Más adelante, Spider-Man se alía con otros personajes como Capitán
América, Puño de Hierro, Deathlok, Morbius y Venom, para enfrentarse a un
nuevo simbionte llamado Carnage en el cómic Maximum Carnage.137 En esa
época se entera de la existencia de un clon suyo, Ben Reilly, creado por El
Chacal y que se considera a sí mismo como el hombre araña legítimo,138139 un
señalamiento avalado por unos estudios de laboratorio que le llevan a creer a
Parker que él es el clon. Pese a la confusión y tras la desaparición de varios
superhéroes durante una batalla contra Onslaught,140 Reilly y Parker suman
fuerzas para proteger Nueva York hasta la reaparición del Duende Verde,
responsable de manipular los estudios de laboratorio con tal de enloquecer a
Parker.141 Tras la muerte del clon y de la hija no nacida de Peter —como
consecuencia del envenenamiento de Mary Jane por el Duende Verde—, este
último arriba al planeta «Contratierra» en donde se encuentra con los héroes
desaparecidos por Onslaught, con los cuales regresa de vuelta la Tierra.113141142143
144
Las publicaciones de la década de 2000 muestran varios sucesos en la vida
personal de Parker; por ejemplo, su separación de Mary Jane, la revelación de su
identidad como Spider-Man ante su Tía May, el descubrimiento de que el Duende
Verde tuvo un par de hijos con Gwen y un empleo como profesor en la misma
universidad donde culminó sus estudios. Ahí conoce a Ezekiel Sims, un sujeto con
poderes similares a los del héroe arácnido, quien le sugiere que tales habilidades
podrían remontarse a un antiguo espíritu totémico.145146147 Finalmente Spider-Man
se integra a Los Nuevos Vengadores y se muda a la Torre Stark para trabajar
como asistente de Iron Man, mientras retoma su antiguo empleo en Daily Bugle.148
Como parte de los sucesos de la serie Civil War, el hombre araña y otros
superhéroes son obligados a revelar públicamente sus identidades debido a
una iniciativa gubernamental. Las diferencias ideológicas con relación a esta
medida conducen a un conflicto entre los héroes, primordialmente entre aquellos
que avalan la iniciativa y los que la rechazan, encabezados por Iron Man y Capitán
América, respectivamente.149 Tras ser herida de gravedad por Kingpin, Parker
formaliza un pacto con Mefisto para salvar la vida de su tía May, a cambio de
borrar todos sus recuerdos matrimoniales con Mary Jane y de los sucesos más
recientes, incluidos los de Civil War.
En los títulos de 2010 y 2020 se explican otros acontecimientos relevantes, tales
como la asunción temporal de Octopus como una «versión superior» de Spider-
Man tras obtener el control del cuerpo y la mente de Parker; la administración
de Industrias Parker, fundada por Octopus;153154 su encuentro con Cindy Moon,
una joven con la misma condición de Parker tras haber sido mordida por la misma
araña radiactiva y que usa el alter ego «Silk»;155 y con otras versiones
alternativas suyas del multiverso para enfrentarse a los Herederos;19 la
resucitación de Reilly;156 sus luchas contra Kraven el cazador y sus múltiples
clones, además de Taskmaster, Savage Six —trad., lit.: «Los seis salvajes»— y
Kindred, el alter ego de una versión alternativa de Osborn.