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Estrategias de Replicación de Retrovirus

El documento resume las estrategias de replicación de virus con retrotranscriptasa como los retrovirus y los hepadnavirus. Los retrovirus usan la retrotranscriptasa para retrotranscribir su ARN genómico a ADN de doble cadena que luego se integra en el genoma celular. Los hepadnavirus también tienen retrotranscriptasa pero no son retrovirus. El ciclo de replicación de los retrovirus incluye la entrada al huésped, la retrotranscripción del ARN a ADN, y la integración del provirus en el genoma celular.
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Temas abordados

  • Anticuerpos,
  • Salida de viriones,
  • Efecto de la proteína Tat,
  • Retrovirus,
  • Estructura viral,
  • Mutación,
  • Células hepáticas,
  • Flavivirus,
  • Hepatitis D,
  • Ciclo viral
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Estrategias de Replicación de Retrovirus

El documento resume las estrategias de replicación de virus con retrotranscriptasa como los retrovirus y los hepadnavirus. Los retrovirus usan la retrotranscriptasa para retrotranscribir su ARN genómico a ADN de doble cadena que luego se integra en el genoma celular. Los hepadnavirus también tienen retrotranscriptasa pero no son retrovirus. El ciclo de replicación de los retrovirus incluye la entrada al huésped, la retrotranscripción del ARN a ADN, y la integración del provirus en el genoma celular.
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  • Efecto de la proteína Tat,
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  • Células hepáticas,
  • Flavivirus,
  • Hepatitis D,
  • Ciclo viral

Lucía Alba Ordóñez

TEMA 9: Virus con retrotranscriptasas (VI)


Familia Retroviridae. Familia Hepadnaviridae.

1. ESTRATEGIAS DE REPLICACION DE VIRUS ARN

No todos los virus que tienen retrotranscriptasa son retrovirus. Todos los retrovirus tienen
retrotranscriptasas, pero no lo recíproco. La familia Hepadnaviridae tiene retrotranscriptasa,
pero no es un retrovirus, a pesar de estar en este tema. La transcriptasa inversa o
retrotranscriptasa es una DNA polimerasa dependiente de RNA.

Los retrovirus usan la retrotranscriptasa para retrotranscribirse e insertarse en el genoma,


mientras que los otros no lo usan para eso. El genoma RNA de polaridad positiva se
retrotranscribe a moléculas de DNA y esta es la que se integra en el genoma en los retrovirus,
luego se transcriben normalmente. Para esto se necesitan actividades y proteínas de la cápsida,
por lo que si inyectamos el genoma a la célula no se obtiene progenie. Esto hace complicado
diseñar vacunas.

2. FAMILIA RETROVIRIDAE

Son virus con simetría icosaédrica y envuelta.. Poseen ARNss(+) con 5’cap y 3’poliA, aunque no
se traducen al entrar. Es diploide, posee 2 moléculas de RNA en el interior de las cápsidas. La
tasa de mutación que tienen a la hora de replicarse es muy alta, una segunda copia asegura que
el virus que se va a generar será viable Usa la retrotranscriptasa (contenida en el interior) para
producir ADNds que se integra en el genoma celular (provirus). Además algunos pequeños ARNt
esenciales para la infectividad, en concreto, 2 tRNA que no se traducen y se encuentran
asociados a las 2 moléculas del genoma, sirven para iniciar la retrotranscripción. Forman un
intermediario dsDNA que se integra en el genoma del huésped (provirus).

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Lucía Alba Ordóñez

Presentan en la envuelta una proteína con 2 subunidades, una parte transmembrana (TM) y otra
globular (SU). Son trímeros y son los que reconocen al linfocito. También encontramos otras
proteínas que deben llevar en la cápsida (estructurales) o estar dentro del virión
(retrotranscriptasa (RT), integrasa (IN) y proteasa (PR).

2.1. Genoma de retrovirus

En el genoma encontramos regiones no codifcantes (LTR) en ambos extremos,


todos los retrovirus tienen repeticiones LTR en los extremos. No se traducen, ni
tienen pautas abiertas de lectura, aunque tienen una importante función,
suelen ser zonas de unión de los factores de transcripción del huésped. Y dos
ARNt asociados, uno a cada molécula, para iniciar la retrotranscripción. La
estructura de RNA es como la imagen y tiene asociado s 2 pequeños tRNA ,
hibridados en una región complementaria por encima de los genes gag, que se
pueden considerar parte del genoma porque hacen que el virión sea infectivo,
sin ellos no es infectivo.

Podemos dividir los genes comunes de la familia en tres bloques (genes


esenciales, lo tienen todos los retrovirus):

- gag (proteínas de la cápsida y matriz)


- pol (catalíticos como la RT, integrasa, proteasa…)
- env (glicoproteínas de la envuelta).

Dependiendo del virus y su complejidad pueden tener otros genes específicos adicionales
denominados auxiliares:

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Lucía Alba Ordóñez

- Genes adicionales: nef, tat, vif, vpu, vpr que regulan la expresión génica del provirus en
retrovirus complejos. Hacen que la célula se debilite y el virus prolifere.
- En oncovirus también onc (oncogen, suele reemplazar un gen estructural). No todos los
retrovirus son oncogénicos, solo los que tienen genes onc.

Disección de los LTRs y su papel en la RT

El genoma del provirus tiene un tamaño mayor que la molécula de RNA genómico. En el proceso
de retrotranscripción adquiere las secuencias LTR (long terminal repeats). Las repeticiones LTR
de los extremos tienen algunos genes repetidos como los R, y luego algunas que difieren en
secuencia como U5 y U3.

En el extremo 5’ se encuentra el promotor de la transcripción. En el primer paso de la


retrotranscripción se hace una copia de RNA+ a DNA - y la propia retrotranscriptasa va a hacer
la complementaria de DNA+ para dar la doble hebra de DNA. Una vez que ha pasado a DNA, este
es válido para iniciar la expresión de proteínas virales.

En las repeticiones LTR podemos encontrar:

- Extremo 5’:
o R (redundante): Interviene en la retrotranscripción. Se encuentran en ambos
extremos y son importantes para iniciar las copias complementarias de DNA,
primera y segunda copia.
o U: Secuencias únicas. o U5: donde se inicia la retrotranscripción.
o PBS (Primer binding site): 18 nt (nucleótidos) complementarios a 3’ del tRNA
que actúa como cebador de la retrotranscripción. Es la región donde hibrida el
tRNA viral que sirve de cebador para iniciar la copia de la cadena
complementaria de DNA. La retrotranscripción se inicia por hibridación del ARNt
en la secuencia PBS de 5'LTR que actúa como un cebador.
o L: implicado en el splicing de los distintos mRNAs subgenómicos (pre -
mensajeros). Lleva señales de empaquetamiento.
- Extremo 3’:
o PPT: secuencia rica en purinas (son más difíciles de desnaturalizar porque tienen
3 puentes de hidrógeno). Contiene el sitio de iniciación para la cadena (+) del
DNA viral en el provirus.

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Lucía Alba Ordóñez

o U3 : secuencia única. Sitio para la integración, es necesaria para que el virus


pueda integrarse en el cromosoma.
o R.

2.2. Ciclo de un Retrovirus (HIV)

1. Unión especifica

La entrada del VIH se produce por reconocimiento del receptor CD4 de un linfocito T y posterior
fusión mediada por un correceptor que estabiliza la unión. Esto es posible debido a que el
antígeno viral (SU) interacciona con CD4, exponiéndose el péptido fusogénico que fusiona
ambas membranas. Hay una interacción de las proteínas de envuelta, la parte globular SU
interacciona con el receptor CD4 y permite la entrada. Se necesita una quimioquina relacionada
con el receptor y es lo que le da la especificidad. Hay un cambio de conformación, que hace que
el péptido de fusión interaccione con la cé lula de l linfocito T y se produce la fusión de
membranas. Una vez en el citoplasma se libera el ARNss(+) y se inicia la retrotranscripción.

2. Retrotranscripción

Lo primero que hace el virus al entrar en la célula es retrotranscribirse, por lo que la RT copia el
RNA a ssDNA (-) y luego hace una copia de este obteniendo dsDNA. Las regiones no codificantes,
son importantes porque incluyen secuencias imprescindibles para integrar el dsDNA viral.

La secuencia PBS tiene 18 NT complementarios al tRNA, que sirve como iniciadores de


retrotranscripción.

I. Iniciación de la síntesis del (-) ssDNA usando el tRNA como cebador.


La retrotranscripción comienza con la síntesis de ssDNA (-) cerca del extremo 5’ del RNA
genómico, utilizando el tRNA como primer. El tRNA hibrida con el extremo 5’ del RNA
genómico en la región PBS .A partir de este tRNA se produce la síntesis de la cadena
negativa de DNA hasta llegar a la secuencia repetida R del extremo 5’ del molde. ’.
Según se va copiando a la molécula de ssDNA (-) se va degradando la molécula de RNA
que se está utilizando como molde por la actividad RNAsa H de la RT. El extremo R que
se encuentra en 3’, cuando se encuentra como cadena sencilla, hibrida con la región R
del extremo 3’ de la molécula de RNA genómico, y la RT hace su primer salto
intracatenario para seguir copiando la información hasta terminar la molécula de RNA.

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Lucía Alba Ordóñez

II. Iniciación de la síntesis de (+) ssDNA


Simultáneamente, antes de que se termine de copiar el DNA (-), se va a iniciar la síntesis
de la segunda cadena de DNA. Como ya hemos dicho, conforme se va sintetizando el
DNA (-), se va degradando el RNA por la RNAsa, pero hay una región ppt de polipurinas
que es más resistente a la degradación por RNAsa. Esta secuencia va a servir de cebador
para sintetizar la DNA (+). La ristra de polipurinas (ppt) de aproximadamente 13 a 15 nt
(nucleótidos) sirve como cebador. La cadena positiva se sintetizará utilizando como
molde la cadena de DNA de polaridad negativa.
La síntesis de la cadena (+) de DNA se parará después de copiar la porción en la que
hibridó el tRNA dando lugar a la región PBS de la cadena (+). Se elimina el tRNA por la
RNAsa y la actividad RNAsa corta y elimina los dos cebadores de RNA. La región PBS de
ambas cadenas queda libre, hibridan y la RT realiza el 2 salto intracatenario.

III. Síntesis del dsDNA


La retrotranscripción retroviral se ha llamado “replicación destructiva”, ya que no hay
ganancia neta de genomas, sino más bien una sustitución de una molécula de RNA por
2 moléculas de DNA (dsDNA).
RT no sólo hace una copia de dsDNA del genoma retroviral para integrarse, sino que
también produce los LTRs que contienen las señales necesarias para la transcripción del
genoma integrado.
Finalmente tenemos una molécula de DNA de doble cadena con toda la información del
RNA, que además tiene una duplicación de un pequeño fragmento en el extremo, como
consecuencia de que el R esté repetido, y se produzca un salto en la molécula que
permita el proceso de retrotranscripción. El provirus tiene la secuencia más larga que el
genoma de RNA debido a los saltos intracatenarios.

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3. Integración

Una vez retrotranscrito, el dsDNA migra la núcleo y se integra en el genoma de la célula


hospedadora gracias a la actividad integrasa del retrovirus. Se integra en un sitio al azar. La
polimerasa rellena y sella la cicatriz producida por la integración del genoma. En el proceso de
integración se pierden 2 nt en el DNA viral (gap) pero son reparados aunque se quedan como
una cicatriz del lugar de la integración.

Este genoma se queda silenciado, con niveles de transcripción muy bajos, durante mucho
tiempo, mientras que las secuencias promotoras que codifican los genes virales no se activen
(no es latencia). Durante este proceso aunque la transcripción basal es baja, esta es suficiente
para alterar el sistema inmune del hospedador, que es más sensible a estímulos, producción de
citoquinas y sensible a infecciones de otro tipo que pueden hacer que la transcripción viral se
active. Se mantiene de esta manera hasta que el sistema inmune se encuentra lo
suficientemente afectado, una situación de estrés relacionada con el sistema inmune.

No hay transcripción viral hasta que se alcanza la fase de activación inmunológica, que es cuando
el factor de transcripción FT de los linfocitos está activo, es decir, cuando el sistema inmune está
comprometido. El promotor se encuentra en 5’LTR, y genera el pre-ARNm viral.

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4. Transcripción/Replicación Viral

Los promotores virales se encuentran en el extremo LTR de 5’, en U3 y necesita de factores de


transcripción celulares para su activación. Para que la transcripción viral se active es necesaria la
presencia de factores de transcripción celulares, y que una RNA pol de la célula reconozca la
secuencia y permita así la transcripción.

Esto solo se produce en el curso de los proceso s de activación inmunológica: Cuando la célula T
está en reposo esta transcripción es muy baja (los FT requeridos no están presentes o accesibles
al promotor) , y cuando se induce en respuesta a otras proteínas activadoras, los FT de la célula
son capaces de iniciar este proceso.

Una vez activada la transcripción se genera un pre -mensajero que sufre múltiples eventos de
splicing (hasta 4) que van a generar distintos mRNA, y estos generarán todas las proteínas
necesarias para producir las partículas virales.

5. Morfogénesis y salida

Durante la morfogénesis y salida del virión, las proteínas de la envuelta se generan y disponen
en la membrana mientras que los productos Gag se procesan con cada una de las proteínas que
compone el virión. La retrotranscriptasa, la integrasa, una proteasa y otros productos de los
genes pol se empaquetan en los nuevos viriones junto a dos copias del material genético en
forma de ARN(+). Al salir por gemación, las partículas víricas se someterán a un proceso de
maduración por proteolisis para poder ser viriones infectivos y seguir con el ciclo. En el momento
de la gemación se procesa el precursor Gag.

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2.3. Proteínas auxiliares en retrovirus complejos

En los virus complejos hay otros genes adicionales que codifcan las proteínas auxiliares:
proteínas reguladoras (Tat y Rev que aunque actúa a nivel transcripcional no son factores de
transcripción) y proteínas accesorias (Nef, Vif, Vpr, Vpu, Vpx…).

Control de la expresión génica en HIV -1.

La proteína Tat lleva acabo un control de la expresión génica en el VIH-1, elonga la transcripción.
No es un factor de transcripción porque no se une a RNA. Actúa a nivel de transcripción, pero no
es un factor de transcripción porque no se une a RNA, se une al mensajero que se está
transcribiendo. Se une a una secuencia en el RNA, concretamente a una estructura 2º que tiene
la molécula de RNA transcrita e iniciada.

En ausencia de Tat, la iniciación desde el 5’LTR es efciente pero la polimerasa se cae del molde
de ADNds debido a la formación de una estructura secundaria. No es procesiva y predominan
los transcritos cortos. Sin embargo, a veces se consigue un tamaño de ARNm sufciente que
codifca la Tat.

En presencia de Tat, predominan los transcritos largos, asegura la transcripción completa del
provirus cuando es necesario. Cuando está presente la proteína Tat se une a la secuencia de RNA
y permite que la RNA pol atraviese esta estructura secundaria y consiga copiar la molé cula de
DNA. TAR es la región de reconocimiento de la proteína Tat.

Control post-trancripcional en HIV-1

La proteína Rev participa en el transporte, procesamiento y traducción del ARNm.

Antes de sintetizarse Rev, solo se exportan al citoplasma ARNms virales pequeños totalmente
procesados por splicing, que traducen las proteínas reguladoras (Tat, Rev y Nef).

Una vez sintetizada Rev, entra en el núcleo y se une a RRE (rev-responsive element) presente en
el ARNm entero y facilita que el resto de los transcritos sean exportados al citoplasma y
traducidos. Esto permite que se exporten los que codifican proteínas catalíticas, de la cápsida,
de la envuelta... De nuevo conseguimos un efecto presente en muchos virus: regulación
temporal de proteínas catalíticas y estructurales. Regula el tránsito de mensajeros al citoplasma
y discrimina qué proteínas se traducen en ese momento. Es un proceso de regulación temporal

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Lucía Alba Ordóñez

de la aparición de proteínas virales mediante el uso de un producto de estos mensajeros


procesados. En presencia de Rev se transportan otros mensajeros que no están totalmente
procesados y que tienen otras funciones, concretamente vemos el de gag y pol o proteínas
estructurales.

Vpr es una proteína accesoria en HIV que interfiere con el ciclo celular del linfocito T que está
infectando. Se produce al inicio de la infección. La proteína Vpr facilita la entrada del ADNds al
núcleo antes de integrarse. Se une a canales nucleares.

Además, promueve la parada del ciclo celular en G2 (aumentando la producción viral) y la


transactivación de genes celulares y la inducción de la diferenciación celular, aumentando la
supervivencia de células crónicamente infectadas.

La interacción con el sistema inmune. Vpu, Nef , Vif

Algunas de las proteínas de la membrana celular son degradadas por acción de proteínas virales.
El virus previene así el desencadenamiento de respuesta inmune

- Nef y Vpu

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Lucía Alba Ordóñez

Son dos proteínas producto del procesamiento completo


del pre - mensajero. Interfieren con los receptores de
membrana en los linfocitos CD4, destruyendo así el virus
la vía de entrada de este. Inducen la degradación del
receptor CD4 y otros receptores del sistema inmune,
como MHC -1, y esto hace que se induzcan otras señales
para que estos se degraden por el proteosoma. De esta
forma, las células quedan alteradas en cuanto a su
señalización o participación en el sistema inmune. Nef:
degrada CD4 y Vpu interacciona con el MHC -1.
- Nef
También afecta a la transducción de señales aumentando
la actividad del activador transcripcional celular Nf-kβ y
quizás otras proteínas implicadas en la transcripción
celular. Alterando así el correcto funcionamiento de la
célula
- Vif
inhibe la acción de APOBEC (citidina deaminasa =
mecanismo celular de defensa.) Es un factor de
infectividad viral., incrementandola actividad.

2.4. Control de la traducción en retrovirus

Los genes gag y pol están en el mismo mensajero (Gag-Pol ARNm). Cuando este se ha transcrito,
pueden controlar la traducción de dos formas:

• Supresión de la terminación

Es el caso del virus de la leucemia murina de Moloney MMLV: El precursor, producto del
procesamiento del pre -mensajero, se traduce y cuando llega al final de los genes gag , en
UAG , se para. Se sintetiza así un péptido que contiene los genes gag que se sigue
procesando. La traducción del mensajero de tamaño completo da lugar al péptido que
contiene solo los genes gag, pero con cierta frecuencia, de un 4 -10%, se produce una
supresión del codón de STOP y sigue traduciendo dando un péptido más grande que
contiene los genes gag y pol (retrotranscriptasa e integrasa). Mediante este mecanismo se
puede regular la cantidad de proteínas, y que un 95% de productos sean de genes gag y un
5% de pol. Así se regula cantidad de producto génico y la cantidad de enzimas codificadas
por Pol (RT, PR e IT) sea menor que los genes Gag. Sin este “error” no tendríamos ni integrasa
ni retrotranscriptasa.

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Lucía Alba Ordóñez

• Cambio de fase de lectura

Es el caso del virus del Sarcoma de Rous (RSV ): retrovirus


sencillo: Otra forma de regular la cantidad de péptido largo
que contiene los genes gag y pol es por un cambio en la
fase de lectura. encontramos gag y pol en ese orden, pero
ahora en distintas pautas de lectura, y lo que se hace es
cambiar la ORF en una secuencia en la que el ribosoma
patina, generando un precursor más largo. Hay una
secuencia que se denomina escurridiza, rica en A y U, y
esta hace que el ribosoma “patine” y se salta uno de los
ribonucleótidos cambiando así la pauta de lectura,
traduciendo un péptido distinto. Esto ocurre un 5% de las
veces. Es un evento necesario porque si no, no se
traducirían los genes pol y las partículas virales no serian
infectivas.

2.5. Glicoproteína Env

Los genes env se sintetizan al fInal, cuando hay que empaquetar nuevas partículas. El ARNm
sufre splicing para generar el Env ARNm. Este se traduce en ribosomas asociados al RE para
producir un péptido precursor. Este precursor se procesa y madura a través de RE y el AG hasta
la membrana plasmática donde espera hasta la liberación.

Las proteínas de la envuelta , que son las que han reconocido el receptor CD4, se generan
mediante traducción de un mensajero producido por splicing alternativo. Su mRNA solo se
exporta con la proteína Rev. Esto permite traducir un péptido de tamaño completo que se va a
procesar en las dos subunidades que componen la glicoproteína de la envuelta. Este
procesamiento del precursor se hace a través d el RE y Golgi. No necesitan volver al núcleo.

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3. FAMILIA HEPADNAVIRIDAE

De las hepatitis virales, solo la hepatitis B (HBV) está causada por un virus que pertenece a esta
familia.

Son partículas esféricas con envuelta, muy estable y resistente a desinfectantes, a solventes
orgánicos, a temperatura y a pH. Genomio muy pequeño (3,2 kb) aunque el ciclo de vida es muy
complejo.

El virión del virus de la Hepatitis B (HBV)

Tiene muy pocas proteínas:

- HBcAg: core: Proteína de la cápsida icosaédrica.


- HBV-P (TP): catalítica. Unida al DNA con actividad
RT, RNasaH y polimerasa dependiente de DNA (no
PR ni INT).
- Glicoproteínas: proteínas de la envuelta:
o Proteína S (HBsAg) (HB surface antigen).
Es la más abundante.
o Proteína M
o Proteína L.
- HBeAg: Antígeno e. Contiene una secuencia extra
en Nt de HBcAg. Implicado en patogenia.

Es esférico, pero cuando vemos una preparación o suero de un enfermo vemos partículas de tipo
filamentoso, otras esféricas de tamaño mediano y otras pequeñas. La filamentosa y la esférica

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Lucía Alba Ordóñez

pequeña no son infectivas porque no tiene DNA. Esto ocurre por exceso de proteínas de
superficie. Estas dos pueden ser usadas como vacuna porque no tienen genoma.

3.1. Genoma de HBV

DNA parcialmente bicatenario y discontinuo. La cadena (+) está


incompleta en 3’. En 5’ de la cadena (-) se encuentra asociada la
proteína TP. En 5’ de la cadena (+) se encuentra asociado un pequeño
RNA con cap. Recuerda a un transcrito.

En los extremos 5’ de ambas hebras encontramos repeticiones DR1


y DR2 implicadas en la retrotranscripción. peticiones directas de 11
bases DR1 y DR2 en 5’ de ambas hebras, implicados en la RT,
permitiendo el salto intracatenario entre las hebras.

Posee también dos secuencias enhancer y una señal de


poliadenilación. Necesarias para iniciar la transcripción del pregenoma.

3.2. Ciclo del HBV

1. Unión específica HBsAg – receptor en el hepatocito (?). No está muy bien caracterizado el
receptor de la célula.

2. Entrada en el citoplasma y decapsidación.

3. Entrada en el núcleo, reparación y formación de la forma ccc (circular covalentemente


cerrado) (dsDNA). Hay una parte parcialmente haciendo doble cadena y se rellena la parte de
cadena sencilla en un proceso de reparación para dar la forma ccc, DNA de doble cadena y
circular. Se pierde la proteína terminal y se asocia con histonas celulares.

4. Transcripción Pregenoma : Es una molécula que resulta por la transcripción de la molé cula
de DNA de doble cadena.

5. Salida al citoplasma y traducción viral.

6. Retrotranscripción. Es lo que da lugar a la molé cula de genoma que habíamos visto que era
parcialmente complementaria.

7. Ensamblaje de la cápsida y empaquetamiento del genoma.

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Lucía Alba Ordóñez

8. Liberación de viriones.

El ciclo viral comienza con la unión específica de HBsAg al receptor en el hepatocito, seguida de
la entrada en el citoplasma y decapsidación. El genoma entra en el núcleo, donde tiene lugar la
reparación y formación de la forma ADNccc (ADNds completo). Posteriormente sucede la
transcripción para generar el ARN pregenoma. Este ARN sale al citoplasma y se traduce. También
ocurre en el citoplasma la retrotranscripción para formar un nuevo ADNds parcial. Por último, se
ensambla la cápsida y se empaqueta el genoma, liberación finalmente los viriones.

En este virus no se integra en el cromosoma de la célula huésped. La retrotranscripción sirve


para “replicar ” o generar más moléculas de genoma.

3.3.Replicación y expresión génica del HBV.

El virión infecta a la célula hospedadora, y la cápsida permite que el genoma entre en el núcleo
donde se repara, tras perder la proteína terminal. Luego se transcribe para dar el pregenoma,
que servirá para generar distintos mensajeros que se traducen y generan proteínas de la cápsida,
pero también para retrotranscribirse y dar la molécula de genoma.

- Reparación y circularización:
o Primer paso tras la entrada. El genoma debe entrar en el núcleo y lo hace en
forma cccDNA.
o Rellenado de gaps y pérdida de TP.
o Asociación con histonas celulares.
- Transcripción en el núcleo gracias a la RNApol OO celular → Pregenoma RNA.
- Gran persistencia de la transcripción
- Salida al citoplasma, RT y encapsidación de nuevas partículas.

El genoma viral se debe transformarse en ADNccc (covalently closed circular DNA episome). Esto
supone la pérdida de la TP, el rellenado de gaps y la asociación con histonas celulares. La
transcripción en el núcleo se lleva a cabo por la ARN polimerasa celular para generar el ARN
pregenómico, que sirve de ARNm y como molde para generar el genoma por retrotranscripción.

3.4. Transcripción del HBV

Tiene 7 señales de inicio de transcripción de genes solapantes.


Se lee información en ambas direcciones. Hay 4 marcos de
lectura principales:

• ORF C: tiene dos señales de inicio y da lugar las proteínas del


core (cápsida), HBcAg y HbeAg.

• ORF P: tiene una señal de inicio y contiene la polimerasa TP.

• ORF S: tiene tres señales de inicio y contiene los precursores


Pre-S1 (proteína L), Pre-S2 (proteína M) y la proteína S (HBsAg:
es el antígeno principal,

• ORF X: contiene la proteína HBxAg, relacionada con la producción de tumores.

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Lucía Alba Ordóñez

Inicio de la Retrotranscripción

La RT tiene lugar en las partículas inmaduras. La polimerasa P viral reconoce la estructura ε en


el RNA pregenómico. La estructura ε también se encuentra en 3’ de otros RNAs pero solo es
funcional en 5’. El RNA pregenómico tiene una estructura secundaria que forma bucles, llamadas
estructuras épsilon, que están en el extremo 5’ y 3’. Estas estructuras, muy parecidas a los tRNA
de los retrovirus, actúan como cebadores para iniciar la retrotranscripción. Estas estructuras
también permiten que se introduzca esta molécula que se está retrotranscribiendo en las
precápsidas virales que se están ensamblando.Se produce la activación enzimática de P que
inicia la RT. Primero síntesis de cadena ssDNA .

Simultáneamente se está traduciendo las proteínas L, M y S, que se ensamblan y se dirigen hacia


el pre Golgi. Proteínas de envuelta, la S, M y L son glicoproteínas que se transcriben en
mensajeros virales, se tienen que procesar a través de RE y Golgi para en salida formar parte de
la envuelta. El proceso de retrotranscripción y de encapsidación es casi simultáneo.

Si tenemos una molécula de pregenoma, la


estructura en el extremo 5’ sirve de molde para
que la proteína P se una y la reconozca. Se
comienza la retrotranscripción en 5’-3’ y, como
en los retrovirus, se mueve en la dirección que
hace que se acabe el molde en cuanto empieza,
pero como tiene una secuencia repetida se
forma un primer loop intracatenario que permite
que se desplace al otro lado de la molécula y
sigue elongando. Mientras se va copiando la
cadena – de RNA, la actividad RNasa va
degradando el molde de RNA. La proteína P es
una polimerasa que tiene actividad RNasa y
Polimerasa. No hay actividad proteasa ni
integrasa. Este virus no se integra en genoma.

La cadena (+) usa un cebador RNA. La síntesis de


la cadena (+) (incompleta) se ve interrumpida
aleatoriamente por el ensamblaje de la cápsida.
No hay una copia completa de la segunda cadena
de DNA, se paraliza la de polaridad positiva, la
segunda, antes de completarla. Esta forma
incompleta que no ha terminado de copiarse totalmente es la que se encapsida, la proteína
terminal queda unida a uno de los extremos. La síntesis de esta hebra positiva es incompleta y
finaliza con la adición de un ARN pequeño difícil de degradar que actúa como capuchón. Se

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Lucía Alba Ordóñez

genera así el ADNds parcial. El genoma del virus es un producto sin terminar de RT del
pregenoma viral.

3.5. Ensamblaje de las nucleocápsidad de HBV

La TP es una proteína terminal en 5’ con su dominio polimerasa que se asocia a histonas


celulares. En el proceso de inicio de la retrotranscripción ya se va ensamblando la proteína de
core a su alrededor y se va empaquetando en la cápsida de manera simultánea a RT. Este
complejo de RNA tiene señales de empaquetamiento que le permite n asociar la estructura de
la cápsida a su alrededor.

3.6. Salida de viriones de HBV

El exceso de HBsAg producido se interna en el RE en forma de agregados, que será excretado al


exterior junto a los viriones (para formar las partículas mencionadas). La región pre-C origina
HBeAg con un péptido señal en el Nt para excretarse al exterior.

La célula infectada produce, por tanto: viriones maduros, HBsAg y HBeAg.

Aquí no hay un sistema de regulación para producir más de una proteína que de otra, y como
resultado hay mucha proteína S. Estos dos antígenos sirven en clínica para diagnosticar la
enfermedad por ELISA. Es una ventaja que se produzcan en tal exceso las proteínas para el
estudio clínico porque se detecta una posible infección.

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Lucía Alba Ordóñez

4. FAMILIA FLAVIRIDAE

El agente delta (causante de hepatitis D)

Es un virus satélite que requiere de la presencia del HBV para replicarse. Comparten la misma
envuelta. Aprovecha el exceso de antígeno S que produce el virus de la hepatitis B para
encapsidar sus genomas y liberar las partículas de un virus que es distinto pero reconoce las
mismas células que el virus de la hepatitis B, aunque produce hepatitis por un mecanismo
distinto. El virus de la hepatitis D en ausencia del B no es infectivo. Requiere por tanto la
sobreinfección de una célula infectada con HBV (no confundir con coinfección, no tiene que ser
simultáneo). Tiene un solo antígeno que lo dota de actividad catalítica para replicarse.

Componentes:

• RNA: ssRNA + circular pequeño, de 1,6 nt. Su secuencia tiene un alto grado de heterogeneidad,
las que se han agrupado en 3 genotipos (I, II y III).

• Antígeno HDAs: Es el componente estructural del virión, que corresponde a una fosfoproteína
codificada por la hebra complementaria del RNA genómico. Existen 2 formas (24 y 27 kb)
generadas por edición del RNA durante la replicación, Se unen a una molécula de RNA viral para
formar el core.

• Envuelta lipoproteíca: Formada por las 3 proteínas del antígeno de superficie (HBsAg) de
hepatitis B (pequeño, mediano y grande)

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Common questions

Con tecnología de IA

The primer binding site (PBS) is critical in the retrotranscription process of retroviruses as it provides the site for tRNA annealing, which serves as the primer for DNA synthesis. Located at the 5' LTR, the PBS is complementary to the 3' end of the tRNA primer . This interaction is vital for initiating the synthesis of the (-) DNA strand, as the retroviral reverse transcriptase uses the tRNA to begin polymerization at the PBS, ultimately leading to the creation of a proviral DNA . The PBS thus plays an essential role in ensuring accurate and efficient reverse transcription, a key step that underpins the successful establishment of viral DNA within the host genome .

During retroviral virion assembly, structural proteins encoded by the gag gene are packaged to form the virion's core. Pol gene products, including reverse transcriptase, integrase, and protease, are also included within the viral particle, ensuring the virus can initiate infection immediately upon entry into a new host cell . Envelope glycoproteins, encoded by env genes, mediate the specific binding and entry of virions into susceptible cells . The process ensures that all necessary components for successful infection are present in newly formed virions, supporting the virus's ability to spread and propagate effectively . The precise packaging of these proteins during assembly is pivotal for maintaining infectivity and securing the continuity of the viral life cycle .

The genes gag, pol, and env are essential for retroviral replication, each with distinct roles. The gag gene encodes for structural proteins including the capsid and matrix, which form the core structure of the virus . The pol gene encodes catalytic proteins like reverse transcriptase, integrase, and protease, which are crucial for converting viral RNA into DNA and integrating it into the host genome . The env gene provides glycoproteins necessary for virus entry into host cells by facilitating the fusion of the viral envelope with the host cell membrane . Auxiliary genes such as nef, tat, vif, vpu, and vpr regulate gene expression and immunity evasion, enhancing viral proliferation. Tat, for instance, elongates viral transcription whereas Rev ensures RNA transport and translation . These auxiliary proteins modulate the host's cellular environment to support viral replication and immune escape .

Tat and Rev proteins are pivotal in regulating HIV-1 gene expression. Tat enhances HIV transcription by binding to the TAR region of the RNA, prompting RNA polymerase II to persist through secondary structures, facilitating the synthesis of full-length RNA transcripts . Without Tat, transcription stalls, generating mostly short, non-functional RNA fragments . Rev, on the other hand, binds to the Rev Responsive Element (RRE) in unspliced or partially spliced viral RNAs, facilitating their export from the nucleus to the cytoplasm . This post-transcriptional regulation by Rev ensures that necessary structural and enzymatic proteins are produced for new virion assembly . Together, Tat and Rev efficiently coordinate to boost viral replication, ensuring ample viral components are produced to infect additional cells .

Retrotranscription in HIV begins upon the virus entering a host cell. The reverse transcriptase (RT) enzyme converts ssRNA to dsDNA through several stages . Long terminal repeats (LTR) at both genome ends play crucial roles: the 5' LTR contains a promoter that is pivotal for viral RNA synthesis, while the LTRs facilitate the integration of viral DNA into the host genome . The tRNA molecule hybridizes to the primer binding site (PBS) at the 5' LTR and acts as a primer to initiate DNA synthesis . As RT synthesizes the (-) strand DNA, the RNase H activity degrades the original RNA template except for the PPT and tRNA regions, which are resistant to degradation, forming a primer for the (+) strand synthesis . The DNA recombines, and complementary LTR sequences realign, allowing the second strand DNA synthesis to complete, resulting in a proviral dsDNA .

Vpr employs several strategies to modulate the host cell environment in HIV infection. Primarily, Vpr arrests the cell cycle in the G2 phase, which is advantageous for viral replication as the host cell's DNA synthesis machinery is diverted to support viral production . Vpr also promotes the trafficking of the viral pre-integration complex into the host cell nucleus, ensuring efficient integration of the viral genome . Additionally, it has roles in upregulating cellular genes related to survival to enhance the longevity of HIV-infected cells, thereby maintaining a stable reservoir of infected cells . These mechanisms enable HIV to create a conducive environment for its replication while evading immune surveillance. .

The nef and vpu genes contribute to HIV immune evasion by modulating host cellular processes. Nef downregulates CD4 and MHC-I receptors on the surface of infected cells. By degrading CD4, nef prevents superinfection and retains viral particles in the host cells, while decreasing MHC-I levels reduces recognition and clearance by cytotoxic T cells . Vpu assists in this process by further aiding in CD4 degradation and enhancing virion release from infected cells . Together, these proteins adaptively modify host cellular machinery to prevent immune recognition and enhance viral survival in the host .

Alternative splicing and suppression of translation termination significantly enhance retroviral protein diversity. Alternative splicing allows for different forms of mRNA to be produced from a single genetic sequence. This results in the production of multiple protein variants from a limited genetic template, as seen with env gene transcripts, which are spliced to yield proteins critical for virion attachment and entry . Translation termination suppression, on the other hand, occurs when a stop codon is bypassed, resulting in the synthesis of extended polypeptides, such as the expanded form of Gag-Pol containing additional enzymatic components like reverse transcriptase and integrase . These mechanisms enable retroviruses to efficiently utilize their genomic content, producing a wider array of functional proteins that enhance their adaptability and infectivity .

The long terminal repeat (LTR) is crucial in retrovirus integration and gene expression. Flanking the proviral DNA, LTRs encompass promoter regions necessary for initiating the transcription of viral genes, thus playing a dual role in both integration and subsequent gene expression . The 5' LTR acts as the transcription initiation site, while the 3' LTR assists in terminating viral transcripts. LTR regions also contain binding sites for host transcription factors, which are exploited to drive the expression of integrated viral genes, ensuring the viral lifecycle continues effectively .

The HIV-1 Rev protein facilitates the export of unspliced and partially spliced viral RNAs by binding to the Rev Responsive Element (RRE) present on these RNA species . Rev shuttles these RNAs from the nucleus to the cytoplasm, allowing the translation of essential structural proteins, including Gag and Pol, which are crucial for virion assembly . This export bypasses the host cell's normal splicing requirements, ensuring that the full-length RNA necessary for packaging into new virions is available in the cytoplasm. This regulation is critical for viral replication as it orchestrates the temporal expression and maturation of viral particles, enabling HIV-1 to efficiently propagate within host cells .

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