Universidad Nacional Autónoma de México
Facultad de Estudios Superiores Cuautitlán
Bioquímica Diagnóstica
Bioinformática 1051
Tutorial GenAtlas
Integrantes:
Lobato Ayala Brenda
Nonato Cruz Lucero Jazmin
Primero Quintero Caren Ediht
Profesoras:
BQD Larisa Andrea González Salcedo
Tania Jazmín Ruiz Sánchez
GenAtlas
GenAtlas es una base de datos que proporciona información
sobre la función y expresión de los genes, así como mutaciones
y enfermedades relacionadas.
Link de acceso:
http://genatlas.medecine.univ-paris5.fr/
Página principal
Página principal
El recuadro azul muestra que GENATLAS pertenece a la
Universidad de París Descartes; el día 15 de diciembre de 2020
contiene 22955 genes, 6509 fenotipos y 154362 citas
HOME: proporciona información de la base de datos
GENE search: búsqueda avanzada a partir de un gen
PHENOTYPE search simplified: búsqueda de acuerdo a un
fenotipo de interés
SELECTED GENATLAS REFERENCES: búsqueda específica de
citas de publicaciones
Previous Version: previsualización de la versión anterior de
GenAtlas
El recuadro morado nos permite realizar una Búsqueda sencilla
HOME
Al seleccionar HOME se
despliegan las opciones:
→About Genatlas
→Getting Started
→Staff
→Links
→Submissions & updates:
About Genatlas
→About Genatlas: nos permite conocer la misión de GenAtlas
así como la información que proporciona la base de datos.
También
menciona
cómo se
lleva a cabo
la
recopilación
de los datos
y la forma
en que se
debe citar la
base.
Getting Started
→Getting
Started: aquí
se explican
los
diferentes
tipos de
búsqueda y
que opción
elegir según
la
información
a consultar.
Staff
→Staff: contiene
códigos que
pertenecen a los
investigadores que
forman parte en el
mantenimiento de la
base de datos
GenAtlas, los cuales
aparecen en la
información buscada
si realizó alguna
contribución.
Links
→Links: en esta sección se puede
observar una serie de links de
otras bases de datos que ayudan a
complementar la información
obtenida de GenAtlas algunos son:
❖ NCBI Gene
❖ UniProt
❖ OMIM
❖ Ensembl
Submissions & updates:
Submissions &
updates:
actualizaciones
de la base de
datos.
Las presentaciones y actualizaciones son bienvenidas en
el siguiente correo.
[email protected] Gene search (simplified)
Se puede realizar una búsqueda simple a
partir de un gen de interés o con el nombre
de una enfermedad se muestran los genes
involucrados.
Gene search (try advanced)
Cada apartado debe ser llenado en inglés para realizar la
búsqueda de interes.
Gene search (try advanced)
→Gene symbol: a partir del símbolo del gen.
→Gene name: a partir del nombre del gen.
→Basic function: a partir de la función del gen (puede haber
diferentes genes con la misma función).
→Localisation: según la ubicación cromosómica y se puede
delimitar la región de las bandas.
→Expression: según un sistema y se elige el grado de expresión.
→Regulation: se selecciona la regulación.
→Interact with: a partir de la interacción con DNA, RNA, células, etc.
→Protein: búsqueda de una proteína, se elige la categoría, proceso
fisiológico, rutas en las que participa o por los componentes.
→Subcellular localisation: a partir de la localización subcelular
(intracelular o extracelular).
Localisation:
También se puede hacer la
búsqueda delimitando las
“Banda final”
regiones de las bandas
“comenzar banda”
En esta sección se puede hacer la búsqueda por
el cromosoma ;en este caso se eligió el
cromosoma “X”
Expression;
Regulation;
Se puede
Interact with complementar la
búsqueda por el
Se puede realizar la búsqueda grado de expresión
por sistema : cardiovascular, en el sistema ;
digestivo, endocrino, etc específico, humilde,
moderado
,predominante
Realizar la búsqueda por
regulación ; Buscar por el tipo de
activado/inactivado, interacción ya sea con DNA,
inducido/inhibido, etc RNA, molécula pequeña,
proteína, células
Protein: Subcellular localisation:
Se puede realizar la
búsqueda de la
localización
subcelular proteica :
por categoría
,proceso fisiológico
,por componentes y
por su localización
extracelular e
intracelular.
Phenotype search (simplified)
Se realiza una búsqueda simple a partir de un fenotipo de
interés escrito en inglés para que al realizar la búsqueda se
obtenga un resultado.
Phenotype search (try advanced)
Cada apartado se llena en inglés para realizar la búsqueda de
interes.
Phenotype search (try advanced)
→Phenotype symbol: a partir del símbolo del fenotipo
→Phenotype name: a partir del nombre del fenotipo
→Function/system disorder: por la función o el trastorno del
sistema, se elige el sistema u órgano, el tipo de desorden que
provoca y la determinación genética (multigénica, somática, etc.)
→Localisation: según la ubicación cromosómica, se puede
delimitar la región de las bandas.
→Main clinical features: búsqueda a partir de alguna
característica clínica relacionada con el fenotipo.
References
Se puede realizar una búsqueda especificando la localización
cromosómica y mapeo del gen o enfermedad de interés e incluir
las publicaciones citadas (PudMed).
Previous Version
Al seleccionar este
apartado se abre
la visualización de
la versión anterior
de GenAtlas la
cual se puede
utilizar si es más
cómodo para
otras personas.
Ejemplo
de Búsqueda
¿Cómo realizar una búsqueda?
FLASH GENE: nos
proporciona la ubicación del
gen en el cromosoma, los
nombres y símbolos con los
que se puede encontrar
también.
Nos muestra el tipo de DNA que es, su
mapeo y el mapa; el primero es una página
similar y muestra a qué enfermedad
corresponde el gen, funciones y toda su
información detallada. El segundo muestra
una ficha resumida del fenotipo.
Muestra el tipo de RNA al que
pertenece, en este caso se trata de
una transferencia no traducida.
Nos muestra el tipo de expresión, los
organos, celulas y linaje celular en el
que se expresa.
Nos muestra las propiedades de la propiedades
fisicoquímicas, estructura, homología, su localización
submolecular, la ruta metabólica en la que está involucrada
la proteína, etc.
Muestra los trastornos o enfermedades
en las que esta relacionada la proteína.
Muestra los modelos celulares y
animales en lo que se utiliza la proteína.
En la búsqueda por
fenotipo nos muestra
las patologías en las
que está involucrada
esta proteína. Por
ejemplo BRCA1 se
relaciona con la
anemia de fanconi,
Cáncer de mama y
ovario y el síndrome
de Li-Fraumeni. Dando
“clic” en cualquiera,
nos arroja una ficha
con una breve
descripción de la
patología.
En la búsqueda por
referencias de
genatlas
seleccionadas nos
muestra 2 los
resultados obtenidos
para BRCA1P1.
Al dar clik nos manda
a las publicaciones
citadas en PudMed.
