SÍNTESIS PROTEICA
Una proteína es una macromolécula con una estructura tridimensional muy
compleja que desempeña numerosas funciones en los seres vivos. Forman parte de
la estructura básica de los tejidos como músculos, tendones, piel, uñas, etc. Tiene
funciones metabólicas actuando como enzimas o en la defensa del organismo
actuando como anticuerpos, en la coagulación de la sangre, también tiene función
reguladora como asimilación de nutrientes, transporte de oxígeno, transporte de
lípidos en la sangre, trabaja en la eliminación de materiales tóxicos. También
podemos decir que una proteína es un polímero de aminoácidos unidos por
enlaces peptídicos. La estructura tridimensional que adopta la proteína en el
espacio es elemental para poder desarrollar cualquiera de las funciones
mencionadas.
Existen cuatros niveles de complejidad creciente y cada uno de los niveles se
construye a partir del anterior, así tenemos una estructura primaria, secundaria,
terciaria y cuaternaria.
o La estructura primaria está constituida por la secuencia de aminoácidos de
la cadena peptídica. Las diferentes proteínas se van a diferenciar por el
número, tipo y orden en que se encuentran los aminoácidos, lo cual es
consecuencia del mensaje genético. El enlace peptídico se forma entre el
grupo carboxilo de un aminoácido y el grupo amino del aminoácido
siguiente, hay que tener en cuenta que los átomos que forman el enlace se
disponen en el mismo plano (carbono, oxígeno, nitrógeno e hidrógeno) lo
que le da cierta rigidez, los demás átomos que conforman la proteína
tienen cierta movilidad. La secuencia de aminoácidos primaria determina
los demás niveles estructurales de la proteína ya que de acuerdo a los
aminoácidos presentes se va a establecer el plegamiento tridimensional
específico que conforma la estructura de la proteína
o la estructura secundaria Es la disposición espacial que adopta la secuencia
de aminoácidos debido a la capacidad de giro de los distintos enlaces, así
habrá dos tipos de estructura secundaria: Alfa hélice y lámina plegada o
estructura Beta. La Alfa hélice es un enrollamiento de la cadena
polipeptídica sobre sí misma en forma de espiral, mientras que la lámina
plegada los planos donde se encuentran los enlaces peptídicos se disponen
en zig zag como una hoja plegada
o La estructura terciaria es la disposición en el espacio de las estructuras
secundarias al replegarse dónde van adquiriendo la conformación espacial.
En general presentan hélices Alfa y estructura beta donde se pliega la
cadena polipeptídica. La estructura terciaria se mantiene gracias a distintos
enlaces que se establecen entre las cadenas laterales de los aminoácidos
como ser puente disulfuro, puente hidrógenos, fuerzas de van der Waals,
etc.
o estructura cuaternaria se da cuando la proteína tiene más de una cadena
peptídica. Los enlaces que estabilizan esta estructura son los mismos de la
estructura terciaria. Si están formados por dos subunidades se llaman
dímeros como ser la queratina, si están formados por 3 subunidades es el
colágeno, si son cuatro subunidades será un tetrámero como la
hemoglobina, y si está formada por muchas subunidades como la actina se
llaman polímeros
La síntesis proteica es la secuencia del proceso de la transcripción y la traducción.
El mensaje se encuentra en el ADN. Un gen es una secuencia de nucleótidos en el
cual tiene toda la información necesaria para que se produzca la síntesis de una
proteína, El ADN no puede abandonar el núcleo por lo tanto tiene que transcribir el
mensaje a una molécula como el ARN mensajero que sí puede abandonar el
núcleo. El ARN mensajero tiene el mensaje que lo llevará al citoplasma dónde se
encuentra toda la maquinaria necesaria para que se pueda concretar la síntesis de
la proteína, es decir que se pasa de secuencia de nucleótidos en el ADN que
transfiere ese mensaje a una secuencia de nucleótidos en el ARN mensajero
mediante la transcripción y cuándo se traduce el mensaje significa que se pasa de
secuencia de bases nitrogenadas a secuencias de aminoácidos que son los que
constituyen una proteína. Cabe destacar que en el proceso de transcripción en el
ADN también se encuentra la información necesaria para los 3 tipos de ARN que se
necesita para la síntesis proteica
La porción de ADN que tiene toda la información necesaria para la síntesis de
proteínas se ha transcripto a una molécula de ARN mensajero. El ARN mensajero
dispone de las letras que son las bases nitrogenadas de los nucleótidos (adenina
guanina, uracilo y citosina) que se pueden organizar en un código de palabras de 3
letras llamado codón, el conjunto de codones es el código genético. Un codón es
un conjunto de 3 bases nitrogenadas consecutivas (triplete) que se encuentra en el
ARN mensajero (como son 4 bases y se disponen de a 3 van a dar un total de 64
codones). Para poder integrar una proteína por lo menos se necesitan 20
aminoácidos diferentes, entonces significa que alguno de los aminoácidos estará
codificado por más de un codón, se ha visto que 61 codones codifican para
aminoácidos donde uno de estos codones es el codón de iniciación que es 5-AUG-3
El cual codifica para metionina, es decir que todas las proteínas comienzan su
síntesis desde metionina. Hay 3 codones de terminación, es decir que no
corresponden a ningún aminoácido y son UAA, UAG y UGA. Es importante destacar
que cada codón solo puede codificar un aminoácido sin embargo un aminoácido
puede estar codificado por varios codones
Transcripción: durante la transcripción se genera un ARN mensajero que es una
copia de un gen que se encuentra en el ADN. Para visualizar el proceso de la
transcripción se van a necesitar factores de transcripción que son proteínas que
ayudarán a la acción de la ARN polimerasa, nucleósidos trifosfatos que
suministrarán las bases que Irán polimerizándose para formar el ARN mensajero y
además a liberar los fatos generarán la energía necesaria para que se produzca el
proceso. La enzima clave de este proceso es la ARN polimerasa que hay distintos
tipos según el ARN que se esté formando. La polimerasa encargada de la formación
del ARN mensajero es la ARN polimerasa tipo dos. Es necesario que la hebra de
ADN se separe para poder leerse una de sus hebras. La ARN polimerasa cumple
múltiples funciones: va a desenrollar parcialmente la molécula de ADN para poder
ir leyendo una de las hebras, reconoce y se une a sitios específicos de la molécula
de ADN que es donde comienza la síntesis del ARN mensajero, en este proceso la
auxilian los factores de transcripción que se unen tanto a la enzima como al ADN
en el lugar donde comienza la síntesis, forman un complejo, luego se libera la ARN
polimerasa y comienza la lectura, esta síntesis del ARN mensajero no se detiene
sino que una vez que ha comenzado hasta encontrar la secuencia final específica
del ADN que indica que concluye la síntesis de la proteína no se detiene. La ARN
polimerasa cataliza simultáneamente la elongación de la cadena de ARN y al mismo
tiempo enrolla y desenrolla la doble cadena de ADN. En la transcripción se sintetiza
un ARN cuya secuencia de nucleótidos es complementaria a la hebra que sirve de
guía, la otra hebra tiene la misma secuencia que el ARN con la diferencia de la
timina que no se encuentra en el ARN. Cuando la ARN polimerasa encuentra una
secuencia específica del ADN indicando el final de la lectura de síntesis finaliza la
copia y se desprende la ARN polimerasa y se desprende el ARN mensajero que se
llama transcripto primario donde se ha copiado toda la secuencia de nucleótidos
que ha encontrado en el ADN.
El transcripto primario es un ARN inmaduro que tiene que sufrir una serie de
cambios para llegar al citoplasma. Estos cambios consisten en la inserción en el
extremo 5’ del 7-metil GTP, la inserción de este cap o capuchón tiene como
finalidad proteger al ARN mensajero de fosfatasas o nucleasas que puedan
destruirlo antes de llegar al citoplasma, este cambio ocurre cuando se está dando
la transcripción. Otro cambio es la inserción al extremo 3’ de la cola de poli A que
consiste en la adición de 40 a 200 nucleótidos de adenina. Hay una secuencia de
bases que se encuentra próximo al extremo final, o sea el 3’, que indicarían que es
el sitio para la inserción de la cola poli A. Algunas cadenas pueden presentar más
de una señal de este tipo por lo tanto puede haber más de un sitio donde ocurra la
poliadenilación que dará lugar a distintos tipos de ARN. Otro cambio es el corte de
intrones y empalme de exones que se llama splicing. Cuando se copia la molécula
de ADN se transcribe tanto porciones de ADN sin información llamada intrones
como segmentos del ADN codificado que se llama exones. Los intrones deben
separarse de la molécula y al mismo tiempo deben unirse correctamente los
exones, en este proceso van a actuar unas proteínas que ayudan a la formación del
spliciosoma, ayudan a la eliminación de los intrones y donde el propio ARN de los
intrones actúa como si fuera una ribozima, es decir que tiene función enzimática
de cortar el ARN y ligar el ADN de los exones de modo que quedan separados todos
los intrones y se unen los exones. El ARN Maduro queda conformado por el
capuchón de 7-metil GTP, luego sigue la zona codificante y luego tiene la cola poli
A. Este ARN Maduro puede abandonar el núcleo y dirigirse al citoplasma para la
traducción
Splicing alternativo: en este proceso puede suceder que todos los exones presentes
en el ARN primitivo se empalmen y formen una proteína, o bien puede suceder
que se eliminen algunos exones y solo algunos de ellos se empalmen. Durante la
traducción van a dar lugar a distintas proteínas según cuáles sean los exones que se
han empalmado, o sea que un mismo gen puede dar lugar a diferentes proteínas,
esto se denomina corte y empalme alternativo.
El mensaje está escrito en una secuencia de nucleótidos en el ARN mensajero y lo
que se traduce en el citoplasma es esa secuencia de nucleótidos en una secuencia
de aminoácidos que son los que constituyen las proteínas. Este proceso se da en
cuatro etapas:
o activación de los aminoácidos
o iniciación
o elongación
o terminación de la cadena polipeptídica
para estos pasos se necesitan una serie de materiales: los aminoácidos (si falta algún
aminoácido esencial en la dieta la síntesis se detiene), ARN mensajero, ARN de
transferencia (acerca los aminoácidos a los ribosomas para transformar los polímeros de
aminoácidos), los ribosomas (organoides que se encuentran en el citoplasma y que van a
ser los responsables de la formación de las proteínas, estos pueden estar en estrecha
relación con el retículo endoplasmático y forma el retículo endoplasmático rugoso, las
proteínas que se sintetizan en estos ribosomas son para exportar. Por otra parte hay otros
ribosomas que se encuentran libres en el citosol que van a sintetizar las proteínas
necesarias propias para el citosol o destinadas al núcleo, peroxisomas y mitocondrias),
factores proteicos (Algunos tienen función catalítica y otros estabilizan la maquinaria
proteica, muchos de estos factores son proteínas que están unidas a GTP y por lo tanto
son activos), fuente de energía (Viene del ATP como de la hidrólisis del GTP), enzimas
Síntesis de proteínas:
1. activación de los aminoácidos: esto significa que cada aminoácido se va a unir a su
ARN de transferencia con gasto de energía. La reacción ocurre en dos etapas: en la
primera el aminoácido va a reaccionar con ATP y va a quedar ligada a la enzima un
complejo aminoaciladenilico (Enzima + AMP), En esta etapa se necesita magnesio y
se libera pirofosfato que una fosfatasa va a escindir proporcionando la energía
necesaria para la reacción. En una segunda etapa la enzima reconoce al ARN de
transferencia propio del aminoácido y le entrega el aminoácido catalizando la
Unión en el extremo 3’. El aminoácido que se encuentra unido a su ARN de
transferencia se dice que está activado, mientras que el ARN de transferencia que
tiene su aminoácido ya unido al extremo 3’ se dice que está cargado. La molécula
de ARN de transferencia tiene en el otro extremo un anticodón que es una
secuencia de bases que va a reconocer el codón que se encuentra en el ARN
mensajero. La enzima aminoacil ARNt-sintetasa es muy específica y propia de cada
aminoácido, por lo tanto, deben de existir por lo menos 20 enzima sintetasa, una
para cada aminoácido. También existe al menos un ARN de transferencia para cada
aminoácido Porque algunos aminoácidos están codificados por más de un codón.
El ARN de transferencia actúa como un traductor bilingüe ya que reconoce en un
extremo a un aminoácido y reconoce por el otro extremo, actuando como nexo, el
codón que codifica para ese aminoácido, es decir que habla dos idiomas.
2. Los aminoácidos cargados ya están listos para incorporarse a la siguiente etapa del
proceso de traducción, esta etapa es la iniciación. La iniciación comienza con los
ribosomas separados por lo que necesitamos el ARN de transferencia iniciador que
está cargado con metionina. El ARN iniciador junto con la subunidad menor del
ribosoma se van a unir, ayudados por factores de iniciación, al extremo 5’ del ARN
mensajero formando un complejo llamado de pre-iniciación. Cuando se
desprenden los factores de iniciación el complejo comienza a trasladarse, hacia el
extremo 3’ del ARN mensajero, en busca de un codón de iniciación. Cuando
encontraron el codón de iniciación se va a unir al ARN de transferencia iniciador
por su anticodón al codón del ARN mensajero, Las subunidades que hasta ahora
estaban separadas se van a poder unir porque los factores de iniciación que las
mantenían separadas se hidrolizaron, entonces la subunidad mayor de 60 s se une
a la subunidad menor quedando una hendidura central por dónde va el ARN
mensajero, el ARN de transferencia iniciador unido al codón de iniciación queda en
el sitio llamada P de los ribosomas. Próximo al sitio P hay un sitio A que queda libre
para poder leerse el siguiente codón y poder incorporarse así el ARN de
transferencia cargado que indica ese codón, así queda formado el complejo de
iniciación
3. Elongación: permite la incorporación de los aminoácidos en forma sucesiva. En las
células eucariotas Incorpora de 4 a 6 aminoácidos a la cadena peptídica en
crecimiento por segundo, es decir que es un proceso rápido. El aminoácido
activado, porque se encuentra unido a su ARN de transferencia, se va a ubicar en el
codón que se encuentra en el sitio A, allí se va a formar la Unión peptídica con la
Metionina que se encontraba ligada a su ARN de transferencia en el sitio P. La
enzima responsable de esta Unión es la peptidil transferasa que es un ARN Que se
encuentra en la subunidad mayor del ribosoma, por lo tanto, esta enzima es una
ribozima. Una vez que se formó la Unión peptídica, el ARN de transferencia
iniciador se va a desprender con ayuda de factores de elongación y va a ocurrir la
translocación del ARN de transferencia que estaba en el sitio A y que tiene el
péptido naciente se va a trasladar al sitio P y queda el sitio a libre. A partir de aquí
vuelve a repetirse el ciclo de manera que se van adicionando los aminoácidos en el
codón siguiente porque el ARN mensajero va moviéndose hacia el extremo 5’, por
esto el ARN mensajero se traduce desde su extremo 5’ hacia el 3’, así es que una
proteína se sintetiza desde su extremo amino terminal hacia el extremo carboxilo
terminal.
4. Terminación: se da cuando llega al sitio A el codón de finalización, este codón no es
reconocido por el anticodón de ningún ARN de transferencia, solamente un factor
de terminación se va a ubicar. Cuando el factor de terminación reconoce la
existencia de ese codón de finalización va a desprender el péptido o proteína
naciente, va a liberar el ARN de transferencia que tenía unido el péptido y que se
encontraba en el sitio P y se van a separar las subunidades del ribosoma y el ARN
mensajero que sirvió de lectura se va a ir hidrolizar en el citoplasma
Cada uno de los procesos utilizó mucha energía, especialmente en la formación de la
Unión peptídica que utiliza 2 ATP y 2 GTP
Un ARN mensajero puede ser leído simultáneamente por varios ribosomas.
Polisoma o polirribosoma son distintos ribosomas enhebrados por ARN mensajero
En general podemos decir que una proteína recién sintetizada no es funcional y
sufre una o varias modificaciones en el momento donde se va desprendiendo el
péptido o cuando termina la traducción.
o Plegamiento: es la estructura que puede tener la proteína en el espacio.
Puede ocurrir espontáneamente, pero en general va acompañada de unas
chaperonas que son proteínas que se van uniendo y guiando a la proteína
en el momento que se vaya plegando para evitar que el plegamiento ocurra
de manera no conveniente para la función de la proteína
o pérdida de aminoácidos: en general la metionina inicial se pierde junto con
algunos aminoácidos que se encuentran a continuación
o ruptura proteolítica: se pueden perder parte de su cadena antes de volverse
activas
o adición de grupos prostéticos: como por ejemplo la hemoglobina que tiene
como grupo prostético al grupo hemo
o hay modificaciones de tipo químicas o covalentes que consiste en el
agregado o sustracción de algunos grupos químicos que son importantes
para la funcionalidad de algunas proteínas o que ayudan en la estructura de
las mismas: glicosilación (adición de oligosacáridos que es elemental para
las proteínas que van a ser incorporadas a la membrana plasmática o que
serán exportadas, esto ocurre tanto en el Golgi como en el retículo
endoplasmático rugoso), hidroxilación (le da estabilidad a la estructura de la
proteína), fosforilación (es el agregado o retiro del grupo fosfato que puede
influir en la actividad de la proteína, será activa o inactiva según la
presencia o ausencia del grupo fosfato), metilación, acetilación, Unión a
lípidos
después de las modificaciones post-transcripcionales ya tenemos la proteína
funcional. Si hay falla en alguno de estos puntos conduce a enfermedades