Aruca Díaz Serrano

Bioquímica

Tema 3- Enzimas
INTRODUCCION

REACCIONES BIOLOGICAS: CONCEPTOS

ENERGIA LIBRE (G)

Sustrato  producto.

Energía necesaria para realizar un trabajo en un sistema a una temperatura determinada.

En una reacción química: AG = G productos – G reactivos.

REACCION ENDERGONICA
A energía libre: positivo.

Reacción no espontanea.

Necesita aporte energético.

REACCION EXERGONICA
A energía libre: negativo.

Reacción espontanea.

No necesita aporte energético.

Las reacciones celulares no suceden espontáneamente  existencia de mecanismos de control.

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Keq baja  espontaneas, pero no forzadas.

Las reacciones espontaneas requieren una energía de iniciación: la energía de activación (Ea).

Energía de activación (Ea): energía necesaria para formar un intermediario S.

Rompe los enlaces iniciales  se libera energía y se forman los P.

Catalizador: permite superar la Ea.

ENZIMAS

DEFINICION
Catalizadores biológicos (proteínas y ARN).

En toda reacción química, los reactivos (A+B) se unen para dar los productos (C+D).

En toda reacción existe un paso intermedio llamado complejo o estado de activación en el que los enlaces de los reactivos se encuentran
debilitados. Para que se produzca dicho complejo es necesario un aporte energético que se llama energía de activación. Dicha energía puede ser
el calor, la luz, electricidad, radiaciones…

En los seres vivos, la energía procede del ATP. Para economizar el consumo de ATP existen unas sustancias llamadas biocatalizadores.

Los biocatalizadores son sustancias que reducen la cantidad de energía necesaria para que se pueda producir una reacción química en un ser
vivo, también llamada energía de activación, acelerando la velocidad de reacción.

No se alteran en el proceso.

Los biocatalizadores actúan de dos formas:

- Fijándose al sustrato, de modo que debilita sus enlaces lo cual facilita su ruptura.
- Atrayendo hacia su superficie a los reactivos, lo cual facilita su encuentro y por tanto la reacción.

Los principales biocatalizadores son: enzimas, vitaminas, hormonas y algunos oligoelementos (Fe, Cu, Zn, I, F…).

Son biocatalizadores ya que son moléculas orgánicas producidas por los seres vivos capaces de funcionar fuera de la celula u organismo que las
produce; aceleran las reacciones químicas; no se consumen en las reacciones; se necesitan en muy poca cantidad; no modifican el sentido de la
reacción.

Según su composición pueden ser de dos tipos:

- Enzimas: formadas por una o varias cadenas proteínicas.

- Holoenzimas: poseen una parte proteica llamada apoenzima y otra no proteica denominada cofactor.
HOLOENZIMA = APOENZIMA + COFACTOR
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APOENZIMA
Es una proteína globular formada exclusivamente por secuencias de aminoácidos.

Determinan la especificidad de la reacción enzimática.

Se pueden distinguir 4 tipos de aminoácidos según la función que desempeñen en la actividad enzimática.

- No esenciales: no intervienen en el proceso catalítico. Si se eliminan de la cadena, la enzima no pierde la actividad enzimática.
- Estructurales: mantienen la estructura tridimensional de la proteína. No intervienen directamente en la actividad enzimática, pero si se
alteran pueden cambiar la posición del grupo activo.
- De unión o de fijación: establecen enlaces débiles con el sustrato orientándolo para aproximar la parte de este que ha de ser atacada por
la enzima.
- Catalíticos: se unen al sustrato mediante un enlace covalente debilitando su estructura y favoreciendo su ruptura.

Estos dos últimos tipos de aminoácidos constituyen el centro activo de un enzima que, generalmente, es una pequeña parte de enzima. Es el
lugar del enzima donde encaja específicamente el sustrato. Tiene una estructura tridimensional (aminoácidos no adyacentes) en forma de hueco,
generalmente hidrófoba y es donde actúan las cadenas laterales de los aminoácidos con poder catalítico. El centro activo se une al sustrato y, si
lo hay, al coenzima.

PROPIEDADES
- Alto poder catalítico: aumentan la velocidad de reacción (10^7-10^14 veces).
- Alta especificidad de sustrato y reacción.
- Unidades funcionales del metabolismo: rutas metabólicas actúan en secuencia organizada sometidas a regulación.

CATALIZADOR
La velocidad de una reacción termodinámicamente favorable depende en gran medida de que exista o no un catalizador y de la naturaleza de
este.

UNIDADES ACTIVIDAD ENZIMATICA

1 unidad: cantidad enzima que transforma un micromol de sustrato/minuto en condiciones óptimas de reacción (pH, Tª, cofactores…).

ACTIVIDAD ESPECIFICA
Numero de unidades de enzima por miligramo de proteína. Pureza del enzima.

CENTRO ACTIVO
Sus aminoácidos contribuyen a la formación/rotura de enlaces.

Porción pequeña de la proteína.

NOMENCLATURA
- Nombre común: generalmente el del sustrato, terminado en -asa.
- Nombre sistemático: descripción detallada de la reacción.
- Numero sistemático: letras E.C (enzyme commission) + cuatro dígitos X.X.X.X.

ATP + glucosa  ADP + glucosa-6-fosfato

- Nombre común: hexoquinasa.

- Nombre sistemático: ATP = glucosa fosfotransferasa.
- Numero sistemático: E.C.[Link]. (2: transferasa, 7: fosfato, 1: OH aceptor, 1: glucosa).

COFACTORES
Componente no proteico necesario para la catálisis.
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El cofactor puede ser una molécula inorgánica (iones metálicos como Fe, Cu, Zn, Mn, Mg…) o puede ser una molécula orgánica. En este caso, si
la unión al apoenzima es covalente se denomina grupo prostético y si no es covalente coenzima.

COENZIMA
Son cofactores enzimáticos orgánicos que se unen al apoenzima mediante enlaces débiles. La unión apoenzima-coenzima no es especifica ya que
un mismo coenzima puede unirse a diferentes apoenzimas y esta unión suele ser temporal. Si la unión es covalente el coenzima se llama grupo
prostético.

Los principales coenzimas son: adenosín-fosfatos, piridín-nucleótidos, flavín-nucleótidos, coenzima A y vitaminas hidrosolubles.

Molécula inorgánica Metal

Cofactor Enlace covalente Grupo prostético
Molécula orgánica
Enlace no covalente (débil) Coenzima (cofactor)

MECANISMOS DE ACCION ENZIMATICA

PROPIEDADES DE LOS ENZIMAS: SINOPSIS

Son proteínas y por tanto cumplen sus propiedades. La mas importante es la especificidad.

Especificidad. Existen dos tipos:

- Especificidad de acción o de clase: la enzima actúa sobre un determinado tipo de reacción y depende del tipo de enlace y no del tipo de
molécula. Por ejemplo, las fosfatasas, que separan los grupos fosfato de cualquier tipo de molécula, deshidrogenasas, oxidasas…
- Especificidad de sustrato: indica el sustrato sobre el que actúa la enzima. Puede ser:
 Absoluta: la enzima tan solo actúa sobre un determinado sustrato. Ej.: maltasa.
 De grupo: la enzima actúa sobre un grupo de moléculas que presentan un determinado enlace. Ej.: peptidasas.

Reversibilidad: una enzima actúa igual sobre una reacción química sea cual sea el sentido de la reacción. No modifican el sentido de la
reacción.

Sacarosa + H2O  Sacarasa  glucosa + fructosa

Eficacia: se necesitan en muy poca cantidad. Una sola molécula de enzima puede catalizar la reacción de miles de moléculas de sustrato ya que
la enzima no se consume en el proceso, sino que se recupera al final.

Gran poder catalítico: multiplican la velocidad de las reacciones por un millón de veces o más.

No se consumen en las reacciones, no se alteran ni dan subproductos.

Catalizan reacciones (termodinámicamente) posibles.

No modifican la constante de equilibrio (Keq).

No modifican la variación de energía libre (AG: diferencia de energía libre de reactivos y productos).

Disminuyen la energía de activación (energía necesaria para llevar a todas las moléculas de un mol de un compuesto al estado de transición).

En toda reacción enzimática el sustrato es transformado en producto para lo cual la enzima se une al sustrato formando un complejo enzima-
sustrato. Luego la enzima permanece inalterada y el sustrato transformado en producto.

FORMACION DEL COMPLEJO ES (E+S ES)

Interacciones entre E y S: de tipo débil.

El sustrato debe poseer un grupo funcional que le permita situarse de forma precisa en el centro activo y debe poseer un enlace especifico que
pueda ser atacado por el enzima.
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Solo se produce actividad enzimática cuando los radicales de los aminoácidos de fijación coinciden con los radicales del sustrato. De ahí que las
enzimas sean específicas.

Según la hipótesis de Koshland o ajuste inducido, la enzima se ajusta a la forma del sustrato como lo haría un guante en una mano. El centro
activo se adaptaría exactamente al sustrato como un guante de goma se adapta a la mano. Si el guante tuviera solo 4 dedos o fuese demasiado
grande o pequeño, no podría adaptarse. Pero, por otro lado, el guante vacío, no tiene aun la forma exacta de quien se lo va a poner.

Liberan energía libre (energía de fijación)  especificidad y catálisis.

Contribución de la energía de fijación:

- Proporciona proximidad y orientación correcta E-S en el centro activo.

- Compensa termodinámicamente distorsiones del S en el centro activo.

FACTORES DE LA EFICACIA CATALITICA

Basados en la energía de fijación:

1. Proximidad y orientación.
2. Catálisis por distorsión.

Lleva al sustrato al estado de transición  liberación de energía de unión o fijación.

- Llave/cerradura (Fisher): centro activo complementario al sustrato.

- Ajuste inducido (Koshland): centro activo complementario al estado de transición.

No basados en la energía de fijación:

3. Catálisis acido-base: el centro activo del enzima proporciona grupos R que son buenos donadores o aceptores de H+.
4. Catálisis covalente algunos enzimas se unen al sustrato para dar intermediarios covalentes inestables.
5. Catálisis por iones metálicos: los metales pueden mediar las reacciones de oxido-reducción.

CINETICA DE LAS REACCIONES ENZIMATICAS

Velocidad = f([S], [E], condición de reacción.

SP

Vmax: nº de moléculas S transformadas/unidad de t.

REACCIONES QUIMICAS
- Orden cero: velocidad independiente de [S].
- Primer orden: velocidad dependiente [S].
- Segundo orden: velocidad dependiente [P] o [S]^2.
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- Tercer orden: velocidad dependiente de 3[X].

ECUACION DE MICHAELIS-MENTEN

CONSIDERACIONES SOBRE LA KW

Cada enzima tiene una Km característica para cada sustrato.

La determinación de la Km se realiza fácilmente sobre el grafico.

La Km se mide en unidades de [S]; moles/litro (oscila entre 10^-1  10^-6M).

Refleja la afinidad por el sustrato; disminuye Km  aumenta la afinidad.

CONSIDERACIONES SOBRE LA VMAX

Varia proporcionalmente en función de [E].

Varía según la naturaleza del sustrato.

Varía en función de las condiciones de reacción (T, pH, f. iónica).

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SISTEMAS MULTIENZIMATICOS – RUTAS METABOLICAS

Tres niveles de complejidad:

- Enzimas individuales, no asociados físicamente (citoplasma).

- Enzimas asociados  complejos enzimáticos (los S no deben translocarse).
- Enzimas asociados  estructuras supramoleculares (ribosoma, membrana).

REGULACION DE LA ACTIVIDAD ENZIMATICA

FACTORES INESPECIFICOS

- Temperatura: cada enzima tiene una temperatura optima en la cual la velocidad de reacción es máxima. Suele ser 40ºC. Si aumenta
mucho, la enzima se desnaturaliza. El calor aumenta la energía cinética con lo que aumenta la movilidad de las moléculas facilitando
su encuentro. Organismos:
 Pricrófilos.
 Mesófilos.
 Termófilos.
- pH: cada enzima presenta unos valores de pH entre los que son efectivos. Entre ambos existe un pH optimo en el que la velocidad de la
reacción es máxima. Fuera de los limites la enzima se desnaturaliza.
- Ciertos iones: halófilos.

FACTORES ESPECIFICOS

1. Inhibidores.
 Cualquier sustancia que disminuye la actividad especifica de un enzima.
 Disminuyen la velocidad de reacción (aumentan la Km o disminuyen la Vmax).
 Bloquean el centro activo, pero no actúan como sustratos.

TIPOS DE INHIBICION
- Inhibición irreversible:
 Reaccionan covalentemente con el enzima  enzima inactivo.
 No hay equilibrio de disociación del complejo EI (enzima-inhibidor).
- Inhibición reversible:
 El inhibidor se une al enzima de forma no covalente.
 Hay equilibrio de disociación del complejo EI.
 Inhibición competitiva: el inhibidor compite con el sustrato por el centro activo del enzima. La inhibición depende de:
 [S][I].
 Afinidades relativas de los complejos (E-S) = Km y (E-I) = Ki.
 El inhibidor competitivo: aumenta la Km y Vmax permanece inalterable en presencia del inhibidor.
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 Inhibición no competitiva. El inhibidor:

 No compite con el sustrato por el centro activo del enzima.
 Se une al enzima en otro lugar impidiendo su actividad.
 La inhibición depende de [I] y la afinidad de I-E = Ki y no depende de [S], aunque esta aumente no se alcanza la Vmax.
 El inhibidor no competitivo no modifica la afinidad por el sustrato  no altera la Km y disminuye la Vmax.
 Inhibición acompetitiva: inhibidor solo se une a ES pero no a E, tanto Vmax como Km bajan.
2. Enzimas regulables: enzimas regulados covalentemente.
Presentan formas: activa e inactiva.
 Interconvertibles por modificación covalente.
 Modificación catalizada por otros enzimas.

ENZIMAS ALOSTERICOS
Actividad catalítica modulada por un metabolito especifico.

Unión no covalente (reversible) en un lugar específico: sitio regulador distinto al sitio de unión al sustrato.

Metabolito especifico: modulador o efector:

- Activador o efector positivo.

- Inhibidor o efector negativo.

CARACTERISTICAS DE ENZIMAS ALOSTERICOS

Gran tamaño o PM.

Generalmente proteínas oligoméricas (estructura cuaternaria).

El complejo enzima-modulador es activo.

- Modulador positivo: favorece la unión del sustrato.

- Modulador negativo: la dificulta.

Presentan dependencia atípica de la velocidad.

- V también es f (S).
- A la Km se la denomina K0,5.

Curvas no hiperbólicas representando V frente a S, curvas sigmoidales, típicas de las proteínas alostéricas.

- Reflejo de interacciones cooperativas entre cadenas peptídicas (cambios de estructura de una cadena  cambios estructurales de las
cadenas adyacentes).
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CLASIFICACION DE ENZIMAS ALOSTERICOS

Según el numero de moduladores:

- Monovalentes.
- Polivalentes.

Según la naturaleza del modulador:

- Homotrópico: el sustrato es el modulador.

- Heterotrópico: el modulador es distinto del sustrato.
- Homo-heterotrópico: el sustrato es uno de los moduladores de enzimas multivalentes.
- Enzimas K: el modulador altera K0,5 (los negativos la aumentan y los positivos la disminuyen) pero no la Vm.
- Enzimas V: el modulador altera Vm (los negativos la disminuyen y los positivos la aumentan) pero no K0,5.

ISOENZIMAS

Diferentes formas moleculares de un mismo enzima (especie, celula).

Todas catalizan la misma reacción.

Difieren en las características cinéticas (Km y Vm) para sus sustratos.

Difieren en respuestas a pH, temperatura e incluso a moduladores alostéricos.

Generalmente son oligoméricas.

Variabilidad molecular (composición y secuencia de aminoácidos): se pueden separar por electroforesis.

Significado metabólico.

En el hígado: EtOH = [ADH: alcohol deshidrogenasa]  acetaldehído = [ALDH: aldehído deshidrogenasa]  acetato.

La ALDHasa (aldehído deshidrogenasa) del hígado humano comprende dos isoenzimas, la ALDH-I y la ALDH-II que difieren en sus
propiedades químicas.

El 40-50 por ciento de los nipones presentan una deficiencia del isoenzima ALDH-II. De ahí su intolerancia al alcohol etílico.

APLICACIONES DE LOS ENZIMAS

- Diagnostico.
- Enzimología industrial.