VALEN Y FERMI 2023

PROTEÍNAS
Son polímeros lineales (no ramificados) de aminoácidos. Estos se unen entre sí mediante
ENLACES PEPTÍDICOS (uniones covalentes fuertes) formando un grupo AMIDA (carboxilo +
amina con liberación de H20)
Se pliegan primero en una estructura secundaria, y luego adquieren una conformación
tridimensional terciaria.

Según la naturaleza de las cadenas laterales podemos tener aminoácidos:

Polares (poseen afinidad por el agua) con o sin carga: ácidos, básicos o neutros.
No polares (hidrofobicos, no exponen cargas a pH fisiológico 7)

Funciones:
mantenimiento de la
estructura celular
metabolismo (catálisis)
transporte
movimiento intracelular
y celular
señalización

Las proteínas siempre se plegarán de la manera termodinamicamente más estable, adquiriendo su

plegamiento característico denominado CONFORMACION NATIVA.
La forma de la proteína está determinada por la secuencia de aminoácidos ya que direcciona el
plegamiento del polipéptido.
Al plegarse, la proteína orientará hacia el interior del plegamiento a sus restos hidrofóbicos (si es que
tiene), exponiendo sus regiones polares que interaccionarán mediante Ptes de Hidrógeno con el agua.
 La estructura primaria
Dominio: regiones de una
determinará la
proteina con distinta función
forma/plegamiento de la
proteína y por lo tanto su función
Las proteínas adquieren
Motivo: combinación
actividad cuando se les une
particular de dos o +
otra proteína
estructuras secundarias
Los complejos supramoleculares
(xej complejo del poro nuclear, Las proteínas comienzan a
proteasoma) son la máxima tener actividad a partir de una
jerarquía excediendo los 10mD conformación TERCIARIA.
(mili Daltons)
Estructura cuaternaria: 2 o +
cadens polipeptídicas

Proteoma: conjunto de la totalidad de proteínas de un organismo. Distinto para cada tipo celular

ESTRUCTURA SECUNDARIA
Denominado “plegamiento local”
Se estabilizan por presencia de puentes de hidrógeno
entre el grupo amida y un grupo carboxilo (son fuerzas
no covalentes)

Alfa hélice: tiende a plegarse con un giro a la derecha,

manteniendose unida por interacciones de tipo débiles.
Las cadenas laterales quedan orientadas hacia el exterior
de la hélice
Hoja beta; cadenas antiparalelas que permiten enlaces Pte de Hidrógeno entre segmentos de la misma
secuencia lineal. Se orienten en un mismo plano
Giro beta: aminoácidos pequeños que invierten la dirección de una secuencia lineal. Invierten giros en
la secuencia secundaria

ESTRUCTURA TERCIARIA
Denominado “plegamiento general”
Estabilizadas por Ptes de Hidrógeno
(interacciones no covalentes) y de tipo
hidrófobas.
Flexibles (fluctuantes)
Las únicas zonas rígidas son donde la
proteína contiene “cisteina”, ya que entre
dos cisteinas se establece una unión
disulfuro (enlace covalente rígido)
Globulares: forma de pelota, hidrofílica hacia afuera e hidrofóbica hacia adentro
Fibrosas: casi lineales, alfa hélice, colágeno por ejemplo
Integrales de membrana

Desnaturalización de una proteína: Cambio la estructura tridimensional de la proteína. Es un proceso

reversible donde se rompen los enlaces no covalentes, y que puede ser llevado a cabo mediante calor,
urea, pH, B-mercaptoetanol.
Estado nativo: Estado de una proteína que se encuentra en su plegamiento de mayor estabilidad. Tiene
la menor cantidad de energía libre (G) y permite el accionar de la proteína.
 DOMINIOS Y MOTIVOS
DOMINIO
Distinas regiones de la estructura de una proteína que pueden plegarse independientemente del resto
Son una estructura compacta que le otorga una determinada función, estructura o topología a la proteína
Ejemplo: Dominio quinasa => fosforila proteínas

MOTIVOS
Combinación particular de 2 o + estructuras secundarias
Desempeñas una misma función en distintas proteínas

Espiral superenrrollada
Formada por 2 o 3 alfa hélices estabilizadas por Ptes de Hidrógeno
Estan muy enrrolladas entre sí en forma de “soga”
Son anfipáticas
Se encuentra en proteínas de union al ADN
Hélice-Bucle-Hélice
Se encuentran en proteínas de unión al ADN y a su vez en proteínas que interaccionan con Calcio.
Este motivo modifica la estructura de dicha proteína y consecuentemente su actividad.
Dedos de zinc
Alfa hélice y una hoja beta
Se encuentran en factores de transcripción que interaccionan con el ARN/ADN

CHAPERONAS Y CHAPERONINAS
Forman parte del sistema de control del correcto plegamiento de las proteínas

CHAPERONINAS
Estructuras tubulares donde ingresa la proteína en su totalidad
Complejos macromoleculares
Funcionan como cámaras de plegado. Son “barriles” donde la proteína entra por un bolsillo
hidrofóbico del barril, que se abre o cierra según la interacción con ADP o ATP.
Si la proteína no se plegó correctamente puede volver a entrar al barril.

CHAPERONAS
Se unen a segmentos cortos de proteínas
Facilitan el plegamiento de proteínas recién sintetizadas parcialmente plegadas o
replegando proteínas mal plegadas
Hsp70, Hsp90, Bip

La ACTIVIDAD de una proteína

depende de

su ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL
que está determinada por

su SECUENCIA de AMINOÁCIDOS
con participación de
que está codificada por
chaperonas
la secuencia de bases que integran a el gen
FUNCIONES DE LAS PROTEÍNAS
Las proteìnas se unen entre sí y con otras moléculas con alta especificidad.
Para que la proteína cumpla con su determinada función, debe haber un LIGANDO de por medio,
que se unirá a su sitio activo formando así un complejo.
Esta interacción debe tener especificidad de unión: COMPLEMENTARIEDAD MOLECULAR
la afinidad de unión se mide a través de .la constante de disociación Kd. A menor Kd, es más dificil la
disociación, más fuerte es la uniòn y mayor afinidad habrá.
Ejemplos: Anticuerpo-antìgeno, enzima-sustrato, etc.
ACTIVIDAD ENZIMÁTICA: El ligando de la enzima es el sustrato. La enzima
actuará como catalizador

REGULACIÓN DE LA ACTIVIDAD DE UNA PROTEÍNA

La actividad de las proteínas (+ o -) es regulada por cambios en su forma
Tipos de cambios:
No covalente Alosterismo
Covalente Fosforilación - Desfosforilación
Degradacón o clivaje protéico Ubiquitinización - Desubiquitinización
Alteraciones genéticas (mutaciones) Acetilaciones, metilaciones, etc.

REGULACIÓN NO COVALENTE
Cualquier modificacion no covalente en la estructura terciaria o cuaternaria de una proteína,
inducida por interacción con ligandos (activadores o inhibidores, sustratos, etc.) que modifica su
actividad
ALOSTERISMO
Cualquier modificación no covalente en la estructura terciaria o cuaternaria de una proteína,
inducida por interacción con ligandos (actividades o inhibidores, sustratos, etc) y que modifica su
actividad. COMPLEMENTARIEDAD MOLECULAR
Transporte de O2 por hemoglobina (Cooperatividad): La Hb tiene un grupo Hemo que al
unirse O2 produce un cambio conformacional que induce a su vez que una Hb vecina posea un
sitio de unión al oxígeno más eficiente y así sucesivamente seguirá ocurriendo con el resto de
hemoglobinas.
Interruptor Ca2+ / Calmodulina (activación inducida por ligando): La calmodulina es una
proteína con 4 motivos hélice-bucle-hélice. Cuando se produce un estímulo en la célula,
aumenta la cc de Ca por vias de señalización, el Ca se une a los motivos Hèlice-Bucle-Hélice de
la Calmodulina y cambia drásticamente su conformación, envolviendo a determinadas proteínas
diana y modificando su actividad.
Interruptor GTP/GTPasa (activación inducida por ligando): La proteína GAP actúa como
inactivadora ya que promueve la hidrólisis de GTP a GDP. Las GTPasas activas están unidas a
GTP y las inactivas a GDP. La proteína GEF actúa como activadora ya que intercambia GDP por
GTP.
REGULACIÓN COVALENTE
Modificación de la forma de la proteína por generación de enlaces covalentes con moléculas
pequeñas
Son modificaciones reversibles
Fosforilación - Desfosforilación: La fosforilación puede activar o inactivar enzimas. Puede
desenmascarar secuencias señal que se encontraban dentro de la proteìna pero inexpuestas.
Ubiquitinación - Desubiquitinación: La Ub (polipéptido de 76 aa) se unirá covalentemente a una
proteína para modificar o regular su actividad. La ubiquitina siempre se une a los grupos amino de
las LISINAS. Un ejemplo es el de poliubiquitinación, en donde se unen 4 moléculas de Ub a una
Lys48 de una proteína, para que está sea redireccionada a los proteosomas y consecuentemente
degradada.
Metilación: Se añade un grupo metilo a un residuo de LISINA o ARGININA llevado a cabo por una
metil-transferasa y la reación inversa por una aminaoxidasa desmetilasa. Confiere estabilidad a
las proteínas
Glucosilación: Adición de un oligosacárido sobre un grupo amino de un residuo de ASPARAGINA
(proceso llamado N-glucosilación en el RER) o un OH en una SERINA (O-glucosilación en el golgi).
Confierer mayor estabilidad a la proteína y ayuda en las interacciones célula-célula y célula-
sustrato.

CLIVAJE PROTEOLÍTICO O PROTEÓLISIS

Una proteína escinde (se rompe) en uno o más fragmentos, separando dominios completos. Permite la
activación de dominios inactivos. La proteólisis es llevada a cabo por proteasas que rompen enlaces
peptídicos. O La insulina debe ser proteolizada para ser activada.
 MAL PLEGAMIENTO DE PROTEÍNAS
La función de la proteína está referida, por ejemplo, a una proteína QUINASA con funcón de
fosforilar, mientras que la actividad de una proteína habla de si esa proteína está activa o inactiva
para poder fosforilar a un sustrato. Generalmente las proteínas tienen SUBUNIDADES
REGULADORAS de sus actividad

Sabemos que la BIOSÍNTESIS de proteínas se da en el citosol, o parte en el citosol y parte en el RE,

mediante RIBOSOMAS. El polipéptido formado se va plegar para poder cumplir su función
correctamente, y este plegamiento es también el encargado de EXPONER determinados sitios de la
proteína para que pueda ser degradado por PROTEASAS en caso de necesitarlo.
Vida media: Tiempo que se encuentra la proteína en la célula (2h, 4h, 24h, etc.). Este valor puede
variar si es que la proteína sufre un proceso de alteración de su estructura. Por ejemplo hay un
aumento de especies reactivas del O que oxidan a la proteína y por lo tanto su vida media disminuye,
sufriendo antes su DEGRADACIÓN
Encargados de la degradación de proteínas: Proteasomas, ERAD (sistema de degradación asociado
al RE) o por la formación de un Autofagosoma-Lisosoma
En el ADN se encuentra codificada El ARNm va a codificar la secuencia
una secuencia de bases que será de aa en la estructura primaria
traducida a ARNm
Cuando la secuencia de aa es modifcada por una alteración en las bases de
ADN o por un proceso postraduccional, adquirirá una conformación
inadecuada, no pudiendo cumplir con su función, pudiendo también ocultar
sus sitios de degradación

ESTRATEGIAS PARA EL CORRECTO PLEGAMIENTO

En el ribosoma ocurre un plegamiento parcial a medida que la proteína se va sintetizando. La
proteína expone sitios hidrofobicos, se asocia a CHAPERONAS MOLECULARES hasta finalizar su
síntesis adquiriendo su conformación final (nativa)
Puede ocurrir que mientras la proteína esté en un plegamiento intermedio, ocurran cambios
ambientales, se formen especies reactivos en la célula o mutaciones en el ADN, y que entonces
cambie la secuencia de la proteína, generando un MAL PLEGAMIENTO. La proteína parcialmente
plegada entonces se reacondicionará para ser replegada o degradada.
Puede ocurrir que en el proceso de replegamiento se formen nuevas estructuras secundarias distintas
a las originales, formando agregados desordenados que escondan sus sitios de degradación
haciendo a la proteína imposible de degradar o formando “fibras amiloides”

ENFERMEDADES CONSECUENCIA DEL MAL PLEGAMIENTO DE PROTEÍNAS

Alzheimer: Se produce por acumulación de Beta-amiloide y por alteraciones de la proteína Tau
Parkinson: Alteraciones en todas las proteínas (B-amiloide, proteína tau y alfa-sinucleína)
Enfermedad de la vaca loca o de “Creutzfeldt-Jacob”: Consecuencia de alteración de priones y
de la proteína Tau.
Estas 3 enfermedades afectan principalmente a las neuronas, al cerebro, donde se producen
alteraciones conductivoconductuales, con la consecuente pérdida de la memoria, pérdida de los
movimientos finos, demencia, etc
Transtiretina amiloidosis: La
transtiretina es una proteína que se
encuentra en el plasma, que se encarga
de unir y transportar la Vit A y la hormona
tiroidea tiroxina a su destino. Su mal
plegamiento la hace indegradable,
pudiendose acumular en el espacio
intercelular, dentro de las células de las
fibras musculares, o en el hígado. Forma
así depósitos amiloides que generarán a
la larga un mal funcionamiento de los
organos (hígado o corazón)

MECANISMOS DE LA CÉLULA PARA EVITAR LA FORMACIÓN DE PLACAS AMILOIDES Y

OVILLOS FIBRILARES
En el ribosoma (que traduce el ARNm) ocurre un plegamiento parcial a medida que la proteína se
va sintetizando. La proteína expone sitios hidrofobicos, se asocia a CHAPERONAS MOLECULARES
hasta finalizar su síntesis adquiriendo su conformación final (nativa
PLACAS
AMILOIDES Y
OVILLOS
NEUROFIBRILARES:
Las placas se
forman en los
espacios
extracelulares de las
neuronas en la
sustancia gris. Los
ovillos se agregan
dentro del
citoplasma de las
neuronas

ENFERMEDAD DE LA VACA LOCA

Se descubrió por el comportamiento extraño en vacas. Los cerebros de estas vacas tenían una
proteína asociada a las neuronas (cell del sistema nervioso) que no podría ser degradada. Esto era
facilmente transferible a otras especies, por ejemplo al hombre que consumía carne de esas vacas.
A esta proteína mal plegada se la denomina “Prion”/PrPsc
Esta logra atravesar el epitelio absortivo intestinal, escapa al sistema inmunológico y a través de la
circulación sanguínea y de los ganglios del SNP y SNC llega a su destino: SNC (Sistema Nervioso
Central) insertandose en las membranas de las células nerviosas.
La PrPc (el prion normal) es una glucoproteína con función de proteasa, que participa en procesos de
protección de las neuronas, así como en procesos que ayudan a la cognición, aprendizaje y memoria.
Es una proteína asociada a la membrana a través de un ancla de glicosil-PI
Cuando el prion se inserta en la membrana (haciendolo en conglomerados) se ASOCIA al prion
normal e induce un cambio conformacional (lo contagia), que hace que se una a muchos GAGs.
Estos priones ahora anormales + GAGs se DESPRENDEN de la membrana plasm, son clivados por
proteasas y comienzan a formar las PLACAS AMILOIDES, formadas por fibras amiloides en la
sustancia gris del SNC. Podrían ser endocitados pero no degradados por los lisosomas, formando así
acúmulos intracelulares. Esto va enfermando a la neurona impidiendo que cumpla su función.
ENFERMEDAD DE PARKINSON
En este caso se ALTERAN la proteína Tau, la alfa-sinucleína y se forman PLACAS AMILOIDES
Se cree que la a-sinucleína, proteína intracelular, participa en el movimiento y en la forma de las
mitocondrias. Podría actuar también como factor de transcripción en el núcleo.
Cuando la a-sin es sintetizada y existe un mal plegamiento, podrían no completarse exitosamente los
mecanismos de replegamiento y/o degradación (autofagosomas-lisosomas, proteasomas) y que esta
proteína se convierta en oligómeros de hojas B y se unan formando las PLACAS AMILOIDES como
depósito en las neuronas, llamados ”CUERPOS DE LEWY”, alterando la función celular. Pueden ser
liberadas y endocitadas por neuronas vecinas, produciendo una alteración transmitida de neurona
en neurona, perdiendose progresivamente la funciónalidad.
Si esta proteína participa efectivamente en el movimiento, forma y función de las mitocondrias, tendré
una DISMINUCIÓN DE LA FUNCION MITONCDONDRIAL
Tambien se produce una alteracion de la
proteina Tau: Su mal plegamiento, debido a
alteraciones geneticas o postraduccionales,
hace que en lugar de asociarse a los
microtubulos, pueda ser fosforilada o
polifosforilada por QUINASAS, haciendo que
se disocien de los microtub y se asocien entre
ellas, formando FILAMENTOS, que formarán
las famosas NEUROFIBRILLAS que se
depositarán en el citoplasma de las neuronas.
Se forman ovilllos neurofibrilares junto con También hay formación de B-Amiloide
ovillos de la a-sinucleina.

ENFERMEDAD DE ALZHEIMER
Se da el mal plegamiento de proteína tau junto con la formación de los ovillos neurofibrilares, y otra cosa +...
La proteína APP que llega a la membrana plasmática por la vía biosintético secretora, tiene un dominio
transmembrana, uno exoplásmico y uno citosólico. Esta debe ser clivada primero por una a-secretasa para
liberar el segmento APP-alfa al medio. Este segmento difundirá a través de la matriz extracelular y actuará
sobre células vecinas activando o inhibiendo vías de señalización: Via de Notch delta y vía de WNT.
Sobre los otros dominos actuará una gamma-secretasa, el dominio citosolico sera degradado y se liberará
otro peptido denominado “pepitdo 3” al medio.
Ahora, por mal plegamiento o mal procesamiento en la ruta biosintetica, puede ocurrir que no se encuentre
el sitio de clivaje adecuado para la a-secretasa. Actuará otra secretasa (beta) que clivara al pepito APP en
una secuencia DIFERENTE a la secuencia original.
En condiciones normales la alfa clivaba a la
proteína en su domino transmembrana,
mientras que la b-secretasa o “BACE1" hará
ese clivaje en un nuevo sitio expuesto por la
proteína APP mal plegada.
Se forma entonces el péptido APP-beta
(con otra conformación, inutil), y no se
genera el “péptido 3" sino que saca todo el
dominio transmembrana al medio
extracelular, formando FIBRILLAS y las
PLACAS AMILOIDES que se depositan fuera
de las neuronas