La Farmacología Molecular estudia a las características bioquímicas y biofísicas de las
interacciones entre los fármacos y los blancos de las células. De algún modo, es la
biología molecular aplicada a las preguntas farmacológicas y toxicológicas. Los métodos
de la farmacología molecular incluyen técnicas físicas, de biología molecular
y químicas para entender cómo las células responden a las hormonas o a los agentes
farmacológicos, y cómo la estructura química de éstos se correlaciona con su actividad
biológica.
En el instituto las diferentes líneas de trabajo enfocadas en los aspectos moleculares de la
función de diferentes fármacos, se encuentran enfocadas principalmente en el hallazgo y
validación de nuevos blancos moleculares cuya intervención posea potencialidad
terapéutica, al descubrimiento de fármacos nuevos con actividad biológica y al estudio de
la combinación de fármacos de uso actual en situaciones o combinaciones novedosas
Acoplamiento molecular automatizado de los medicamentos
Es posible hacer acoplamiento molecular automatizado entre 2 macromoléculas, como 2
proteínas. Considerando la flexibilidad de las moléculas, el número de posibles
conformaciones puede ser muy elevado. De igual manera, si la cavidad del sitio receptor
es grande y/o flexible, es más complicado encontrar la posición y orientación que tendrá la
molécula pequeña dentro del receptor. Es así que el uso de computadoras ayuda a
acelerar el proceso de búsqueda y sugiere modelos de unión.
El acoplamiento molecular automatizado tiene 2 componentes: a) docking o proceso de
búsqueda de la conformación y orientación de las moléculas, y b) scoring, que consiste en
asignar un valor o puntaje que mida la interacción entre las 2 estructuras.
De las 2 etapas, la segunda es la más difícil de calcular con precisión de forma rápida. Es
por esto que en la actualidad el acoplamiento molecular es especialmente útil para
proponer modelos de unión, pero aún no son muy confiables para calcular con precisión la
energía de interacción. Esto se debe a la gran cantidad de aproximaciones que se hacen
para calcular la energía de interacción de forma rápida. Por ejemplo, no se considera en
detalle la flexibilidad y solvatación de la diana molecular. Para solucionar este problema
los modelos obtenidos por acoplamiento molecular se someten a otros cálculos más
refinados que se calculan con niveles de teoría elevados.
Figura 3 Modelo de acoplamiento de la diana epigenética BRD4 (PDB 3P5O); A) Modelo
de acoplamiento de pentoxifilina (átomos de carbono en púrpura) respecto al ligando
cocristalizado (amarillo). B) Validación del método de acoplamiento: la conformación en
azul es la predicción del algoritmo de docking.
citas
FARMACOLOGÍA MOLECULAR. (s. f.). ININFA. [Link]
molecular/
Medina-Franco, J. L., Lopez-Vallejo, F. y Castillo, R. (2006). Diseño de fármacos asistido por
computadora. Educación Química, 17(4), 452-457.
