mientras que el cromosoma-X y los autosomas tienen mltiples ancestros por su alto grado de recombinacin. Los dos primeros, cromosoma-Y y ADN mitocondrial, tienen un solo ancestro paterno y un solo ancestro materno respectivamente. Esta simplicidad gentica ha sido bien explotada en estudios de ADN mitocondrial y apenas en los ltimos aos el cromosoma-Y se viene estudiando en forma similar. Es as que, aunque consideramos que la humanidad est compuesta por partes iguales de herencia masculina y femenina, en realidad, desde el punto de vista gentico y en el caso especfico de los cromosomas sexuales (X e Y), la humanidad est compuesta por las siguientes proporciones de genes paternos y maternos: las mujeres contienen esencialmente herencia femenina (puesto que el segundo X les viene de la abuela paterna), y los hombres a su vez contienen un alto porcentaje de herencia materna (50% proveniente del X materno adicionado de un pequeo porcentaje proveniente de la regin pseudoautosmica), y menos del 50% de herencia masculina. Perfil gentico (o huella gentica) Tcnica utilizada para distinguir entre los individuos de una misma especie utilizando muestras de su ADN. La huella gentica se utiliza en la medicina forense para identificar a los sospechosos con muestras de sangre, cabello, saliva o semen. Tambin ha dado lugar a varias exoneraciones de condenados. Igualmente se utiliza en aplicaciones como la identificacin de los restos humanos, pruebas de paternidad, la compatibilidad en la donacin de rganos, el estudio de las poblaciones de animales silvestres, y el establecimiento del origen o la composicin de alimentos. Tambin se ha utilizado para generar hiptesis sobre las migraciones de los seres humanos en la prehistoria. Los microsatlites muestran una mayor variacin que el resto del genoma ya que en ellos se encuentran unas secuencias en distinta repeticin y con diferente grado de recombinacin debido a la inestabilidad del locus. Es fcil exculpar a alguien sobre las bases de estas pruebas, pero dado que la determinacin de la huella gentica de ADN examina slo un pequeo fragmento del genoma, dos individuos podran

tener, en teora, la misma secuencia para ese fragmento, aunque si se usan varias STR distintas, la probabilidad de que dos sujetos tengan los mismos alelos es muy pequea. Los individuos de la misma especie comparten gran parte de su secuencia de ADN, as, podemos distinguir dos tipos de ADN dependiendo de su funcin: Una parte de este ADN corresponde a genes o regiones que pueden estar involucradas en la determinacin de caractersticas fsicas y mentales, y el resto, son amplias regiones de ADN no codificante que pueden utilizarse para establecer relaciones de parentesco o fines identificativos. El perfil gentico individual hace posible diferenciar a cualquier persona, salvo en el caso de que posea un hermano gemelo monocigtico, ya que en este caso comparten la misma secuencia de ADN. El perfil gentico caracteriza a cualquier individuo igual o mejor que sus huellas dactilares, por lo que tambin recibe el nombre de huella gentica. sta aporta la ventaja de que es mucho ms precisa que otros mtodos de identificacin adems, el ADN se halla en todas y cada una de las clulas del cuerpo humano, por lo que puede obtenerse de cualquier muestra biolgica. La huella gentica es nica e invariable a lo largo de la vida. Otras aplicaciones -Fraude alimentario: Un ejemplo es el caviar Beluga. Los vulos del esturin Beluga son muy apreciados y muy caros. Cientficos del American Museum of Natural History de Nueva York desarrollaron pruebas de identificacin del ADN para diversas especies de esturin. Para su sorpresa, descubrieron que la cuarta parte de las latas etiquetadas como caviar Beluga, no contenan este producto. -Estudios forenses: Identificacin de cadveres tanto recientes como aquellos gravemente deteriorados, identificacin de culpables de crmenes -Estudios de evolucin de poblaciones animales -Pruebas genealgicas de ADN -...etc

Ainhoa Rodriguez de Yurre Guirao