UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
INFORME PRÁCTICO
“USO DEL PROGRAMA SNAPGENE, SIMULACIÓN DE UN GEL DE
AGAROSA Y APLICACIÓN DE GENE 16S”
CURSO
BIOTECNOLOGÍA
PRESENTADO POR
JARITA CCAMA, ARIEL NOLBERTO
DOCENTE:
MSC. SOTO GONZALES, HEBERT HERNAN
ILO-PERÚ
2024
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INDICE
1. INTRODUCCION ............................................................................. 3
2. OBJETIVOS ...................................................................................... 3
.2.1. Objetivo General ........................................................................... 3
.2.2. Objetivos Específicos .................................................................... 3
3. METODOLOGÍA .............................................................................. 4
.3.1. Simulación de gel de agarosa de 25 organismos gen 16s ............. 4
.3.2. Simulación de gel de agarosa usando el articulo .......................... 6
4. RESULTADOS .................................................................................. 6
.4.1. Simulación de gel de agarosa de 25 organismos gen 16s ............. 6
.4.2. Simulación de gel de agarosa usando el articulo .......................... 7
5. CONCLUSIONES ............................................................................. 8
6. BIBLIOGRAFIA................................................................................ 9
CUESTIONARIO .......................................................................................... 10
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1. INTRODUCCION
En el presente informe se documenta la práctica de laboratorio donde
se utilizó el programa SnapGene. La práctica se centró en la simulación de
gel de agarosa y en el estudio del gen 16S.
La actividad se dividió en dos partes. En la primera, se seleccionaron
25 organismos que contienen el gen 16S, y se realizaron simulaciones de gel
de agarosa.
En la segunda parte, se utilizó un artículo titulado "Aislamiento de
bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas
de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui - Amazonas -
Perú". Se extrajeron las cepas bacterianas mencionadas en el estudio y se
realizó una simulación similar de gel de agarosa.
Este informe tiene como objetivo presentar los resultados obtenidos
en ambas simulaciones.
2. OBJETIVOS
.2.1. Objetivo General
• Usar el programa SnapGene, simular un gel de agarosa y aplicar el gen
16s
.2.2. Objetivos Específicos
• Aprender a usar el programa SnapGene, y sus posibles usos.
• Usar la pagina web NCBI para buscar organismos del gen 16s.
• Realizar la simulación de gel de agarosa utilizando SnapGene.
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3. METODOLOGÍA
.3.1. Simulación de gel de agarosa de 25 organismos gen 16s
• Empezaremos abriendo la página del NCBI
[Link] para descargar las secuencias
de nuestro gusto que tengan el gen 16s.
• Descargamos cada una de las secuencias mencionadas
anteriormente, clicando en Enviar a, expediente, formato
FASTA y finalmente en crear un archivo.
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• Abrimos el software SnapGene, click en Open, luego Open
Files, seleccionamos las secuencias guardadas, e insertamos.
• Para añadir las otras secuencias restantes clicamos en “tools”,
luego en Simulate Agarose Gel. Esto nos llevará a una nueva
ventana donde agregaremos las demás secuencias.
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.3.2. Simulación de gel de agarosa usando el articulo
• Descargamos las siguientes secuencias de acuerdo al artículo
“Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y
análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por
derrame de petróleo en Condorcanqui - Amazonas – Perú”
• Usamos los mismos pasos del anterior.
4. RESULTADOS
.4.1. Simulación de gel de agarosa de 25 organismos gen 16s
• Luego de insertar 25 organismos gen16s, gracias a la
simulación con gel de agarosa podemos apreciar el
comportamiento.
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.4.2. Simulación de gel de agarosa usando el articulo
• Luego de insertar las 13 cepas bacterianas estudiadas del
artículo, gracias a la simulación con gel de agarosa podemos
apreciar el comportamiento.
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5. CONCLUSIONES
• Se pudo concretar la práctica, gracias a los comandos básicos aprendidos
del software. El programa contaba con una interfaz intuitiva el software
nos permite la visualización de secuencias de ADN.
• Se aprendió a buscar los organismos en la pagina web NCBI, y a
distinguir que tipo de secuencia debemos descargar para trabajar con el
programa SnapGene.
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• Todas las moléculas de ADN tienen la misma cantidad de carga por masa.
Debido a esto, la electroforesis en gel separa los fragmentos de ADN
únicamente por su tamaño. La electroforesis nos permite ver cuántos
fragmentos diferentes de ADN están presentes en una muestra y cuán
grandes son unos con respecto a otros.
6. BIBLIOGRAFIA
• SnapGene. [Link]
• Castillo Rogel, R. T., More Calero, F. J., Cornejo La Torre, M.,
Fernández Ponce, J. N., & Mialhe Matonnier, E. L. (2020). Aislamiento
de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades
bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui-
Amazonas-Perú. Revista de Investigaciones Altoandinas
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CUESTIONARIO
• ¿Qué es la electroforesis, y sus aplicaciones?
La electroforesis es una técnica de laboratorio utilizada para separar moléculas,
como ADN, ARN o proteínas, basándose en su tamaño y carga. Al aplicar un
campo eléctrico, las moléculas migran a través de un gel hacia el electrodo
opuesto. Las moléculas más pequeñas se mueven más rápido y más lejos que las
más grandes.
✓ Análisis de ADN y ARN: Identificación y separación de fragmentos
genéticos.
✓ Proteómica: Separación y análisis de proteínas.
✓ Diagnóstico clínico: Detección de enfermedades genéticas y monitoreo de
tratamientos.
✓ Investigación forense: Análisis de huellas genéticas en investigaciones
criminales.
• ¿Qué es el gen 16s y cual son sus aplicaciones?
El gen 16S es un componente del ARN ribosómico en procariotas, esencial para
la síntesis de proteínas y altamente conservado entre diferentes especies de
bacterias.
✓ Identificación y clasificación bacteriana: Se utiliza para determinar
relaciones filogenéticas entre bacterias.
✓ Estudios de biodiversidad: Ayuda en la caracterización de comunidades
microbianas en diversos ambientes.
✓ Diagnóstico clínico: Identificación de patógenos en muestras clínicas.
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✓ Investigación ecológica y ambiental: Análisis de la composición microbiana
en ecosistemas.
• ¿Qué es el SnapGene y como nos serviría en ingeniería ambiental?
En la ingeniería ambiental nos serviría, por ejemplo, para disponer de de
microorganismos suficientes con potencial biorremediador, esto gracias
a la clonación como proceso estipulante del software en reconocimiento
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