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NOTA DE PRENSA
Barcelona, 2 de marzo de 2017
Edición genética: Una nueva herramienta permite
eliminar fragmentos de ADN de forma precisa y fácil
Científicos del Centro de Regulación Genómica liderados por Rory
Johnson han desarrollado una herramienta para poder eliminar de forma
fácil y rápida partes del genoma en células vivas. Este software supone un
avance para llegar a comprender las grandes regiones del ADN que no
codifican para proteínas, es decir, la “materia oscura” del ADN, lo que
impulsará el descubrimiento de nuevos genes causantes de enfermedades
y de nuevos tratamientos potenciales.
La genómica es el campo de la investigación que estudia cómo nuestro genoma -o
la secuencia completa del ADN- es específica para cada ser humano y, cómo los
errores en esta secuencia dan lugar a enfermedades. Hasta hace poco, la genómica
consistía en “leer” el genoma: los investigadores usaban tecnología de última
generación para poder leer las secuencias de los genomas y sus distintas capas
reguladoras. No existía pues ninguna forma para editar o eliminar el ADN ya fuera
para la investigación como para potenciales intervenciones terapéuticas.
Hace unos pocos años, esta perspectiva cambió con el descubrimiento de una
técnica revolucionaria para la edición de genomas: «CRISPR-Cas9». CRISPR-Cas9
es una herramienta molecular formada por dos componentes: una especie de código
de barras molecular, llamado «sgRNA», que lo diseña el investigador para reconocer
una ubicación precisa en el genoma; y una proteína, Cas9, que se une a la secuencia
guía (sgRNA). Al introducir estas dos unidades, los científicos pueden llevar a cabo
un amplio rango de operaciones en lugares específicos del ADN, ya sea introducir
pequeñas mutaciones, regular la actividad de un gen, marcarlo con alguna secuencia
pequeña, etc. Hasta el momento, la mayoría de estudios que usaban CRISPR-Cas9
pretendían silenciar genes que codifican para proteínas.
Aun así, nuestro genoma contiene un 99% de ADN que no codifica para proteínas.
Esta proporción que a menudo se ha descrito como la “materia oscura” del genoma,
tiene un papel muy importante para comprender diversos aspectos de la biología
humana como por ejemplo la evolución o el desarrollo de algunas enfermedades.
Hasta hace poco, no existían herramientas experimentales que permitieran estudiar
estas regiones más desconocidas del genoma.
Los investigadores que estudian ADN no codificante se han mostrado
particularmente ilusionados con el descubrimiento de CRISPR-Cas9 porque podría
ser una herramienta muy potente para estudiar, por primera vez, el ADN no
codificante. Rory Johnson, investigador del grupo dirigido por Roderic Guigó en el
Centro de Regulación Genómica (CRG) y que actualmente lidera su propio
laboratorio en el departamento de investigación clínica de la Universidad de Berna
(Suiza), creó una herramienta basada en CRISPR-Cas9, llamada «DECKO», que
puede usarse para eliminar cualquier fragmento de ADN no codificante. La principal
ventaja de DECKO es que utiliza dos secuencias guía (sgRNAs) que actúan como
dos tijeras moleculares y cortan un fragmento de ADN de forma efectiva y sencilla.
Mientras trabajaban con DECKO, Johnson y colaboradores en el laboratorio de
Roderic Guigó, se dieron cuenta que no existía ningún software para diseñar los
pares de secuencias guía (sgRNAs) necesarios, así que diseñar los experimentos
requería mucho tiempo. Para superar este obstáculo, el estudiante de máster Carlos
Pulido diseñó un software llamado CRISPETa y las investigadoras Estel Aparicio y
Carme Arnán llevaron a cabo los experimentos para validar las predicciones del
software.
CRISPETa es una solución muy potente y flexible para diseñar experimentos para
eliminar fragmentos de ADN con CRIPR. El usuario informa a CRISPETa qué región
es la que le gustaría eliminar y el software propone un conjunto de pares de
secuencias guía (sgRNAs) que los investigadores ya pueden usar a nivel
experimental. Uno de los principales atractivos de este software es que permite
diseñar experimentos a gran escala. Además, CRISPETa está pensado para que lo
utilicen investigadores sin experiencia en programación y cuenta con una vista fácil
de usar acercando la técnica de CRISPR a un gran número de científicos en
biomedicina.
La revista PLoS Computational Biology publica CRISPETa y también una nueva
versión de DECKO, más barata y rápida que la anterior. Los investigadores muestran
que los diseños que propone CRISPETa eliminan de forma eficiente los fragmentos
deseados en células humanas. Y, aún más importante, en aquellas regiones donde
se producen moléculas de ARN, los investigadores observaron que en las moléculas
de ARN también se había eliminado el fragmento elegido.
CRISPETa será un recurso útil para muchos investigadores, incluso aquellos grupos
experimentales más modestos. Los usuarios podrán, por ejemplo, eliminar una
región que se sospeche que puede ser funcional de ADN no codificante y comprobar
el resultado experimentalmente a nivel celular o molecular. Este software también
será potencialmente valioso para aquellos grupos que quieran utilizar CRISPR con
fines terapéuticos. Por ejemplo, eliminando una región de un ADN no codificante que
se sospecha que pueda estar relacionado con una enfermedad. Asimismo,
CRISPETa será una herramienta muy útil para los cientos de laboratorios en todo el
mundo que ya están utilizando CRISPR.
«Esperamos que este nuevo software pondrá la técnica de CRISPR y todo su poder
para la investigación al alcance del mayor número de investigadores posible»,
comenta Carlos Pulido, el estudiante que desarrolló el software CRISPETa.
«Básicamente, esperamos que la eliminación con CRISPR y otras herramientas de
ingeniería genómica revolucionen la capacidad que tenemos para comprender las
bases genéticas de las enfermedades y, en particular, del 99% del ADN que no
codifica para proteínas. Además de poder usarlo como una herramienta básica para
la investigación, CRISPR podría incluso utilizarse en el futuro como un potente
recurso terapéutico para revertir las mutaciones que causan enfermedades», añade
Rory Johnson.
El estudio se ha publicado hoy en la revista PLOS Computational Biology. Esta
investigación ha contado con el apoyo y la financiación del Ministerio de Economía.,
Industria y Competitividad del Gobierno de España, la Generalitat de Catalunya, el
Consejo Europeo de Investigación (ERC) y la Comisión Europea en el 7º Programa
Marco, el National Human Genome Research Institute de los National Institutes of
Health de Estados Unidos y, parcialmente financiado por la SNF mediante el «RNA
& Disease» NCCR de la Universidad de Berna (Suiza).
Referencia: Pulido-Quetglas C, Aparicio-Prat E, Arnan C, Polidori T, Hermoso T,
Palumbo E, et al. (2017) Scalable Design of Paired CRISPR Guide RNAs for Genomic
Deletion. PLoS Comput Biol 13(3): e1005341. doi: 10.1371/journal.pcbi.1005341
Imagen disponible en:
http://www.crg.eu/sites/default/files/news/crispr.jpg
Pie de foto: Cómo funciona la eliminación con CRISPR. Las secuencias guía
(sgRNAs) – representadas por las cintas de color naranja- indican a las proteínas
Cas9 (tijeras) el fragmento a eliminar. El software CRISPETa diseña pares de
secuencias guía (sgRNAs) óptimas para la eliminación de fragmentos. © Pulido-
Quetglas et al, CCBY
Para más información y entrevistas:
Laia Cendrós, oficina de prensa, Centro de Regulación Genómica (CRG).
Tel. +34 93 316 0237 – Móvil +34 607 611 798 – Email:
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