TEMA 7: RNA NO CODIFICANTE
1. Ribosomas
Son orgánulos que sirven para traducir ARNm y sintetizar las proteínas. El proceso de
traducción es diferente en procariotas y eucariotas (aunque se parecen).
Los ribosomas están formados por ARNr y proteínas. Este ARNr es una ARN no codificante.
Los ribosomas en procariotas son de 70S. Las
moléculas de ARNr 23S y 16S son componentes
importantes de los ribosomas procariotas, con la
23S presente en la subunidad mayor y la 16S en
la subunidad menor. Ambas moléculas son
esenciales para la actividad ribosómica y la
síntesis de proteínas en las células procariotas.
Los ribosomas en eucariotas son de 80S. Las
moléculas de ARNr 28S y 18S son componentes
importantes de los ribosomas eucariotas, con la
28S presente en la subunidad mayor y la 18S en
la subunidad menor. Ambas moléculas son esenciales para la actividad ribosómica y la síntesis
de proteínas en las células eucariotas.
Los ribosomas sin proteínas no pueden llevar a cabo la síntesis de proteínas, ya que las
proteínas ribosomales son esenciales para la estructura y función del ribosoma. La función
catalítica de las ARN son las ribozimas.
Las estructuras complejas de los ARNr determinan la función.
2. Secuencia Shine-Dalgarno: Inicio de la cadena polipeptídica en procariotas
En la traducción, el reconocimiento del inicio de traducción del ADNm lo hace una serie de
secuencias llamada Shine-Dalgarno (secuencias en el ARNm necesarias para que el ribosoma
reconozca el lugar exazto de inicio, AUG, de traducción; es decir, coloca al ribosoma en el lugar
justo para que comience la traducción en el AUG.
En las células procariotas, la secuencia
Shine-Dalgarno (también conocida como
secuencia de unión al ribosoma) es un
elemento crucial en la iniciación de la
síntesis de proteínas. Esta secuencia se
encuentra en el mensajero de ARN (ARNm)
y se encuentra cerca del codón de inicio
AUG, que codifica para el aminoácido
metionina.
La secuencia Shine-Dalgarno consiste en una secuencia corta de nucleótidos en el ARNm
(AGGAGG) que se encuentra aproximadamente 6-8 nucleótidos aguas arriba del codón de
inicio AUG. Esta secuencia es complementaria a una
secuencia corta de nucleótidos en el ARNr 16S de la
subunidad ribosomal menor, lo que permite que el
ribosoma se una al ARNm en la posición correcta
para iniciar la síntesis de proteínas.
Durante la iniciación de la síntesis de proteínas en
las células procariotas, el ribosoma se une al ARNm
en la secuencia Shine-Dalgarno y escanea hacia abajo hasta encontrar el codón de inicio AUG.
Luego, el ribosoma recluta el primer ARNt cargado con metionina y lo coloca en el sitio P del
ribosoma, lo que inicia la síntesis de la cadena polipeptídica.
3. Secuencias Kozak: inicio de la cadena polipeptídica en eucariotas.
En las células eucariotas, la secuencia Kozak es un elemento importante en la iniciación de la
síntesis de proteínas. La secuencia Kozak se encuentra en el ARN mensajero (ARNm) cerca del
codón de inicio AUG, que codifica para el aminoácido metionina.
La secuencia Kozak es una secuencia corta de nucleótidos
que generalmente sigue el patrón GCC(A/G)CC AUGG
(donde la A en la posición -3 y la G en la posición +4 son
importantes para la eficiencia de la traducción). Esta
secuencia promueve la unión del ribosoma en la posición
correcta en el ARNm, lo que aumenta la eficiencia de la
iniciación de la síntesis de proteínas.
Durante la iniciación de la síntesis de proteínas en las células eucariotas, el ribosoma se une al
ARNm en la secuencia Kozak y escanea hacia abajo hasta encontrar el codón de inicio AUG.
Luego, el ribosoma recluta el primer ARNt cargado con metionina y lo coloca en el sitio P del
ribosoma, lo que inicia la síntesis de la cadena polipeptídica.
INHIBIDORES DE LA SÍNTESIS DE PROTEÍNAS (para eucariotas o procariotas):
4. ¿Cómo se pasa de nucleótidos a aminoácidos?
El código genético es un conjunto de reglas que dicta cómo la información genética se traduce
en la secuencia de aminoácidos en una proteína. El código genético se basa en el lenguaje de
los nucleótidos, que son las unidades básicas que componen el material genético del ADN y del
ARN.
Utiliza una combinación de tres nucleótidos consecutivos, llamados codones, para especificar
cada aminoácido en una proteína.
Hay 64 posibles codones diferentes, y cada uno de ellos especifica un aminoácido o una señal
de inicio o parada. Tres de los 64 codones (UAA, UAG y UGA) no codifican para ningún
aminoácido y se utilizan como señales de parada de la síntesis de proteínas.
El descubrimiento del código genético fue un gran avance en la comprensión de la biología
molecular y ha permitido la producción de proteínas recombinantes y la síntesis de proteínas en
la industria farmacéutica y alimentaria.
El código genético es universal debido a que los mismos codones de ARNm se traducen en los
mismos aminoácidos en la mayoría de los organismos. Aunque existen excepciones en los que
algunos organismos utilizan códigos genéticos ligeramente diferentes, la mayoría de los
organismos utilizan el mismo código genético. Esta universalidad del código genético permite
que los organismos intercambien información genética, ya que los genes de una especie
pueden ser exaltados en otra especie a través del proceso de transferencia horizontal de
genes.
En resumen, la universalidad del código genético es una propiedad fundamental que permite
la comprensión y el estudio de la genética y la biología molecular en una gran variedad de
organismos.
EXPERIMENTOS QUE CORROBORAN LA UI¡NIVERSALIDAD DEL CÓDIGO GENÉTICO:
- Utilización de ribosomas y ARN mensajeros de organismos en sistemas acelulares.
Ejemplo: Si usamos ARNm y ribosomas de conejo con ARNt de E. coli, obtenemos un
polipéptido igual a la hemoglobina de conejo.
- Técnicas de ingeniería Genética que permiten introducir ADN de un organismo en otro
de manera que el organismo receptor sintetiza las proteínas del organismo donante
del ADN.
4.1. ¿Cómo 4 bases codifican 20 aminoácidos?
Sabemos que existen 20 aa que pueden traducidos y FÓRMULA:
que existen 4 bases nitrogenadas. Tenemos que
descubrir de cuántas letras son las combinaciones Nº de bases posibles^ al tamaño de la
para poder tener los 20aa, para ello vamos probando: palabra
- Palabras de 2 letras: 4^2= 16 (se queda corto, Ej: 4 bases posibles y palabras de 3 letras:
no nos vale) 4^3=64
- Palabras de 3 letras: 4^3= 64
- Palabras de 4 letras: 4^4= 256
Con estos datos llegamos a la conclusión de que los aa se codifican mediante codones
formados por 3 bases, ya que habría suficientes combinaciones para codificar los 20aa.
Además, varios codones pueden codificar para un mismo aa, por eso se dice que es
degenerado, y que existen codones de iniciación y de señal de fin de traducción.
4.2. Desciframiento del código genético
Se llevaron a cabo varios experimentos para descifrar el código genético_
1- EXPERIMENTO 1:
- Síntesis de ARNm in vitro
- Traducción in vitro: ribosomas, ARNt, aa y enzimas
- Se uso homopolímeros (polímeros formados por una sola base).
Los homopolipéptidos son cadenas de aminoácidos que contienen un solo tipo de aminoácido.
En la década de 1960, el bioquímico Marshall Nirenberg y sus colaboradores utilizaron
homopolipéptidos sintéticos para descifrar el código genético.
En su experimento, Nirenberg y su equipo crearon homopolipéptidos sintéticos que contenían
solo un tipo de aminoácido (por ejemplo, polifenilalanina o polisericina). Luego, añadieron
estos homopolipéptidos a un sistema de traducción in vitro que contenía todos los
componentes necesarios para la síntesis de proteínas, incluyendo ARNm, ribosomas y
aminoacil-ARNt.
Si el homopolipéptido se sintetizaba correctamente, esto indicaba que se había identificado el
codón que correspondía al aminoácido utilizado en el homopolipéptido. Por ejemplo, si el
homopolipéptido de polisericina se sintetizaba correctamente, esto indicaba que el codón
UUU en el ARNm correspondía al aminoácido serina.
A través de este proceso, Nirenberg y sus colaboradores pudieron identificar muchos de los
codones en el código genético y determinar qué aminoácidos correspondían a cada codón.
Este trabajo fue un paso importante en la comprensión del código genético y abrió el camino
para la síntesis de proteínas recombinantes y la ingeniería genética.
2- EXPERIMENTO 2A: Nirenberg, Ochoa
Se usaban copolímeros, se añadían dos bases en proporciones conocidas.
Ej: 5U:1G, hay 5 uracilos por cada guanina. Sacando las probabilidades:
[U]=5/6 y [G]=1/6.
Si solo tenemos 2 bases y palabras de 3 letras: 2^3=8 posibles combinaciones
Observaron los polipéptidos que contenían y que aa se codificaban.
Polipéptido que contenía:
- Fenilalanina (phe)
- Cisteina (cys)
- Valina (val)
- Glicina (gly)
- Triptófano (trp)
Al comparar la probabilidad con el valor relativo dentro el péptido se podía hacer una relación
entre codones y aa.
3- EXPERIMENTO 2B: Khorana
Usaban polímeros de Poli UC (UCUCUCUCUC), AC (ACACACAC) y AG (AGAGAGAG):
• Del Poli UC podían sacar tripletes de UCU y CUC
• Del poli AC, ACA y CAC
• Del poli AG, AGA y GAG
A partir de estos obtenían unos aa solo codificados para ese triplete.
4- EXPERIMENTO 3: Nishimura
Usa copolímeros: ARNm formado por un polímero de AAG:
CONCLUSIONES FINALES:
1- Escrito a partir de bases de ARNm
2- Organizado en tripletes o codones
3- Código NO ambiguo
4- Código degenerado
5- Con señal de inicio y fin
6- Lectura sin comas (sin interrupciones)
7- Codígo No solapado
8- Escrito de forma colinial (gen-proteina)
9- Código universal (con excepciones).
4.3. El código genético sin superposiciones
Los codones son leídos sin superposición, pero si existen los genes superpuestos; por ejemplo,
en el ARNm de los virus. Dependiendo del lugar donde se comience la traducción dará lugar a
una proteína otra.
Es posible que algunos genes se solapen
parcialmente en el ARNm. En estos casos, el
mismo segmento de ARNm puede ser
convertido en dos proteínas diferentes, lo que
se conoce como genes superpuestos o genes
bicistrónicos. El proceso de traducción se lleva
a cabo de manera independiente para cada proteína, y la presencia de un marco de lectura
abierto adicional puede cambiar la secuencia de aminoácidos en la proteína codificada. En
general, los genes superpuestos son raros, pero se han identificado en diversos organismos,
incluidos virus y bacterias.
El tamaño del genoma se reduce con la superposición. Esta no afecta a la lectura de los
codones. Reduce las posibilidades de los codones posteriores, ya que la última base determina
el comienzo del siguiente.
Nº aa = nº de pares de bases / tamaño codón
4.4. Código organizado en tripletes o codones (64 combinaciones posibles)
5. ARNt: estructura primaria
6. Reglas de emparejamiento de bases anticodón- codón
El anticodón 3’-------- 5’ (la primera base se una a la última del anticodón)
Codón 5’---------3’
Flexibilidad de la 1ª base del anticodón o tambaleo:
En la primera base del anticodón la unión con el complementario no es tran estricta por lo que
hay excepciones. No se cumplen las reglas de complementariedad estrictamente.
Los ARNt isoaceptores: “aceptan” el mismo aa pero están codificados por genes diferentes.
7. Lectura sin comas
Una mutación en una base nitrogenada puede llevar a que cualquier deleción o adicción
modifique o cambie completamente o parcialmente el sentido a su secuencia haciendo que la
proteína ya no sea la misma o pierda el sentido.
EJERCICIO 1: Calcule cuántos codones serían posibles si la evolución hubiera hecho que se
utilizarán seis bases (tres pares de bases complementarias) en lugar de cuatro bases para
constituir el ADN. ¿Podrían seis bases acomodar un código genético de dos letras, suponiendo
la existencia de 20 aa y de codones de iniciación y terminación?
Son 6 tipos de bases en palabras de 2 letras: 6^2= 36
Sí podría hacerlo, ya que posee las combinaciones posibles para codificar a los 20 aa y además
le sobran pares de bases para ser las señales de inicio y Fin.
EJERCICIO 5: En experimentos en que se utilizan copolímeros repetidos, el AC… incorpora
treonina e histidina, y el CAACAA… incorpora glutamina, asparragina y treonina. ¿Qué triplete
puede asignarse con toda seguridad a la treonina?
Del copolímero ACACAC… obtenemos tripletes ACA y CAC que dan treonina e histidina
Del copolímero CAACAA… obtenemos CAA, ACA y AAC que dan glutamina, treonina y
asparragina.
Llegamos a la conclusión de que como el único codón que se repite es ACA (común a ambos) y
en ambos copolímeros hay treonina, ese debe ser el triplete que la codifique.
EJERCICIO B): Los aa Ala, Val, Gly, Asp y Glu son, todos ellos, miembros muy precoces de las
rutas biosintéticas de procesamiento y están más conservados desde el punto de vista
evolutivo que otros aa. Probablemente representan, por tanto, aa “precoces”. ¿Qué
importancia tiene esta información de cara a explicar la evolución del código genético?
Asimismo, ¿qué base de las dos sería probablemente más significativa a la hora de especificar
originalmente estos aa?
¿Hay relación entre el número de codones para un aa y si contenido en la proteína?
La importancia de la información sobre la conservación evolutiva de los aminoácidos Ala, Val,
Gly, Asp y Glu radica en que sugiere que estos aminoácidos fueron algunos de los primeros en
ser incorporados al código genético. Esto puede ayudar a explicar por qué estos aminoácidos
tienen un alto grado de conservación en la mayoría de los organismos, lo que implica que han
sido esenciales para la vida desde tiempos muy tempranos.
En cuanto a la base que probablemente especificó originalmente estos aminoácidos, es difícil
determinarla con certeza. Sin embargo, se ha propuesto que los aminoácidos más antiguos
pueden haber sido aquellos que fueron más abundantes en la Tierra primitiva, o que se
originaron en condiciones más prebióticas que otros aminoácidos. Es posible que la selección
natural posterior haya favorecido a estos aminoácidos por su utilidad en procesos metabólicos
y su capacidad para formar estructuras proteicas estables.
En cuanto a la relación entre el número de codones para un aminoácido y su contenido en la
proteína, no hay transmisión directa. Algunos aminoácidos están codificados por varios
codones diferentes, mientras que otros tienen un solo codón. Además, el contenido de un
aminoácido en una proteína depende de muchos factores, como la secuencia de aminoácidos
en la proteína y la función de la proteína en el organismo. Por lo tanto, no se puede inferir el
contenido de un aminoácido en una proteína simplemente a partir del número de codones que
lo codifican.
PROBLEMA: resultado de polímero 5C:1C. Debes determinar que aa corresponde con cada
codón.
1º calculamos todos las posibles combinaciones de tripletes con A y C.
2º Calculamos la probabilidad de aparecer de cada una de las probabilidades.
3º Te dan el % de aparición de cada aa dentro de ese polímero, asique al compararlo con las
probabilidades podemos llegar a ciertas conclusiones.
Ej: Prolamina 69% debe codificarse con el CCC porque 69-57=12
Ese 12% sobrante corresponde a 2C:1A
Ej: Histidina 14% - 11,6% (2C:1A) = 3% - 2.3% (1C:2A)= 0 CONCLUSIÓN: se codifica con esas
combinaciones.
SOLUCIÓN:
