2º BIOQUÍMICA MACRO II PAULA MENDOZA SALIDO
TEMA 8: ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL DNA
✓ Estructura secundaria del DNA propuesta por Watson y Crick: el modelo de la doble
hélice.
✓ Fuerzas que estabilizan la doble hélice del DNA.
✓ Desviaciones de la estructura del DNA con respecto al modelo propuesto por Watson y
Crick.
✓ Polimorfismo de la doble hélice del DNA.
✓ Estructuras secundarias menos habituales del DNA: curvaturas, horquillas, cruces,
DNA tríplex y DNA tetráplex.
INTRODUCC IÓN
E STR UC TURA GE NERAL DE L OS NUCLE ÓTI DOS
Antes de estudiar la estructura secundaria del DNA, vamos a recordar algunas de las
características estructurales de los nucleótidos que ya vieron en el cuatrimestre pasado. Los
nucleótidos están formados por 3 componentes característicos:
1) Una base nitrogenada.
2) Una pentosa (específicamente una ribosa o una
desoxirribosa).
3) Un fosfato.
En la figura se muestra la estructura de un ribonucleótido. En
los desoxirribonucleótidos un H reemplaza al grupo OH del
carbono 2’. La molécula sin el grupo fosfato se denomina
nucleósido.
E STR UC TURA DE LAS BA SES NI TR OG ENA DA S
Las bases nitrogenadas son moléculas cíclicas, y en la
composición de dichos anillos participa, además del
carbono, el nitrógeno. Estos compuestos pueden estar
formados por uno o dos anillos. Aquellas bases formadas por
dos anillos se denominan bases púricas o purínicas porque
derivan de la purina, mientras que, si poseen un solo ciclo,
se denominan bases pirimidínicas porque derivan de la
pirimidina.
Tanto el DNA como el RNA contienen dos bases purínicas principales, la
adenina (A) y la guanina (G), y dos pirimidínicas principales, una de las
cuales siempre es la citosina (C), pero la segunda base pirimidínica no es la
misma base en los dos ácidos nucleicos, ya que es timina (T) en el DNA y
uracilo (U) en el RNA. Sólo raramente se encuentra T (ribotimidina) en el
RNA o U en el DNA.
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Algunos ácidos nucleicos contienen, además de las bases principales, pequeñas cantidades de
otras bases purínicas o pirimidínicas que ya vieron el cuatrimestre pasado. Por ejemplo, la 5‐
metilcitidina presente en el DNA de los animales y las plantas superiores, la N6‐
metiladenosina y la 5‐hidroximetilcitidina presentes en el DNA de bacterias (el segundo en
bacterias que son infectadas con determinados bacteriófagos como dice en el pie de figura), y
la inosina, pseudouridina, 7‐metilguanosina y 4‐tiouridina, presentes en los RNA de
transferencia. Observen que la unión entre la ribosa y la base nitrogenada es diferente en el
caso de la pseudouiridina en comparación con el resto de los nucleósidos que aparecen
representados.
E STR UC TURA DE L OS NUCL E ÓTI DOS
La base nitrogenada de un nucleótido está unida
covalentemente a través de un enlace N‐ β‐glucosídico con el
carbono 1’ de la pentosa. En las bases purínicas a través del
N‐9, y en las pirimidínicas a través del N‐1, a excepción de en
la pseudouridina que se une a través del carbono‐5 (ver
diapositiva anterior). Por otro lado, el fosfato se une a través
de un enlace éster al carbono 5’ de la pentosa.
Nota: Ver la numeración de los átomos en cada anillo, es
decir, la diferencia en el orden de los átomos entre purinas y
pirimidinas.
En los polinucleótidos el enlace fosfodiéster entre las unidades
monoméricas se produce entre el carbono 3’ de un monómero y
el carbono 5’ del siguiente. Normalmente poseen un extremo 5’
fosforilado y en el otro extremo un grupo hidroxilo 3’ libre, lo
cual le da un sentido o polaridad a la cadena.
C ONFORMACI ÓN DE L OS NUC LE ÓTIDOS EN LOS Á CIDOS NUCLEIC OS
• Relación base-pentosa
Al ser el enlace N‐β‐glucosídico entre la base y la pentosa, un enlace simple, debería existir
libre rotación de los anillos alrededor de este enlace. Sin embargo, los impedimentos estéricos
debido al volumen de los ciclos impiden que este ángulo denominado χ sea libre. De acuerdo
con la posición relativa de la base y la pentosa, en relación con el enlace, pueden derivarse 2
conformaciones: la anti y la syn:
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✓ En la anti, los átomos del anillo, o anillos de la base, están
orientados en dirección opuesta al carbono 5 de la pentosa.
✓ En la syn están orientados en la misma dirección.
El rango preferido de χ para cada conformación es el siguiente:
- Anti: ‐120⁰ > χ > 180⁰
- Syn: 0⁰ < χ < 90⁰
El ángulo chi es cero cuando en la conformación syn el plano de los
anillos está alineado con el enlace entre los carbonos 4 y 5 de la pentosa,
y es positivo cuando el giro es a favor de las manecillas del reloj.
La conformación anti está favorecida en todos los nucleótidos de los ácidos nucleicos, excepto
en la guanina que prefiere la conformación syn. En la siguiente tabla, que muestra las
diferencias de energía entre las entalpías de enlaces de las dos conformaciones en los
diferentes nucleótidos, vemos que sólo en la guanina esta favorecida la conformación syn, lo
cual se debe al impedimento estérico que provoca el grupo amino exoxíclico del C2 (el N1 es
el nitrógeno que esta arriba de este carbono) en la conformación anti (ver diapositiva anterior,
donde se muestra una guanosina en conformación syn). Además, este grupo amino del C2 de
la G establece un puente de H con el 5’fosfato que estabiliza la conformación syn.
• Conformación de la pentosa
Los 5 átomos que forman el anillo de la pentosa, 4 carbonos y un O, no se encuentran en el
mismo plano porque los sustituyentes de los carbonos, es decir los hidroxilos, crean
impedimentos estéricos que impiden la coplanaridad; esto obliga a que al menos uno de los
carbonos se encuentre fuera del plano:
- Si este átomo extraplanar está orientado hacia la posición del C5 se originan las
formas endo.
- Si está orientado hacia el lado contrario da lugar a las formas exo.
En el DNA los carbonos que con más frecuencia se encuentran fuera del plano del anillo son el
C3’ y el C2', por lo que se pueden originar 4 conformaciones: C3’‐endo, C3’‐exo, C2’‐endo y
C2’‐ exo. El orden de frecuencia con que aparecen en el DNA es: C2’‐endo > C3’‐endo > C3’‐
exo > C2’‐exo. La conformación de la pentosa determina la orientación y separación de los
grupos fosfatos unidos a C3’ y C5’ de cada pentosa en los polinucleótidos.
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- En la forma C2’‐endo, los grupos fosfatos se orientan a cada lado del plano de la
pentosa y separados por una distancia de 7 ángstroms.
- En la conformación C3’‐endo, ambos grupos se localizan del mismo lado del plano y
están separados por una distancia de 5.9 ángstroms; es decir, a una distancia menor
que la de la conformación C2´‐endo, y por eso aparece con más frecuencia la
conformación C2’‐endo.
LA S P URINA S Y PI RIMI DINA S P UE DE N EXI STIR EN DOS O MÁS FORMAS TA UTOM É RICA S
Por otro lado, las purinas y pirimidinas pueden existir en dos o más formas tautoméricas
según el pH, denominadas lactama, lactima y doble lactima.
Tautomería equivale a isomería por reacciones
intramoleculares. Por ejemplo, el uracilo puede presentar
las 3 formas. La lactama se puede convertir en lactima
(imina interna) por un mecanismo similar al de la conocida
tautomería cetoenólica. En las condiciones fisiológicas de
pH y temperatura, el equilibrio está casi totalmente
desplazado hacia la forma lactama, y a medida que baja el
pH aparecen las otras formas. Nota: a pH básico las bases
nitrogenadas se desprotonan.
P R OP OR CI ONES D E LA S BASES NI TR OG E NADA S: REGLA S DE CHA RGAFF
Ahora vamos a resumir brevemente cómo se llegó a la estructura secundaria del DNA. Como
sabéis a finales de la década de los 40, Chargaff demostró que las proporciones entre algunas
bases nitrogenadas eran diferentes en el DNA de distintos organismos; es decir,
específicamente la relación entre la suma de T+A y la suma de G+C (el contenido de G y C
puede variar desde 25 hasta 75 % en las diferentes especies), aunque seguían algunas reglas
como que la proporción de A siempre era igual a T, y la proporción de G siempre era igual a
C, además de que la suma de las bases purínicas era igual a la suma de las bases pirimidínicas
(es decir, A+G=T+C).
MODEL O DE W ATS ON Y C RICK ( 1953)
A principios de los años 50, Maurice Wilkins y Rosalind Franklin realizaron los primeros
estudios físicos con fibras húmedas de DNA mediante la técnica de difracción de rayos X.
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Hicieron incidir un haz de rayos X sobre fibras de DNA y recogieron la difracción de los rayos
sobre una película fotográfica. La película se impresiona
en aquellos puntos donde inciden los rayos X,
produciendo al revelarse manchas. El ángulo de difracción
presentado por cada una de las manchas en la película
suministra información sobre la posición en la molécula
de DNA de cada átomo o grupo de átomos.
Con esta técnica concluyeron que:
✓ La molécula de DNA es una cadena extendida con una estructura altamente
ordenada.
✓ Las bases de los nucleótidos se encuentran unas sobre otras, apiladas a lo largo del
eje del polinucleótido a una distancia de 3.4 Å.
✓ El diámetro del polinucleótido es de 20 Å y está enrollado helicoidalmente alrededor
de su eje. Cada 34 Å se produce una vuelta completa de la hélice.
✓ Existe más de una cadena polinucleotídica enrollada helicoidalmente.
Combinando estos datos con los obtenidos por Chargaff unos años antes, Watson y Crick
propusieron en 1953 un modelo para la estructura del DNA que es conocido con el nombre de
Modelo de la Doble Hélice. Por la propuesta de este modelo obtuvieron el premio Nobel de
medicina en 1962, compartido con Wilkins, olvidándose la contribución de Rosalind Franklin,
ya que, aunque por ley no podían darle el premio por haber fallecido, ni siquiera apareció en
las publicaciones.
CA RACTERÍ STIC AS DEL M O DEL O DE LA DOBL E H ÉLICE
Las características del modelo de la doble hélice son las siguientes:
✓ El DNA es una doble hélice enrollada helicoidalmente alrededor de un eje
común con un giro hacia la derecha (sentido dextrógiro).
✓ Las hélice se envuelven la una a la otra, de manera que para separarlas habría
que girarlas como si fueran un sacacorchos (enrollamiento plectonémico).
✓ Cada hélice es una serie de nucleótidos unidos por enlaces fosfodiéster en los
que un grupo fosfato forma un puente entre grupos OH de dos azúcares
sucesivos (posiciones 3’ de un azúcar y 5’ del siguiente).
✓ Las dos hélices se mantienen unidas mediante puentes de H establecidos entre
las bases nitrogenadas de cada hélice. La adenina de una hélice aparea con la
timina de la hélice complementaria mediante dos puentes de H. Igualmente, la
guanina aparea con la citosina mediante tres puentes de H.
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Este es el hecho más sobresaliente del modelo de Watson y Crick, es decir, que acomoda sólo
2 tipos de pares de bases, los formados por A y T, y los de C y G, que son los llamados
apareamientos de Watson y Crick (luego veremos otros apareamientos diferentes a éstos).
✓ En estos puentes de H, los átomos de H
enlazantes son cedidos por grupos NH2
exocíclicos o NH del heterociclo, y son
atraídos por grupos oxo lactámicos o por N
no hidrogenados. La direccionalidad de
estos enlaces es importante para el
establecimiento de la correcta
complementariedad de las bases.
Las formas lactímicas darían origen a otros
Por ejemplo, la timina puede recibir un H emparejamientos. Los agentes mutagénicos físicos como
en el oxo de C4 y ceder un H del N3. Esto la radiación UV y las radiaciones ionizantes, activan los
la hace justamente complementaria de la heterociclos de las bases, facilitando su tautomerización.
adenina cuyo grupo amino en C6 puede Basta que la timina se tautomerice para que se comporte
ceder un H y el N1 puede recibir otro. La como una citosina.
timina podría aceptar otro H en el oxo de C2, pero la adenina no puede cedérselo. Se
lo podría ceder la guanina, pero entonces no serían complementarios los otros 2
puentes de H. Sin embargo, las formas lactímicas darían origen a otros
emparejamientos. Por ejemplo, la tautomerización de la timina, resultaría en una base
complementaria de la guanina, comportándose como una citosina.
Precisamente esto es lo que hacen los agentes mutagénicos físicos como la radiación
ultravioleta y las radiaciones ionizantes, que activan los heterociclos de las bases
facilitando su tautomerización. Basta que la timina se tautomerice para que se
comporte como una citosina y se aparee con una guanina en lugar de con una adenina,
apareciendo la mutación en las cadenas hijas que se sinteticen durante la replicación.
Nota: NH= grupo amino secundario del heterociclo.
✓ Las dos hélices por razones de complementariedad de las bases nitrogenadas son
antiparalelas, teniendo secuencias de átomos inversas. Una hélice lleva la secuencia
5’P → 3’OH , mientras que la hélice complementaria sigue la secuencia de átomos
3’OH → 5’P.
✓ El diámetro de la doble hélice es de 20 Å.
✓ Las bases nitrogenadas son estructuras planas perpendiculares al eje de la doble hélice
y están apiladas unas sobre otras a una distancia de 3,4 Å. Cada 10 bases (34 Å) se
produce una vuelta completa de la doble hélice (360 ⁰).
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✓ La superficie de la molécula de DNA está marcada por la existencia de 2 surcos de
diferente tamaño: el surco mayor y el surco menor. Estos surcos se originan por la
asimetría de los pares de bases con respecto a ambas pentosas.
✓ Aunque el surco menor es más estrecho que el mayor, ambos tienen
casi la misma profundidad, porque los pares de bases quedan
aproximadamente a la misma distancia de la superficie de un cilindro
imaginario que contendría la doble hélice; es decir, el eje de la hélice
pasa aproximadamente por el centro del par de bases.
Los surcos tienen una importancia especial en las interacciones del
DNA con las proteínas. El fondo de los surcos, especialmente el del
mayor, contiene átomos de N y O que pueden formar puentes de H
con las cadenas laterales de los aminoácidos de las proteínas y, por
tanto, pueden contener una información intrínseca valiosa.
P R OPI EDA DE S I MP OR TANTE S DEL MA TERI AL GE NÉ TIC O
Además, la estructura en doble hélice propuesta por Watson y Crick sugería varias propiedades
importantes del material hereditario:
✓ Las reglas de complementariedad de las bases sugieren una forma
sencilla de replicación del material hereditario. Esta forma sencilla
de replicación se denomina método semiconservativo. Cuando el
DNA se replica sus dos hélices se separan y cada una de ellas sirve
de molde para sintetizar una nueva hélice siguiendo las reglas de
apareamiento.
✓ La mutación a nivel molecular consistiría en un cambio en la
secuencia de bases nitrogenadas del DNA. Al aparecer una base
inadecuada, el emparejamiento resulta incorrecto y la estructura
de la doble hélice queda alterada.
✓ Al no existir ninguna restricción en la secuencia de bases
nitrogenadas, el DNA posee la suficiente variabilidad como para
ser el material hereditario.
✓ Además, esta estructura sugería la existencia de algún código que
permitiera pasar de la secuencia lineal de bases nitrogenadas en el
ADN a la secuencia lineal de aminoácidos en las proteínas.
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FUERZAS QUE ES TABILIZAN EL DNA
1. Los puentes de H entre las bases enfrentadas de las dos cadenas polinucleotídicas.
Aunque individualmente son débiles, hay un número extremadamente grande a lo
largo de la cadena, teniendo un papel importante en la estabilización de la doble
hélice.
2. Las interacciones de Van der Waals entre las bases adyacentes de la misma cadena
polinucleotídica (apilamiento de bases). Son fuerzas muy potentes y las que mejor
estabilizan la estructura.
3. Las interacciones electrostáticas de los grupos fosfatos con el agua. Estabilizan el DNA
en el entorno que se encuentra.
DESVIAC IONES DE L A EST RUCT URA DEL DNA C ON RES PECT O AL MODEL O
La estructura secundaria del DNA presenta desviaciones respecto al modelo propuesto por
Watson y Crick. Este modelo fue basado en estudios de difracción de rayos X realizados con
fibras que contenían varias moléculas, ya que a principios de los 50 aún no era posible obtener
cristales de DNA. Por tanto, los patrones de difracción, y los valores obtenidos de los
parámetros de la estructura, fueron los promedios de los valores individuales.
No fue hasta la década de los 70 que se pudieron estudiar moléculas en estado cristalino. En
esa fecha Dickerson y Drew aplicaron los rayos X al estudio del polímero de 12 desoxi‐
nucleótidos en estado cristalino y obtuvieron que , aunque el avance de la hélice era de 34
angstroms y cada vuelta contenía 10.1 pb, cada par individualmente se apartaba del
comportamiento promedio. Así, obtuvieron que:
1. El ángulo de rotación entre los pares de bases es variable y puede tomar valores que
van desde 26⁰ hasta 43⁰.
2. Existe balanceo (roll) de los pares de bases, es decir, rotación del par de bases como
un todo alrededor del eje mayor del par. Cuando 2 pares de bases rotan, se forma un
ángulo que si se abre hacia el surco mayor es negativo, y si lo hace hacia el menor es
positivo. Puede tomar valores desde ‐14⁰ a 17⁰ con un valor promedio de ‐1⁰.
3. Existe alabeo (propeller twist), o sea, rotación de una base con respecto a su pareja. El
alabeo es siempre positivo (9‐23⁰) con un valor promedio de 12⁰. Esta rotación mejora
el apilamiento de las bases en una cadena, pero aproxima demasiado las purinas de las
cadenas opuestas, con lo cual altera otros parámetros estructurales.
4. La inclinación del par de bases con respecto al eje de la hélice se aparta de la
perpendicular de ‐5 a 3⁰.
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P OL IMORFIS MO DE L A DOBLE HÉLICE DEL DNA
El modelo de la Doble Hélice propuesto por Watson y Crick se corresponde con la forma B del
DNA que se encuentra en fibras con un 92% de humedad relativa y en disoluciones de baja
fuerza iónica. Estudios recientes de otros oligómeros han mostrado que la estructura del DNA
es sorprendentemente irregular y depende de la secuencia.
Este fenómeno es particularmente importante para la unión a secuencias específicas del DNA
de determinadas proteínas relacionadas con el procesamiento de la información genética.
Aunque la forma B es la predominante, existen otras estructuras posibles que puede presentar
el DNA. Algunas de estas alternativas son las formas A y Z del DNA. Estas formas difieren en
varias características como podemos ver en la figura y en la tabla. Las estructuras mostradas
en el panel de la izquierda tienen todas 36 pb. Observen como la doble hélice B es una
estructura intermedia entre la A más ancha y la Z más alargada. Veamos en detalle cada uno
de los parámetros de las dobles hélices A y Z que aparecen resumidos en la tabla.
Nota: Aunque el libro de Garrett y Grisham considera 10 pb por vuelta en el DNA‐B, según lo
publicado por Dickerson y colaboradores en 1983, la mayoría de los libros como el Lehninger y
el Voet consideran 10.5 pb/ por vuelta para el DNA‐B.
DNA -A
✓ Se produce de forma reversible a partir de fibras de DNA‐B,
cuando disminuye la humedad relativa a un 75%, o en solución,
cuando disminuye la actividad del agua por la adición de
diferentes alcoholes.
✓ Arrollada también hacia la derecha, es más ancha (26 Å) y más
aplastada que el DNA‐B. Posee aproximadamente 11 bp por
vuelta y un paso de rosca de 25 Å.
✓ Los pares de bases se encuentran inclinados 19‐20° con respecto
al eje de la hélice, lo que provoca que el surco mayor sea
profundo y el surco menor sea muy poco profundo.
✓ Las pentosas presentan conformación C3’‐endo en lugar de la
C2’‐endo que presentan en el DNA‐B. ✓ No se ha demostrado
que exista el DNA‐A in vivo, sin embargo, observaciones experimentales sugieren que
ciertos segmentos de DNA asumen normalmente la conformación A.
✓ In vitro, se ha observado que las pequeñas proteínas solubles en ácido (SASPs) de las
esporas de las bacterias Gram‐positivas, inducen al DNA‐B a adoptar la conformación
A.
✓ Presenta una estructura parecida a la de los híbridos DNA‐RNA y a las regiones de
autoapareamiento RNA‐RNA.
Nota: Aunque en la figura ambas doble hélices parecen huecas, en el DNA‐B no existe espacio
en el centro porque el eje de la hélice pasa por el centro del par de bases. Sin embargo, en el
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DNA‐A la doble hélice si es hueca porque como vemos el eje de la doble hélice no coincide con
el centro del par de bases.
DNA -Z
Unos 25 años después del descubrimiento de la estructura del DNA por Watson y Crick, el
análisis de la estructura cristalina de d(CGCGCG) reveló una doble hélice levógira. Esta
estructura fue denominada DNA‐Z por el recorrido zigzagueante que presenta el esqueleto
azúcar‐fosfato.
✓ Posee 12 pb por vuelta, 18 Å de diámetro, y un paso de rosca de 45 Å; y a
diferencia del DNA‐A, un surco menor muy profundo y un surco mayor casi
imperceptible.
✓ La unidad repetitiva es un dinucleótido Pur‐Pir y no un nucleótido como en
las otras hélices. La alternancia de Pur y Pir está dada por la conformación
que adoptan estas bases con respecto al azúcar en la estructura (purinas en
posición syn C3’‐endo y pirimidinas en posición trans C2’‐endo), lo que
provoca la forma en zig‐zag del esqueleto azúcar‐ fosfato.
✓ Una alta concentración de sales estabiliza el DNA‐Z con respecto al DNA‐B,
ya que minimiza las repulsiones electrostáticas de los grupos fosfatos de las
cadenas opuestas, que están mucho más cercanos en la conformación Z que
en la B (8 Å en DNA‐Z frente a 12 Å en DNA‐B). La metilación de la citosina
en C(5), modificación biológica común, también promueve la formación de
DNA‐Z debido a que un grupo hidrofóbico en esta posición esta menos
expuesto al solvente que en el DNA‐ B. También las poliaminas que pueden
encontrarse in vivo, como la espermina y espermidina, pueden estabilizar la
conformación Z por la misma razón que las sales, es decir, porque minimizan
las repulsiones electrostáticas de los grupos fosfatos de las cadenas opuestas.
✓ Se ha planteado que en circunstancias apropiadas, la conversión reversible de
secuencias específicas de DNA‐B en Z pudiera actuar como interruptor regulando la
expresión genética. Específicamente, se ha propuesto que in vivo la formación del
DNA‐ Z podría servir como señal para el inicio de la transcripción.
Además ,se han encontrado varias proteínas que unen a esta forma del DNA, y ya se
han obtenido las estructuras de algunos co‐cristales de éstas. Asimismo, se han
encontrado anticuerpos frente al DNA‐Z en el lupus eritematoso y en otras
enfermedades autoinmunes. Por otro lado, se ha visto que el RNA de doble cadena
puede adoptar también una conformación Z (además de la conformación A).
EST RUCT URAS SECUNDARIAS MENOS HA BIT UAL ES DEL DNA
Se han demostrado otras variaciones estructurales dependientes de la secuencia que pueden
afectar las funciones y el metabolismo de los fragmentos de DNA. Por ejemplo:
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2º BIOQUÍMICA MACRO II PAULA MENDOZA SALIDO
C UR VATUR AS, H OR Q UILLAS Y C R UCE S
✓ Cuatro o más A consecutivas en una de las hebras produce curvatura de la hélice.
Seis A seguidas producen una curvatura de aproximadamente 18 ⁰.
✓ Un tipo de secuencia bastante común es el palíndromo. Un palíndromo es una palabra
o frase que se deletrea de manera idéntica leyéndola del derecho o del revés; por
ejemplo, “Dábale arroz a la zorra el abad”. Este término se aplica a regiones del DNA
con repeticiones invertidas de secuencia de bases con simetría binaria en las dos
hebras del DNA. Estas secuencias son autocomplementarias y tienen, por tanto, el
potencial de formar estructuras en horquillas o estructuras cruciformes, según estén
implicadas una o las dos hebras, respectivamente.
DNA TR ÍPLE X (DNA- H)
La triple hélice se forma cuando la doble cadena es reconocida por una tercera, a través del
surco mayor. El reconocimiento es específico mediante puentes de H de “Hoogsteen”, y una
de las hebras tiene que ser rica en purinas. La tercera cadena puede ser rica en purinas o
pirimidinas, y puede ser paralela o antiparalela a la cadena inicial del mismo tipo. En general si
la tercera cadena:
✓ Si es rica en piridiminas, los puentes de hidrógeno adicionales son Hoogsteen y la
disposición es paralela como aparece en el panel de arriba.
✓ Si es rica en purinas, los puentes de hidrógeno son Hoogsteen inversos y la disposición
es antiparalela.
Aunque hay excepciones como la triple hélice d(G‐G∙C) (como vemos puede formar tanto
puentes de Hoogsteen, como aparece en el panel de arriba, como inversos, como aparece
abajo) y la triple hélice d(T‐A∙T) que pueden formar de los dos tipos.
En general, en condiciones de laboratorio las triple hélices paralelas son más estables que las
antiparalelas y de hecho son las mejor estudiadas experimentalmente; especialmente la d(T‐
A∙T). No obstante, in vivo se cree que la situación es al revés ya que las triple hélices paralelas
d(C‐ G∙C) precisan de la protonación de las citosinas, lo cual en condiciones fisiológicas no
ocurre debido a que su pKa es 4.5.
Se ha demostrado por dinámica molecular y experimentos de RMN que la triple hélice de DNA
mantiene una conformación general del tipo B, con las pentosas en conformación C2’‐endo y
todos los nucleótidos en conformación anti, salvo la guanina que ya sabéis que
preferiblemente está en conformación syn.
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La triple hélice se puede formar también con 3 cadenas de RNA, y en condiciones mixtas de
cadenas de RNA y DNA, aunque en estos casos no se conoce la estructura. Al introducirse la
tercera cadena en el surco mayor, se produce la partición del mismo en dos fragmentos que se
denominan parte mayor del surco mayor (MM‐groove) y parte menor del surco mayor (mM‐
groove). Así, contando el surco menor (m‐groove), en las triple hélices aparecen 3 surcos.
Noten que el patrón de donadores‐aceptores de puentes de hidrógeno cambia totalmente al
producirse la unión de la tercera cadena, por lo que la capacidad del tríplex de ser reconocido
por proteínas específicas por el surco mayor también cambia totalmente ya que éste queda en
parte colapsado. El hecho de que la tercera cadena se una al mismo sitio de unión de la
mayoría de las proteínas que controlan la expresión del DNA, hace que se trabaje en el uso de
oligonucleótidos capaces de formar triples hélices como posibles fármacos capaces de inhibir
la transcripción de genes nocivos (ej. Oncogenes, genes defectuosos, genes bacterianos,...).
Esta terapia se conoce como “antigen”, y parece que tiene un gran potencial debido a que el
DNA humano tiene muchas regiones capaces de formar triple hélices, sobre todo en regiones
reguladoras.
DNA TETRÁ PLE X (DNA- G)
Estructura asociada a la formación de telómeros, que sólo se forma con facilidad en
secuencias de DNA con muy alta proporción de residuos de G (de ahí el nombre de DNA‐G).
Dada la naturaleza de la replicación, es necesario que exista una porción al final del DNA
cromosómico “extra” en una de las cadenas, el extremo 3’, que actúa como cebador para la
síntesis de DNA complementario a esa cadena. Las regiones “extras” de los extremos 3’ de los
telómeros son ricas en G (5´P TTGGGTTGGGGTTGGGG...TTGGGG 3'OH). Su presencia es tan
importante que existen enzimas, las telomerasas, que se encargan de mantener su estructura
y de elongarla cuando sea necesario, aunque en cada ciclo de replicación se van acortando con
el envejecimiento.
El fragmento rico en G que no tiene complementario se repliega sobre sí mismo formando
una horquilla antiparalela d(G∙G) y vuelve a replegarse de nuevo formando una tétrada con
reconocimientos específicos entre las 4 G mediante puentes de H de Hoogsteen.
La estructura del tetráplex es una hélice dextrógira enormemente estable y muy rígida en
concentraciones fisiológicas de Na + y K+. Sin embargo, si se eliminan estos cationes del medio
se desestabiliza y despliega porque uno de estos cationes se encuentra coordinado en el
centro de la estructura. El papel de los segmentos poly‐G como estabilizadores de los extremos
de los cromosomas hace que la telomerasa sea un enzima clave en células en crecimiento y
que esté muy sobreexpresada , por ejemplo , en células tumorales. Esto justifica el enorme
interés de inhibidores de telomerasa en terapia antineoplásica. Estos inhibidores suelen ser
tetraciclos similares a la porfirina que confunden al enzima simulando el estado de tetráplex.
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