Biologia Molecular

Tema 8: Variabilidad genética

MUTACIONES:
Las mutaciones son alteraciones en la secuencia del DNA de un individuo que se transmite
por herencia a sus descendientes. Se producen por errores en la replicación, por la
alteración espontánea de nucleótidos o debido a la acción de agentes físicos o químicos,
denominados mutágenos.

Al ser hereditarias, significa que deben presentarse de modo estable en las células
germinales, aunque no siempre es así. Suceden en todo el genoma, incluyendo en
secuencias no codificantes, en el genoma nuclear o mintocondrial, en células somáticas o
germinales. Es por ello que podemos decir que, junto con la recombinación meiótica, la
principal fuente de variabilidad genética en todo tipo de estudios.

Aunque muchas mutaciones suceden al azar, las que suceden sobre el DNA codificante
(3%), tienen peores consecuencias.

TIPOS DE MUTACIONES:

Las mutaciones se estudian bajo tres criterios:

• Tipo celular:
• Germinales: se originan en alguna de las divisiones mitóticas o meióticas de la
gametogénesis, a partir de células progenitoras diploides de las gónadas.

• Somáticas: solo se transmiten a las células y no a un organismo completo.

Pueden afectar a cualquiera de los 46 cromosomas de cualquier célula somática,
diplóide, en cualquier órgano, tejido o célula aislada. Estas mutaciones
determinan las características normales o patológicas del individuo, pero los
cambios nunca son hereditarios.

• Cromosoma afectado: autosomas, cromosomas sexuales

• Tamaño:
• Grandes o anomalías cromosómicas
• Mutaciones intermedias, en secuencias repetidas
• Puntuales:
• Sustituciones: transiciones o tranversiones
• Delecciones
• Inserciones
• Efecto:
• Silenciosas
• Dañiñas/beneficiosas

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• Mecanismo:
• Endógeno (errores de replicación)
• Exógenas (agentes químicos, físicos o biológicos)
MUTACIONES PUNTUALES:

Este tipo de mutaciones implican normalmente a un solo nucleótido y, como consecuencia,

a su complementario en la otra hebra del DNA. También se añaden aquellos cambios que
afectan a pequeña o mediana escala a varios pares de bases.

Podemos diferenciar varios tipos:

• Sustitución:
• Transiciones y transversiones: son más comunes las
primeras, sobre todo en DNA mitocondrial. Siempre hay un
cambio de par de bases en el primer caso, mientras que en el
segundo no siempre hay.

• Sustituciones sinónimas y no sinónimas: las primeras son

mucho más comunes en DNA codificante; las conservadoras
son masa comunes que las no conservadoras.

• Inserción: ha(n) aparecido un/varios par(es) de base(s):

• De uno o unos pocos nucleótidos: muy común en DNA no codificante pero
infrecuente en DNA codificante.

• Expansiones repetidas de tripletes: infrecuente, pero puede contribuir a varios

transtornos, especialmente neurológicos.

• Otras inserciones grandes: infrecuente; produce ocasionalmente duplicaciones

en tándem e inserción de elementos transponibles.

• Deleción: ha desaparecido un/varios par(es) de base(s):

• De uno o pocos nucleótidos: muy común en DNA no codificante pero
infrecuente en DNA codificante.

• Grandes deleciones: infrecuente; ocurre a menudo en regiones que contienen

repeticiones en tándem o entre repeticiones dispersas.

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Son tan representativas que a veces se asumen como el único tipo de mutación que existe.
Es importante mencionar que es la estabilidad de la mutación lo que hace que se perpetué
en la progenie celular, al pasar por la realización a cada nueva copia y permanecer en las
secuencias de DNA de cada individuo. Estas variaciones heredadas contribuyen a las
diferencias entre individuos dentro de una población. A veces, el cambio o modificación
puede afectar al funcionamiento del producto génico y resultar en una enfermedad
hereditaria. Al depender de un único gen, estas enfermedades se denominan
monogénicas, y se caracterizan por transmitirse a la descendencia según las leyes de
Mendel. Las únicas que pueden transmitirse por herencia materna son aquellas que se
transmiten mediante el genoma mitoncondrial.

NOMENCLATURA DE VARIACIONES DE SECUENCIA:

• Tipo de secuencia de referencia:

• DNA:
• Codificante: c
• Genómico: g
• Mitocondrial: m
• No codificante: n
• RNA: r
• Proteína: p

La numeración de residuos empieza por el 1, ya que no hay un nucleótido número 0.

• DNA genómico: el nucleótido nº1 es el primer nucleotido del archivo, sin signos +/- o
de otro tipo.

• DNA codificante: el nucleotido nº1 es el A de ATG; para intrones, hay que usar este
caso siempre (c.301T (g.1601T)). Si la dirección es de 5’ desde el ATG usamos nº
negativos (c.-300C (g.1C)) mientras que si es de 3’ desde el codón STP utilizamos un
* (c.*4T (g.1634T)) En el caso de los intrones utilizaremos:

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• Principio del intrón: posición final del exón hacia 5’ del intrón, signo + y posición
en el intrón. c.13-3C (g.410C)

• Final del intrón: posición inicial del exón hacia 3’ del intrón, signo “-” y posición
en el intrón contando desde el exón de referencia.

• Se elige una opción u otra para que el número después del signo (+ o -) sea menor.
• RNA: es igual que con el DNA codificante. r.301U
VARIACIONES A NIVEL DE DNA O RNA

TIPO DE
DESCRIPCIÓN EJEMPLOS EXPLICACIÓN
VARIACIÓN

[posición][nt original]>[nuevo Substitución de una G por una T en

Sustitución NG_012232.1:c.93+1G>T
nt] la posición 93+1

Deleción de un nt en la posición 19
NG_012232.1:g.19del
(AGAATCACA -> AGAA_CACA)
Deleción [posicion(es) eliminadas]del Deleción de 3 nts entre las
NG_012232.1:g.19_21del posiciones 19 a 21 (AGAATCACA ->
AGAA___CA)

Inserción de una A entre las

NM_004006.2:c. posiciones c.169 y c.170
169_170insA (MetLysGlyHisGlnGlnCys ->
[posiciones entre las que se MetLysGlyHisAlaGlnGlnCys)
Inserción
inserta]ins[secuencia insertada] Inserción de CCT entre las
NM_004006.2:c. posiciones c.849 y c.850
849_850insCCT (MetLysGlyHisGlnGlnCys ->
MetLysGlnSerLysGlyHisGlnGlnCys)

VARIACIONES A NIVEL DE PROTEÍNAS

Substitución de un Trp por una Cys

Sustitución [aa original][posición][nuevo aa] LRG_199p1:p.Trp24Cys
en la posición 24

Deleción de una Val en la posición

7 LRG_199p1:p.->V7 (notación no
LRG_199p1:p.Val7del
recomendada pero usada a
[aa(s) eliminado(s) con su(s)
Deleción menudo
posicion(es)]del
NP_003997.1:p.Lys23_Val Deleción de aas entre Lys23 y
25del Val25

Inserción de una Ala entre His4 y

p.His4_Gln5insAla
[posiciones entre las que se Gln5
Inserción
inserta]ins[secuencia insertada] Inserción de GlnSerLys entre Lys2 y
p.Lys2_Gly3insGlnSerLys
Gly3

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EFECTOS DE MUTACIONES PUNTUALES:

El cambio de secuencia del DNA puede tener distintos efectos sobre la secuencia de
aminoácidos codificada, por lo que también afectará la secuencia de la proteína que se
sintetice y su función.

Mutaciones silenciosas:

Denominadas sinónimas, en este tipo de mutación el aminoácido sintetizado no cambia,

por lo que tampoco lo hará la proteína ni su función. Esto es gracias a la degeneración del
código genético, donde varios triples o codones codifican un mismo aminoácido. Son muy
numerosas, siendo un 23-25% de todas las mutaciones en el DNA codificante.

Mutaciones no silenciosas:

En este caso, la alteración en la secuencia de nucleótidos afecta a la secuencia proteica, ya

que codifica uno o varios aminoácidos diferentes de la secuencia original. Dependiendo del
efecto que tenga la alteración de la secuencia sobre la función de la proteína, se puede
distinguir entre mutaciones con efecto beneficioso y con efecto perjudicial.

• Nonsense, codón STOP prematuro: algunas mutaciones tienen como consecuencia

la aparición de un codón de terminación (UAA, UAG o UGA). Esto provoca el cese
prematura de la traducción del mRNA y se obtiene una proteína acortada. También
pueden darse el caso de mutaciones que atrasen la terminación o que lo eliminen; la
traducción del mRNA continúa más allá del extremo 3’ codificante, hasta que se
alcance un nuevo codón de terminación (se les denomina mutaciones con
terminación retrasada).

• Missense: el cambio que genera la sustitución de una de las bases (o de un codón)

genera un aminoácido diferente. La formación de más de una versión proteica supone
que el polimorfismo génico generado por estas mutaciones da lugar también a un
polimorfismo proteico.

• Conservadora: el aminoácido es sustituido por otro con una cadena lateral

químicamente similar, por lo que el efecto sobre la estructura y función de la
proteína puede ser mínimo. Es por ello que podemos decir que se aproximan
bastante a las mutaciones silenciosas.

• No conservadora: el aminoácido es sustituido por otro no similar, por lo que las

propiedades de la proteína serán diferentes y tendrán una consecuencia grave.

• Mutaciones que cambian el

marco de lectura: la inserción o
deleción de 3 pb de DNA, aunque
añade o elimina algún aminoácido
a la proteína, no cambia el marco
de lectura, por lo que el resto de
la secuencia aminoacídica es
normal. El efecto de estas
mutaciones es menor y puede no
afectar a la función de la proteína.

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• Mutaciones que no cambian el marco de lectura: la inserción o deleción de una
cantidad de aminoácidos que no sea múltiplo de 3 resulta en un desplazamiento del
marco de lectura.

EFECTO DE LAS MUTACIONES PUNTUALES

ESTADO NONSENSE: MISSENSE

ORIGINAL CODÓN
SILENCIOSA CONSERVADOR NO
STOP
PREMATURO A CONSERVADORA

DNA TTC TTT ATC TCC TGC

mRNA AAG AAA UAG AGG ACG

PROTEÍNA STOP

Grave, la Grave, la proteína Leve, la proteína

EFECTO - Ninguno proteína no se tiene propiedad tiene propiedades
produce distintas similares
MUTACIONES ENDOGENAS:

Son mutaciones que se generan por situaciones o

agentes propios del ambiente intracelular; bajo
condiciones normales, estos son la fuente
mayoritaria de mutaciones. Pueden suceder por
errores de replicació (1/109-1/1010 nucleotidos), por reacciones que ocurren de forma
espontánea como consecuencia de la inestabilidad de la molécula de DNA o de la acción
de subproductos del metabolismo celular.

Sustitución por desanimación oxidativa:

Consisten en la pérdida de un grupo amigo

exociclico, con aparición de un grupo carbonilo
anular. Esto da lugar a que se altere la formación
de puentes de hidrógeno entre las bases.

Tautomerización de bases:

Los tauromeros son isómeros constitucionales

(igual fórmula molecular pero distinta fórmula
estructural) que difieren en la posición de un
átomo de hidrógeno y uno o varios enlaces
dobles. Ambas formas tienen una
intercorversión rápida.

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Emparejamiento no Watson-Crick de tautomeros:

La tautomeria no afecta siempre al emparejamiento.

Pérdida de una base:

Cuando se pierde una base, se obtiene

una forma abásica (apurínica en la
imagen), llamado residuo abásico, y la
información en una de las hebras se
pierde. Sin embargo, si hay dos
hebras, la información se puede
recuperar.

Especies reactivas del oxígeno

(ROS):

Pueden formarse tanto por factores

encógenos como exógenos,
dándose una reducción (más
electrones, hacia abajo) o una
radiación ionizante (se oxida, hacia
arriba).

Esta reacción con el oxigeno tendrá

diferentes consecuencias
dependiendo de qué molécula se
oxide:

• Lípidos: si se da la
peroxidación de lípidos estos podrán fragmentarse, cambiar su fluidez… etc.

• DNA: las especies reactivas de oxígeno crearán un daño en el DNA, ya sea

fragmentándolo, creando uniones covalentes intra- e Inter-hebra, reduciendo los
teloneros… etc. También generarán daños en el DNA mitocondria, anormalidades
epigenéticas y microdeleciones de cromosoma Y. El daño oxidativo genera un
envejecimiento.

• Proteínas: el efecto que tendrá sobre la molécula variará en la cantidad de oxidación

de esta: si hay muy baja oxidación se da la exposición de estructuras hidrofóbicas

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internas, por lo que la actividad puede estar reducida, al ir aumentando la oxidación la
exposición de las estructuras hidrológicas aumenta, además de tener una actividad
mucho menor; llega un punto (oxidación media) donde ya no hay actividad y la
molécula se encuentra completamente despegada, habiendo una máxima exposición
de las estructuras hidrofóbicas. Si la oxidación continua, se forman agregados
hidrológicos de proteínas, aunque todavía son susceptibles a proteasas; llega un
momento donde el agregado proteico está altamente oxidado y entrecruzado
covalentemente (lipouscina), capaz de inhibir a las proteasas, por lo que es imposible
de eliminar la proteína, formándose agregados proteicos.

El daño acumulado en proteínas y lípidos puede solucionarse (en proteínas es importante

arreglar el daño antes de que se formen los agregados) pero, en el caso del DNA es más
complicado. En concreto en los telomeros, si el daño es muy grande, puede darse el caso
de que los mecanismos no puedan solucionarlo.

AGENTES EXÓGENOS:

Pérdida de una base:

El calor y losácidos pueden acelerar la depuración (~104 purinas/(día célula) en humanos)

Corte de cadenas:

La radiación ionizante (rayos X y γ) puede provocar cortes en el DNA. Pueden darse

cortes de cadena sencilla (SSB) o cortes de cadena doble (DSB).

Deleciones/inserciones:

Ciertas sustancias químicas (como acriminas y el bromuro de etilo) provocan que el DNA
polimerasa incorpore nuevos nucleótidos.

Modificación de bases:

• Desaminación: provoca que la

hipoxantina se empareje con la citosina, el
uracilo o la adenina, produciendo muchos cambio en la traducción. Ademas puede
formarse ácido nitroso, el cual genera la desaminación,
a partir del nitrito sódico, nitrato sódico y
nitrosamina.

• Alquilación: la metilguanina puede emparejarse con la

timina en lugar de con la citosina (forman únicamente
dos puentes de hidrógeno). Estos son algunos agentes
metilantes: S-adenosilmetionina, dimetilnitrosamina,
dimetilsulfato, mostaza nitrogenada.

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Formación de dímeros:

La radiación UV (no ionizante) provoca la

reacción entre dos residuos de T adyacentes
en la misma hebra, formando a partir de sus
dobles enlaces un sistema triciclico con un
anillo de ciclobutano, conocido como dímero
de timina. Este enlace covalente de dos T
impide que pueden enlazarse con sus bases
conjugadas y origina una estructura
tridimensional incompatible con el giro de la
doble hélica, formando una retorcedura.
Además, causa que la replican se pare, ya
que la DNA polimerasa no puede reconocer
los dineros y se detiene.

También puede darse el caso en el que se formen enlaces entre C-6 de una timina y C-4 de
la adyacentes, formando un producto 6-4.

MECANISMOS DE REPARACIÓN DEL DNA:

La mayoría de las células solo tienen una o dos copias de DNA genómico. Las proteínas y
las moléculas de RNA dañadas pueden ser reemplazadas rápidamente utilizando
información codificada en el DNA; en cambio, las propias moléculas de DNA son
irreemplazables. Es por ello que el mantenimiento apropiado del DNA es importante; se han
creado variedad mecanismos o sistemas diferentes para mantener la integridad de este.

La diversidad y número de los sistemas de reparación de las células muestra lo importante

que es reparar el DNA para la supervivencia de la célula. Algunos fallos comunes pueden
ser reparados por varios sistemas diferentes, aunque muchos procesos de reparación no
son eficaces en términos energéticos (hay un gran gasto de ATP). Esto muestra que,
cuando esta en juego la integridad de la información genética, la cantidad de energía que
se utiliza en el proceso de reparación no es de gran importancia.

La reparación es un proceso posible gracias, en parte, a la estructura del DNA, formado por
dos cadenas complementarias, ya que el daño o error de una cadena puede ser reparada
de forma precisa utilizando de molde la cadena complementaria.

REPARACIÓN DE EMPAREJAMIENTOS ERRÓNEOS:

La corrección de los emparejamientos incorrectos después de la replicación mejora la

exactitud de la realización en un 102-103. Los emparejamientos incorrectos se corrigen casi
siempre de acuerdo con la información contenida en la cadena molde: por ello el sistema
ha de ser capaz de discriminar de algún modo entre la cadena molde y la recién
sintetizada. Esto se consigue gracias a que se marca el DNA molde con grupos metilo, de
manera que se pueda diferenciar de las cadenas nuevas recién sintetizadas que carecen de
este grupo. Inmediatamente después del paso de la horquilla de replicación, hay un corto
momento durante el cual la hebra molde está metilada, mientras que la cadena recién
sintetizada todavía no lo está (decimos que el DNA está hemimetilado), por lo que este
estado transitorio de las secuencias GATC permite diferenciar ambas cadenas.

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Para llevar acabo dicho proceso, se necesita que la proteína MutS y

la proteína mutL formen un complejo, se unan a la secuencia mal
apareada (excepto C-C). Por el otro lado, la proteína MutH, se unirá
a la proteína MutL y a las secuencias GATC que haya encontrado el
complejo MutL-MutS. Esto crea un lazo en el DNA, que permite el
paso de ambos extremos a través del complejo, equivalente al
movimiento del complejo en ambas direcciones a lo largo del DNA.
El MutH tiene una actividad endonucleasa con especificidad de
secuencia, que se mantiene intacta hasta que el complejo encuentra
una secuencia GATC hemimetilada. En este sitio, el MutH canaliza el
corte de la cadena no metilada por el lado 5’ de la G, marcando que
la hebra debe repararse. Los siguientes pasos dependen del lugar
donde esté situado el apareamiento incorrecto en relación con el
sitio de corte.

Cuando el desapareamiento se encuentra en el

lado 5’, la hebra sin metilar se desenrolla y
degrada en dirección 3’-5’, a partir del sitio de
corte hasta más allá del desapareamiento, siendo
reemplazado luego por DNA nuevo. Este proceso
necesita de la DNA helicasa II, SSB,
exonucleasa I o exonucleasa X (ambas
degradan las hebras en dirección 3’-5’) o
exonucleasa VII (degrada el DNA monohebra en
ambas direcciones), DNA Polimerasa III y DNA
ligasa. La ruta para la reparación del DNA en el sitio 3’ es simimlar, excepto que la
exonucleasa que se utilizara será la exonucleasa VII o la nucleasa RecJ (degrada el DNA
monohebra en dirección 5’-3’).

Este tipo de reparación es un proceso especialmente costoso de energía, ya que el

apareamiento incorrecto puede estar a 1000 pb o más de la secuencia GATC. La
degradación y sustitución de un segmento de cadena tan largo representa una enorme

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inversión en precursores desoxinucleótidos activados para reparar un único apareamiento
incorrecto. Esto demuestra la importancia del mantenimiento de la integridad genómica de
la célula.

Todas las células eucariotas tienen varias proteínas estructural y funcionalmente análogas a
las proteínas bacterianas MutS y MutL, pero no MutH. Las alteraciones en los genes
humanos que codifican proteínas de este tipo provocan algunos d los síndromes
hereditarios de cáncer más comúnes, lo cual constituye una prueba más de la importancia
de los sistemas de reparación de DNA del organismo.

REPARACIÓN POR ESCISIÓN DE BASES:

Todas las células contienen una clase de enzimas denominados DNA glucosilasas, que
reconocen lesiones del DNA muy frecuentes y eliminan la base afectada rompiendo el
enlace N-glucosilo. El corte crea sitio apurínicos o apirimidínicos en el DNA, normalmente
conocidos como sitios AP o abásicos. Generalmente, cada DNA glucosilasa es específica
para un tipo de lesión.

Las uracilo DNA glucosilasas, por ejemplo, eliminan del DNA el uracilo resultante de la
desanimación espontánea de la citosina. Las células mutantes que carecen de este enzima
tienen una elevada tasa de de G≡C a A=T. Esta glucosilasa no elimina el uracilo del RNA o
los residuos de timan del DNA. La capacidad de distinguir la tiamina del producto de
desanimación de la citosina, que es necesaria para la reparación de esta, puede ser una
razón que explique por qué el DNA evolucionó hacia la timina en lugar de uracilo. La
mayoría de las bacterias tiene un solo tipo de uracilo DNA gucosilasa, mientras que los
humanos contamos con al menos cuatro tipos diferentes con especialidades.

Cuando se forma el sitio AP, otro tipo de enzima tiene que repararlo, Esta reparación no se
realiza simplemente insertando una nueva base y restableciendo el enlace. En su lugar la
desoxirribosa 5’-fosfato restante es eliminada y reemplazada por un nuevo nucleótido. Este
proceso empieza con enzimas denominadas AP endonucleasas, que cortan la cadena del
DNA que contiene el sitio AP. La posición de la incisión en relación con el sitio AP varía
según el tipo de AP endonucleasa. A continuación, se elimina un segmento de DNA que
contiene el sitio AP, el DNA es reemplazado por la DNA polimerasa I y la mella restante es
sellada por la DNA ligasa.

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REPARACIÓN POR ESCISIÓN DE NUCLEÓTIDOS:

Las lesiones que producen grandes distorsiones en la estructura helicoidal del DNA se
reparan, generalmente, mediante el sistema de escisión de nucleótidos. En esta reparación,
una enzima multimérica hidroliza dos enlaces fosfodiester, uno a cada lado de la distorsión
provocada por la lesión. En las bacterias, el sistema enzimático hidroliza el quinto enlace
fosfodiéster en el lado 3’ y el octavo en el lado 5’, para generar un fragmento de 12 a 13
nuclótidos. En humanos y otros eucariotas, el sistema enzimático hidroliza el sexto enlace
fosfodiéster en el lado 3’ y el vigésimo en el lado 5’ para generar un fragmento de 27 a 29
nucleótidos. El oligonucleótido limitado por las dos incisiones es liberado del dúplex y el
hueco resultante rellenado por la DNA Polimerasa I en E. Coli y por la DNA Polimerasa ε en
humanos. La mella es reparada por la DNA ligasa.

En E. Coli, el complejo enzimático clave es la ABC excinucleasa, formada por tres

subunidades (UvrA, UvrB y UvrC). Este enzima realiza el corte en el DNA, eliminando el
fragmento resultante mediante la helicasa. El pequeño hueco es rellenado por la DNA
Polimerasa I (o DNA Polimerasa ε) y la DNA ligasa. Esta ruta es la vía principal de
reparación de muchos tipos de lesiones.

REPARACIÓN DIRECTA:

Varios tipos de lesiones se reparan sin eliminar una base o un nucleótido. El ejemplo mejor
caracterizado es la fotorreactivación directa de los dímelos de pirimidina en ciclobutano,
una reacción promovida por las DNA fotoliasas. Los dímeros de pirimidina son el producto
de una reacción inducida por la luz UV y las fotoliasas utilizan energía procedente de la luz
absorbida para invertir la lesión. Las fotoliasas generalmente contienen dos cofactores que
actúan como agentes de absorción de la luz o cromóforos; uno de ellos es siempre el
FADH2, en E. Coli y en levadura, el cromóforo es un folato. El mecanismo de reacción
conlleva la generación de radicales libres.

La O6-metilguanina-DNA metiltransferasa, proteína que canaliza la transferencia del grupo

metilo de la O6-metilguanina a unos de los propios residuos de Cys, lleva a cabo la
reparación directa de la O6-metilguanina. Esta metiltransferasa no es propiamente un

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enzima, porque una única transferencia de metilo la metida permanentemente,
inactivándola en esa ruta. El consumo de una molécula entera de proteína para corregir una
sola base dañada constituye una muestra más de la importancia de mantener la integridad
del ADN.

RECOMBINACIÓN:
El reordenamiento de la información genética dentro y entre las moléculas de DNA es el
proceso al que conocemos como recombinación genética. Estos procesos de
recombinación genética se dividen en al menos tres clases generales:

• Recombinación genética homóloga: también conocido como recombinación

general, consiste en el intercambio genético entre dos moléculas de DNA cualesquiera
que compartan una región extensa de secuencia casi idéntica.

• Recombinación específica de sitio: los intercambios solo tienen lugar en una

secuencia de DNA particular.

• Transposición de DNA: normalmente interviene un segmento corto de DNA con la

notable capacidad de trasladarse de un lugar a otro del cromosoma.

A parte de estas tres calles bien caracterizadas, hay una amplia gama de reordenamiento
poco frecuentes para los que aún no se ha propuesto ni un mecanismo ni finalidad.

RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA:

Es en gran medida parte de un mecanismo para reparar las roturas de doble cadena en el
DNA. También ayuda a la correcta distribución de cromosomas durante la meiosis, además
de incrementar la variabilidad genética.

En las células eucariotas, la recombinación sucede en mayor medida durante la meiosis,

proceso mediante el cual una célula germinal diploide (2n) con dos conjuntos de
cromosomas se divide para producir dos gametos haploides (n), cada uno de los cuales
solo tiene un miembro de cada pareja de cromosomas.

En la meiosis, después de la replicación (fase S), las células diplomes (2n) pasan a ser 4n.
Es después de esta fase, en la profase I, donde se da la recombinación genética
(reparación de pares homólogos). Después de esto se dará la primera división meiótica,
donde los cromosomas homólogos se dividen, la
célula volviendo a ser 2n. Para que se de está
división, es importante que los cromosomas
homólogos estén unidos entre sí, ya que esto será lo
que cree la tensión necesaria en el huso meiótico
para que se de la separación de forma correcta. Está
unión, no está formada por cohesinas ni cualquier
otro tipo de asociación física, sino que, después de
alinearse, se crean nuevos enlaces por
recombinación. Este intercambio forma unos puntos
en las cromátidas hermanas denominado quiasmas.

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Modelo de Holliday:

En la imagen podemos observar una ruta probable para la

recombinación homóloga durante la meiosis. El modelo
tiene cuatro características principales:

• Los cromosomas homólogos están alineados.

• Se genera una rotura de doble cadena en una
molécula de DNA y los extremos son procesados por
una exonucleasa que deja una extensión de cadena
sencilla con un grupo 3’-hidroxilo libre en el extremo
roto. (Paso 1)

• Los extremos 3’ expuestos invaden el dúplex de DNA

intacto del homólogo para que, acto seguido, la
migración de la rama o la replicación creen un par de
intermedios de Holliday. (Pasos 2-4)

• El corte de los dos extremos recombinantes crea uno

u otro de dos tipos de productos recombinantes
completos. (Paso 5)

En este modelo de Holliday, habrá o no recombinación

dependiendo de donde se de el corte en el paso 5. Si el
corte se da de forma vertical, si que se da una
redistribución de los genes, por lo que podemos decir que
si se da la recombinación. Si el corte se produce en
horizontal, no hay una redistribución, por lo que se
crearán productos “parche” o no recombinados.

Como bien hemos visto, la recombinación es un

mecanismo viable para la reparación de la hebra. En este
modelo de reparación por rotura de doble cadena para la recombinación se usan los
extremos 3’ para iniciar el intercambio genético. Una vez apareados con la hebra
complementaria en el homólogo intacto, se crea una región de DNA híbrido que contiene
hebras complementarias de dos DNA parentales diferentes (el producto del paso 2). Cada
uno de los extremos 3’ puede actuar entonces como un cebador para la replicación del
DNA.

Lesiones por colapso de horquilla de replicación:

Si la horquilla de replicación encuentra una lesión no

reparada o una hebra rota, generalmente se detiene
la replicación con lo que la horquilla puede
colapsarse. Una lesión queda atrás en un segmento
monohebra sin replicar; una rotura de cadena
sencilla se convierte en una rotura de cadena doble.
En ninguno de estos casos el daño puede ser
reparado por los mecanismos que hemos
mencionado previamente ya que la hebra

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complementaria, necesaria para la reparación directa, está dañada o no existe. En estos
casos hay dos vías posibles para la reparación: la reparación del DNA por recombinación o,
cuando las lesiones son muy numerosa, la replicación propensa al error. Este último
mecanismo de reparación utiliza una nueva polimerasa (DNA Polimerasa V, codificada por
los genes umuC y umuD y activad por la proteína RecA), que puede replicar, aunque de
forma imprecisa, por encima de muchos tipos de lesiones. Se denomina reparación
propensa al error porque a menudo provoca mutaciones.

Reparación del DNA por recombinación en una

horquilla de reparación colapsada:

Cuando una horquilla de replicación topa con una rotura

en una de las hebras molde, se pierde un brazo de la
horquilla y se colapsa la horquilla de replicación. La hebra
con el extremo 5’ en la rotura se degrada para crear una
extensión en el extremo 3’ que se usa para un proceso de
invasión de la cadena, con apareamiento de la hebra
sencilla invasora con una hebra complementaria del
dúplex adyacente. La migración de la rama puede crear
un intermediario de Holliday. El corte del intermedio de
Holliday por nucleares especializadas, seguido de
ligación, restablece una horquilla de replicación posible.

Si una molécula de DNA tiene

un corte en ambas hebras (DSB, Double Stand Break) las
exonucleasas pueden hidrolizarla. El extremo 5’ se hidroliza de
forma más rápida, de tal forma que el DNA resultante tiene un
extremo 3’ saliente, haciendo que esta hebra más larga se
hibridez con su homóloga. Después de esto la DNA Polimerasa
cataliza la elongación de la cadena y forma dos intermediarios de
Holliday. Los espacios en la hebra original se llenan mediante
recombinación homóloga. En el proceso, se pueden formar
nuevos productos recombinantes al resolver los intermediarios de
Holliday al cortar en distintos sitios. En las bacterias, la
recombinación es un proceso de reparación del DNA
denominado reparación del DNA por recombinación.

Para llevar a cabo este proceso, son necesarias ciertas proteínas,

como la RecA, que se encarga del alineamiento y de la formación
de intermediarios de Holliday. Además tendremos tanto RecB
como RecD, ambos helicasas y nucleares, con la diferencia de
que la primera se mueve en dirección 3’-5’ y la segunda en
dirección 5’-3’. La RecC se encarga de la interacción de las
proteínas con la secuencia chi (GCTGGTGG), la cual ralentiza la
degradación en el extremo 3’. Para cortar los intermediarios de
Holliday se utiliza una nucleasa denominada RuvC resolvasa.

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Biologia Molecular
RECOMBINACIÓN ESPECÍFICA DE SITIO:

A diferencia de la recombinación genética homóloga, donde pueden intervenir dos

secuencias secuencias homólogas cualesquiera, en este proceso solo participan
secuencias específicas. Tiene lugar en prácticamente cualquier tipo de célula, con
funciones especializadas que varían de una célula a otra. Entre estas funciones podemos
encontrar la regulación de la expresión de ciertos genes, la promoción de reordenamiento
programados del DNA durante el desarrollo embrionario o en los ciclos de replicación de
algunos DNA de virus y plásmidos. Sea cual sea la función, todas necesitan de una enzima
denominada recombinasa, que tiene actividad nucleasa y ligasa específica de sitio, junto
con una secuencia única de DNA corta (20-200 pb).Hay dos clases generales de sistemas
de recombinación específicos de sitio, según utilicen residuos de Tyr o Ser en el sitio
activo.

Si estudiamos un caso genérico, tendremos un sitio de unión (attB), que es la secuencia

que determina el sitio de recombinación, donde se unirá un fago (virus que infecta
bacterias) inyectando su propio DNA a la bacteria. En ambos sitios de unión, habrá un
punto de entrecruzamiento. Para que se de la unión de ambos DNA se necesitará de la
enzima λ intregrasa (un tipo de recombinasa). Además tomarán parte la FIS (proteína de
corte de bacteria), XIS (proteína de corte del fago) e IHF (proteína de bacteria).

En el caso de la Tyr y Ser, una recombinasa (integrasa) distinta reconoce y se une a cada
uno de los sitios de recombinación en dos moléculas de DNA diferentes o en la misma
molécula de DNA. En cada sitio de se corta una cadena de DNA en un punto específico
dentro del sitio y la recombinasa se une covalente ente al DNA en el punto de corte
mediante un enlace de fosfotirosina (paso 1). El enlace transitorio proteína-DNA conserva
el enlace fosfodiéster que se pierde al cortar el DNA, de forma que los cofactores de alta
energía resultan innecesarios en los pasos siguientes. Las hebras de DNA cortadas se unen
de nuevo a nuevas parejas para formar un intermedio de Holliday, con nuevos enlaces
fosfodiéster creados a extensas del enlace proteína-DNA (paso 2). A continuación, se
produce un paso de isomerización (paso 3), y el proceso se repite en un segundo punto
dentro de cada uno de los sitios de recombinación (pasos 4 y 5).

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Biologia Molecular
En los sistemas que usan un residuo de Ser en el sitio activo, ambas hebras de cada sitio
de recombinación se cortan a la vez y son unidas a las nuevas parejas sin la formación de
un intermedio de Hollyday. En ambos sistemas el intercambio es siempre recíproco y
preciso y los sitios de recombinación se regeneran cuando se ha completado la reacción.
Se puede concebir una recombinasa como una endonucleasa específica de sitio y una
ligasa en un solo enzima.

Las secuencias de los sitios de recombinación reconocidas por las recombinasas

específicas de sitio son parcialmente asimétricas (no palindrómicas) y los dos sitios de
recombinación se alinean con la misma orientación durante la reacción de la recombinasa.
El resultado depende de la localización y la orientación de los sitios de recombinación. Si
los dos sitios están en la misma molécula de DNA, la reacción da lugar a la delación o a la
inversión del DNA limitado por ellos, según que los sitios tengan la misma orientación o la
contraria, respectivamente. Si los sitios están en moléculas de DNA diferentes, la
recombinación es intermolecular; si uno de los DNA, o los dos, son circulares se produce
una inserción. Algunos sistemas de la recombinasa son muy específicos para una de estas
reacciones y actúan solamente sobre sitios con una orientación determinada.

TRANSPOSICIÓN:

Los transpones son segmentos de DNA, presentes en prácticamente todas las células,
que se pueden mover de un sitio a otro en el mismo cromosoma o en otro, por lo que son
elementos transponibles o “genes saltarines”. En este “salto” no es necesaria la homologa
de las secuencias de DNA, normalmente es algo que sucede más o menos al azar. A pesar
de eso, la inserción de un trasnposón en un gen esencial podría matar a la célula, por lo
que la transposición está fuertemente regula y normalmente es muy poco frecuente. Los
transposones son los parásitos moleculares más simples que han logrado replicarse
pasivamente dentro del cromosoma de las células huésped. En algunos casos transportan
genes que son útiles para la célula, con la que mantienen una especie de simbiosis. Estas
bacterias tienen dos tipos de transposones:

• Secuencias de inserción: son también conocidos como transposones simples y

contienen solamente las secuencias requeridas para la transposición y los genes
paradlas proteínas que promueven el proceso.

• Transposones complejos: contienen uno o más genes, además de los necesarios

para la transposición. Estos genes adicionales pueden, por ejemplo, conferir
resistencia a los antibióticos y, por tanto, mejorar las posibilidades de la célula
huésped.

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Biologia Molecular
Los transposones bacterianos varían en estructura, pero la mayoría tienen cortas
secuencias repetitivas en cada extremo que sirven de sitios de unión de la transposasa.
Cuando ocurre la transposición, una corta secuencia del sitio de inserción se duplica para
formar una corta secuencia repetida adicional que flanquea cada extremo del transposón
insertado. Estos segmentos duplicados son producidos por el mecanismo de corte
responsable de insertar el trasnposión en una nueva localización del DNA.

Podemos encontrarnos una transposición no-

replicativa (también llamada directa o simple),
donde el elemento transponible es escindido por
cortes a ambos lados y se desplaza hasta una nueva
localización, dejando una rotura en la cadena de
DNA dadora que tiene que ser reparada. También
podemos encontrarnos con la replicación
replicativa, donde se replica el transposón
completo, dejando atrás una copia en el sitio que
hace de dador.

En estos caso, el DNA se corta a cada lado del

transposón en los lugares indicados por las flechas
(paso 1). Luego, los grupos 3’-hidroxilo liberados en
los extremos del transpón actúan de nucleófilos en
un ataque directo sobre los enlaces dosdofiéster del
DNA diana, estos (en ambas cadenas de ADN) se
encuentran desplazadas (paso 2). Sto ance que el
transposón se encuentre unido a la diana. En la
transposición directa, la replicación llena los huecos
en cada extremo para completar el proceso; en la
transposición replicativa, se replica el transposón
entero formándose un intermedio cointegrado (paso
3). El cointegrado es a menudo escindido más tarde
con ayuda de otro sistema de recombinación
específico de sitio. El DNA huésped cortado dejado
atrás se repara por unión de los extremos o bien se
degrada, aunque esta puede ser letal para el
organismo.

Los elementos transponibles (TE) son muy abundantes, entre otros el genoma humano, el
45% del genoma humano está formado por transposones.

POLIMORFISMOS:
La diversidad o variabilidad genética se debe a variaciones o cambios en la secuencia del
genoma, por tanto, en un sentido amplio el concepto de diversidad se hace sinónimo de
polimosfismo. Afecta tanto a las secuencias codificares del genoma como a las no
codificantes. Para que sea considerado un polimorfismo genético, debe encontrarse en
secuencias codificares. Si no es así, será considerado polimorfismo de secuencia.

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Biologia Molecular
TIPO SIGNIFICADO CARACTERÍSTICA EN QUÉ SE BASA EJEMPLO

Un cambio en la
secuencia hace ue
Restriction Fragment Diferencia de sitios de
una endonucleasa de
Length Polysmorphism Longitud de restricción entre
restricción reconozca
(Polimorfismo de fragmentos obtenidos, portadores y no
un sitio específico (o
Restricción de de diferentes tamaños. portadores del gen
cualquiera), dejando
RFLP Fragmento Largo) HbS.
que canalice dicha
secuencia.

Variable Number 2-11 repeticiones de

Tandem Repeats Secuencia que se Número de 48 pb en el gen
(Repeticiones repite: 8-50 pb. repeticiones. DRD4(Repeticiones
VNTR Variables en Tandem) más comunes: 2, 4, 7).

Short Tandem Repeats

Locus Tn01 de GL,
o Short Sequence Secuencia que se Número de
no-codificante
Repeat (Repeticiones repite: 1-8 pb. repeticiones.
(Repetición de TCAT).
STR o SSR Cortas en Tandem)

Es el polimorfismo
más abundante (1/300
nt). Si tiene una
Single nucleotide
frecuencia en la
Variability (Single Variación de un solo
población <1%, será —
nucleotide nucleótido.
una mutación,
SNV (SNP) polymorphism)
mientras que si es
>1%, será un
polimorfismo.

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