UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
INFORME DE PRÁCTICAS
USO DEL PROGRAMA SNAPGENE, SIMULACIÓN DE UN GEL DE
AGAROSA Y APLICACIÓN DE GENE 16S
ELABORADO POR:
ORIHUELA ALVA, VALERIA
CURSO:
BIOTECNOLOGÍA
DOCENTE:
HEBERT HERNAN SOTO GONZALES
ILO – MOQUEGUA
2024
ÍNDICE
I. INTRODUCCIÓN .................................................................................................... 3
II. OBJETIVOS.............................................................................................................. 3
2.1. OBJETIVO GENERAL ..................................................................................... 3
2.2. OBJETIVOS ESPECÍFICOS............................................................................. 3
III. MARCO TEÓRICO .............................................................................................. 4
3.1. SanpGene ........................................................................................................... 4
3.2. Gel de agarosa .................................................................................................... 4
3.3. Gen 16S.............................................................................................................. 4
IV. MATERIALES Y MÉTODOS .................................................................................. 5
4.1. Materiales........................................................................................................... 5
4.2. Metodología ....................................................................................................... 5
V. RESULTADOS.......................................................................................................... 8
VI. CUESTIONARIO .................................................................................................. 9
6.1. ¿Qué es electroforesis y cuáles son sus aplicaciones? ....................................... 9
6.2. ¿Qué es el gen 16s y cuáles son sus aplicaciones? ............................................ 9
6.3. Aplicaciones del gen 16s en la Ingeniería Ambiental ...................................... 10
VII. BIBLIOGRAFÍA ..................................................................................................11
I. INTRODUCCIÓN
Las técnicas de biología molecular han revolucionado el campo de la
microbiología, permitiendo estudiar la diversidad y funciones de las
comunidades bacterianas en diferentes entornos. En este informe, se presenta
el uso del programa SnapGene, una herramienta para el análisis y la
simulación de experimentos de biología molecular.
El informe se enfoca en dos estudios de caso que involucran el análisis de
genes bacterianos. El primer estudio, titulado "Aislamiento de bacterias con
potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona
impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui - Amazonas - Perú",
examina la diversidad microbiana en un área afectada por un derrame de
petróleo. El segundo estudio, "Caracterización molecular de bacterias
cultivables y no cultivables procedentes de pozas de lixiviación con cianuro",
investiga las comunidades bacterianas en entornos contaminados con cianuro.
Mediante el uso del programa SnapGene, se realizará la simulación de un gel
de agarosa y la aplicación del gen 16S, una herramienta clave para la
identificación y clasificación de bacterias. Con este informe tendremos una
experiencia en el manejo de herramientas bioinformáticas y el análisis de
datos genómicos relacionados con la biorremediación y la microbiología
ambiental.
II. OBJETIVOS
2.1. OBJETIVO GENERAL
- Usar el programa SnapGene para la simulación de un gel de agarosa y
la aplicación del gen 16S con datos obtenidos de dos artículos
científicos
[Link] ESPECÍFICOS
- Aprender a usar el programa SanpGene así como sus herramientas en
el curso de Biotecnología
- Analizar las secuencias del gen 16S de las bacterias identificadas en
los artículos científicos.
III. MARCO TEÓRICO
[Link]
SnapGene Es un software de clonación que ayudas en planear y simulando
manipulaciones de ADN. Permite realizar diversas tareas como el diseño
de plásmidos, la visualización de mapas genéticos, la simulación de
reacciones de restricción y la anotación de secuencias (Hammer et al.,
2019).
Este programa es ampliamente utilizado en el campo de la biología
molecular y la ingeniería genética debido a su versatilidad y capacidad
para facilitar el trabajo con secuencias de ácidos nucleicos (Peña-Castillo
y Méndez-Rios, 2021). Algunas de sus principales aplicaciones incluyen
el clonaje de genes, la construcción de vectores de expresión y el análisis
comparativo de secuencias.
[Link] de agarosa
La electroforesis en gel de agarosa es una técnica ampliamente utilizada
para la separación y purificación de fragmentos de ADN. Se basa en el
principio de que las moléculas de ADN, con carga negativa, migran a
través de un gel de agarosa cuando se aplica un campo eléctrico.
Los factores que influyen en la separación de los fragmentos de ADN
incluyen el tamaño de los fragmentos, la concentración de agarosa en el
gel y la diferencia de voltaje aplicada. Estas consideraciones técnicas
deben tenerse en cuenta para obtener resultados óptimos en la
electroforesis
[Link] 16S
El ARNr 16S es un polirribonucleótido de aproximadamente 1500
nucleótidos codificado por el gen rrs, también denominado ADN
ribosomal 16S. Como cualquier secuencia nucleotídica de cadena sencilla,
el ARNr 16S se pliega y adquiere una estructura secundaria que se
caracteriza por tener segmentos de doble cadena que permiten la
formación de asas y hélices. Esta molécula ha sido reconocida como un
poderoso marcador universal debido a que se encuentra en todos los
organismos conocidos. Su estructura parece mantenerse por largos
periodos de tiempo y, como su función no ha cambiado, los cambios en la
secuencia probablemente son aleatorios.
IV. MATERIALES Y MÉTODOS
[Link]
- Laptop
- Programa SnapGene
- Artículos científicos
[Link]ía
- Para empezar tenemos que abrir en nuestro navegador Google la
pagina del NCBI [Link] para descargar las
secuencias
- Seleccionamos en Gene y ponemos el código 16S
- Descargamos las especies que encontremos en nuestro artículo
científico y lo guardamos en una carpeta
- Abrimos nuestro programa SnapGene y le damos click en open file
para abrir el archivo con las especies
- Para añadir más secuencias hacemos click en tool y luego en
“Simulate agarosa gel”
- Nos aparecerá la secuencia , y en la parte inferior tendremos sus
enzimas
- Finalmente tendremos el resultado de nuestras 25 secuencias de genes
en un rango de 1400bp.
V. RESULTADOS
- Obtuvimos nuestra secuencia de genes del articulo “Aislamiento de
bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades
bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en
Condorcanqui - Amazonas – Perú”
VI. CUESTIONARIO
6.1.¿Qué es electroforesis y cuáles son sus aplicaciones?
La electroforesis es una técnica de laboratorio que se usa para separar moléculas de ADN,
ARN o proteínas en función de su tamaño y carga eléctrica. Se usa una corriente eléctrica
para mover las moléculas a través de un gel o de otra matriz. Los poros del gel o la matriz
actúan como un tamiz, lo cual permite que las moléculas más pequeñas se muevan más
rápido que las moléculas más grandes. Para determinar el tamaño de las moléculas de una
muestra, se usan estándares de tamaños conocidos que se separan en el mismo gel y luego
se comparan con la muestra
Sus principales aplicaciones es el análisis de ácidos nucleicos (ADN y ARN), análisis de
proteínas, estudios de biología moléculas y genética
6.2.¿Qué es el gen 16s y cuáles son sus aplicaciones?
El ARN ribosómico (ARNr) 16S es la macromolécula más ampliamente utilizada en
estudios de filogenia y taxonomía bacterianas. Su aplicación como cronómetro molecular
fue propuesta por Carl Woese (Universidad de Illinois) a principios de la década de
[Link] de aproximadamente 1,500 pares de bases y se encuentra en el genoma de
todas las bacterias y arqueas.
Contiene regiones conservadas y variables a lo largo de su secuencia, lo que lo convierte
en un marcador molecular muy útil para la identificación y clasificación taxonómica de
microorganismos. Las regiones conservadas permiten el diseño de cebadores universales
que pueden amplificar el gen 16S de una amplia gama de especies, mientras que las
regiones variables proporcionan información sobre las relaciones filogenéticas entre los
diferentes grupos microbianos.
Dentro de sus aplicaciones tenemos:
- Identificación y clasificación taxonómica de microorganismos: El
análisis de la secuencia del gen 16S permite asignar los
microorganismos a niveles taxonómicos como filo, clase, orden,
familia, género y especie.
- Detección e identificación de patógenos: El análisis del gen 16S puede
ser útil para la detección rápida y precisa de microorganismos
patógenos en muestras clínicas o ambientales.
[Link] del gen 16s en la Ingeniería Ambiental
Sirve para analizar la diversidad microbiana en ecosistemas ya que el gen 16S permite
identificar y cuantificar los diferentes grupos bacterianos y arqueas presentes en muestras,
Además permite el monitoreo y evaluación de procesos de biorremediación ya que
permite determinar los cambios en la diversidad y abundancia de los microorganismos
involucrados en la degradación de contaminantes, lo que ayuda a optimizar y monitorear
estos procesos.
VII. BIBLIOGRAFÍA
Geater, J. (2023). ¿Qué Es SnapGene? (de GSL Biotech LLC). [Link].
[Link]
Peña-Castillo, L., & Méndez-Rios, J. D. (2021). SnapGene: An Integrated Molecular
Biology Software Tool for Genome Manipulation and Visualization. Current Protocols,
1(6), e210
Valenzuela-González, F., Ramón Casillas-Hernández, Villalpando, E., & Vargas-
Albores, F. (2015). The 16S rRNA gene in the study of marine microbial
communities. Ciencias Marinas, 41(4), 297–313.
[Link]
Electroforesis. (2024). [Link]. [Link]
glossary/Electroforesis#:~:text=Definici%C3%B3n,gel%20o%20de%20otra%20
matriz.
Rosario, del, & Carmen, del. (2004). Identificación bacteriana mediante secuenciación
del ARNr 16S: fundamento, metodología y aplicaciones en microbiología
clínica. Enfermedades Infecciosas Y Microbiología Clínica, 22(4), 238–245.
[Link]
clinica-28-articulo-identificacion-bacteriana-mediantesecuenciacion-del-
13059055#:~:text=El%20ARN%20ribos%C3%B3mico%20(ARNr)%2016S,la%
20d%C3%A9cada%20de%2019702.
