1. Ingresar a la base de datos UniProt (Universal Protein) https://www.uniprot.
org/ y
realizar la búsqueda de información relacionada al gen/proteína de interés
identificado en la Fase 2, para esto usar el nombre del gen/proteína en la sección de
búsqueda de la base de datos, tal como se muestra en la siguiente figura.
Los genes seleccionados para continuar en la presente fase son los genes: mosA, mosB.
MosA; es una enzima de Sinorhizobium meliloti L5-30, una bacteria beneficiosa del suelo
que forma una relación simbiótica con las plantas leguminosas. ( Departamento de
Química, Universidad de Saskatchewan.)
Figura 1. Resultados Uniprot gen MOSA
MosB; Subunidad beta de la proteína de almacenamiento de molibdeno (Max-Planck-
Institut für Biophysik,)
GEN MOS B
Figura 2. Resultados Uniprot gen MOSB
2. Ir a la sección “secuencias” e ingresar en “FASTA” para obtener la secuencia del
gen/proteína de interés.
MosA; >sp|P84308|MOSA_AZOVD Molybdenum storage protein subunit alpha OS=Azotobacter
vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) OX=322710 GN=mosA PE=1 SV=2
MTDTTNSIKHVISPLARQTLQDRDLTRPVAGKRPIRLLPWLQVVKIGGRVMDRGADAILP
LVEELRKLLPEHRLLILTGAGVRARHVFSVGLDLGLPVGSLAPLAASEAGQNGHILAAML
ASEGVSYVEHPTVADQLAIHLSATRAVVGSAFPPYHHHEFPGSRIPPHRADTGAFLLADA
FGAAGLTIVENVDGIYTADPNGPDRGQARFLPETSATDLAKSEGPLPVDRALLDVMATAR
HIERVQVVNGLVPGRLTAALRGEHVGTLIRTGVRPA
MosB; >sp|P84253|MOSB_AZOVD Molybdenum storage protein subunit beta OS=Azotobacter
vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) OX=322710 GN=mosB PE=1 SV=2
MANSTAELEELLMQRSLTDPQLQAAAAAAADFRILPDATVIKIGGQSVIDRGRAAVYPLV
DEIVAARKNHKLLIGTGAGTRARHLYSIAAGLGLPAGVLAQLGSSVADQNAAMLGQLLAK
HGIPVVGGAGLSAVPLSLAEVNAVVFSGMPPYKLWMRPAAEGVIPPYRTDAGCFLLAEQF
GCKQMIFVKDEDGLYTANPKTSKDATFIPRISVDEMKAKGLHDSILEFPVLDLLQSAQHV
REVQVVNGLVPGNLTRALAGEHVGTIITAS
3. Usar un archivo de texto plano para almacenar y guardar la secuencia en formato fasta.
Este archivo deberá ser entregado en conjunto con el informe.
Figura 3,4. Archivo de texto plano den Gen MosA, MosB.
4. Identificar sí su secuencia corresponde a una secuencia de ácidos nucleicos o de
aminoácidos. Incluya esta información en su informe.
Como podemos observar en los caracteres arrojados en el formato FASTA, de la
secuencias de la proteína MOSTO, arrojo una serie de aminoácidos; Una secuencia de
aminoácidos es la cadena de aminoácidos de un péptido o una proteína. Por lo tanto, los
aminoácidos son los componentes básicos de las proteínas. Un nucleótido es la pieza básica
de los ácidos nucleicos. El ARN y el ADN son polímeros formados por largas cadenas de
nucleótidos. Un nucleótido está formado por una molécula de azúcar (ribosa en el ARN o
desoxirribosa en el ADN) unido a un grupo fosfato y una base nitrogenada. Las bases
utilizadas en el ADN son la adenina (A), citosina (C), guanina (G) y timina (T). En el ARN,
la base uracilo (U) ocupa el lugar de la timina. (Lawrence B. )
Figura 5 : Evolución molecular: el reloj de la vida.
La evolución molecular estudia cómo cambian las moléculas a lo largo del tiempo
evolutivo. Esta evolución es observable como cambios de nucleótidos en el ADN y como
cambios de aminoácidos en las proteínas codificadas. (Montserrat Aguadé, 2000)
Figura 6. Valores de pKa para los distintos grupos ionizables de los 20 alfa-aminoácidos
que forman las proteínas y punto isoeléctrico. ( Samanthi U. 2019 ).
5. Ingresar al proveedor de servicios del Centro Nacional para la información
Biotecnológica (National Center for Biotechnology Information) NCBI, utilizar la
herramienta BLAST para identificar su secuencia problema.
Figura 7. Pagina del National Center for Biotechnology Information
6. Investigar qué es Blast, qué tipo de variantes se encuentran disponibles en el NCBI, y
cómo funciona cada una. Incluya esta información en el informe.
A medida que crecían las bases de datos de secuencias de genes y proteínas a fines del siglo
XX, los científicos recurrieron a las computadoras para ayudar a analizar esta abundante y
creciente cantidad de datos. Hoy en día, una de las herramientas más comunes usadas para
examinar secuencias de ADN y proteínas es la herramienta de búsqueda de alineación local
básica, también conocida como BLAST (Altschul et al ., 1990). BLAST es un algoritmo
informático que está disponible para su uso en línea en el sitio web del Centro Nacional de
Información Biotecnológica (NCBI) , así como en muchos otros sitios. BLAST puede
alinear y comparar rápidamente una secuencia de ADN de consulta con una base de datos
de secuencias, lo que la convierte en una herramienta crítica en la investigación genómica
en curso. Lobo, I. (2008)
Desde 1990, se han desarrollado muchas variantes de BLAST, cada una con funciones
especializadas. Al principio, el BLAST original se dividió en dos adaptaciones: NCBI
BLAST y Washington University BLAST (WU BLAST). Ambos BLAST tienen
variaciones de programa. Por ejemplo, BLASTN puede usarse para comparar una secuencia
de nucleótidos con una base de datos de nucleótidos; BLASTP se puede utilizar para
comparar una secuencia de proteínas con una base de datos de secuencias de proteínas; y
BLASTX puede tomar una secuencia de nucleótidos, traducirla y compararla con una base
de datos de proteínas en un solo paso (Gish & States, 1993). TBLASTN compara una
secuencia de consulta de proteínas con los seis marcos de lectura posibles de una base de
datos y, a menudo, se usa para identificar proteínas en genomas nuevos no descritos.
Para utilizar BLAST en el servidor del NCBI:
a) Ir a la dirección http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
b) De acuerdo, a la naturaleza de su secuencia, seleccionar la variante del programa que se
va a utilizar (BLASTN, BLASTP…)
c) Introducir la secuencia problema.
d) Seleccionar la base de datos
e) Ajustar diversos parámetros de la búsqueda
f) ¡BLAST!
Figura 8,9. Plataforma BLAST(P) analisis de alineamiento de secuencias Mosto.
7. Una vez arrojados los resultados de la búsqueda, abrir la nueva página de resultados de
búsqueda de BLAST.
8. Descargue el documento suministrado por NCBI: ¿how to read this report?, Como apoyo
para la interpretación del análisis de resultados obtenidos.
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/factsheets/HowTo_BLAST_NewResultPage.pdf
