Biología Molecular

Mónica Isabel Fajardo Lucero 201902051

Guía de lectura No.1

Repaso: Generalidades de ácidos nucleicos

1. Contestar:
• Defina que son nucleótidos: son los constituyentes de los ácidos nucleicos ADN y ARN.

• Indique sus características químicas:

✓ Las bases nitrogenadas de los nucleótidos son derivados de dos compuestos parentales:
pirimidina y purina.
✓ Las bases y las pentosas de los nucleótidos comunes son: compuestos heterocíclicos.
✓ Los números de los átomos de carbono de las pentosas se les añade el símbolo prima (‘)
para distinguirlos de las bases nitrogenadas.
✓ La base de un nucleótido está unida covalentemente mediante un enlace N-β- glucosídico
con el carbono 1’ de la pentosa.
✓ El fosfato está esterificado en el carbono 5’ de la pentosa.
✓ El enlace N-β- glucosídico se forma por la eliminación de agua.

• Componentes:
✓ Una base nitrogenada (que contiene nitrógeno)
✓ Una pentosa
✓ Uno o más fosfatos

• Diferencias entre tipos de nucleótidos (ribonucleótidos y desoxirribonucleótidos):

Ribonucleótidos Desoxirribonucleótidos
La pentosa es una D-ribosa La pentosa es una 2’-desoxi-D-ribosa

• ¿Cuáles se encuentran presentes en ambos tipos de ácidos nucleicos?:

✓ Las bases purinas primarias son la adenina y la guanina tanto en el ARN como en el ADN.
✓ El grupo fosfato está en posición 5’ con la pentosa

• ¿Cuáles se encuentran presentes solo en un tipo de ácido nucleico?

ARN ADN
Contiene ribosa Contiene ribosa
Las bases pirimidínicas comunes son el Las bases pirimidínicas comunes son la
uracilo y la citosina. timina y la citosina.
 • Escriba las diferencias entre nucleótido y nucleósido.
Nucleótido Nucleósido
Un nucleótido consiste en: Un nucleótido consiste en:
✓ Una base nitrogenada (purina o ✓ Una base nitrogenada (purina o
pirimidina) pirimidina)
✓ Un azúcar pentosa ✓ Un azúcar pentosa
✓ Uno o más grupos fosfato

2. ¿Cuáles son los compuestos parentales de los cuales derivan las bases nitrogenadas?
Pirimidina y purina

3. Ácidos nucleicos (polímero de nucleótidos):

• Indique sus características:
✓ El ADN contiene otras bases secundarias o minoritarias: las más comunes son las formas
metiladas de las bases principales
✓ En ADN víricos: ciertas bases pueden estar hidroximetiladas o glucosiladas.
✓ En el ADN, sus bases alteradas o poco comunes sirven a menudo como señales específicas
para la regulación o la protección de la información genética.
✓ Especialmente en el ARNt, se encuentran bases secundarias de muchos tipos.
✓ Sus nucleótidos están unidos por enlaces fosfodiéster.
✓ Su esqueleto covalente consiste en residuos alternados de fosfato y pentosa.
✓ Las bases se consideran como grupos laterales unidos al esqueleto a intervalos regulares.
✓ El esqueleto covalente es hidrofílico.
✓ El grupo hidroxilo del azúcar forma enlaces de hidrógeno con el agua.
✓ El grupo fosfato con pKa cercano a 0, está ionizado y con carga negativa a pH 7. Cargas
negativas se encuentran neutralizadas.
✓ El extremo 5’ carece de nucleótido en posición 5’.
✓ El extremo 3’ carece de nucleótido en posición 3’.
✓ Orientación 5’ a 3’: son los extremos de la cadena.

• Forma en que se organizan los elementos del nucleótido en la cadena:

✓ Todos los enlaces fosfodiéster en el ADN y en el ARN tienen la misma orientación a lo largo
de la cadena.
✓ Cada cadena lineal de ácido nucleico tiene extremos 5’ y 3’ diferenciados.
✓ Cada desoxirribosa va de C-1 en la parte superior a C-5 en la parte inferior por una línea
vertical, en el ADN.
✓ El azúcar se encuentra siempre en su forma de anillo cerrado, β-furanosa.
✓ La secuencia de una cadena sencilla de ácido nucleico se escribe siempre con el extremo 5’ a
la izquierda y 3’ a la derecha. Dirección 5’ → 3’.

• Tipos de ácidos nucleicos:

✓ Ácidos desoxirribonucleicos (ADN)
✓ Ácidos ribonucleicos (ARN)
4. Contestar:
• Cómo se determina la orientación de las
hebras de ADN:
La orientación de las hebras se refiere a los
extremos de la cadena y no a la orientación
de los enlaces fosfodiéster.

• Dibuje una secuencia de ADN e

identifique los extremos 5´ y 3´

• ¿En base a que características de su

estructura se definen dichos “extremos”?
Los extremos están definidos por
propiedades como la solubilidad, porque el
esqueleto covalente es soluble en agua por
interacción de los hidroxilos, por ellos las
bases (insolubles a pH neutro) se visualizan
como grupos adicionales.

• ¿Entre cuales carbonos se encuentran

los enlaces fosfodiéster? Identifíquelos en la
cadena. Se sugiere revisar la figura 8-7 de
Nelson & Cox, 2013.
Entre el grupo fosfato 5’ de un nucleótido con
el hidroxilo 3’ del nucleótido siguiente.

5. Explicar:
• En qué consiste el modelo estructural del ADN propuesto por Watson y Crick en 1953:
✓ Consiste en dos cadenas helicoidales enrolladas alrededor del mismo eje, formando una doble
hélice dextrógira.
✓ Las cadenas hidrofílicas formadas por la desoxirribosa y los grupos fosfato alternados se
encuentran en el exterior de la doble hélice, en contacto con el agua circundante.
✓ El anillo furanosa de cada desoxirribosa adopta la conformación C-2’ endo.
✓ Las bases purínicas y pirimidínicas de ambas cadenas están apiladas en el interior de la doble
hélice, con sus estructuras en anillo, hidrofóbicas y prácticamente planas, situadas a muy
corta distancia unas de otras y en posición perpendicular al eje longitudinal de la hélice.
✓ La relación espacial de las dos cadenas da lugar a la formación de un “surco mayor” y un
“surco menor” en la superficie de la doble hélice.
✓ Cada base de un nucleótido de una cadena esta apareada en el mismo plano con una base de
la otra cadena.
✓ Los pares de bases están unidos por enlaces de hidrógeno: GC y A=T.
✓ Su estructura también se conoce como: forma B del ADN o B-ADN.
 • Explique los términos “complementario” y “antiparalelo”:
✓ Complementario: significa que siempre que hay adenina en una cadena, hay timina en la
otra; del mismo modo, la presencia de guanina en una cadena implica la presencia de
citosina en la otra. La doble hélice se mantiene unida por enlaces de hidrógeno entre los
pares de bases complementarias y por las interacciones de apilamiento de bases. Pero los
enlaces de hidrógeno no contribuyen significativamente a la estabilidad de la estructura.
✓ Antiparalelo: lo enlaces 3’, 5’-fosfodiéster tienen direcciones opuestas. Las dos cadenas
polinucleotídicas antiparalelas del ADN de doble hélice no son idénticas ni en secuencia
ni en composición.

6. Con respecto a la conformación del ADN:

• ¿Cuáles son las diferencias entre las conformaciones A, B y Z?
✓ La forma A predomina en disoluciones relativamente pobres en agua. El ADN permanece
estructurado en una doble hélice dextrógira pero la hélice es más gruesa y el número de pares
de bases por vuelta es 11. El plano de los pares de bases no es totalmente perpendiculares al
eje de la hélice. Surco ancho más profundo y surco estrecho más superficial. Presencia en
células no muy clara.
✓ En la forma B el número de pares de bases por vuelta es 10,5.
✓ En la forma Z se observa una forma levógira de la hélice. Contiene 12 pares de bases por
vuelta y la estructura es más delgada y alargada. El esqueleto del DNA adopta un plegamiento
zig-zag. Las purinas adoptan la conformación syn alternando con pirimidinas en la
conformación anti. Surco mayor apenas observable. Surco menor estrecho y profundo.
Fragmentos de este se han visto en bacterias y en eucariotas.

• ¿Son estas conformaciones intercambiables en el ambiente celular? Explique.

No está claro todavía que el A-ADN se encuentre en las células, pero hay datos a favor de que el
Z-ADN ha tenido presencia en bacterias y en eucariotas, sin embargo, estas formas solo se han
caracterizado a fondo en estructuras cristalinas, a diferencia del B-ADN que es la estructura más
estable que el ADN de secuencia al azar puede adoptar en condiciones fisiológicas.

7. ¿Cuáles son las funciones conocidas del ADN?

Las únicas funciones conocidas son el almacenamiento y la transmisión de la información biológica.

8. Explique en qué consisten:

• Las secuencias palindrómicas:
Secuencia que se lee de manera idéntica al derecho y al revés. Aparecen en regiones del ADN con
repeticiones invertidas de secuencia de bases con simetría binaria en las dos hebras del ADN.

• De imagen especular:
Secuencia que se encuentra invertida en ambas hebras del ADN. No pueden formar estructuras
en horquilla o cruciformes.
 • Cruciformes:
Estructuras en forma de cruz que se forman por la secuencia autocomplementaria de las
secuencias palindrómicas.

• Ejemplifique, por medio de secuencias de 15 a 20 nucleótidos una secuencia palindrómica y una

imagen especular, compare.

9. Explique:
• ¿Qué son las posiciones y el apareamiento de Hoogsteen?:
Las posiciones son los átomos N-7, O6 y N6 de las purinas que participan en los puentes de
hidrógeno del ADN tríplex. El apareamiento significa que no sigue el patrón descrito por Watson
y Crick.

• ¿Hacen posible la formación de hebras triples y cuádruples de ADN?

Si, los tríplex se forman más fácilmente con largas secuencias que contengan solo pirimidinas o
solo purinas en una de las hebras. Cuatro hebras de ADN también pueden aparearse para formar
un cuádruplex, pero sólo se forma con facilidad en secuencias de ADN con una alta proporción de
residuos de guanosina.

• ¿Qué funciones fisiológicas pueden tener las hebras triples de ADN?

✓ En las regiones implicadas en la regulación de la expresión de algunos genes eucarióticos se
encuentran secuencias que pueden formar hélices triples.
✓ Hebras sintéticas de ADN que se aparean con estas secuencias y forman hélices triples podrían
alterar la expresión génica.
10. Explique:
• ¿En qué consiste la desnaturalización y la renaturalización del ADN?
La desnaturalización parcial consiste en la rotura de los enlaces de hidrogeno de los pares de bases
y del apilamiento de las bases provocando el desenrollamiento de la hélice, para formar dos
hebras sencillas separadas la una de la otra en toda o parte de su extensión. Es un proceso rápido
de un solo paso, siempre que todavía haya un segmento en doble hélice de una docena o más de
residuos que mantenga unidas las dos hebras. Cuando la temperatura o el pH retornan a los
valores situados dentro de los márgenes en los que viven la mayoría de organismos, los segmentos
desenrollados de las dos hebras vuelven a enrollarse espontáneamente o a hibridar, para
restablecer el dúplex intacto.

• ¿Qué agentes producen estos cambios en la estructura de la molécula?

El calor y los valores extremos de pH provoca desnaturalización o fusión del ADN de doble hélice.
El ADN nativo es muy viscoso a pH 7,0 y temperatura ambiente (25°C) pero cuando una disolución
así se somete a valores extremos de pH o a temperaturas superiores a 80°C, su viscosidad
desciende e indica cambios en su estado físico.

• ¿Qué es un dúplex híbrido?

Son los segmentos enrollados de las dos hebras del ADN.

• ¿Qué es el Tm?
Es la temperatura de desnaturalización característica del ADN de cada especie. Es el punto de
fusión, específicamente, la temperatura a la cual la mitad del ADN se encuentra como hebras
sencillas separadas. Cuanto mayor es el contenido de GC, más alto es el punto de fusión del ADN
porque los tres puentes de hidrógeno requieren más energía calorífica.

11. Reglas de Chargarff:

• ¿Cuáles son?
✓ La composición en bases del ADN generalmente varía de una especie a otra.
✓ Las muestras de ADN aisladas a partir de tejidos diferentes de la misma especie tienen la
misma composición en bases.
✓ La composición en bases del ADN de una determinada especie no varia con la edad del
organismo, ni con su estado nutricional, ni con las variaciones ambientales,
✓ En todos los ADN celulares, independientemente de la especie, el número de residuos de
adenosina es igual al de residuos de timina (es decir, A = T), y el número de residuos de
guanosina es igual al número de residuos de citidina (G = C). A partir de estas relaciones
se deduce que la suma de los residuos de purina es igual a la suma de los residuos de
pirimidina; es decir, A + T = G + C.
• ¿Cuál es su importancia en el entendimiento de la estructura del ADN?
Fueron esenciales para la deducción de la estructura tridimensional del ADN y dieron pistas sobre
cómo la información genética está codificada en el ADN y se transmite de generación en
generación cuando encontró que las cantidades relativas de las cuatro bases de los nucleótidos
del ADN variaban según el organismo, y que las cantidades relativas de ciertas bases eran
prácticamente equivalentes
12. Describa, brevemente, los aportes de Rosalind Franklin y Maurice Wilkins en el entendimiento de
la estructura del ADN:
Utilizaron el poderoso método de difracción por rayos X para analizar fibras de ADN. Este análisis
permitió deducir que las moléculas de ADN son helicoidales, con dos periodicidades a lo largo del eje
longitudinal.

13. Investigue:
• Los experimentos de Hershey A.D. & Chase M. (1952):
Utilizaron marcaje de fósforo (P32) y azufre (S36) radiactivos para demostrar que cuando el virus
bacteriano (bacteriófago) T2 infecta su célula huésped (E. coli) es el ADN de la partícula vírica que
contiene fosforo, no la proteína de la cápside del virus, que contiene azufre; el componente que
penetra en la célula huésped y aporta la información genética para la replicación del virus.

• Los experimentos de Avery O., MacLeod C., & McCarty M. (1944): ¿Cuál fue el principal aporte
de estos experimentos? (Se recomienda revisar la cuarta edición de la Bioquímica de Lehninger)
Mostraron que el DNA extraído de una cepa virulenta (causante de enfermedad) de Ia bacteria
Streptococcus pneumoniae e inyectada en una cepa no virulenta de este mismo organismo, era
capaz de transformar Ia cepa no virulenta en una cepa virulenta. Esto los llevó a Ia conclusión de
que el DNA extraído de Ia cepa virulenta transportaba el mensaje genético de Ia virulencia.

14. Enumere las principales clases de ARN existentes y sus funciones:

✓ ARN ribosómicos (ARNr): componentes de los ribosomas, se encargan de la síntesis de
proteínas.
✓ ARN mensajeros (ARNm): actúan de intermediarios, transportan la información genética
desde un gen o de uno pocos genes hasta el ribosoma (donde se sintetizan las proteínas).
Traslada la información genética desde el ADN a los ribosomas
✓ ARN de transferencia (ARNt): son moléculas adaptadoras que traducen con fidelidad la
información contenida en el ARNm a secuencias específicas de aminoácidos.

15. Explique cómo se determina la orientación de las hebras de ARN:

La orientación está determinada por las interacciones de apilamiento de bases, que son más fuertes
entre dos purinas que entre una purina y una pirimidina o entre dos pirimidinas.

16. ¿Qué conformación tiende a asumir el ARN después de la transcripción?

El producto de la transcripción del ADN es siempre un ARN de cadena sencilla. Las monohebras
tienden a adoptar una conformación helicoidal dextrógira.
17. Identifique en un dibujo las principales estructuras secundarias del ARN: protuberancias, horquillas,
bucles internos, estructuras helicoidales con apareamiento de bases.

18. ¿Cuáles son los apareamientos de bases que se dan entre cadenas sencillas de ARN con segmentos
autocomplementarios?
✓ La G se aparea con la C
✓ La A se aparea con la U (o con los raros residuos de T de algunos ARN)
✓ Apareamiento entre residuos de G y U está permitido en el ARN cuando secuencias
complementarias en dos hebras sencillas de ARN o de dúplex ARN-ADN son antiparalelas.

19. ¿Es posible que un ARN forme estructuras terciarias?

Si, las estructuras tridimensionales de muchos ARN, al igual que las de las proteínas, son complejas y
únicas. Las interacciones débiles, y en especial las interacciones de apilamiento de bases, tienen un
papel importante en la estabilización de la estructura.

20. Cite algunas otras funciones de los nucleótidos:

✓ Garantizan los intercambios energéticos
✓ Actúan como señales químicas en los sistemas celulares en respuesta a hormonas y otros
estimulos extracelulares
✓ Son componentes estructurales de una serie de cofactores enzimáticos e intermediarios
metabólicos

21. Explique
• ¿En qué consiste la desnaturalización parcial y total del ADN?
La desnaturalización total es cuando se forman dos hebras sencillas separadas la una de la otra
en toda su extensión, cuando es parcial ocurre solo en parte de la extensión de la cadena.

• ¿Implica rotura de los enlaces covalentes de las hélices?

Los enlaces no covalentes si se rompen.

• ¿En cuáles situaciones ocurre? Explique.

Cambios bruscos de temperatura y pH.
22. ¿Cuáles son las fases de renaturalización del ADN en solución?
Si las dos hebras están completamente separadas, la renaturalización se da en dos pasos:
a. Las hebras se reconocen mediante colisiones al azar hasta que se forma un fragmento corto
de doble hélice complementaria.
b. Las bases no apareadas restantes entran en registro y se aparean sucesivamente como en una
“cremallera” para formar la doble hélice.

23. ¿En qué consiste el efecto hipocrómico?

Fenómeno que ocurre cuando las interacciones del apilamiento de bases de los ácidos nucleicos
causan una disminución de la absorción de la luz UV y disminuye todavía más cuando se forma la
doble cadena complementaria. Contrario a cuando se tiene una disolución de nucleótidos a la misma
concentración.

24. ¿En qué consiste la formación de híbridos de ácidos nucleicos?

Son dúplex formados por dos hebras, una de ARN y otra de ADN, que también pueden
desnaturalizarse.

25. ¿Qué híbridos de ácidos nucleicos pueden formarse en el laboratorio? Mencione sus aplicaciones.
Un dúplex híbrido entre una parte de las moléculas del ADN del ratón con fragmentos de la cadena
de ADN de un humano. Este fenómeno pone de manifiesto una herencia evolutiva común; diferentes
organismos poseen generalmente un cierto número de proteínas y ARN con funciones similares y, a
menudo, estructuras similares.
Cuanto más cercana sea la relación evolutiva entre dos especies, mayor será el grado de hibridación
de sus ADN. Por ejemplo, el ADN humano híbrida mucho más con el ADN de ratón que con el de
lavadura.
Es posible detectar un gen o una secuencia específica de ADN en presencia de otras muchas
secuencias si se dispone de antemano de la hebra de ADN complementaria adecuada.
Las técnicas de hibridación pueden modificarse para detectar un ARN específico en lugar de un ADN.
El aislamiento e identificación de genes y ARN específicos se basa en estas técnicas y las nuevas
aplicaciones de esta tecnología hacen actualmente posible la exacta identificación de un individuo a
partir de un único cabello presente en la escena de un crimen o en la predicción de la aparición de
ciertas enfermedades en un individuo.
RAZONAMIENTO

En su laboratorio está haciendo el análisis de dos secuencias de ADN pertenecientes a dos especies
bacterianas no identificadas, P y Q. Al secuenciar, nota que la bacteria P tiene un 35% de la base
nucleotídica A (adenina), mientras que la bacteria Q tiene un 10% de la misma base (A), del total de sus
bases.

a. Indique que porcentajes de G, C y T se encontrarán en la secuencia de ADN de P y en la de Q

Bact P % Bact Q %
A 35% A 10%

T 35% T 10%

G 15% G 40%

C 15% C 40%

b. ¿Cuál de las dos especies tiene el Tm (punto de fusión, temperatura de desnaturalización) más
alto? Explique cómo llegó a su respuesta.
La bacteria Q tiene el punto de fusión más alto, puesto que contiene un mayor número de pares
de bases GC y al tener más puentes de hidrógeno, mayor será su requerimiento de energía
calorífica.

c. ¿Cuál de las dos bacterias tendrá su hábitat natural en las aguas termales del volcán Pacaya?
Explique por qué.
La bacteria Q, ya que, al requerir mayor energía calorífica para desnaturalizarse, puede soportar
de mejor manera las altas temperaturas, a diferencia de la bacteria P con el punto de fusión
menor, se desnaturalizaría con mayor facilidad.