UNIVERSIDAD NACIONAL MAYOR DE SAN MARCOS

Universidad del Perú. DECANA DE AMÉRICA

Dirección General de Estudios de Posgrado

Facultad de Ciencias Biológicas

Unidad de Posgrado

VIGILANCIA GENÓMICA DE Acinetobacter baumannii

EN DIFERENTES HOSPITALES DE LIMA

Proyecto de Herramientas Bioinformáticas

Docente: Dra. María Lisseth Eguiluz Moya

Integrantes:
● Bär Villalobos Karol Elizabeth 23107020
● Gambini Valderrama Paolo Marcelo 23107027
● Solis Cayo Luis Andrés 23107040
● Torres Oliva Juan Javier 23107043
● Vilcapoma Diaz Meyling Lizandra 23107046

Lima-Perú
202
 I. INTRODUCCIÓN

Acinetobacter baumannii es un bacilo gramnegativo oportunista que puede contaminar

tanto los instrumentos médicos, las superficies hospitalarias y causar infecciones en la
piel, heridas y tejidos blandos (Ruiz et al.,2020). Además, puede dar lugar a
infecciones del tracto urinario pudiendo evolucionar hacia meningitis aguda. Entre las
infecciones más graves con elevadas tasas de mortalidad se encuentran la neumonía
asociada a la ventilación y las infecciones del torrente sanguíneo (Encalada y
Artega,2021). Cada vez está aumentando más la presencia de Acinetobacter
baumannii en unidades de cuidado intensivos (UCI) a causa de sus mecanismos de
resistencia antibiótica, este patógeno representa el 32.07% de los casos de neumonía
intrahospitalaria y el 24.92% de casos de infecciones al torrente sanguíneo
(CDC,2021). Acinetobacter baumannii es considerada como un agente microbiano de
gran importancia clínica, ya que ha adquirido resistencia a los antimicrobianos, lo cual
conlleva que exista problemas al referir una terapia antibiótica, esto trae como
consecuencia la prolongación de estancia en la hospitalización de los pacientes
infectados por esta bacteria, ocasionando alto grado de mortalidad por su elevada
capacidad de proliferación en las diferentes áreas hospitalarias y principalmente por su
resistencia a múltiples antibióticos (Encalada y Artega,2021).Según la lista de
patógenos prioritarios para su investigación y desarrollo publicada por la Organización
Mundial de la Salud (OMS) en el 2017, se clasifica como prioridad crítica a
Acinetobacter baumannii resistente a carbapenem, junto a otros patógenos como
Mycobacterium tuberculosis multirresistente y extensivamente resistente,
Pseudomonas aeruginosa resistente a carbapenem y enterobacterias resistentes a
carbapenem y a cefalosporinas de tercera generación (Peña,2022). Esto se debe a
que el patógeno posee la capacidad de acumular diferentes mecanismos de
resistencia a la mayoría de los antibióticos actualmente 6 disponibles, entre ellos los
aminuglucósidos, quinolonas y β-lactámicos de amplio espectro (Chean et al.,2010;
Roca et al.,2012; Taconelli, et al.,2017). Además de lo ya mencionado se suma a la
pandemia por enfermedad por coronavirus (COVID-19) en la cual hay sobreinfección
por Acinetobacter baumannii, en un estudio en España se evidencio que en los casos
de sobreinfección las cepas eran multidrogoresistentes siendo únicamente sensibles a
colistina (Nebreda et al.,2020). En Perú la alerta epidemiológica AE-20-2020 realizado
el 20 septiembre del año 2020 en el contexto de la pandemia por COVID-19 se reportó
la aparición de 8 brotes de infecciones asociadas a la atención en salud de los cuales
5 (62.5%) fueron causados por Acinetobacter baumannii (MINSA, 2020).
Considerando que los carbapenem son antibióticos de amplio espectro, reservados
para su uso en infecciones severas, la resistencia al mismo por parte de Acinetobacter
baumannii explica la amenaza que representa para los pacientes, el mecanismo de
resistencia a carbapenem son principalmente de tipo enzimático, mediado por las
carbapenemasas que principalmente son de tipo metalo-β-lactamasas que
corresponden a la clase B como blaNDM, blaIMP, blaVIM, y blaSIM y β-lactamasas de clase D
que hidrolizan los carbapenem (CHDLs) como blaOXA-51, blaOXA-23, blaOXA-24, and blaOXA-68,
otro aspecto importante y que potencia la expresión de β-lactamasas en Acinetobacter
baumannii son las secuencias de inserción como ISAba125 e ISAba1, adicionalmente
también pueden presentar resistencia a colistina por diferentes mutaciones, lo que
disminuye aún más las alternativas terapéuticas (Jalal et al.,2021).
Acinetobacter baumannii también cuenta con factores de virulencia que incrementan
su patogenicidad, lo que le permite un alto potencial para adaptarse a los diferentes
entornos en los que puede encontrarse, uno de los son sus porinas a nivel de
membrana externa (OmpA), la cual se encuentra relacionada a invasión, apoptosis
celular, diseminación en sangre y formación de biofilm; también cuenta con capsula y
polisacáridos proinflamatorios que aumentan su supervivencia in vivo, ya que la
presencia de estas estructuras celulares también lo protegen contra los diferentes
antimicrobianos, además también puede lograr la expulsión de clorhexidina, un
desinfectante con un amplio espectro, esto mediante la proteína de eflujo Acel. (Ayoub
et al., 2020).

En Brasil se realizó un estudio del secuenciamiento del genoma completo en 16 cepas

de Acinetobacter baumannii extremadamente drogo resistentes causantes de un brote
hospitalario, considerando que existen clones internacionales (ICs) como el IC2, que
representan el linaje principal causante de brotes por Acinetobacter baumannii en el
mundo, este estudio buscó el estudio de la epidemiología genómica, encontrando
mediante análisis in silico que la relación entre los aislamientos de Brasil y los
genomas de IC2/ST2 del resto del mundo, encontrando que las cepas brasileñas
presentaban 3 sublinajes asociados con los genomas de Asia, Norte América y Europa
(Morgado et al., 2023).

En Líbano la realización de un estudio mediante la secuenciación del genoma

completo de 41 cepas de Acinetobacter baumannii permitió extremadamente drogo
resistentes (XDR) la presencia de 2 clones, con blaOXA-23 en Tn2006 y blaOXA-72 en
pMAL-1, estas cepas presentaban altos porcentajes de resistencia a aminoglucósidos
como gentamicina y amikacina (92%), además de resistencia a quinolonas (95%) y
betalactámicos como ceftazidime, meropenem, imipenem y piperacilina-tazobactam
(95%), por lo que la información obtenida a través del secuenciamiento permite
conocer la epidemiologia molecular de las cepas de Acinetobacter baumannii.

En relación a lo anteriormente explicado, los antecedentes claramente evidencian la

problemática de la resistencia antimicrobiana, sobre todo en Acinetobacter baumannii
que al presentar mecanismos de resistencia intrínseca y adquiridos como blaOXA-23 y
blaOXA-24, generan un gran impacto en la salud pública, por lo que es necesario conocer
la epidemiologia molecular de dichas cepas en los diferentes hospitales de Lima, lo
que contribuye a la planificación de diferentes estrategias sanitarias que permitan
tratamiento más oportuno y medidas de prevención de infecciones, sobre todo
aquellas asociadas a la atención en salud.

II. ESTADO DEL ARTE

En el 2021, Ilsan y colaboradores enfocaron su investigación en el estudio de los

mecanismos de virulencia y resistencia contra colistina y carbapenem de
Acinetobacter baumannii. El estudio se llevó a cabo en el hospital de enseñanza de
Taiwán 452 aislados de A. baumannii. Realizaron pruebas de susceptibilidad a los
antibióticos realizando el método estándar de microdilución en caldo, secuenciaron el
genoma completo mediante NGS y analizaron los genes de resistencia utilizando la
técnica de PCR. Los resultados mostraron que con respecto a la susceptibilidad a los
antibióticos 7 de los 452 aislados evaluados fueron sensibles a minociclina,
iminipenem, meropenem, gentamicina y ciprofloxacino pero altamente resistentes a
carbapenem y a colistina incluyendo mcr-1, blaOXA-23, blaOXA-66 y blaOXA-69.
Además, se encontró que los aislados de A. baumannii eran altamente virulentos
debido a los genes de virulencia como el gen de la cápsula y el gen de la proteína de
unión a la fibronectina. Se menciona que en comparación con la cepa de referencia,
los siete aislados albergaban una serie de mutaciones no sinónimas en el dominio de
histidina quinada de pmrB, exactamente tres sustituciones de aminoácidos resultantes
(P233S, R263H y Q270P) en pmrB que le confieren al resistencia a colistina. Se sabe
que las mutaciones generadas a partir de respuestas al estrés inducidas por
antibióticos se seleccionan bajo tratamientos con antibióticos por lo que se discutieron
posibles soluciones para combatir la resistencia a los antibióticos como el desarrollo
de otras nuevos o la implementación de medidas de control en los hospitales.
En el 2021, Thadtapong y colaboradores analizaron la resistencia a colistina y
carbapenem de la cepa Acinetobacter baumannii Aci46 en Tailandia. Se analizó el
genoma de la cepa Aci46 e identificaron los genes responsables de la resistencia a los
antibióticos. Los resultados mostraron que esta cepa tenía 16 genes de resistencia a 7
clases diferentes de antibióticos incluyendo aminoglucósidos,
beta-lactámicos/carbapenémicos, beta-lactámicos/cefalosporinas, colistina,
fluoroquinolonas, macrólidos, tetraciclinas y sulfonamidas. Además, se identificaron 22
genes transportadores de drogas pertenecientes a cinco clases diferentes, incluyendo
sistemas de expulsión de resistencia-nodulación-división (RND), transportadores de la
superfamilia facilitadora mayor (MFS), transportadores de la familia de la ATP-binding
cassette (ABC), transportadores de la familia de extrusión de compuestos tóxicos y
multidrogas(MATE) y resistencia a multidrogas pequeña (SMR). Entre los genes de
resistencia identificaods se encontró blaOXA-23, blaOXA66 o blaOXA51 y oprD que se
sabe que confiere resistencia a cabapenémicos. Esta información se correlaciona a la
presencia de blaOXA-23 y blaOXA-51 en otros aislados de A. baumannii resistentes a
carbapenémicos encontrados en Tailandia.

Desde el 2008, en un estudio realizado por Iacono y colaboradores donde se realizó la

pirosecuenciación del genoma completo de una cepa epidémica de Acinetobacter
baumannii resistente a múltiples fármacos (cepa ACICU) perteneciente al grupo del
clon europeo II, se identificó la cepa ACICU portadora del gen de resistencia al
carbapenémico bla OXA - 58 mediado por plásmidos. Comparando el genoma de A.
baumannii ACICU con los genomas de A. baumannii ATCC 17978 y Acinetobacter
baylyi ADP1 para identificar nuevos genes relacionados con la virulencia y la
resistencia a los medicamentos. Esta cepa ACICU presentaba un único cromosoma y
dos plásmidos mostrando una alta sintenia con A. baumannii ATCC 17978 y una baja
con A. baylyi ADP1. Se encontró una isla de resistencia a los antibióticos (AbaR2) en
ACICU, junto con 36 supuestas islas exóticas (pA), algunas de las cuales codifican
genes relacionados con la resistencia a los medicamentos. La secuenciación reveló
características distintivas, incluyendo un mayor potencial de transporte de membrana,
resistencia a medicamentos y cambios en la envoltura celular. Estos hallazgos ofrecen
una nueva comprensión de la base genética de la resistencia en A. baumannii, un
patógeno oportunista de creciente preocupación en entornos de atención médica.
Por otro lado, en el 2017 Pritsch y colaboradores presentan un informe en donde se
describe la identificación de Acinetobacter baumannii portador del gen bla NDM-1 en
tres aislamientos clínicos en Jimma, Etiopía, destacando la preocupación por las
infecciones bacterianas gramnegativas multirresistentes. Se llevaron a cabo pruebas
de susceptibilidad antimicrobiana, tipificación y secuenciación de cepas moleculares
para investigar la relación filogenética. Se aislaron tres cepas resistentes a múltiples
medicamentos, positivas para bla NDM-1, sugiriendo una posible difusión clonal local.
Dos de los aislamientos eran no tratables con antimicrobianos locales y solo eran
susceptibles a la polimixina B y la amikacina. La secuenciación genómica confirmó su
diferencia con cepas similares de Kenia. Aunque no se logró la conjugación con E. coli
en el laboratorio, se sugiere la posible transmisión natural debido a la falta de
precauciones higiénicas en entornos de recursos limitados. El informe concluye que
estos organismos resistentes representan una seria amenaza para los tratamientos
antimicrobianos en Jimma, sugiriendo la necesidad de una mayor vigilancia y medidas
preventivas en la región.

En el 2022, Chukamnerd y colaboradores realizaron un estudio del análisis del

genoma completo de Acinetobacter baumannii resistente a carbapenémicos a partir de
221 aislados clínicos de CRAB en el sur de Tailandia con el fin de comprender su
epidemiología molecular en dicho país. Realizaron un análisis bioinformático integral
empleando diversas herramientas para ensamblar, anotar e identificar tipos de
secuencia (ST), genes de resistencia a los antimicrobianos (AMR), elementos
genéticos móviles (MGE) y genes de virulencia. Demostraron que ST2 fuer el ST más
prevalente en los aislados CRAB. Con respecto a la detección de genes AMR,
observaron que casi todos los aislados de CRAB albergaban el gen bla OXA-23,
entretanto ciertos aislados portaban genes bla NDM-1 o bla IMP-14. Asimismo,
notaron varios gene de RAM en estos aislados CRAB especialmente genes de
resistencia a aminoglucósidos (p. ej., armA , aph(6)-Id y aph(3″)-Ib ), gen de
resistencia a fosfomicina ( abaF ) y genes de resistencia a tetraciclina ( tet (B)
y tet (39)). Para la tipificación de replicones de plásmidos , RepAci1 y RepAci7 fueron
los replicones predominantes encontrados en los aislados CRAB. En todos los
aislados de CRAB también se identificaron muchos genes que codifican factores de
virulencia, como los genes ompA , adeF , pgaA , lpxA y bfmR.
Concluyeron que la mayoría de los aislados de CRAB contenían una mezcla de genes
AMR, MGE y genes de virulencia. Esta investigación brindó información valiosa sobre
los determinantes genéticos de los aislados clínicos de CRAB que podrían ayudar al
desarrollo de estrategias para mejorar el control y el tratamiento de estas infecciones.
En el 2023, Strateva y colaborades exploraron las características fenotípicas y
moleculares de la resistencia a los antimicrobianos en 73 aislados de Acinetobacter
baumannii de pacientes de unidades de cuidados intensivos (UCI) en dos hospitales
universitarios de Bulgaria (2018-2019). Realizaron pruebas de susceptibilidad a los
antimicrobianos, PCR, secuenciación del genoma completo (WGS) y análisis
filogenómico. Donde las tasas de resistencia fueron las siguientes: imipenem,
100%; meropenem, 100%; amikacina, 98,6%; gentamicina, 89%; tobramicina,
86,3%; levofloxacina, 100%; trimetoprima-sulfametoxazol, 75,3%; tigeciclina,
86,3%; colistina, 0%; y ampicilina-sulbactam, 13,7%. Además detallaron que todos los
aislados albergaban genes similares a bla OXA-51 . Las frecuencias de distribución de
otros genes de resistencia a los antimicrobianos (ARG) fueron: bla OXA-23-like ,
98,6%; bla tipo OXA-24/40 , 2,7%; brazoA , 86,3%; y sul1 , 75,3%. La WGS de
aislados seleccionados de A. baumannii (XDR-AB) ampliamente resistentes a los
medicamentos ( n = 3) reveló la presencia de β-lactamasas de clase D hidrolizantes de
carbapenems OXA-23 y OXA-66 en todos los aislados, y de carbapenemasa OXA-72.
en uno de ellos. También se detectaron varias secuencias de inserción, como
IS Aba24 , IS Aba31 , IS Aba125 , IS Vsa3 , IS 17 e IS 6100 , lo que proporciona una
mayor capacidad para la transferencia horizontal de ARG. Los aislados pertenecían a
los tipos de secuencia de alto riesgo ST2 ( n = 2) y ST636 ( n = 1) (esquema
Pasteur). En suma, sus resultados confirman la presencia de aislados de XDR-AB,
portadores de una variedad de ARG, en entornos de UCI búlgaros, lo que resalta la
necesidad crucial de una vigilancia en Bulgaria, especialmente en las condiciones de
uso extensivo de antibióticos durante la COVID-19.
III. OBJETIVOS

III.1. Objetivo general

Realizar la vigilancia genomica de Acinetobacter baumannii
en diferentes hospitales de lima

III.2. Objetivos específicos

 Identificar variantes genómicas de Acinetobacter baumannii

 Evaluar los perfiles de resistencia de Acinetobacter baumannii
responsables de la resistencia a carbapeémicos.
 Identificar marcadores genómicos epidemiológicos
 Predecir los perfiles de resistencia
IV. VARIABLES

4.1. Variable dependiente

 Presencia de genes relacionados a la resistencia antimicrobiana en

Acinetobacter baumannii de diferentes hospitales de Lima.
 Prevalencia de Acinetobacter baumannii

4.2. Variable independiente

● Hospitales de Lima con prevalencia de Acinetobacter baumannii

V. METODOLOGÍA
V.1. Diseño de estudio
V.2. Población
V.3. Muestra
V.4. Métodos

VI. REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS

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