Estructura y Función de las Proteínas
Estructura y Función de las Proteínas
Tema 9-Proteínas
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Una o varias de estas cadenas polipeptídicas constituyen las proteínas que forman los
seres vivos.
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Aminoácidos hidrofóbicos
Tienen cadenas alquílicas o aromáticas. Las cadenas aromáticas son voluminosas e
interaccionan con otras cadenas laterales aromáticas, tendiendo a colocar los planos
de los anillos perpendiculares entre sí cuando se sitúan en el interior de una proteína
globular, o dentro de la región hidrofóbica de la bicapa lipídica, en las proteínas de
membrana. Los aminoácidos hidrofóbicos son Alanina (Ala, A), Valina (Val, V), Leucina
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(Leu, L), Isoleucina, (Ile, I), Prolina (Prolina, P), Metionina (Met, M), Fenilalanina (Phe,
F) y Triptófano (Trp, W).
Aminoácidos hidrofílicos
El resto de aminoácidos son polares, y pueden estar cargados en condiciones de pH
fisiológico. Entre los aminoácidos cargados están los Ácidos aspártico (Asp, D) y
glutámico (Glu, E), y los aminoácidos básicos, Histidina (His, H), Lisina (Lys, K) y Arginina
(Arg, R). La carga global de la proteína dependerá del número de aminoácidos ácidos y
básicos que están cargados a un pH concreto. El pH al cual el total de carga es cero
(todas las cargas negativas están compensadas por las cargas positivas) es el punto
isoeléctrico (pI) de la proteína. Se estima la densidad de carga de una proteína como la
relación de su carga efectiva a un pH, en relación a su peso molecular. Aunque, por
ejemplo, es útil como un indicador aproximado del comportamiento de las
macromoléculas en un campo eléctrico, se trata simplemente de una aproximación,
que no tiene en cuenta el efecto compensatorio de los contraiones sobre la carga total
de la proteína.
Figura 7. Esquema de los 20 aminoácidos naturales y algunas de sus propiedades fisicoquímicas. Adaptado
de Exarchos et al. BMC Bioinformatics (2009) 10:113 ([Link]
2105/10/113/figure/F3?highres=y)
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Tema 9-Proteínas 7
No obstante, existen otras características de los aminoácidos que van a ser muy
importantes para su función como componentes proteicos, y que hacen que su
clasificación como hidrofóbicos e hidrofílicos resulte bastante simple. Es decir, cada
aminoácido tiene una combinación de propiedades única (tamaño, polaridad,
constituyentes cíclicos, aromáticos, etc…), en función de las que podríamos hacer
diferentes agrupaciones, como se muestra en la Figura 7. La combinación de
características de cada aminoácido resultará determinante para las interacciones
covalentes (por ejemplo, enlaces disulfuro) y no covalentes que cada uno establezca, y
que serán las que estabilicen la estructura tridimensional de las proteínas.
Enlace peptídico
Por tanto, teniendo esto en cuenta, por cada residuo de un polipéptido existirán dos
enlaces con rotación libre:
• la rotación sobre N-C , definida por el ángulo de torsión , y
• la rotación sobre en enlace C-C define el ángulo de torsión (Figura 10).
Figura 10. Enlaces con rotación libre en la cadena polipeptídica: phi (φ) y psi () (tomada de Berg et al. [5])
Además de la planaridad del enlace peptídico, hemos de destacar que en este enlace
existe un dador (grupo NH) y un aceptor (grupo CO) de enlaces de hidrógeno
(Figura 11). Estos enlaces de hidrógeno entre los grupos del “esqueleto” de las
proteínas son muy relevantes en la estructura secundaria de estas macromoléculas.
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Aceptor de Dador de
enlace de hidrógeno enlace de hidrógeno
O R2 H O
H
+ H
H3 N C C N C
C -
N C C O
H
R1 H O R3
Figura 11.
Figura 12. La estructura de una proteína contiene diferentes elementos de estructura secundaria. Por
ejemplo, la proteína representada (A) se encuentra constituida por diferentes regiones con estructura en
hélice , otras con láminas y también los denominados giros , cuya estructura también se incluye en la
figura.
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Estructuras supersecundarias
Los motivos estructurales formados por la asociación de dos o más hélices son
considerados estructuras supersecundarias: patrones de múltiples hélices que suceden
con regularidad. Un ejemplo sencillo es la estructura en lámina , formada por dos
hebras paralelas o antiparalelas que se mantienen juntas mediante enlaces de
hidrógeno (Figura 13).
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Figura 13. Dos tipos de láminas β: (A) hebras β antiparalelas y (B) hebras β paralelas. Adaptada de Alberts
et al.[6].
Figura 14. Diagrama esquemático de diferentes estructuras supersecundarias. (a) motivo , (b) motivo
-hairpin (c) un motivo , (d) Llave griega. Tomada de Voet & Voet [7].
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Dominios
En una cadena polipeptídica podemos encontrar distintas regiones funcionales y
estructurales a las que denominamos dominios, que tienen mayor rango o extensión
que la estructura supersecundaria. Un ejemplo claro de distintos dominios se ve en la
calmodulina. Esta proteína tiene dos dominios de unión de calcio conectados por una
única y larga -hélice. La activación de la proteína por la unión del calcio se asocia con
un cambio en la longitud de esta “hélice de conexión”, acercando estos dos dominios
entre sí. Los dominios se distinguen tanto por función como por estructura. Muchas
enzimas, tales como la tRNA sintetasa, tienen dominios funcionales separados para
unión de sustrato, unión de efectores, y de unión con otras proteínas que con las que
interactúa (Figura 15).
Figura 15. Estructura cristalina de la Calmodulina: dos dominios de unión de Calcio, separados por una -
hélice. Adaptada de Van Holde et al. [1].
Estructura terciaria
Cuando hablamos de la estructura terciaria de una proteína globular nos estamos
refiriendo a la conformación tridimensional total de la cadena polipeptídica: diferentes
motivos o elementos de estructura supersecundaria, o simplemente secundaria, que
pueden organizarse formando dominios funcionales, estarán replegados de una forma
determinada para dar la forma 3D de la cadena polipeptídica. Esta disposición global es
lo que describe la estructura terciaria.
En las proteínas solubles en agua podemos encontrar determinadas características
comunes en su estructura terciaria: fundamentalmente tendrán un interior formado
por aminoácidos con cadenas laterales hidrofóbicas y una superficie en la que
encontraremos principalmente aminoácidos hidrofílicos. Las fuerzas que conducen a la
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formación de estructuras terciarias en estas proteínas solubles, para llegar a las formas
nativas, son las interacciones hidrofóbicas de los residuos interiores. En proteínas que
se hallan en ambientes hidrofóbicos (membranas) la situación se invierte: aminoácidos
hidrofílicos en el interior e hidrofóbicos en el exterior. En la Figura 16 se esquematizan
las fuerzas que estabilizan la estructura terciaria.
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Estructura cuaternaria
Las proteínas compuestas por más de una cadena polipeptídica presentan estructura
cuaternaria. A cada cadena polipeptídica se la denomina subunidad. La estructura
cuaternaria puede ser tan simple como la que forman dos subunidades idénticas, o tan
complejas como la formada por varias subunidades diferentes (Figura 18). En la
mayoría de los casos, las subunidades se mantienen unidas a través de enlaces no
covalentes.
Para definir este nivel estructural tendremos que informar del tipo y número de
subunidades de polipéptido que existen, así como las relaciones de simetría que
existen entre las distintas subunidades. Así pues, por ejemplo, para referirnos un
complejo formado por dos subunidades idénticas hablamos de homodímero, mientras
que el formado por dos subunidades no idénticas será un heterodímero. Los complejos
de subunidades idénticas o casi idénticas suelen ser simétricos.
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Figura 19.
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[Link]
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Incluye:
Protocolo 1: cálculo del coeficiente de absorción molar () de una proteína
Protocolo 2: determinación del coeficiente de absorción molar ( ) para una proteína plegada
Protocolo 3: Determinación de la concentración de proteína mediante espectroscopía de absorción utilizando el
coeficiente de absorción molar
Protocolo 4: Determinación de la concentración de proteína mediante espectroscopía de absorción a 205 nm.
Protocolo 5: Determinación espectrofotométrica de la concentración de proteína total en un extracto.
Incluye:
Protocolo 1: Método de Lowry
Protocolo 2: Método de Bradford
Protocolo 3: Ensayo con el ácido bicinconínico (BCA)
Protocolo 4: Absorbancia UV para la medida de la concentración de proteína.
Referencias utilizadas
[1] K.E. Van Holde, W.C. Jonson y P.S. Ho (1998) 1ª ed., Principles of Physical
Biochemistry, Prentice Hall, Upper Saddle River, Nueva Jersey.
[2] C.R. Cantor y P.R. Schimmel (1980) Biophysical Chemistry. Part I: The
conformation of biological macromolecules. W. H. Freeman and
Company, New York.
[Link]
AND%20stryer%5Bbook%5D&doptcmdl=TOCView
[6] B. Alberts et al. (2002), Molecular biology of the cell, 4ª Ed. Garland
Science, Taylor & Francis Group.
[Link]
[Link]
388#406
[7] D. Voegt y J.G. Voegt (2004), Biochemistry, 3ª Ed. John Wiley & Sons.
[8] C.K. Mathews, K.E. Van Holde y K.G. Ahern (2003), Bioquímica, 3ª Ed.
Addison- Wesley.
[9] Е. McKee & J.R. McKee (2004), Biochemistry: the molecular basis of life,
3ª ed., Mc Graw-Hill Interamericana.