“UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA”

Escuela profesional de Ingeniería Ambiental

Tema:
USO DEL SOFTWARE SNAPGENE PARA LA VERIFICACION DE GEN 16S
Curso:
Biotecnología
Integrantes:

Acosta Cáceres, Marloon Fernando

Docente:

Dr. Soto Gonzáles, Hebert Hernán

2024
INDICE

1. INTRODUCCION ................................................................................................................... 1

1.1. OBJETIVO GENERAL .................................................................................................. 2

1.2. OBJETIVO ESPECIFICO .............................................................................................. 2

2. MARCO TEORICO ................................................................................................................ 2

2.1. BIOLOGIA MOLECULAR............................................................................................ 2

2.2. SNAPGENE.................................................................................................................... 2

2.3. NUCLEOTIDO ............................................................................................................... 3

2.4. ESTRUCTURA .............................................................................................................. 3

2.5. ELECTROFORESIS....................................................................................................... 3

3. MATERIALES ........................................................................................................................ 3

4. PROCEDIMIENTO ................................................................................................................. 4

5. RESULTADO .......................................................................................................................... 8

6. CONCLUSION........................................................................................................................ 9

7. CUESTIONARIO .................................................................................................................. 10

7.1. ¿Qué es la electroforesis y cuáles son sus aplicaciones? .............................................. 10

7.2. ¿Qué es el gen 16s y cuáles son sus aplicaciones en la Ing. Ambiental? ...................... 10

8. Bibliografía .............................................................................................................................11
1. INTRODUCCION

El SnapGene es un software de biologia que esta para facilitar la visualización, planificación y

simulación de experimentos de clonación de ADN, Desarrollado por GSL Biotech, mayormente lo

utilizan los investigadores y cientificos en el campo de la genetica y biotecnologia, en cuanto a su

caracterización se tiene en cuenta su visualización de secuencias de ADN, ya que esto permite ver

grafica de las diferentes caracteristicas de genes, y otras regiones de ADN, Tambien se puede

similar diversos metodos de clonacion, como la clonacion de fragmentos de ADN, la PCR la

mutagenesis y otros metodos de modificación de ADN y esto ayuda a planificar experimentos e

ideas para prever posibles problemas.

Con respecto al analisis de enzima de restricción ofrece herramientas para identificar sitios de corte

de enzimas de restricción y simular digestiones de ADN, que facilita la planificacion de estrategias

de clonación.

Se puede aplicar la anotacion de estos genes, sus secuencias de ADN con información detallada,

lo que facilita la documentacion y el seguimiento de los cambios realizados durante los

experimentos.

Este tiene compatibilidad y poder exportar los archivos en secuencias en varios formatos estanfar

como, el GenBank, FASTA y otros, facilitanfo la integración con otras herramientas y bases de

datos.

Por último en este presente trabajo tiene la finalidad de sacar la cantidad de genes a traves de la

página de NCBI, con el tipo de nucleotido 16s, e importando en formato FASTA para el conjunto

del software SNAPGENE.

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1.1. OBJETIVO GENERAL

• Desarrollar el programa SnapGene sacando datos de la pagina de NCBI con 25 nucleotidos.

1.2. OBJETIVO ESPECIFICO

• Obtener 25 genes de 16s con un puntaje que supere los 1400 hasta 1500 bp.

• Deteminar sus graficas en conjunto de cada archivo.

• Identificar si estos tienen alguna igualdad.

2. MARCO TEORICO

2.1. BIOLOGIA MOLECULAR

La biologia molecular como su misma palabra menciona es el estudio de vida a modo molecular,

en estas busca comprender las interacciones de los diferentes sistemas de la célula, que comprende

multiples relaciones, una de las clasicas es el ARN y ADN, las sintesis de proteinas, metabolismo

energetico y como estas interacciones se regulan para conseguir un refinado funcionamiento de la

celula.

NCBI

El centro nacional para la informacion biotecnologica de los estados Unidos fue fundado el 4 de

noviembre de 1988, es un recurso importante acerca de la informacion de la biologia molecular y

uno de los mas poderosos en la llamadas ciencias de la vida en general, este mismo desarrolla las

nuevas tecnologias de información para comprender, tanto los procesos geneticos, como

moleculares que controlan la salud y la enfermedad.

2.2. SNAPGENE

SnapGene es un software desarrollado por GSL Biotech que facilita la visualización, planificación

y simulación de experimentos de clonación de ADN. Entre sus características principales se

encuentran la visualización gráfica de secuencias de ADN, la simulación de métodos de clonación

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como la digestión y ligación de ADN, y la anotación detallada de secuencias. Este software

también permite la identificación y simulación de cortes por enzimas de restricción, una

herramienta esencial para la clonación genética.

2.3. NUCLEOTIDO

Según NCBI Los Nucleotidos son una colección de secuencias de varias fuentes, incluidas

GenBank, RefSeq, TPA y PDB. Los datos del genoma, los genes y la secuencia de transcripción

proporcionan la base para la investigación y el descubrimiento biomédicos.

2.4. ESTRUCTURA

Estas estructuras tridimensionales proporcionan una gran cantidad de información sobre la función

biológica y la historia evolutiva de las macromoléculas. Se pueden utilizar para examinar

relaciones secuencia-estructura-función, interacciones, sitios activos y más.

2.5. ELECTROFORESIS

La electrophoresis en geles de agarosa o poliacrilamida es una de las metodologías más utilizadas

en el laboratorio en todo lo relacionado con el trabajo con ácido nucleicos. Gracias a ello nosotros

mediante esta tecnica Podemos separar fragmentos de ADN y ARN en function de su tamaño,

visualizarlos mediante una sencilla tincion y con el fin de poder determinar el acido nucleico de

una muestra, teniendo en cuenta la estimacion de su concentración y grado de entereza.

3. MATERIALES

- Software SnapGene

- Pagina NCBI

- Laptop

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4. PROCEDIMIENTO

Entrar a la página de NCBI: https://www.ncbi.nlm.gov/, y colocar nucleótido en el primer box y

poner el código 16s

Poner nucleotido y buscar 16s, luego seleccionar un gen

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Buscar un gen que supere los 1400 – 1500 bp

Seleccionar send to, colocar file en formato FASTA para la descarga de la secuencia

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Despues entrar a la programa software de SnapGene, colocar file buscar la opcion de “Open

Files…”, seleccionar el archivo descargado.

Una vez de haber agregado los 25 archivos, seleccionamos la opcion Tools buscamos “Simulate

agarose gel”

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Escoger la opcion “Choose Sequence Files…”, luego seleccionar todos los archivos restantes (25

archivos).

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5. RESULTADO

SIMILITUD DE LOS 25 GENES

De los archivos seleccionados la mayoria de estos genes tienen en promedio una tamaño a

de un rango de 1460-1490 Bp.

En la siguiente imagen menciona que el tamaño de 1440 Bp indica que no es compatible a

temperaturas bajas, mas que todo es usado a temperatura de 60°C, pero que Tambien es activo a

50% a una temperature de 37°C.

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Por ultimo temenos el circulo de las secuencia que de manera ordenada separa la bp de decreciente

a creciente con el fin de distribuir y tener una presición

6. CONCLUSION

• SnapGene permite una visualización grafica detallada de las secuencias ADN, lo que

facilita la planificación y simulación de experimentos de clonación. La capacidad de ver

gráficamente las características de los genes y otras regiones del ADN ayuda a los

investigadores a anticipar y resolver posibles problemas en sus experimentos.

• El software ofrece herramientas para la simulación de diversos métodos de clonación,

como la clonación de fragmentos de ADN y PCR así como la identificación y simulación

de cortes por enzimas de restricción. Esto es esencial para planificar estrategias de

clonación y permite una documentación detallada de los cambios realizados durante los

experimentos.

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 • SnapGene es compatible con varios formatos estándar de secuencias, como GenBank y

FASTA, lo que facilita la importación y exportación de datos. Esta compatibilidad permite

a los investigadores integrar fácilmente SnapGene con otras herramientas y bases de datos,

optimizando el flujo de trabajo en estudios genéticos y biotecnológicos.

7. CUESTIONARIO

7.1. ¿Qué es la electroforesis y cuáles son sus aplicaciones?

La electroforesis es una técnica de laboratorio para separar moléculas como ADN, ARN o proteínas

según su tamaño y carga eléctrica utilizando un campo eléctrico aplicado a un gel.

En cuanto a sus aplicaciones tenemos lo que es el análisis genético, que es la identificación de

mutaciones y perfiles de ADN, por otro lado, también estudia de la estructura y función de

proteínas y ácidos nucleicos, otra aplicación es la misma biotecnología, en estos terminas seria la

purificación de moléculas y análisis de estos.

7.2. ¿Qué es el gen 16s y cuáles son sus aplicaciones en la Ing. Ambiental?

Es una secuencia conservada de ADN en bacterias que se utiliza para identificar y clasificar

microorganismos debido a sus regiones variables,

En sus aplicaciones se puede hacer monitoreos con la identificación de bacterias en agua, aire y

suelo, también se puede aplicación la biorremediación, que es la detección de microorganismos

que degradan contaminantes, por otro lado, es el tratamiento de aguas residuales, en donde se

aplica la evaluaciones y optimización de comunidades microbianas en plantas de tratamiento.

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8. Bibliografía

• Nacional Human Genome Research Institute. (s.f.). Electroforesis.

https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Electroforesis

• Virginia Robles. (s.f.). En busca del gen 16S, la huella genética bacteriana.

https://www.elprobiotico.com/gen-huella-genetica-bacteriana/

• Khan Academy. (s.f.). Secuenciación de ADN. https://es.khanacademy.org/science /ap-

biology/gene-expression-and-regulation/biotechnology/a/dna-sequencing

• SnapGene. https://support.snapgene.com/hc/en-us/

• Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI).

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NR_112010.1

• M. Gonzalo. (s.f.). Marcadores moleculares: Qué son, como se obtiene y para qué valen.

https://www.encuentros.uma.es/encuentros49/marcadores.html

• Instituto Nacional de Salud. (2003). Manual de procedimientos de electroforesis para

proteínas y ADN. https://bvs.ins.gob.pe/insprint/SALUD_PUBLICA/NOR_TEC/38.pdf

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