Estructura de las enzimas
La mayoría de las enzimas se componen de proteínas globulares de tamaño muy variable: desde
monómeros de 62 aminoácidos, hasta enormes cadenas de alrededor de 2500. Sin embargo, apenas
unos pocos de ellos son los involucrados directamente en la catálisis de la reacción, conocidos como
centro [Link] secuencia en que se ensamblen todos estos aminoácidos determina la estructura
tridimensional de la enzima, lo cual dictamina también su funcionamiento específico. A veces esta
estructura también posee sitios para atraer cofactores, es decir, otras sustancias cuya intervención es
necesaria para producir el efecto buscado.
Las enzimas son altamente específicas, es decir, no reaccionan con cualquier cosa ni intervienen en
cualquier reacción. Tienen un cometido bioquímico muy puntual y preciso, que llevan a cabo con un
porcentaje bajísimo de errores.
Clasificación de las enzimas
Las enzimas se clasifican en base a la reacción específica que catalizan, de la siguiente manera:
Oxidorreductasas. Catalizan reacciones de óxido-reducción, o sea, transferencia de electrones o de
átomos de hidrógeno de un sustrato a otro. Ejemplo de ellas son las enzimas deshidrogenasa y c
oxidasa.
Transferasas. Catalizan la transferencia de un grupo químico específico diferente del hidrógeno, de un
sustrato a otro. Un ejemplo de ello es la enzima glucoquinasa.
Hidrolasas. Se ocupan de las reacciones de hidrólisis (ruptura de moléculas orgánicas mediante
moléculas de agua). Por ejemplo, la lactasa.
Liasas. Enzimas que catalizan la ruptura o la soldadura de los sustratos. Por ejemplo, el acetato
descarboxilasa.
Isomerasas. Catalizan la interconversión de isómeros, es decir, convierten una molécula en su variante
geométrica tridimensional.
Ligasas. Estas enzimas hacen la catálisis de reacciones específicas de unión de sustratos, mediante
la hidrólisis simultánea de nucleótidos de trifosfato (tales como el ATP o el GTP). Por ejemplo, la enzima
privato carboxilasa.
¿Cómo actúan las enzimas?
Las enzimas pueden operar de distinto modo, aunque siempre disminuyendo la energía de activación
de una reacción química, es decir, la cantidad de energía necesaria para ponerla en marcha. Estos
modos diferentes son:
Ambientar. Se reduce la energía de activación creando un ambiente propicio para que la reacción se
dé, por ejemplo, modificando las propiedades químicas del sustrato a través de reacciones con su
propia capa de aminoácidos.
Propiciar la transición. Se reduce la energía de transición sin modificar el sustrato, es decir, creando
un ambiente con cargas óptimas para que la reacción se produzca.
Dar una ruta alternativa. En este caso las enzimas reaccionan con el sustrato para generar un complejo
ES (Enzima/Sustrato) que se “salta pasos” en el camino ordinario de la reacción, disminuyendo el
tiempo necesario para que se produzca.
Aumentar la temperatura. Dentro de ciertos parámetros, la acción de la enzima puede acelerarse
mediante un aumento en los niveles de energía calórica, dado mediante reacciones exotérmicas
paralelas.
Enzimas y energía de activación
Una sustancia que acelera una reacción química, y que no es un reactivo, se llama catalizador. Los
catalizadores de las reacciones bioquímicas que suceden en los organismos vivos se conocen como
enzimas. Estas generalmente son proteínas, aunque algunas moléculas de ácido ribonucleico (ARN)
también actúan como enzimas.
Las enzimas realizan la tarea fundamental de disminuir la energía de activación, es decir la cantidad
de energía que se debe agregar a una reacción para que esta comience. Las enzimas funcionan al
unirse a las moléculas de reactivo y sostenerlas de tal manera que los procesos que forman y rompen
enlaces químicos sucedan más fácilmente.
Aclaremos un punto importante, las enzimas no cambian el valor de ∆G de una reacción. Es decir, no
cambian si una reacción libera o absorbe energía en general. Esto es porque las enzimas no afectan
la energía libre de los reactivos o los [Link] cambio, las enzimas disminuyen la energía del
estado de transición, un estado inestable por el que deben pasar los reactivos para convertirse en
productos. El estado de transición está en la parte superior de la "colina" de energía en el diagrama
anterior.
Sitios activos y especificidad del sustrato
Para catalizar una reacción, una enzima se pega (une) a una o más moléculas de reactivo. Estas
moléculas son los sustratos de la [Link] algunas reacciones, un sustrato se rompe en varios
productos. En otras, dos sustratos se unen para crear una molécula más grande o para intercambiar
partes. De hecho, para cualquier reacción biológica que se te pueda ocurrir, probablemente exista una
enzima para [Link] parte de la enzima donde se une el sustrato se llama el sitio activo (ya que
ahí es donde sucede la "acción" catalítica).
Las proteínas se forman de unidades llamadas aminoácidos, y en las enzimas que son proteínas, el
sitio activo obtiene sus propiedades de los aminoácidos que lo conforman. Estos aminoácidos pueden
tener cadenas laterales grandes o pequeñas, ácidas o básicas, hidrofílicas o hidrofóbicas.
El grupo de aminoácidos que se encuentra en el sitio activo, así como la posición que estos tienen en
el espacio tridimensional, le dan al sitio activo un tamaño, forma y comportamiento químico muy
especificos. Gracias a estos aminoácidos, el sitio activo de una enzima es apto de modo exclusivo
para unirse con una molécula objetivo en particular -el sustrato o sustratos de la enzima- y le ayudan
a experimentar una reacción química.
CINETICA ENZIMATICA
La cinética enzimática es el estudio de las velocidades de reacción catalizadas por enzimas y de los
factores que afectan a las velocidades de reacción enzimática. Estos parámetros suelen incluir la
temperatura, el pH y la concentración de sustrato. La relación de estos parámetros con la velocidad
de reacción puede modelarse matemáticamente, lo que permite conocer las condiciones ideales para
una determinada reacción enzimática y los posibles mecanismos de control fisiológico.
REGULACIÓN ENZIMATICA
Moléculas reguladoras. La actividad enzimática pueden "prenderse" o "apagarse" con moléculas
activadoras e inhibitorias que se unen específicamente a la enzima.
Cofactores. Muchas enzimas solo son funcionales cuando se unen a moléculas auxiliares no proteicas
conocidas como cofactores.
Compartimentación. Almacenar enzimas en compartimientos específicos puede evitar que causen
daño o proporcionan las condiciones adecuadas para su actividad.
Inhibición por retroalimentación. Las enzimas metabólicas clave suelen inhibirse por el producto final
de la vía que controlan (inhibición por retroalimentación).
En el resto de este artículo, analizaremos estos factores uno por uno, y veremos cómo cada uno puede
afectar la actividad enzimática.
Moléculas reguladoras
Las enzimas pueden ser reguladas por otras moléculas que aumentan o bien disminuyen su actividad.
Las moléculas que aumentan la actividad de una enzima se conocen como activadores, mientras que
aquellas que disminuyen la actividad de una enzima se llaman [Link] muchas clases de
moléculas que bloquean o promueven la función enzimática y que la afectan por distintas rutas. Se
puede diferenciar entre un inhibidor competitivo y uno no competitivo por la forma como afectan la
actividad de una enzima a diferentes concentraciones del [Link] un inhibidor es competitivo,
disminuirá la velocidad de reacción cuando no hay mucho sustrato, pero si hay mucho sustrato, este
"ganará". Es decir, la enzima de cualquier forma puede alcanzar la velocidad máxima de reacción
siempre que haya suficiente sustrato. En ese caso, casi todos los sitios activos de casi todas las
moléculas de enzima estarán ocupadas por el sustrato en lugar del inhibidor. [Ver una analogía
deportiva]Si un inhibidor es no competitivo, la reacción catalizada por la enzima jamás llegará a su
velocidad de reacción máxima normal, incluso en presencia de mucho sustrato. Esto se debe a que
las moléculas de enzima que están unidas al inhibidor no competitivo están "envenenadas" y no
pueden hacer su función, independientemente de la cantidad disponible de sustrato.
Competitiva v. no competitiva
En muchos casos bien estudiados, la unión de un activador o un inhibidor es reversible, es decir que
la molécula no se une permanentemente a la enzima. Algunos tipos importantes de fármacos actúan
como inhibidores reversibles. Como ejemplo, el fármaco tipranivir, que se usa para tratar el VIH, es un
inhibidor reversible.
Bloquea la actividad de la enzima viral que ayuda al virus a fabricar más copias de sí mismo.
Los inhibidores reversibles se dividen en grupos de acuerdo con su comportamiento de unión. Aquí no
analizaremos todos los tipos, pero examineramos dos grupos importantes: los inhibidores competitivos
y los no competitivos.
Un inhibidor puede unirse a una enzima y bloquear la unión del sustrato, por ejemplo, al pegarse al
sitio activo. Esto se conoce como inhibición competitiva porque el inhibidor "compite" con el sustrato
por la enzima. Es decir, solo el inhibidor o bien el sustrato puede estar unido a la enzima en un
momento dado.
En la inhibición no competitiva, el inhibidor no bloquea la unión del sustrato con el sitio activo, sino que
se pega a otro sitio y evita que la enzima haga su función. Se dice que esta inhibición es "no
competitiva" porque el inhibidor y el sustrato pueden estar unidos a la enzima al mismo tiempo.
Regulación alostérica
En general, la regulación alostérica, es solo cualquier forma de regulación donde la molécula
reguladora (un activador o un inhibidor) se une a una enzima en algún lugar diferente al sitio activo. El
lugar de unión del regulador se conoce como sitio alosté[Link] todos los casos de inhibición no
competitiva (junto con algunos casos únicos de inhibición competitiva) son formas de regulación
alosté[Link] embargo, algunas enzimas reguladas alostéricamente tienen un conjunto de
propiedades únicas que las distinguen. Esta enzimas, que incluyen algunos de nuestros reguladores
metabólicos clave, con frecuencia se conocen como enzimas alostéricas.
Las enzimas alostéricas usualmente tienen varios sitios activos localizados en diferentes subunidades
proteicas. Cuando un inhibidor alostérico se une a una enzima, cambian ligeramente todos los sitios
activos en las subunidades proteícas, de manera que funcionan menos [Link]én hay
activadores alostéricos. Algunos de ellos se unen a una enzima en lugares que no son el sitio activo,
y causan un aumento en la función de este. Además, en un proceso conocido como cooperatividad, el
sustrato mismo puede servir como un activador alostérico: al unirse a un sitio activo, aumenta la
actividad de otro sitio activo.
Esto se considera regulación alostérica porque el sustrato afecta los sitios activos que están lejos de
su sitio de unió[Link] todos los casos de inhibición no competitiva (junto con algunos casos únicos de
inhibición competitiva) son formas de regulación alosté[Link] embargo, algunas enzimas reguladas
alostéricamente tienen un conjunto de propiedades únicas que las distinguen. Esta enzimas, que
incluyen algunos de nuestros reguladores metabólicos clave, con frecuencia se conocen como
enzimas alostéricas.
Las enzimas alostéricas usualmente tienen varios sitios activos localizados en diferentes subunidades
proteicas. Cuando un inhibidor alostérico se une a una enzima, cambian ligeramente todos los sitios
activos en las subunidades proteícas, de manera que funcionan menos [Link]én hay
activadores alostéricos. Algunos de ellos se unen a una enzima en lugares que no son el sitio activo,
y causan un aumento en la función de este. Además, en un proceso conocido como cooperatividad, el
sustrato mismo puede servir como un activador alostérico: al unirse a un sitio activo, aumenta la
actividad de otro sitio activo. Esto se considera regulación alostérica porque el sustrato afecta los sitios
activos que están lejos de su sitio de unión. Compartimentación de las enzimas
A menudo, las enzimas se encuentran en compartimentos (se guardan en una parte específica de la
célula donde ejercen su función), por ejemplo, en un organelo en particular. La compartimentación
significa que las enzimas que son necesarias para procesos específicos se pueden conservar en los
lugares donde actúan, lo que asegura que encuentran listos sus sustratos, no dañan la célula, y tienen
el microambiente necesario para funcionar [Link] ejemplo, las enzimas digestivas del lisosoma
funcionan mejor a un pH alrededor de que se encuentra en el interior ácido del lisosoma, pero no en
el citosol que tiene un pH de unos
Las enzimas del lisosoma tienen baja actividad al pH del citosol, lo que podría servir de "garantía" para
la célula: incluso si el lisosoma se rompe y derrama sus enzimas, estas no comenzarán a digerir la
célula porque ya no tendrán el pH adecuado para funcionar.
Inhibición de vías metabólicas por retroalimentación
En el proceso de inhibición por retroalimentación, el producto final de una vía metabólica actúa sobre
la enzima clave que regula el ingreso a esa vía para evitar sobreproducción del producto final.
Esto puede parecer extraño, ¿por qué una molécula querría apagar su propia vía? En realidad, esta
es una forma astuta en que la célula hace la cantidad justa del producto. Cuando hay poca cantidad
del producto, la enzima no se inhibirá y la vía correrá a todo vapor para regenerar sus provisiones.
Cuando hay demasiado producto acumulado, la enzima se bloqueará para impedir la producción de
producto nuevo hasta que se haya utilizado el existente.
Usualmente, la inhibición por retroalimentación funciona como el primer paso comprometido de la vía,
es decir, el primer paso que de hecho es irreversible. Sin embargo, la inhibición por retroalimentación
a veces también puede afectar varios puntos en una vía, sobre todo si la vía tiene muchos puntos de
ramificación. Frecuentemente, los pasos de la vía regulada por inhibición por retroalimentación son
catalizados por enzimas alostéricas.
Por ejemplo, la molécula portadora de energía, ATP, es un inhibidor alostérico de algunas de las
enzimas implicadas en la respiración celular, un proceso que fabrica ATP para impusar las reacciones
celulares. Cuando hay mucho ATP, esta inhibición por retroalimentación evita la formación de más ATP.
Esto es útil porque el ATP es una molécula inestable. Si se fabricara demasiado ATP, se podría
desperdiciar mucho, al romperse espontáneamente en sus componentes (ADP y P
El ADP, por otro lado, sirve como un regulador alostérico positivo (un activador alostérico) para algunas
de las mismas enzimas que inhibe el ATP. Por ejemplo, el ADP puede actuar al unirse a una enzima y
cambiar su forma para que sea más activa
Gracias a este patrón de regulación, cuando los niveles de ADP son altos en comparación con los de
ATP, las enzimas de la respiración celular son más activas y producirán más ATP mediante la
respiración celular.
