UNIVERSIDAD NACIONAL DE
MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
“Año del Bicentenario, de la consolidación de nuestra Independencia, y de la
conmemoración de las heroicas batallas de Junín y Ayacucho”
TEMA:
USO DEL SOFTWARE SNAPGENE
CURSO:
BIOTECNOLOGÍA
CICLO:
7MO CICLO
DOCENTE:
Blgo. Hébert Hernán Soto Gonzales
ESTUDIANTE:
Portocarrero Caceres, Andrea Jimena
ILO – MOQUEGUA-PERÚ
2024
ÍNDICE
1. INTRODUCCIÓN............................................................................................................1
2. OBJETIVO.......................................................................................................................1
3. MARCO TEÓRICO........................................................................................................1
3.1 NCBI (National Center for Biotechnology Information).......................................1
3.2 Gel de agarosa............................................................................................................1
3.3 Gel 16S........................................................................................................................2
4. METODOLOGÍA............................................................................................................2
5. RESULTADO...................................................................................................................4
6. CONCLUSIÓN.................................................................................................................4
7. BIBLIOGRAFÍA..............................................................................................................4
8. CUESTIONARIO............................................................................................................4
1. INTRODUCCIÓN
SnapGene es un software de clonación de secuencias de ADN que ayuda a planear y
simular la manipulación del ADN. Permite de forma sencilla y segura planificar, observar y
documentar los procesos diarios ocurridos en la biología molecular. Además de la
manipulación básica de secuencias, SnapGene ofrece herramientas avanzadas para el diseño
de cebadores y sondas, el análisis de restricción y clonación, la simulación de la PCR y la
creación de mapas de restricción. Estas funciones permiten a los científicos planificar y
simular experimentos antes de realizarlos en el laboratorio, ahorrando tiempo y recursos. La
capacidad de compartir secuencias y anotaciones con otros científicos también es una
característica destacada de SnapGene. El software permite la exportación de secuencias y
mapas de restricción en formatos estándar que se pueden compartir y colaborar con otros
investigadores de manera eficiente.
2. OBJETIVO
OBJETIVO GENERAL
- Desarrollar el uso en el software SnapGene.
OBJETIVO ESPECIFICO
- Analizar la secuencia de ADN a base del software SnapGene.
3. MARCO TEÓRICO
3.1 NCBI (National Center for Biotechnology Information)
Es parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos, una rama de los
Institutos Nacionales de Salud (NIH). Está localizado en Bethesda y fue fundado el 4 de
noviembre de 1988 con la misión de ser una importante fuente de información de biología
molecular. Almacena y constantemente actualiza la información referente a secuencias
genómicas en GenBank, un índice de artículos científicos referentes a biomedicina,
biotecnología, bioquímica, genética y genómica en PubMed, una recopilación de
enfermedades genéticas humanas en OMIM, además de otros datos biotecnológicos de
relevancia en diversas bases de datos.
3.2 Gel de agarosa
La agarosa es un polímero lineal de galactosa y 3,6-anhidrogalactosa. El gel se
obtiene disolviendo la agarosa en un buffer de TAE o TBE y se funde usando un microondas,
hasta obtener una solución homogénea y transparente.
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3.3 Gel 16S
El gen ARNr 16S es un polirribonucleotido de aproximadamente 1500 nucleótidos
codificado por el gen rrs, también denominado ADN ribosomal 16S. Como cualquier
secuencia nucleotídica de cadena sencilla, el ARNr 16S se pliega y adquiere una estructura
secundaria que se caracteriza por tener segmentos de doble cadena que permiten la formación
de asas y hélices. Esta molécula ha sido reconocida como un poderoso marcador universal
debido a que se encuentra en todos los organismos conocidos. Su estructura parece
mantenerse por largos periodos de tiempo y, como su función no ha cambiado, los cambios
en la secuencia probablemente son aleatorios.
4. METODOLOGÍA
Ingresamos a la página de NCNI, donde descargaremos los códigos a base del
articulo “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de
comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui -
Amazonas – Perú”, donde también buscamos 16S con nucleótidos mayor a 1400.
Figura 1. Búsqueda de los códigos de 16S.
Figura 2. Articulo científico que contiene los códigos genéticos.
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Guardamos las secuencias en formato FASTA.
Figura 3. Se guarda en formato FASTA.
Abrimos el software SnapGene, nos dirigimos a “file” y seleccionamos en
“open files”, seleccionamos los archivos FASTA.
Figura 4. Abrimos las secuencias.
Figura 5. Se repite el paso con las 32 secuencias.
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5. RESULTADO
Al inserta los 32 archivos, se puede apreciar el comportamiento de los nucleótidos.
Figura 6. Comportamiento de las secuencias
6. CONCLUSIÓN
El programa SnapGene fue fácil de manipular con las respectivas indicaciones. Con
una interfaz intuitiva el software nos permite la visualización de secuencias de ADN, la
anotación de secuencias, la edición de secuencias, la clonación, la visualización de proteínas
y la simulación de métodos de clonación comunes.
7. BIBLIOGRAFÍA
Alberto Checa Rojas. (2017). Método: Gel de electroforesis Agarosa. 2024, Junio
29, [Link]. [Link]
agarosa/
Sambrook J, Russel DW (2001). Molecular Cloning: A Laboratory Manual 3rd
Ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, NY.
8. CUESTIONARIO
a) ¿Qué es electroforesis y cuáles son sus aplicaciones?
La electroforesis es una técnica de laboratorio que se usa para separar moléculas de
ADN, ARN o proteínas en función de su tamaño y carga eléctrica. Se usa una corriente
eléctrica para mover las moléculas a través de un gel o de otra matriz.
Es una técnica muy utilizada en la investigación básica, muy importante para la
comprensión de la función de genes y proteínas, pero ahora ha irrumpido en el área de
diagnóstico clínico y forense.
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b) ¿Qué es el gen 16S y cuáles son sus aplicaciones?
El ARN ribosómico (ARNr) 16S es la macromolécula más ampliamente utilizada en
estudios de filogenia y taxonomía bacterianas. Su aplicación como cronómetro molecular fue
propuesta por Carl Woese (Universidad de Illinois) a principios de la década de 1970. Los
estudios de Woese originaron la división de los procariotas en dos grupos o reinos:
Eubacteria y Archaeobacteria, cuya divergencia es tan profunda como la encontrada entre
ellos y los eucariotas. Además, permitieron establecer las divisiones mayoritarias y
subdivisiones dentro de ambos reinos.
La identificación basada en la secuenciación del gen que codifica el ARNr 16S en los
laboratorios clínicos se centra principalmente en cepas cuya identificación por métodos
fenotípicos resulta imposible, difícil o requiere mucho tiempo, incluyendo los siguientes
casos:
Bacterias no cultivables presentes en muestras clínicas, hecho que en
ocasiones ha conducido al descubrimiento de nuevos agentes patógenos.
Bacterias cuyas características bioquímicas no se adaptan a las de
ningún género o especie reconocido. Esta situación puede presentarse cuando se trata
de patógenos nuevos, patógenos infrecuentes o también cepas de especies comunes
que exhiben un perfil bioquímico ambiguo.
Bacterias para las cuales la caracterización fenotípica sea
sustancialmente deficiente.
Bacterias fastidiosas, a consecuencia de sus requerimientos
nutricionales.
Bacterias de crecimiento lento, que retrasa considerablemente la
identificación convencional.
c) Aplicación en relación con la Ingeniería Ambiental
SnapGene permite una forma fácil y segura de planificar, visualizar y documentar los
procedimientos diarios de biología molecular. Con una interfaz intuitiva, el software permite
la visualización de secuencias de ADN, la anotación de secuencias, la edición de secuencias,
la clonación, la visualización de proteínas y la simulación de métodos de clonación comunes.
El software también permite la documentación y el intercambio de datos. En la ingeniería
ambiental nos serviría, por ejemplo, para la clonación de microorganismos con potencial
biorremediador.
