BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA CELULAR 1º Curso

Programa de BIOQUÍMICA

TEMA 1. PRINCIPIOS GENERALES DE BIOQUÍMICA

TEMA 2. GLÚCIDOS

TEMA 3. PROTEÍNAS

TEMA 4. LÍPIDOS
BIOQUÍMICA ESTRUCTURAL

TEMA 5. ÁCIDOS NUCLEICOS

TEMA 6. ENZIMAS

TEMA 7. BIOENERGÉTICA
METABOLISMO SECUNDARIO
TEMA 8. PRINCIPALES RUTAS METABÓLICAS
 LA BIOQUÍMICA

· “Química de la vida”
· “Ciencia que estudia los procesos biológicos a nivel molecular”

El objetivo de la bioquímica es explicar en términos químicos

las estructuras y las funciones de los seres vivos.
Comprender la química de las biomoléculas es necesario para
saber qué estructura tienen, cómo interaccionan y cuál es su
función biológica.

La bioquímica (moderna) hasta hace poco era única entre las

disciplinas científicas porque era una ciencia tan nueva que
muchos de los pioneros aún estaban vivos.
TEMA 1. PRINCIPIOS GENERALES DE BIOQUÍMICA

· Composición de los seres vivos: bioelementos y

biomoléculas

Estructura atómica: tabla periódica, orbitales

Moléculas y enlace químico: concepto y tipos
El carbono
Grupos funcionales y reactividad de las moléculas

· El Agua

Propiedades. El agua como disolvente biológico

Química de los ácidos y las bases
Concepto de pH. Tampones biológicos

· Jerarquía y organización de los seres vivos

Composición (atómica) de los seres vivos: bioelementos

Bioelementos

Cuerpo (%)
humano
Elementos mayoritarios
Elementos minoritarios
H 63
O 25,5 ≈ 99,4%
C 9,5
N 1,4
Ca 0,31
P 0,22
K 0,06
S 0,05
Cl 0,03
Carbono para

9.000 lápices
Composición (molecular) de los seres vivos

= 7%

(50% masa seca!)

(% masa)
Composición (molecular) de los seres vivos: biomoléculas

Forman parte del

los hidratos de
carbono (glúcidos)

Ác. nucleicos Proteínas

 Enlaces químicos: el enlace covalente

valencia = 4

valencia = 3

valencia = 0

Molécula Dos o más átomos unidos por enlace químico

Enlace químico Fuerzas de atracción que mantienen a dos átomos unidos
Enlace covalente:
Uno o más pares de e- son compartidos en un orbital dado:
· La energía requerida para eliminar un e- de orbital es alta.
· Interacción fuerte, el enlace covalente es muy estable.
· De la combinación de 2 orbitales atómicos surge uno molecular.
 Enlaces químicos: el enlace iónico
• Enlace iónico Ocurre entre átomos con gran diferencia de electronegatividad. El átomo
más electronegativo capta un electrón del donador -> atracción de iones de carga opuesta.

• Na: tiene un electrón libre en su

orbital externo (e - de valencia). Lo
cede para convertirse en un catión
(Na+).

• Cl: necesita un electrón en su

orbital externo para completarlo y Otro ejemplo: NaF
estabilizarse. Tras captarlo se
NaCl convierte en un anión (Cl-).

Electronegatividad: capacidad de un átomo o molécula de

atraer e-. Cuanto mayor sea el número de e- en su última
capa mayor será su electronegatividad.
Otras interacciones relevantes en condiciones fisiológicas:

Son interacciones más débiles: (aunque “sumadas” son fuertes)

- Electrostáticas:

- puentes de H (moléculas polares)

- fuerzas de van der Waals (moléculas apolares ->
pero pueden forman dipolos temporales)

- Hidrofóbicas (entre moléculas apolares)

 Otros enlaces relevantes en condiciones fisiológicas
• Puentes de hidrógeno: Interacción electrostática entre átomos de H (electropositivo)
y electronegativos (oxígeno o nitrógeno). Dipolos permanentes

• Los puentes de hidrógeno son uniones

mucho más débiles que el enlace
covalente. Requieren mucha menor
energía. Comunes entre moléculas
polares en medio acuoso.
• Facilitan la formación de complejos
d+ ensamblados como la doble hélice de
DNA o proteínas plegadas.
• Facilitan el reconocimiento entre
d- distintas moléculas (p.ej.
enzima/sustrato)
• Esenciales en las propiedades del agua
 hélice α
Puentes de hidrógeno
en las macromoléculas:

hoja β

DNA Proteínas
 Otros enlaces relevantes en condiciones fisiológicas

• Fuerzas de Van der Waals Fuerzas de atracción transitorias entre átomos no polares.

• Normalmente por formación de dipolos

transitorios (inducidos) generados por
acercamiento de moléculas (se están formando
continuamente entre moléculas en solución)

• Mucho más débiles que los puentes de H

• Pueden llegar a ser fuerzas muy estabilizantes

entre moléculas.

(p. ej. un gekko -salamanquesa- podría

“teóricamente” sujetar un peso de ≈40 kg)
 Otros enlaces relevantes en condiciones fisiológicas

• Fuerzas hidrofóbicas Entre residuos no polares incapaces de formar puentes de H

con el agua. NO son de naturaleza electrostática.Se basan en
la imposibilidad de interaccionar con el agua, en la tendencia a
expulsar H2O de su entorno.

Fundamentales en biología: ej. en las membranas lipídicas

 Resumen: enlaces e interacciones moleculares

Enlace covalente
Interacción entre átomos que comparten electrones
(muy estable)

Enlace iónico
Debido a la cesión/captación de e- entre átomos (iones)

Puentes de Hidrógeno
Interacciones débiles ente dipolos permanentes
(H electropositivo y un átomo electronegativo)

Fuerzas de Van der Waals

Interacciones débiles ente dipolos transitorios
(inducidos por acercamiento entre átomos)

Fuerzas hidrofóbicas
Entre átomos con incapacidad de interacción con los
dipolos de la molécula de agua
✓ Un elemento es más estable cuanto más se aproxima a una configuración
electrónica en la que sus orbitales estén completos.

✓ La valencia de un elemento indica el número de enlaces con los que el elemento

puede intervenir al formar parte de una molécula.

✓ La electronegatividad es la tendencia que tienen los átomos a captar e- para

completar su última capa -> es mayor en los que tienen más e- en su última capa.

✓ En el enlace covalente los e- se comparten, en el iónico, se transfieren de un

átomo a otro.
✓ La mayor parte de las reacciones químicas en la célula comportan la formación o
rotura de enlaces covalentes (ej., síntesis de MACROMOLÉCULAS [polímeros] a
partir de monómeros mediante reacciones de condensación -formación de enlaces-
).

✓ Además de los enlaces covalentes e iónicos, existen interacciones débiles de gran

importancia, como los puentes de H, las fuerzas de Van der Waals y las
interacciones hidrofóbicas.

✓ La mayoría de las macromoléculas interaccionan y/o se mantienen unidas

(formando complejos SUPRAMOLECULARES) gracias a un gran número de fuerzas
NO COVALENTES: enlaces iónicos e interacciones débiles (ej., interacción entre
proteínas, formación de membranas... y en último término, los orgánulos celulares)
TEMA 1. PRINCIPIOS GENERALES DE BIOQUÍMICA

· Composición de los seres vivos: bioelementos y

biomoléculas

Estructura atómica: tabla periódica, orbitales

Moléculas y enlace químico: concepto y tipos
El carbono
Grupos funcionales y reactividad de las moléculas

· El Agua

Propiedades. El agua como disolvente biológico

Química de los ácidos y las bases
Concepto de pH. Tampones biológicos

· Jerarquía y organización de los seres vivos

 El Carbono: hibridación sp3

2s y 2p muy próximos en E
C (Z = 6) -> orbitales híbridos, que
maximizan el número de
1s2 2s2 2p2 enlaces, orientándose para
minimizar las fuerzas de
repulsión
El Carbono: versatilidad para formar enlaces

0.154 nm
Etano: CH3-CH3

0.134 nm
Grupos funcionales y reactividad de moléculas
 Alcohol (R-OH) + alcohol (R’-OH) con pérdida de H2O -> R-O-R’
Ejem: el enlace O-glucosídico entre el –OH del C anomérico de una
molécula de azúcar y un grupo –OH de otro azúcar

Carbonilo

Ejemplo: enlaces anhídrido de ácido

Carboxilato: fosfórico (H3PO4) -> hay 2 en el ATP
-
R-COO + H
+

Alcohol (R-OH) + ácido carboxílico (R-COOH) con pérdida de H2O

Éster fosfórico: alcohol + ácido fosfórico (H3PO4) con pérdida de H2O
Ejem: glucosa-6-fosfato, también hay 1 en el ATP

Amina (R-NH2) + Ácido (R’-COOH): R-NH-CO-R’, con pérdida de H2O

Ejem: si ambos grupos son de aminoácidos -> enlace peptídico
Grupos funcionales y reactividad de moléculas

Reacciones:
· Transferencia de grupo
· Oxidación-reducción (rédox)
· Reorganización
· Rotura
· Condensación
Representaciones de las moléculas

Alanina:

Fórmula estructural De relleno de

Esferas y varillas
en perspectiva superficies
(Ball-and-stick model)
(Space-filling model)
Interacción receptor-ligando
Estructura y función en biomoléculas
Endorfinas: neurotrasmisores, analgésicos endógenos
Morfina: grupos funcionales equivalentes a las endorfinas
naturales
TEMA 1. PRINCIPIOS GENERALES DE BIOQUÍMICA

· Composición de los seres vivos: bioelementos y

biomoléculas

Estructura atómica: tabla periódica, orbitales

Moléculas y enlace químico: concepto y tipos
El carbono
Grupos funcionales y reactividad de las moléculas

· El Agua

Propiedades. El agua como disolvente biológico

Química de los ácidos y las bases
Concepto de pH. Tampones biológicos

· Jerarquía y organización de los seres vivos

El agua
 El agua: algunas propiedades

- Los puentes de H le confieren importantes propiedades

- Disolvente ideal para:

-solutos polares (= hidrofílicos) -> forma puentes de H

-solutos cargados -> interacciona electrostáticamente

- Vehículo para el transporte de sustancias (nutrientes, de desecho)

- ”Dirige” el plegamiento de macromoléculas (DNA, proteínas)

- Presión osmótica a través de membranas semipermeables

- Tiene muy baja tendencia a ionizarse (H+ + OH-)

El Agua
 Solubilidad de moléculas en el agua
• Disolución de sales cristalinas
por hidratación
de sus iones.
• Solubilización de
moléculas orgánicas
cargadas por
hidratación de los
grupos cargados • Solubilización de
moléculas orgánicas Y además:
(COO-, NH3+...).
neutras (hidrofílicas) por
formación de puentes H. • Influye en el
plegamiento de
macromoléculas

• Tiene un alto calor

específico

• Y un alto calor de
vaporización
Efecto de la osmolaridad en el movimiento de H2O
a través de membranas biológicas
TEMA 1. PRINCIPIOS GENERALES DE BIOQUÍMICA

· Composición de los seres vivos: bioelementos y

biomoléculas

Estructura atómica: tabla periódica, orbitales

Moléculas y enlace químico: concepto y tipos
El carbono
Grupos funcionales y reactividad de las moléculas

· El Agua

Propiedades. El agua como disolvente biológico

Química de los ácidos y las bases
Concepto de pH. Tampones biológicos

· Jerarquía y organización de los seres vivos

Química de los ácidos y las bases

Concepto de pH

Tampones biológicos
 - El H2O tiene muy baja tendencia a ionizarse (H+ + OH-)

¿Cuántas moléculas de H2O pura están

ionizadas en un instante dado (a 25 ºC)?

k1

k2

Empíricamente (medidas de
conductividad del H2O pura a
25 ºC) -> Keq = 1,8 x 10-16 M

KW = 55,5 M x 1,8 x 10-16 M

Producto iónico del H2O: Kw = [H+] [OH-] = 1 x 10-14 M2

 - El H2O tiene muy baja tendencia a ionizarse (H+ + OH-)

¿Cuántas moléculas de H2O pura están

ionizadas en un instante dado (a 25 ºC)?

k1

k2

Empíricamente (medidas de
conductividad del H2O pura a
25 ºC) -> Keq = 1,8 x 10-16 M

KW = 55,5 M x 1,8 x 10-16 M

Producto iónico del H2O: Kw = [H+] [OH-] = 1 x 10-14 M2

 Fórmulas esenciales (para muchos cálculos químicos):
Molaridad (M): medida de concentración

M = n / V (l )
n = nº moles; V = volumen en litros

Número de moles (n): medida de cantidad (de sustancia)

n = m (g) / m (Da)
m = masa en gramos; m = masa molecular en Daltons

1 mol = cantidad de sustancia que contiene tantas entidades

como átomos hay en 12 g de 12C
= 1 NA (nº de Avogadro) de entidades = 6,022 x 1023 moléculas, átomos, etc.
1 Da = 1/12 de la masa del átomo de 12C = 1,66 x 10-24 g -> masa 12C = 12 Da
 El pH
Disociación del H2O en sus dos especies iónicas:

o ión hidróxido

pH -> Escala logarítmica !

Definición de pH: Es una medida de la conc. de H3O+
pH = – log [H+] (en M) A 25ºC, la concentración de H+ del agua pura
es 10-7 M, es decir, el pH = 7.0.
[H+] [OH-] = 1 x 10-14 M2 El producto iónico del agua, [H+][OH-]
es una constante (Kw).
Ejemplo:
si el pH de “X” es 4 -> [H+] = 10-4 M y [OH-] = 10-10 M
 Ácidos, bases y tampones

Definición de base
- Sustancia que aumenta el pH de una solución (aceptor de protones)
NaOH —> Na+ + OH- (base fuerte)
NH3 + H2O <—> NH4+ + OH- (base débil)

Definición de tampón
Mezcla de especies moleculares que tienden a amortiguar los
cambios de pH (a mantener estable el pH) frente a la adición
de pequeñas cantidades de ácidos o bases fuertes. Formados
por un ác. débil y su base conjugada (o viceversa).
Ej: t. fosfato (intracelular) o t. bicarbonato (sangre) ->
H2PO4- <-> H+ + HPO42- y H2CO3 <-> H+ + HCO3-

Definición de ácido
- Sustancia que baja el pH de una solución (donador de protones)
HCl —> H+ + Cl- (ácido fuerte)
CH3COOH <—> H+ + CH3COO- (ácido débil)
Ácidos, bases y tampones
TEMA 1. PRINCIPIOS GENERALES DE BIOQUÍMICA

· Composición de los seres vivos: bioelementos y

biomoléculas

Estructura atómica: tabla periódica, orbitales

Moléculas y enlace químico: concepto y tipos
El carbono
Grupos funcionales y reactividad de las moléculas

· El Agua

Propiedades. El agua como disolvente biológico

Química de los ácidos y las bases
Concepto de pH. Tampones biológicos

· Jerarquía y organización de los seres vivos

 Escalas: de átomos a células

Límite Microscopía óptica

glucosa
ribosoma bacteria

hemoglobina célula
enlace C-C

1Å 10 Å 100 Å 1000 Å 10.000 Å 100.000 Å

10-10 m 10-9 m 10-8 m 10-7 m 10-6 m 10-5 m
(= 0,1 nm) (= 1 nm) (= 1 µm) (= 0,01 mm)

(Å = angstrom)
Niveles de organización
Enlaces NO Enlaces
covalentes covalentes
Jerarquía y organización de la materia viva

Bioquímica
✓ La química de los organismos vivos se basa en el C, capaz de formar 4 enlaces muy
estables. Gran versatilidad de unión consigo mismo y otros elementos (->
estructuras lineales, ramificadas, cíclicas...) con gran variedad de grupos
funcionales.

✓ Los grupos funcionales son asociaciones particulares entre átomos que confieren
determinadas características biológicas y funcionales a las moléculas, y que
proporcionan sitios reactivos para unirse y/o reaccionar con otras.

✓ Las interacciones entre las biomoléculas requieren de un ajuste espacial (estructura

tridimensional) muy preciso entre las móleculas que interaccionan. Por este motivo,
como se verá más adelante, las interacciones son estereoespecíficas.
✓ El H2O forma dipolos eléctricos y puentes de H intermoleculares, que la convierten
en un disolvente idóneo para sales cristalinas, solutos cargados y solutos polares sin
carga. Los puentes de H son los responsables de que sea líquida a tª ambiente. El
H2O además influye decisivamente en el plegamiento de algunas macromoléculas e
interviene en procesos de ósmosis.

✓ El H2O se ioniza muy ligeramente, y su producto iónico [H+][OH-] es una constante

Kw= 1 x 10-14 M2. El pH de una solución acuosa refleja en escala logarítmica la [H+]:
pH = - log [H+] (en M) y abarca de 0 a 14. Mayor acidez -> menor pH.

✓ El H2O es una sustancia anfótera, se comporta como ácido en presencia de una

base y viceversa.
✓ Ka es la constante de disociación de un ácido, tanto mayor cuanto más fuerte sea
éste. pKa = - log Ka y es inversamente proporcional a la fuerza del ácido.

✓ Los tampones son sistemas acuosos (ác. débil más su base conjugada, o base débil
más su ác. conjugado) que tienden a amortiguar los cambios de pH.

✓ El mayor efecto tamponante ocurre en aquellas zonas de pH lo más próximas

posibles al pKa, ya que cuando pH=pKa, las concentraciones de las formas
protonada y desprotonada coinciden. A un pH inferior al pKa dominan las formas
protonadas y por encima las desprotonadas, y como consecuencia, en pH situados a
ambos lados del pKa CAMBIA LA CARGA NETA.