UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
FACULTAD DE INGENIERÍA Y ARQUITECTURA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
USO DEL PROGRAMA SnapGene, SIMULACIÓN DE UN GEL DE AGAROSA Y
APLICACIÓN DE GENE 16S
PRESENTADO POR:
MANUEL SANTOS, PATRICIA MILEY
CURSO:
BIOTECNOLOGÍA
DOCENTE:
SOTO GONZALES, HEBERT HERNAN
CICLO VII – SEMESTRE 2024 - I
ILO-MOQUEGUA, PERÚ
2024
1. Introducción
El análisis de ADN y la identificación de microorganismos son componentes cruciales
en la biología molecular y la microbiología. En esta práctica de bioinformática , nos
enfocamos en el uso del programa SnapGene para simular un gel de agarosa y la
aplicación del gen 16S para identificar y caracterizar bacterias presentes en diversas
muestras (artículo de estudio).
SnapGene es una herramienta para visualizar y simular la electroforesis en gel, un
método en el análisis de ácidos nucleicos. La simulación de un gel de agarosa permite
prever la separación de fragmentos de ADN de acuerdo a su tamaño, facilitando la
planificación de experimentos y la interpretación de resultados.
La importancia de esta práctica de bioinformática radica en su capacidad para
proporcionar información detallada sobre el microbiota presente en diferentes
ambientes, Por lo que tiene una relevancia. Para los estudiantes de Ingeniería Ambiental
para conocer más herramientas que pueda implementar de acuerdo a su área.
El uso de SnapGene y la aplicación del gen 16S representan un avance significativo en
las técnicas de análisis molecular. Estas herramientas permiten una evaluación rápida y
precisa, facilitando la toma de decisiones informadas. Este enfoque no solo mejora la
eficiencia del monitoreo ambiental, sino que también potencia la investigación
microbiológica y la gestión sostenible de recursos naturales.
2. Objetivo
Utilizar el programa SnapGene para simular un gel de agarosa y aplicar el análisis del
gen 16S como herramienta de identificación y caracterización.
3. Metodología
Articulo de Estudio :
En la revista peruana de biología (Vol. 26, No. 2, 2019, pp. 275-282), se publicó un
estudio titulado
"Caracterización molecular de bacterias cultivables y no cultivables procedentes
de pozas de lixiviación con cianuro".
Con el DOI http://dx.doi.org/10.15381/rpb.v26i2.16383.
Este trabajo, realizado por Yacory Anahis Sernaque Aguilar (Universidad Nacional de
Piura, Piura, Perú), Melitza Cornejo La Torre (Cooperativa de trabajadores
BIOTECOOP, Tumbes, Perú), Jerome Pierre Regard (WF Silva Ingenieros S.A.C.,
Lima, Perú) y Eric Louis Mialhe Matonnier (INCABIOTEC SAC, Tumbes, Perú),
presenta una caracterización molecular detallada de bacterias tanto cultivables como
no cultivables aisladas de pozas de lixiviación con cianuro. El estudio tiene como
objetivo entender mejor la diversidad microbiana en estos ambientes extremos,
utilizando técnicas avanzadas de biología molecular para identificar y analizar las
bacterias presentes.
Paso 01 Se toman la lista de especies bacterianas identificadas a nivel molecular del
articulo y mediante su codigo de acceso a genbank realizamos la búsqueda por cada
especie el el NCBI (Nacional Center for Biotecnology Information).
Imagen 1 Búsqueda por cada especie el NCBI (Nacional Center for Biotecnology Information).
Fuente: Elaboración Propia
Paso 02
Imagen 2 Descarga de la secuencia en formato FASTA de cada especie en la lista.
Fuente: Elaboración Propia
Paso 03 Iniciar en el Snap Gene seleccionar cada especie
Imagen 3 Apertura de Snap Gene para iniciar con la Simulación de Agarosa
Fuente: Elaboración Propia
4. Resultados
Imagen 4 Simulación de Agarosa en Snap Gene
Fuente: Elaboración Propia
5. Conclusiones
El análisis de ADN y la identificación de microorganismos son componentes esenciales
en la biología molecular y la microbiología. La práctica de bioinformática que involucró
el uso de SnapGene para simular un gel de agarosa y la aplicación del gen 16S para
identificar y caracterizar bacterias ha demostrado ser una herramienta valiosa en la
investigación microbiológica y por lo tanto en el ámbito ambiental.
6. Cuestionario
¿Qué es electroforesis y cuales son sus aplicaciones? migración del ADN
La electroforesis es una técnica de separación de moléculas basada en su tamaño y carga
eléctrica. En este proceso, las moléculas se desplazan a través de un gel (generalmente
de agarosa o poliacrilamida) bajo la influencia de un campo eléctrico.
La migración del ADN es una aplicación específica de la electroforesis. El ADN, al ser
una molécula con carga negativa, se desplaza hacia el polo positivo cuando se somete
a un campo eléctrico. Los fragmentos más pequeños de ADN se mueven más
rápidamente a través del gel, mientras que los fragmentos más grandes se desplazan
más lentamente.
Aplicaciones de la electroforesis:
• Separación y análisis de fragmentos de ADN
• Determinación del tamaño de fragmentos de ADN
• Purificación de ácidos nucleicos
• Análisis de proteínas
• Diagnóstico molecular de enfermedades genéticas
• Identificación forense
¿Qué es el gen 16s y cuales son sus aplicaciones?
El gen 16S rRNA es un gen altamente conservado presente en todas las bacterias y
arqueas. Codifica para la subunidad 16S del ribosoma bacteriano y es esencial para la
síntesis de proteínas.
Aplicaciones del gen 16S:
• Identificación y clasificación taxonómica de bacterias
• Estudios de diversidad microbiana en diferentes ambientes
• Análisis filogenético de comunidades bacterianas
• Diagnóstico microbiológico en medicina
• Monitoreo de la calidad del agua y suelo
• Investigación en microbioma humano y animal
Aplicaciones en ingeniería ambiental: Derrames de petróleo
En el contexto de los derrames de petróleo, la ingeniería ambiental aplica diversas
técnicas para mitigar el impacto y restaurar los ecosistemas afectados. Una aplicación
relevante es la biorremediación, que utiliza microorganismos para degradar los
hidrocarburos del petróleo.
Un artículo que aborda este tema es "Microbial degradation of petroleum
hydrocarbons: Challenges and solutions for bioremediation of oil spills" de Xu et al.
(2018). Este estudio examina los desafíos y soluciones en la biorremediación de
derrames de petróleo, destacando el papel de los microorganismos en la degradación
de hidrocarburos y las estrategias para mejorar la eficacia de la biorremediación.
7. Bibliografía
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Sernaque Aguilar, Y. A., Cornejo La Torre, M., Regard, J. P., & Mialhe Matonnier, E.
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procedentes de pozas de lixiviación con cianuro. Revista peruana de biología, 26(2),
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