PRACTICA NO.
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Análisis estructural de proteínas
INTEGRANTES:
Vargas Barrios Paola Dayana
Reséndez Dimas María Fernanda
Gongora Álvarez Gael Alexander
Gómez Jaime Dalet Magaly
Ponce Rodriguez Yolanda Yuritze
Objetivo:
aprender a identificar y analizar la estructura de las diferentes proteínas,
además comprenderá la configuración de su unidad básica
(aminoácido).
Introducción:
Las proteínas son las macromoléculas más abundantes presentes en las células
vivas, poseen una gran variedad y diversidad en cuanto a su función biológica.
Son cadenas de unidades de aminoácidos que se encuentran unidos por medio de
enlaces peptídicos entre los grupos carboxilo y el grupo amino.
Estas También son el principal componente estructural y funcional de las células,
estas van desde su papel catalizador (enzimas) hasta su función en la motilidad
corporal (activa, miosina) pasando por el papel mecánico (elastina, colágeno) de
transporte y almacenamiento (hemoglobina, mioglobina, etc.), protección y
regulación.
Fundamento:
La función de una proteína depende directamente de su estructura, sus
interacciones con otras proteínas y su ubicación dentro de las células, los tejidos y
los órganos. La estructura y la función de las proteínas se estudian a gran escala en
proteómica, lo que permite la identificación de biomarcadores proteicos asociados
con estados mórbidos específicos y proporciona posibles dianas para el tratamiento
terapéutico.
El conocimiento de la estructura de las proteínas y la cartografía de su ubicación,
sus niveles de expresión y sus interacciones proporcionan una información valiosa
que puede utilizarse para inferir la función de las proteínas.
La estructura de las proteínas viene determinada por la secuencia de aminoácidos
que componen la proteína y por cómo la proteína se pliega en formas más
complejas. La estructura primaria viene definida por la secuencia de aminoácidos de
la proteína.
Se dividen en:
Metodología:
Para el desarrollo efectivo de esta práctica, se debe de ingresar a diversas bases de
datos en donde se pueden encontrar secuencias en aminoácidos y ácidos nucleicos
de proteínas.
a. Ingresar a la página web: “protein data bank” cuyo link se muestra a continuación:
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do Figura 1
b. Analizar cuatro proteínas diferentes, se sugiere que las proteínas que seleccionen
que sean de diversas estructuras, con la finalidad de observar su conformación
geométrica.
c. Usar el nombre de la proteína en idioma inglés al momento de utilizar la página
web.
d. Si el navegador no acepta la plataforma de la página web sugerida, se puede
acceder a cualquiera de las bases de datos propuestas en el siguiente link:
https://bioinf.comav.upv.es/courses/intro_bioinf/bases_datos.html
e. Descargar la secuencia de cada una de las proteínas seleccionadas en formato
FASTA, analiza la composición de los aminoácidos de la proteína.
f. Reportar el punto isoeléctrico, el número de hojas β y de α-hélices u otra
información relevante acerca de cada una de las proteínas seleccionadas.
Resultados/ reporte:
Nombre de la proteína:
6Z21
Clasificación:
ANTIMICROBIAL PROTEIN – Preoteína antimicrobiana
Formato fasta:
>6Z21_1|Chain A|Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC|Klebsiella pneumoniae
(573)
MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMLTNLVAEPFAKLEQDFGGSIGVYAMDTGSGATVSYRAE
ERFPLCSSFKGFLAAAVLARSQQQAGLLDTPIRYGKNALVPWSPISEKYLTTGMTVAELSAA
AVQYSDNAAANLLLKELGGPAGLTAFMRSIGDTTFRLDRWQLELNSAIPGDARDTSSPRAV
TESLQKLTLGSALAAPQRQQFVDWLKGNTTGNHRIRAAVPADWAVGDKTGTCGVYGTAN
DYAVVWPTGRAPIVLAVYTRAPNKDDKHSEAVIAAAARLALEGLGVNGQ
Características fisicoquímicas:
La carbapenemasa de Klebsiella pneumoniae (KPC) es una SBL generalizada que hidroliza
los carbapenémicos, los betalactámicos más potentes; las variantes conocidas de KPC
difieren en el recambio de oxiiminocefalosporinas de espectro expandido (ESOC), por
ejemplo, cefotaxima y ceftazidima.
Los resultados explican cómo las mutaciones puntuales amplían el espectro de actividad de
las SBL KPC clínicamente importantes para incluir ESOC a través de sus efectos sobre la
dinámica conformacional del intermediario acil-enzima.
Función principal en el organismo:
Lisis directa de microorganismos, modulación del sistema inmune, y construir un puente
entre la inmunidad innata (producidos por los microorganismos patógenos) y la inmunidad
adaptativa (respuesta inmunitaria a alguna infección o vacunación contra un organismo).
Las serina β-lactamasas (SBL) de clase A son determinantes clave de la resistencia a los
antibióticos en las bacterias Gram-negativas. Los SBL neutralizan los β-lactámicos a través
de un intermedio de acil-enzima covalente hidrolíticamente lábil.
Estructura tridimensional:
Beta-lactamasa hidrolizante de carbapenem KPC
Punto isoeléctrico: 7.1
Hojas β : 2
a-helices: 2
Nombre de la Proteína:
1B9C
Clasificación:
Proteína luminiscente
Formato FASTA:
>1B9C_1|Chains A, B, C, D|PROTEIN (GREEN FLUORESCENT PROTEIN)|
Aequorea victoria (6100)
ASKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVP
WPTLVTTFTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTISFKDDGNYKTRAE
VKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYITADKQKNGIKANFKIRH
NIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVT
AAGITHGMDELYK
Características fisicoquímicas:
Informamos la estructura cristalina y las propiedades de replegamiento de c3-GFP y
las comparamos con las del mutante menos fluorescente wt-GFP y S65T. La
topología y la estructura general de c3-GFP es similar a la GFP de tipo salvaje.
Función principal en el organismo:
Los experimentos de replegamiento in vitro en c3-GFP desnaturalizado con urea
revelan un comportamiento de renaturalización similar al de la molécula S65T, con
constantes cinéticas del mismo orden de magnitud. Concluimos que la mayor
actividad de fluorescencia de c3-GFP no puede atribuirse ni a características
estructurales particulares ni a un proceso de plegado más rápido, como se propuso
anteriormente.
Estructura Tridimensional:
Proteína (Proteína fluorescente verde)
Punto isoeléctrico: 5.1
Hojas β : 2
a-helices: 1
Nombre de la Proteína:
2JUA
Clasificación:
Proteína de Novo
Formato FASTA:
>2JUA_1|Chain A|de novo protein S836|unidentified (32644)
MYGKLNDLLEDLQEVLKHVNQHWQGGQKNMNKVDHHLQNVIEDIHDFMQGGGSGGKLQE
MMKEFQQVLDEIKQQLQGGDNSLHNVHENIKEIFHHLEELVHR
Características fisicoquímicas:
La estructura de la proteína más estable de una biblioteca con patrones binarios de
haces de 4 hélices de novo se resolvió previamente y se demostró que es
consistente con el diseño. Sin embargo, una estructura no puede evaluar
completamente el potencial de la estrategia de diseño, ni puede explicar las
diferencias en las estabilidades de las proteínas individuales. Para probar más
completamente la calidad de la biblioteca, ahora informamos la estructura de RMN
de una segunda proteína, S-836.
Función en el organismo:
Las bibliotecas de proteínas de novo brindan la oportunidad de explorar el potencial
estructural y funcional de las moléculas biológicas que no han sido sesgadas por
miles de millones de años de selección evolutiva. Dada la enormidad del espacio de
secuencias, es probable que un enfoque racional para el diseño de bibliotecas
produzca una fracción mayor de proteínas plegadas y funcionales que un muestreo
estocástico de secuencias aleatorias.
Estructura Tridimensional:
proteína de novo S836
Punto isoeléctrico: 5.5
Hojas β : 1
a-hélices: 4
Nombre de la Proteína:
1 OSB
Clasificación:
Transferasa SA/ADN
Formato FASTA:
>1OSB_1|Chains A[auth B], B[auth D]|Dna oligonucleotide|
GCGCACCGAAAGGTGCGTATTGTCT
>1OSB_2|Chains C[auth A], D[auth C]|TrwC protein|Escherichia coli (562)
MLSHMVLTRQDIGRAASYYEDGADDYYAKDGDASEWQGKGAEELGLSGEVDSKRFRELL
AGNIGEGHRIMRSATRQDSKERIGLDLTFSAPKSVSLQALVAGDAEIIKAHDRAVARTLEQA
EARAQARQKIQGKTRIETTGNLVIGKFRHETSRERDPQLHTHAVILNMTKRSDGQWRALKN
DEIVKATRYLGAVYNAELAHELQKLGYQLRYGKDGNFDLAHIDRQQIEGFSKRTEQIAEWYA
ARGLDPNSVSLEQKQAAKVLSRAKKTSVDREALRAEWQATAKELGIDFS
Características fisicoquímicas:
La estructura tridimensional del dominio relaxasa de TrwC en complejo con su ADN
afín en oriT muestra un pliegue construido sobre un sándwich alfa/beta de dos
capas, con una hendidura estrecha y profunda que alberga el sitio activo.
Función en el organismo:
Las relaxasas son transferasas de cadenas de ADN que catalizan las etapas
inicial y final del procesamiento del ADN durante la transferencia de ADN
conjugativa de célula a célula. Al unirse al ADN del origen de la transferencia
(oriT), la relaxasa TrwC funde la doble hélice.
Estructura Tridimensional:
Oligonucleótido de ADN
Punto isoeléctrico: 4.8
Hojas β : 2
a-hélices: 2
