Capítulo 4 – Aminoácidos, péptidos y proteínas
Aminoácidos
Formados por:
Grupo Amino
Grupo Carboxilo
Cadena lateral (grupo R)
Un átomo de hidrógeno
Todos unidos a un carbono quiral (carbono α), unido a 4 átomos diferentes. Debido al centro quiral los 4 átomos diferentes
pueden ocupar dos ordenamientos diferentes en el espacio y estas son imágenes espectrales no superponibles entre sí.
Los aminoácidos difieren unos de otros en sus cadenas laterales o grupos R, que varían en estructura, tamaño y carga eléctrica.
Existen 2 nomenclaturas: sistema DL o sistema RS.
Todos los compuestos biológicos con un centro quiral, se presentan en la naturaleza en una sola de sus formas
estereoisómeras, sea D o L (R o S dependiendo del sistema que se utilice).
Los residuos aminoacídicos de las proteínas son exclusivamente del tipo L. Y del tipo D solo en algunos antibióticos y bacterias
(pared celular de peptidoglicano).
Abreviaturas de tres letras y símbolos de una sola letra de los aminoácidos:
Aminoácidos Código de 3 letras Código de 1 letra Aminoácidos Código de 3 letras Código de 1 letra
Alanina Ala A Isoleucina Ile I
Arginina Arg R Leucina Leu L
Asparagina Asn N Lisina Lys K
Asparato Asp D Metionina Met M
Cisteína Cys C Prolina Pro P
Fenilalanina Phe F Serina Ser S
Glutamato Glu E Treonina Thr T
Glutamina Gln Q Triptófano Trp W
Glicina Gly G Tirosina Tyr Y
Histidina His H Valina Val V
Clasificación según su grupo R (5 clases):
Los aminoácidos pueden actuar como ácidos o bases:
Actúa como ácido Actúa como base
Tiende a donar
Tiende a aceptar
un protón
un protón
pH 1 pH 7 pH 11
Carga neta positiva Cargas positivas y negativas Carga neta negativa
Funciones de los aminoácidos:
Monómeros de las proteínas
Buffer
Hormonas o neurotransmisores
Para la síntesis de bases nitrogenadas
Urea y NH4+
Los residuos aminoácidos están unidos mediante enlaces peptidicos (covalentes).
Péptidos
2 a 4 aminoácidos unidos mediante un enlace peptídico entre
el grupo carboxilo y el grupo amino por una reacción de
condensación ( se eliminan el grupo hidroxilo (HO-) del grupo α-
carboxilo y un átomo de hidrógeno del grupo α-amino del otro
aminoácido, perdiendo una molécula de agua) formándose un
dipéptido. A su vez, los péptidos se separan por hidrolisis.
Debido a la resonancia el enlace peptídico es una estructura
coplanar y con un momento dipolar (densidades de carga
negativa en el O y positiva en el N).
Dos aminoácidos: dipéptido; tres aminoácido: tripéptido etc.
Pocos aminoácidos, un oligopéptido; muchos aminoácidos,
polipéptido.
Los polipéptidos son más pequeños (tienen menos masa), que las
proteínas.
Proteínas macromoléculas (polímeros) formados por aminoácidos (monómeros)-
Para formar las proteínas:
1ro transcripción
2do traducción
Niveles de estructuras:
Primaria: disposición secuencial de los aminoácidos de una cadena polipeptídica. Secuencia de aminoácidos o residuos. Esta
secuencia esta secuencia está determinada por el ADN.
Secundaria: plegamiento únicamente por puentes de hidrogeno. Son estructuras muy estables y locales que se forman en la
cadena polipeptídica (pueden haber partes α-hélice y partes lámina β plegada).
α-hélice: puentes de hidrogeno intracatenarios entre un átomo de H unido a un N, y el átomo de O carbonílico. Entre el
mismo aminoácido. En una vuelta van a haber 4 enlaces. Los grupos R están expuestos hacia el exterior.
Lámina β plegada: esqueleto en zig-zag. Pueden ser paralelas o antiparalelas. Los puentes de hidrogeno se forman entre
pares adyacentes. Las cadenas adyacentes pueden ser paralelas, con la misma orientación amino-carboxilo; o antiparalelas, con
orientación opuesta.
Cualquier conformación que no sea α-hélice o lámina β plegada se considera loop o al azar.
Ejemplo, el sitio activo de varias enzimas involucra la participación de uno o varios loops.
Terciaria: disposición tridimensional global. Los aminoácidos que están alejados en la secuencia polipeptídica y que se
encuentran en estructuras secundarias diferentes, pueden interaccionar dentro de la estructura totalmente plegada de una
proteína. Los segmentos interaccionales de la cadena polipeptídica se mantienen en su estructura terciaria, gracias a diferentes
interacciones débiles y a veces mediante enlaces covalentes, como puentes disulfuro intracatenarios (dentro de la cadena) o
intercatenarios (entre diferentes cadenas). Si bien los puentes disulfuro son los más fuertes, las interacciones débiles
predominan como fuerza estabilizadora, debido a que son más numerosas.
Enlaces: puentes de hidrogeno, puentes salinos/enlaces iónicos/atracciones electroestáticas, interacciones hidrofóbicas
(dipolo-dipolo)/ fuerzas de London y puentes disulfuro.
Pueden ser:
Proteínas globulares: función enzimática y reguladora. Suelen ser esféricas. Con varios tipos de estructuras secundarias.
Proteínas fibrosas: función estructural. Suelen ser largas/alargadas. Con un único tipo de estructura secundaria.
Desde el punto de vista termodinámico está favorecido el plegamiento en un medio acuoso (ΔS>O). Hay proteínas que son
funcionales con este tipo de estructura.
Cuaternaria: formada por dos o más subunidades/cadenas polipeptídicas. Una proteína multi-subunidad se conoce como
multímero, (dos o más subunidades). Un multímero con pocas subunidades, es un oligómero. Si está constituido por varias
subunidades diferentes, la estructura global puede ser asimétrica. La mayoría de los multímeros tienen subunidades idénticas o
grupos repetidos de subunidades no idénticas (ejemplo, 123123…), a menudo dispuestas simétricamente. La unidad de
repetición estructural, se denomina protómero.
1. La estructura tridimensional de una proteína viene determinada por su secuencia de aminoácidos.
2. La función de una proteína depende de su estructura.
3. La estructura tridimensional de una proteína es única.
4. Las fuerzas más importantes que estabilizan la estructura específica de una proteína son interacciones no covalentes.
5. Patrones estructurales comunes de las proteínas, estos patrones son los dominios proteicos.
Las proteínas no tienen estructuras estáticas y uniformes.
Conformación: disposición espacial de los átomos de una proteína.
Proteínas nativas: las proteínas que se encuentran en su conformación funcional.
Estabilidad: tendencia a mantener la conformación nativa.
Desnaturalización y plegamiento de las proteínas:
Perdida de la estructura nativa, perdida de la función biológica por temperatura, pH, agentes químicos, etc. No es
desplegamiento completo.
Las que son difíciles de desnaturalizar, tienen un umbral alto de desnaturalización.
Las que son fáciles de desnaturalizar, tienen un umbral bajo de desnaturalización.
Algunos disolventes orgánicos y detergentes rompen las interacciones hidrofóbicas que forman el núcleo de las proteínas.
Los extremos de pH alteran la carga neta de la proteína, modificando el estado de ionización de los R; aparecen repulsiones
electrostáticas y se destruyen algunos puentes de hidrógeno.
La urea, el alcohol y las sales deshidratan la proteína.
En algunos casos la proteína puede recuperar la estructura mediante una renaturalización.
Las proteínas se pliegan luego de que se sintetizan gracias a una proteína llamada chaperona, esto con gasto de energía.
Asociaciones de las proteínas
Proteína-proteína: ejemplo, proteínas globulares α y β-tubulina forman los microtúbulos.
Proteína-lípidos: lipoproteínas. Ejemplo, HDL (lipoproteínas de alta densidad).
Proteína-ácidos grasos: ejemplo, proteína Src y un ácido mirístico.
Proteína-azucares: glicoproteínas. Ejemplo, anticuerpos o inmunoglobulinas.
Proteína-nucleótidos: las enzimas deshidrogenasas requieren de coenzimas tales como NADH o FADH (nucleótidos).
Ejemplo, lactato deshidrogenasa.
Proteína-ácidos nucleicos: ejemplo, los ribosomas que están compuestos de 80 proteínas y 4 tipos diferentes de ARN
ribosomales.
Proteína-vitaminas: enzimas que requieren de la unión de una vitamina para ser funcionales. Ejemplo, la biotina se une
con las apocarboxilasas.
Proteína-grupo hemo: hemoproteína. Ejemplo, hemoglobina, mioglobina, citocromos, etc.
Funciones de las proteínas:
Reserva: ferritina (almacena Fe en el hígado), mioglobina (almacena O2 en el músculo).
Enzimática: catalasa, hexoquinasa (1er enzima de la glucólisis).
Homeostática: fibrinógeno (participa en la coagulación sanguínea), albúmina.
Hormonal: insulina y glucagón (hormonas antagónicas que regulan parte del metabolismo).
Inmunológica: anticuerpos (componentes hormonales de la inmunidad adaptativa).
Buffer
Transporte: aquaporina, bomba Na+/K+, albumina (transporta ácidos grasos por la sangre) y hemoglobina.
Reguladora: factores de transcripción (intervienen en la expresión genética).
Movimiento: miosina y actina (forman parte del sarcómero, unidad mínima contráctil del músculo).
Estructural: elastina, colágeno (parte del tejido conectivo), queratina.
